일괄양도한 후 양도금액을 법인보다 주주들이 높게 배분받은 것이 부당행위계산부인인지

1. 피고가 2007. 1. 8. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 320,350,310원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 1호증 내지 갑 6호증, 을 1호증 내지 을 3호증, 을 7호증 내지 12호증, 을 14호증 내지 16호증, 을 18호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

• 가. 2003. 4.경 원고(당초 ‘주식회사 ○○’의 상호를 사용하였으나, 2003. 9. 30. 현재의 상호로 변경됨)는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대 3629.7㎡와 그 지상 예식장 건물(이하 위 토지를 ‘원고의 토지’, 위 건물을 ‘예식장 건물’이라 한다)을 소유하고 있었는데, 원고의 토지와 경계를 접하고 있던 별지목록 제1항 기재 토지의 소유자인 소외 이○○(당시 원고의 대표이사) 및 별지목록 제2항 내지 제6항 기재 토지의 소유자인 이△△(이○○의 동생)와 함께 위 7필지의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 아파트 신축사업 부지를 찾고 있던 주식회사 ○○종합개발(이하 ‘○○개발’이라 한다)에게 매도하기로 하고 매매가격을 협상하였다.
• 나. 당시 매도인측에서는 이○○와 이△△의 아버지인 이□□, 매수인측에서는 ○○개발의 대표이사인 유○○와 사업부지 매입의 실무담당자인 김○○이 공인중개사 정○○의 중개로 협상을 하였다. 당초 매도인 측에서는 이○○의 토지를 평당 400만 원 가량으로, 이△△의 토지를 평당 500~600만 원 가량으로, 원고의 토지 및 예식장 건물을 평당 300~400만 원 가량으로 각 계산하여 총 90억 원에 매수할 것을 제의한 반면 매수인 측에서는 아파트 신축을 위해 원고 토지 지상의 예식장 건물을 철거하여야 하므로 매수가격을 더 내려야 한다고 주장하였다. 그러다가 결국 매매대금 총액을 75억 원으로 하되 예식장 건물 철거비용 6억 원 상당을 공제하고, 여기에 예식장 건물의 임차인에 대한 임대차보증금 반환채무 2억 5,000만원을 ○○개발에서 추가 부담하는 것으로 하여 최종 71억 5,000만원으로 매매대금을 결정하였으나, 당시 각 소유자별 토지의 매매대금은 따로 정하지 않은 채 나중에 매매대금 총액을 변경하지 않는 범위 내에서 다시 확정하기로 합의하였다.
• 다. 위와 같은 사전 협의에 따라 원고 및 이○○, 이△△는 2003. 4. 16. ○○개발과 사이에 다음과 같은 내용으로 일괄하여 매매계약서를 작성하고, ○○개발로부터 계약금 5억 원을 수령하였다.

(1) 매매부동산의 표시: 이 사건 토지 및 그 지상의 건축물 일체

(2) 매매대금(2조): 평당 매매가액을 300만 원으로 하고 거기에 명도 비용 2억 5,000만 원을 더하여 총 매매대금을 71억 5,000만 원으로 한다.

(3) 매매대금 지불(3조): 계약금 5억 원은 계약 체결 시, 중도금 59억 원은 2003. 6. 16. 잔금 7억 5,000만 원은 2003. 7. 10. 각 지불한다.

(4) 소유권이전(7조): 매도인은 잔금 수령 시 소유권 이전에 필요한 서류 일체를 매수인 또는 매수인이 지정한 자에게 이전한다.

• 라. ○○개발은 이○○에게 2003. 5.경 매매대금 중 추가 계약금 명목으로 2억 원을, 2003. 6. 13. 중도금 및 잔금 합계 64억 5,000만 원을 각 지급함으로써 이 사건 토지의 매매대금을 매도인측에 모두 지급하였고, 한편 위 잔금 지급일에 소유권이전등기를 위해서 이 사건 토지의 원 소유자별로 3장의 매매계약서가 다시 작성되었다(다시 작성된 소유자별 계약서를 ‘2차 매매계약서’라 한다).
• 마. 원고의 토지 및 건물에 대한 2차 매매계약서 상 매매대금은 지상의 예식장 건물을 포함하여 25억 9,000만 원(평당 약 236만 원), 이○○의 토지에 대한 2차 매매계약서 상 매매대금은 23억 6,000만 원(평당 약 380만 원), 이○○의 토지에 대한 2차 매매계약서 상 매매대금은 22억 원(평당 약380만 원)이다. 당시 매도인 란에는 이○○가, 매수인 란에는 유○○가 각 날인하였는데, ○○개발측의 유○○, 김○○은 위 3장의 2차 매매계약서 상 총 매매대금이 71억 5,000만원(명도비용 2억 5,000만원을 포함하여)으로 당초 일괄 매매계약서 상 총 금액과 동일하였기 때문에 각 계약서의 개별적 매매대금 등 기재내용에 대하여 이의를 제기하지 아니하였다.
• 바. 원고는 위와 같은 2차 매매계약서에 기하여 위 토지 및 건물의 양도가액을 25억 9,000만 원으로 하여 법인세 신고를 하였다.
• 사. 피고는 원고에 대한 2003 사업연도의 법인세 수시조사를 실시한 결과. 위 2차 매매계약서에 의한 계약내용을 부인하고 당초 작성된 일괄 양도계약서에 따라 원고 토지의 실거래가격을 32억 9,400만 원(평당 300만 원)으로 계산한 후, 원고가 위 금액과 신고액의 차액인 7억 400만 원의 고정자산 처분이익을 익금 누락한 것으로 보아, 2007. 1. 8. 원고에게 2003년 귀속 법인세 320,350,310원을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 1. 19. 대전지방국세청에 심사청구를 하였으나 2007. 2. 22. 기각되었고, 이어 2007. 4. 24. 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2007. 9. 4. 위 심판청구도 기각되었다.

