공통매입세액이 모두 면세사업 관련된 매입세액으로 안분되는 경우 면세사업자임

1. 피고가 2006. 5. 1. 원고에 대하여 한 2007년 2기분 부가가치세 초과환급신고가산세 131,720,850원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 ☆☆건설 주식회사(이하 ‘☆☆건설’이라 한다.)가 기업도시개발사업 및 관련사업을 위하여 2007. 8. 6. 전액 출자하여 설립한 법인으로서, 당초 ☆☆건설이 가지 고 있던, 충남 군 *면 만 비(B)지구 일원 14,643,669㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다.)에 골프장, 테마파크 및 숙박시설 등을 설치하는 내용의 관광ㆍ레져형 기업도시 개발사업(이하 ‘이 사건 개발사업’이라 한다.)의 사업권을 ☆☆건설로부터 양수받은 후, 2007. 9. 18. 문화관광부로부터 이 사건 개발사업의 실시계획을 승인받아 현재 시행중 이다.
• 나. 원고는 2008. 1. 25. 피고에게 2007년 2기분 부가가치세 신고를 하면서, 2007년 2기(2007. 8. 6.부터 2007. 12. 31.까지)에는 이 사건 개발사업과 관련하여 과세사업 및 면세사업과 관련된 공급이 없어 매출가액은 전혀 발생하지 않았고, 사업권 양수, 기공식 행사 등으로 38,341,568,799원의 매입가액만이 발생하였는데, 위 매입가액을 문화관광부로부터 승인받은 실시계획승인서상의 총예상사업비투자내역에 기재된 과세사업에 소요되는 사업비와 면세사업에 소요되는 사업비의 비율(과세사업에 소요되는 사업비: 34.35%, 면세사업에 소요되는 사업비: 65.65%)에 따라 안분계산하여, 과세사업에 관련 된 매입세액을 1,317,208,558원으로 산청한 후 이에 꽤한 환급신고를 하였다.
• 다. 피고는 2008. 2. 11.부터 2008. 2. 22.까지 원고에 대한 2007년 2기분 부가가치세 환급 현지확인(이하 ‘이 사건 현지확인’이라 한다.)을 실시하여, 위 기간 동안 발생한 면세사업에 관련된 매입가액은 1,248,830,000원이고, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입가액(공통매입가액)은 37,092,738,799원이며, 과세사업에 관련된 매입가액은 없음을 확인한 후, 이 사건의 경우 공통매입가액을 제외하면 나머지 매입가액운 모두 면세사업에 관련된 매입가액이어서, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제1호 에 의하면 공통매입가액에 대한 매입세액은 모두 면세 사업에 관련된 매입세액으로 계산되어야 하는바, 결국 위 기간 동안에는 과세사업에 관련된 매입세액은 없다는 이유로, 원고가 과세사업에 관련된 매입세액으로 환급신고 한 1,317,208,558원을 불공제하였으며, 2008. 5. 2. 원고가 위와 같이 매입세액 공제의 대상이 되지 않는 부분을 환급신고하였다는 이유로, 초과환급신고에 따른 가산세 131,720,855원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다.)을 하였다.
• 라. 원고는 2008. 7. 11. 이 사건 처분에 대하여 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 국세청장은 국세심사위원회의 심의를 거쳐 2008. 12. 23. 원고의 심사청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재 변론 전체의 취지 2.주장 및 판단
• 가. 원고의 주장

