특허권의 양도대가로 받은 이 사건 주식의 취득가액은 얼마인지

1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006.5.4. 원고에 대하여 한 양도소득세 금 308,731,980원의 부과를 취소한다.

• 가. 원고의 남편인 소외 000은 2000.1.20. 소외 ## 00전자공업주식회사(2000.5.31. 주식회사 00000로 그 명칭이 변경됨, 이하 ‘소외 회사’라 한다)가 발행한 주식 71,000주(이하 ‘ 이 사건 주식’이라 한다)를 취득하였다. 이어 000은 2000.8.22.부터 같은 해 10.18.까지 한국 증권업협회 중개시장을 통하여 이 사건 주식 중 42,472주(이하‘이 사건 양도주식’이라한다)를 양도하였다. 그 뒤 000은 2001.5.31. 이 사건 양도주식의 양도와 관련하여 양도가액을 금 3,932,195,990원으로, 취득가액을 금 2,590,792,000원(1주당 금 61,000원)으로 하여 양도소득 과세표준을 확정하고 그에 따른 양도소득세 금 131,137,860원을 납부하였다.
• 나. 그런데 00세무서장은 2003.4.1. ## ## 2000.1.20. 소외 박00 등으로부터 이 사건 주식을 1주당 금 16,260원에 취득하였다가 같은 날 000에게 이를 양도하였음을 전제로 양도소득세 금 451,983,296원과 증권거래세 금 20,962,040원을 부과하였는데, ## 00세무서장을 상대로 00행정법원에 2004구단???호로 위 각 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하자 위 법원은 2005.11.18. 이 사건 주식은 000이 ## 금 1,154,460,000원을 차용하여 취득한 것으로서 ## 취득하였다가 000에게 양도한 것이 아니라는 이유로 ## 대한 위 각 부과처분을 취소한다는 판결을 선고하였고, 위 판결은 2007. 1. 12.대법원에서 00세무서장의 상고가 기각됨으로써 그대로 확정되었다. 한편, 00지방국세청장은 ## 제기한 위 소송 진행 도중인 2005.12.2. 피고에게 000이 취득한 이 사건 주식 1주당 취득가액은 금 61,000원이 아니라 금 16,260원이라는 내용의 과세자료를 통보하였다.
• 다. 피고는 2006.5.4. 원고에게 00지방국세청장의 위 통보에 따라 이 사건 양도 주식의 취득가액을 금 690,594,720원(= 금 16,260×42,472주)으로 하여 2000년도 귀속 양도소득세 금 308,731,980원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다. 이 사건 처분 당시 이미 ## 2005. 1. 25. 사망함에 따라 상속인인 원고가 국세기본법 제24조 에 의하여 납세의무를 승계하였으며 적법하게 산출된 세액은 321,157,596원 이었으나 71,102,673원이 상속재산을 초과함에 따라 상속재산 한도 내에서 이 사건 처분으로 금 308,731,980원 만이 부과되었다. [인정근거:다툼없는 사실, 갑 제1, 5호증, 을 제1 내지 4, 6,7,호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지]

• 가. 원고의 주장 000은 소유하고 있던 특허권을 소외 회사에게 양도하고 그 대가로 이 사건 주식을 취득한 것으로서, 1주당 금 16,260원을 지급하지 아니하였으므로 이 사건 주식 중 이 사건 양도주식의 취득가액이 1주당 금 16,260원임을 전제로 하여 이 사건 양도 주식에 관한 양도소득세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 인정사실 (1)원고의 남편인 000은 1999.11.경 음식물쓰레기 및 생활오폐수 정화물질인 (Highly Nutritional Activator, 이하‘’라 한다)의 제조에 관한 기술을 개발 하여 특허를 신청하려고 준비 중에 있었다. 000은 1999.11.17. 경 주식회사 △△식품(이하 △△식품이라 한다)과 사이에 000이 제조 기술을 △△식품에게 이전하고 △△식품은 000에게 매출액의 5%를 로열티로 지급하기로 하는 계약을 체결하였는데, 위 계약 당시 △△식품의 대표이사이자 주주인 서00, 상무이사이자 주주인 ## 위 계약에 참여하여 초기자본금 및 주식배정에 대하여 약정하였다. 000은 위 계약 후인 1999.11.30. *** 기술에 대한 특허권을 신청하였다.