• 가. 당사자의 주장

(1) 피고의 주장 원고는 법인세법상 특수관계에 있는 이○○, 이△△와 함께 일단 이 사건 토지를 일괄 매매한 후 다시 원고 토지의 매매대금을 낮게, 이○○, 이△△ 토지의 매매대금을 높게 조정하는 방법으로 원고의 양도소득을 부당하게 감소시켰다. 따라서 법인세법 제52조 제1항 에 따라 2차 매매계약서에 의한 소득금액의 계산을 부인하고 1차 매매계약에 기하여 법인세를 부과한 이 사건 처분을 정당하다.

(2) 원고의 주장 당초 일괄 매매계약은 이 사건 토지에 대한 총 매매대금만을 정한 것이고, 원고의 토지를 포함한 각 토지별 매매대금은 나중에 따로 정하기로 하였으며, 이에 따라 2차 매매계약서에서는 각 토지별 실제 가치를 반영하여 정확하게 개별적인 매매대금을 확정하였으므로, 이러한 가격 책정을 부당행위계산으로 보아 부인하고 추가 세금을 부과한 이 사건 처분의 위법하여 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 (1) 법인세법 제52조 제1항 에 의하면 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있는바, 여기서 부당행위계산의 부인이라 함은 법인이 특수관계자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 법인세법시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 딸 판단하여야 한다.

(2) 이 사건 토지는 원고 및 이○○, 이△△의 소유이고, 당시 이○○는 원고의 대표이사였으며, 이△△는 이○○의 동생이므로, 이들은 원고와 특수한 관계에 있는 자에 해당한다. 따라서 이 사건의 쟁점은 이 사건 2차 계약서에서 각 토지별로 단위 면적당 단가를 달리 정한 것이 과연 각 토지의 정확한 현황과 용도에 따른 실제 가치를 제대로 반영하여 객관적으로 합리적인 차이를 둔 것으로 인정할 수 있는지, 아니면 실제로는 별 차이 없이 객관적으로 비슷한 가치를 지닌 토지들임에도 불구하고 단지 법인인 원고의 양도소득이 실거래가를 기초로 계산되기 때문에 이를 인위적으로 조작하여 공시지가에 의하여 세금이 산정되는 이○○, 이△△ 개인에게 양도차익을 전가하는 방법으로 법인세를 적게 내려고 기도한 것으로 보아야 하는지 여부이다.

(3) 앞서 본 증거 및 사실관계에 의하여 인정되는 바와 같이, ① ○○개발은 처음부터 이 사건 토지를 구입하여 그 지상에 아파트를 신축하려는 의도 하에 매매계약을 체결하였으므로, 매매 후 원고의 토지상에 있는 예식장 건물은 원래의 용도로 계속 사용되거나 또는 다른 용도로 전용되는 것이 아니라 아파트 신축을 위하여 필연적으로 철거되어야 할 운명이었고, ② 따라서 이 사건 토지를 일괄 매수하는 ○○개발의 입장에서는 그 지상에 건물이 없는 이○○, 이△△의 토지들에 비하여 상당한 건물 철거비가 소요될 것으로 예상되는 원고 토지의 가격을 상대적으로 낮게 평가할 수밖에 없었던 것으로 보이며, ③ 실제로 ○○개발은 애초의 협상 과정에서부터 위와 같은 점을 부각시켜 매도인들에게 매매가격을 낮추어 줄 것을 요구하였고, 매도인들도 이를 가격결정의 중요한 요소 중 하나로 받아들여 전체 토지 가격에서 예식장 건물의 철거비용 6억 원 가량을 공제하여 최종 매매가를 정하였으며, ④ 이 사건 매매계약에서 매도인들 사이의 관계를 감안할 때 일단 매수인에게 일괄로 총 매매가를 정하여 매도한 후, 나중에 각 토지별 실제 가치를 반영하여 구체적인 개별 매매단가를 따로 정한 것도 있을 수 있는 일로서 수긍이 가고, ⑤ 그와 같이 책정된 각 매도인별 토지의 매매대금은 각 토지의 위치와 주변 도로와의 관계 등을 감안하여 공인중개사들이 산정한 2003. 기준 각 필지별 예상시세[을 제17호증의 7내지 9]와 큰 차이가 없어 비교적 객관적인 실제 가치를 반영한 것으로 보이며, ⑥ 이 사건에 관하여 조세포탈 혐의로 기소된 이○○ 등의 형사사건에서도 무죄판결이 선고된 점 등의 사정을 종합하면, 사회통념에 비추어 이 사건 2차 매매계약서에서 원고의 토지를 다른 토지들의 평당 단가보다 낮추어 정한 것이 경제적 합리성을 결한 비정상적인 행위에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 사건 거래행위를 부당행위계산으로 보아 이를 부인하고 별도로 사업소득을 계산하여 법인세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소하기로 한다.

원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다. 관계 법령 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(료율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업년도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 법인세법 시행령(2005. 02. 19 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제87조 (특수관계자의 범위)

① 법 제52조제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2005.2.19>

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2제1항 의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인

5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 다른 법인

6. 당해 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

7. 당해 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

8. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자 및 당해 법인이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인