1. 원고가 실시계획서상의 과세사업과 면세사업에 소요되는 사업비의 비울로 공통 매입가액을 안분하여 과세사업에 대한 매입세액을 계산한 방법은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항에는 명문으로 규정되어 있지는 않지만, 위 시행령의 규정은 행정청이 과세행정의 편의를 위하여 공통매입세액의 안분계산방법에 대한 일응의 합리적인 내부기준을 설정한 것에 불과할 뿐 대외적인 법규성이 없으므로, 위 시행령의 규정에 의한 방법이 아니더라도 공통매입세액을 안분계산할 수 있는 합리적인 방법이 있다면 이러한 안분방법은 적법한 것으로 평가되어야 한다. 2) 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 에 의하면 이 사건 공통매입가액에 대한 매입세액 전부는 면세사업에 관련된 매입세액으로 산정되는바, 결과적으로 원고는 2007년 2기의 과세기간 중에 과세사업과 관련하여서는 아무런 공급을 하지도 않았고, 그와 관련된 매입세액도 없어, 결과적으로 면세사업자에 해당된다. 그런데 면세사업자는 부가 가치세법상 납세의무자가 아니어서 부가가치세법이 규정하는 신고의무를 부담하지 않으므로, 원고가 납세의무자임을 전제로 행해진 이 사건 처분은 위법하다.

3. 가산세는 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 등의 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재인데, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리라고 볼 수 있는 사정이 있는 등 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없다. 그런데 이 사건의 경우 원고가 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 에 의하지 않은 독자적인 방법으로 과세사업에 관련된 매입세액을 계산한 것에는 정당한 이유가 있으므로, 피고가 이러한 원고에게 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령의 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 문화관광부에서 승인한 이 사건 사업의 주된 내용은, 원고가 여 사건 토지에 부지를 조성하여 그 중 52.6% 부분에 6개의 골프장, 테마파크 및 숙박시설을 설치한 후 원고가 이를 운영하는 과세사업과 조성토지의 20.5%를 용지로 매출하는 면세사업 및 조성토지의 26.9%에는 도로, 녹지 및 공원 등을 조성하여 기부채납하는 사업으로 구성되어 있는데, 원고가 문화관광부로부터 승인받은 이 사건 사업에 대한 실시계획승인서에 의하면, 총예상사업비 중 과세사업 관련 사업비가 차지하는 비율은 34.35%이고, 면세사업 관련 사업비가 차지하는 비율은 65.65%이다.

2. 2007년 2기의 과세기간 동안에는 이 사건 개발사업과 관련하여 과세사업 및 면세사업과 관련된 공급이 없어 매출세액은 전혀 발생하지 않았다.

3. 피고가 이 사건 현지확인을 하면서 매입세금계산서로 확인한 2007년 2기의 매입가액 및 이에 대한 분류내역표(이하 ‘이 사건 표’라 한다.)는 다음과 같다(단, 가액에 있어서 천 원 이하는 절사되었다).

4. 피고는 이 사건 표상의 매입내역 중 부남호 준설 관련, 골프장코스 관련 매입내액은 면세사업에 관련된 매입가액으로 분류하였고, 기업도시개발 관련, 기타 관리비 관련 매입내역은 공통매입가액으로 분류하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제2, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취 지

• 라. 판단 1) 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항의 규정은 행정청이 과세행정의 편의를 위하여 공통매입세액의 안분계산방법에 대한 내부기준을 설정한 것에 불과한 것이 어서, 위 시행령 규정에 의한 방법이 아니라도 합리적인 안분계산방법에 따라 안분하였다면 적법한 것으로 평가되는지 여부 부가가치세법 제36조 는 "이 법의 시행에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정한다"고 규정하여, 부가가치세법의 시행에 있어서 반드시 필요한 사항이지만, 법에 규정되지 않은 사항에 대하여는 대통령령에 위임하고 있다. 그런데 이 사건 사업과 같이 과세사업과 면세사업이 그 사업내용에 모두 포함되어 있는 사업울 영위하는 사업자에 대하여, 그 매입세액을 어떠한 기준에 따라 안분할 것인지는 부가가치세법에 아무런 규정이 없는데, 부가가치세법 시행령은 부가가치세법 제36조 의 위임에 따라 이러한 경 우 안분방법에 대하여 대통령령으로 규정한 것이므로, 이러한 부가가치세법 시행령 제61조의 규정은 대외적인 법규명령으로서 구속력을 가진다고 할 것이다.