(2) 그런데 ###, 서00, 000은 추가적인 경영조건과 관련된 합의에 실패하여 △△식품을 기반으로 한 사업을 더 이상 추진하지 못하게 되자 1999. 12. 9.경 0000화학 주식회사를 인수하여 사업을 추진하기로 하였으나 결국 위 회사의 인수에도 실패하였다.

(3) 이에 ## 한국증권업협회에 등록된 소외 회사를 기반으로 하여 *** 사업을 추진하기 위하여 1999.12.18부터 소외 회사의 대주주인 박00과 대표이사 강00 등을 만나 소외 회사의 인수에 대한 논의를 한 결과 2000. 1. 3. 소외 회사의 대주주들인 박00 등으로부터 소외 회사 주식 246,000주(소외 회사 총 발행주식 308,000주의 79,87% 정도)를 40억원(1주당 16,260원 정도)에 양수하기로 하는 가계약을 체결하였다.

(4) ###, 서00, 000은 2000. 1. 11.경 소외 회사를 인수하여 사업을 추진하기로 합의하고, 1999.11.17.자 및 1999.12.9.자 계약의 내용을 그대로 원용하기로 하는 한편, 소외 회사 인수를 위하여 취득할 주식을 ### 32,46%, 000 32.46%, 서00 6.49%의 비율로 배분하기로 약정하였는데 000의 주식 인수대금을 ## 조달하기로 한다는 기존 계약의 내용은 변경하지 아니하였다. 그러나 서00이 위 약정 후 소외 회사 주식을 인수하기 위한 자금을 출자하지 않기로 함에 따라 ## 서00이 출자하기로 한 자금까지 출자하여야 하였으며, 이에 ## 000은 주식 배분율에 대한 재조정을 하여 000은 소외회사 주식 71,000주(총발행주식의 23.5% 정도)인 이 사건 주식을 보유하고 매출액의 1%를 로열티로 지급받기로 하였다. 다만, 000은 사업과 관련하여 에 대한 특허권과 그와 관련된 생산공정 일체 및 유형, 무형의 모든 정보와 지식 등(이하‘이 사건 특허권 등’이라 한다)을 출자하기로 하였고 ## 000의 주식 인수 자금을 조달하기로 하였기 때문에, ## 일단 자신의 자금으로 소외 회사 주식을 취득하여 000에게 이 사건 주식을 인도하기로 하되 000은 에 대한 특허권 등을 일단 ## 양도한 후 소외 인수절차가 완료되면 ## 소외 외사에게 다시 에 대한 특허권 등을 이 사건 이 사건 주식의 취득가액 상당인 1,154,460,000원에 양도하는 형식을 취하기로 하였다.

(5) 2000.1.3. 자 가계약에 따라 소외 회사의 대주주들이 박00 외 3인은 2000. 1. 20. ## 소외 회사 주식 211,375주를 양도하였으며, ## 박00에게 위 주식의 양도대금을 나누어 위 양도 당일, 2000. 1. 31., 2000. 2. 9., 2000. 2. 28. 각 지급하였다.

(6) 000은 2000. 1. 20. ## 사이에 000이 ## 이 사건 특허권 등을 양도하기로 하면서 그대가로 매 결산기 후 3개월 이내에 로 인한 순매출 액의 1%를 현금으로 지급받고 ## 취득한 소외 회사 주식 중 7,100주인 이 사건 주식을 ## 취득한 원가로 지급받기로 하는 계약을 체결하였다. 000, ###, 소외 회사는 소외 회사의 인수 절차가 마무리 된 2000. 3. 30. ① ## 000과의 계약에 의하여 취득한 이 사건 특허권 등에 관한 권리를 소외 회사에게 양도하고, ②소외 회사는 ##, ## 000에게 지급한 1,154,460,000원을 지급하고, ③소외 회사는 000에게 매년 결산기 후 3개월 이내에 ***로 인한 순매출액의 1%를 현금으로 지급하기로 약정하였다.

