토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용한 처분의 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 피고가 2007.10.5. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 91,216,810원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003.10.2. 대전 ○구 ○○동 71-○ 대 248.6㎡, 같은 동 71-○ 대 385.8㎡ 합계 634.4㎡(약 192평, 위 71-○토지는 2003.12.20. 위 71-○토지는 합병되었다. 이하 이 사건 토지라 한다)를 취득한 후, 그 지상에 연면적 376.9㎡의 2층 겸용주택(식당 및 주택, 이하 이 사건 건물이라 한다)의 신축 공사를 진행하여 2004.7.14. 완성하였다.
• 나. 원고는 2005.11.24. 기독교대한감리회 ○○교회(이하 ○○교회라 한다)에게 이 사건 토지 및 건물을 매도한 후, 2006.3.31. 그 양도가액을 12억원(=토지 720,000,000원 + 건물 480,000,000원), 취득가액을 1,109,773,299원(=토지 660,000,000원 + 건물 449,773,299원)으로 하여 실질거래가액으로 양도소득세 과세표준을 신고하고 해당 세금을 납부하였다.
• 다. 대전지방국세청장은 감사 결과 ‘ 이 사건 토지의 취득가액은 실지거래가액이 환인되어 신고내용대로 인정되나, 양도가액은 이 사건 건물의 양도가액과 구분이 불분명하므로 총 매매대금 12억 원을 양도 당시 각 자산별 기준시가로 안분 계산하여 이 사건 토지의 양도가액을 983,359,380원으로, 이 사건 건물의 양도가액을 216,640,620원으로 산정하고, 이 사건 건물의 취득가액은 그 당시 실지거래가액이 불분명하므로 환산가액인 207,214,113원으로 경정’ 하도록 지시하였고, 피고는 이에 따라 2007.10.5. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 31,216,810원을 경정ㆍ고지하였다(이하 이 사건 처분이라 한다)
• 라. 원고는 이 사건 처분에 대해 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2008.6.26. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 9호증, 을 1 내지 9호증(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고와 ○○교회는 이 사건 매매계약 체결 당시 전체 매매대금 12억 원 중 토지는 720,000,000원, 건물은 4801,000,000원으로 명시하여 구분하였고 이는 객관적으로 합리적인 가격임에도 불구하고, 피고가 이 사건 토지와 건물의 가액구분이 불분명하다고 본 것은 부당하다.
• 나. 관계법령 구 소득세법 제94조 (양도소득세의 범위) 구 소득세법 제96조 (양도가액)
• 다. 판단

(1) 원칙적으로 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하나 납세의무자나 과세관청의 과세처분 이전에 증빙서류를 갖추어 양도 및 취득 당시의 실지거래가액을 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 산정하여야 하고(구 소득세법 제96조 제1항 제6호), 양도소득세 납세의무자가 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득 및 양도에 관한 매매계약서와 계약상대방의 거래확인서, 인감증명서 등을 제출하였다면, 과세관청으로서는 위 각 증빙서류가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 위 각 증빙서류상의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 하나(1996.6.25. 선고 95누3183 판결), 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우라 하더라도 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분하여 계산하여야 한다 (구 소득세법 제100조 제2항).

(2) 이 사건 토지와 건물의 가액이 구분되는지에 관하여 본다. (가) 앞서 든 각 증거에 증인 박○윤, 최○석의 각 증언, 이 법원의 ○○교회에 대한 사실조회 결과에 의하면 거래의 사실이 인정되고, 갑 11 내지 14호증의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다.

① 이 사건 매매계약서에는 토지와 건물의 매매대금이 각 7억 2,000만 원과 4억 8,000만 원으로 구분 기재되어 있다.

② 원고는 당초 매매가격으로 15억 원을 제시하였고, 반면 ○○교회는 주변 토지의 시세가 평당 400~500만 원이므로 이 사건 토지의 평당 가격이 500만 원 이내라면 적당하고 건물도 새것이라는 점까지 감안하여 매매대금 총액으로 12억 원을 주장하였다.

③ 이 사건 매매대금이 12억 원으로 확정된 후, 원고는 ○○교회 담당자에게 매매계약서에 토지의 가격을 720,000,000원, 건물의 가격을 480,000,000원으로 구분하여 특정할 것을 요구하였다. ○○교회 측은 매수가격의 총액만 중요하였을 뿐 토지와 건물의 가액 구분에는 전혀 관심이 없었으므로, 비록 원고가 요구하는 건물 가격이 지나치게 높아 보이기는 했지만 매매계약을 성사시키기 위해 그대로 특약사항에 기재하는 것을 허용하였다.

④ ○○교회는 당초 이 사건 토지뿐만 아니라 주변의 토지까지 취득하여 그곳에 사회복지시설을 건립하려고 계획을 세웠으나, 주변 토지의 취득이 여의치 않자 이 사건 건물을 일부 개ㆍ보수하여 교회의 성경공부방 및 예배실로 사용하고 있다.

⑤ ○○교회는 2006.6.19. 이 사건 토지 옆에 ○○동 71-○ 토지 406㎡와 지상 건물을 580,000,000원에 매수하였다. 그 당시 건물은 노후 되었기 때문에 따로 가치를 인정하지 않은 채 토지만 가지고 매매대금을 정하였다.

⑥ 원고가 주장하는 양도당시 이 사건 토지, 건물의 가격비율은 대략 60%와 40% 가량 되나, 당시의 기준시에 의할 경우 토지는 678,808,000원, 건물은 149,545,930원이므로 양자의 가격비율은 대략 82%와 18% 정도가 된다.

⑦ ○○교회는 2007.7.11. 이 사건 토지 및 건물을 담보로 제공하고 ○○○○○○축산업협동조합으로부터 대출을 받았다. 당시 감정평가서에 의하면 이 사건 토지 가격은 900,848,000원, 건물의 가격은 177,420,990원이었다.

⑧ 이 사건 건물의 취득 당시 실질적으로 투입된 정확한 비용은 확인할 수 없다. (나) 위 인정사실에 나타난 것처럼, 이 사건 매매계약서에 기재된 토지 및 건물의 가격은 원고의 일방적 요구에 의한 것으로서 실질적으로 ○○교회와 사이에 각 부동산의 실질 가치를 반영하여 합의가 된 금액이라고 보기 어렵고, 당시의 기준시가나 인근 토지의 평당 가격 및 금융기관의 감정가에 비추어 볼 때 토지의 가격을 지나치게 낮게 평가한 반면 건물의 가격을 너무 높게 책정하여 객관성 및 현실성이 결여 되었으며, 원고는 이렇게 건물의 가액에 비하여 토지의 가액을 낮게 정할 경우 양도소득세의 부담이 줄어드는 이익이 있으므로, 이런 모든 사정을 종합할 때 이 사건 매매계약상 토지와 건물의 가액 구분은 분명하지 않다고 보는 것이 실질과세원칙에 부합한다.

(3) 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.