2. 2007년 2기의 과세기간에는 원고가 면세사업자에 해당되어 부가가치세 납세의무자가 아닌지 여부 부가가치세법 시행령에 의하면, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 면세사업에 관련된 매입세액은 실지 귀속에 따라 계산하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)에 포함된 면세사업에 관련된 매입세액은 공통매입세액에 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 곱한 방법으로 안분하여 계산한다고 규정하고 있는데(제61조 제1항), 그 과세기간 중 과세사업과 면세사업에 관련된 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는, 공통매입가액을 제외한 총매입가액에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율, 총예정 공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율, 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 등의 순서대로 안분하여 계산한다고 규정하고 있다(제61조 제4항 각호). 이 사건의 경우 2007년 2기의 과세기간에는 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없었음은 앞서 살펴본 바와 같으므로 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액은 먼저 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제1호 의 방법에 따라 계산되어야 할 것인데, 이 사건 표에 의하면, 이 사건에 있어서 공통매입가액을 제외한 총매입가액은 부남호 준설 관련, 골프장 코스 관련 매입가액의 합계인 1,248,830,000원(= 826,580,000원 + 422,250,000원)뿐이고, 이는 모두 면세사업에 관련된 매입가액이므로, 공통매입가액을 제외한 총매입가액에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율은 100%이다. 따라서 2007년 2기 과세기간 동안의 원고의 매입가액 중 공통매입가액 부분은 모두 면세사업 에 관련된 매입가액으로 안분되고, 그 결과 위 기간 동안 원고는 과세사업과 관련된 매입가액 및 매입세액은 없게 된다. 한편, 국세기본법 제47조의4 제1항 은 ‘납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우’ 초과환급신고가산세를 부과한다고 규정하여, 위 법에 의하여 초과환급신고가산세에 대한 부과의무를 지는 자는 ‘납세자’임을 명시하고 있는데, 부가가치세법 제2조 는 ‘영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’, 즉 ‘사업자’를 부가가치세법상의 납세의무자로 규정하고 있는바, 부가가치세에 있어서 국세기본법 제47조의4 제1항 이 규정하는 초과환급신고가산세에 대한 납세의무를 지는 납세자는 부가가치세법상의 사업자라고 할 것이고, 이러한 사업자는 당연히 과세사업을 영위하는 과세사업자를 의미하고, 세금이 면제되는 면세사업을 영위하는 면세사업자는 부가가치세법이 규정하는 사업자에서 제외된다고 해석함이 타당하다고 할 것이다. 그런데 앞서 살펴본 바와 같이, 원고의 경우 2007년 2기 과세기간에는 과세사업에 관련된 매출세액 및 매입세액이 전혀 없고 공통매입세액이 모두 면세사업에 관련된 매입세액으로 안분되는 결과 위 기간 동안 원고의 매입세액은 모두 면세사업에 관련된 매입세액이라고 할 것인데, 비록 원고가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 자라고 하더라도, 이러한 경우와 같이 과세사업에 관련된 매입이 없거나 매출이 발생하지 아니한 경우에는 과세사업자로 보지 아니하여야 할 것이므로, 위 기간 동안 원고는 면세 사업자라고 봄이 타당하다. 따라서 원고는 부가가치세의 납세의무를 지는 사업자가 아니어서, 국세기본법상의 초과환급신고가산세에 대한 납세의무를 지는 납세자도 아니라고 할 것인바, 이러한 원 고에 대하여 초과환급신고가산세를 부과한 이 사건 처분은, 원고가 부가가치세법 시행 령 제61조 제1항, 제4항에 규정된 방법에 의하지 않고 독자적인 방법으로 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산한 것이 정당한 이유가 있었는지 여부에 대 하여 더 나아가 판단할 필요 없이 위법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.