(7) 한편, 000은 2000. 1. 26. 금융감독위원회, 한국증권거래소, 한국증권업협회에 경영 참가를 위하여 000 외7인 명의로 소외 회사의 이 사건 주식 7,100주룰 대금 1,024,530,000원(=자기자금 224,530,000원, 차입금 800,000,000원)에 장외 매수하였다는 내용의 주식 등의 대량보유 보고를 하였으며, ### 역시 2000. 1. 28. 금융감독원에 박00 등의 소외 회사 소유 주식 246,000주를 ### 140,375주, 000, 원고 각 15,000주, 선!!, 선@@, 선##, 선$$ 각 10,000주 선%%, 김00 각 500주 등으로 각 양수하였다는 내용의 소외 회사 주식의 장외 양수도 내역을 보고하였다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4호증, 을 제4, 6호증의 각 기재 증인 남00의 증언, 변론 전체의 취지]

• 다. 판단 위에서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 바와 같이,① 처음부터 000은 에 대한 이 사건 특허권을 출자하고 ## 자금을 출자하여 제조업을 공동으로 경영할 목적으로 소외 회사 주식을 인수하기로 하였고, ## 소외 회사 대주주들로부터 소외 회사의 주식을 취득하기 전에 이미 000과 ### 사이에 소외 회사의 주식 소유 비율을 정하여 두고 있었던 점, ② 소외 회사로서는 제조 사업을 영위하기 위하여 에 대한 이 사건 특허권 등이 반드시 필요하였으므로 소외 회사의 대주주가 될 ## 소외 회사가 000으로부터 확실히 이 사건 특허권 등을 이전받을 수 있도록 조치를 취해야 할 필요성이 있었다고 보이는 점, ③ ## 000이 ## 자금을 차용하여 소외 회사의 대주주들로부터 직접 주식을 취득하는 형식을 갖추게 되는 경우 ***에 대한 이 사건 특허권 등의 출자의무를 이행하지 않을 수 있으므로 자신이 000에게 조달하여준 자금의 회수와 이 가건 특허권 등의 출자라는 목적을 동시에 담보하기 위해 자신이 이 사건 특허권 등을 보유하고 있다가 이를 소외 회사에게 이전하고 그 대금으로 000의 이 사건 주식 인수대금을 회수하는 방법을 선택한 것으로 보이는 점, ④ ## 소외 회사의 주식을 취득한 당일 000에게 취득 주식 중 이 사건 주식 71,000주를 양도하였고 소외 회사의 인수절차가 완료된 후인 2000.3.30.경 소외 회사에게 이 사건 특허권 등을 이전하면서 당일 이 사건 주식의 취득가액에 해당하는 1,154,460,000원만을 지급받으므로써 그가 조달한 000의 주식 인수자금을 회수하였을 뿐 이 사건 주식 양도로 인한 어떠한 이득도 취하지 아니한 점, ⑤ 또한 000과 ## 2000. 1. 20. 000이 이 사건 주식을 ## 취득한 원가로 지급받기로 약정한 점, ⑥ ## 2000. 1. 28. 금융감독원에 보고한 내용에 의하더라도 000 등이 지접 박00 등으로부터 이 사건 주식을 취득한 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 볼 때 000은 이 사건 특허권 등을 소외 회사에 출자하는 대신 이 사건 주식을 경00의 자금을 빌어 소외 회사 대주주들로부터 직접 취득한 것이며 그 취득 대금은 ## 소외 회사로부터 지급받은 금 1,154,460이라 할 것이다. 따라서 이 사건 주식의 1주당 취득가액은 16,260원(=1,154,460,000원÷71,000주)이라할 것이므로 이에 따라 이 사건 양도 주식의 취득 가액을 산정하여 이 사건 양도주식에 관한 양도소득세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 적법하고 원고의 주장은 이유 없다. 3.결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.