본사지방이전에 따른 임시특별세액감면 세액계산의 적정여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006.4.18. 원고에 대하여 한 2004 사업연도 귀속 법인세 937,529,490원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1946.12.18. 설립된 법인으로서 ○○ ○○구 ○○동 224번지에 본사를 두고 주택신축판매업 등을 영위하여 오던 중, 2003.9.1. 본사를 ○○시 ○○동 212-7번지로 이전하였다.
• 나. 원고는 구 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제63조의2의 규정에 의한 임시특별세액감면을 신청함에 있어 2004.6.15. 이사회 결의에 따라 임직원에게 지급한 특별상여금 304,139,880원(이하 ‘이 사건 특별상여금’이라 한다)을 소득세법 제20조 제1항 제1호 가목에 해당하는 급여에 포함시켜 감면비율을 산정하였고, 이에 따라 2004 사업연도(2003.7.1.~2004.6.30.) 귀속 법인세 11,350,686,540원을 감면받았다.
• 다. 그런데 피고는 이 사건 특별상여금을 소득세법 제20조 제1항 제1호 나목에 해당하는 ‘이익처분에 의한 상여’로 보아 감면비율을 재산정하였고 이에 따라 조특법 제63조의 2의 규정에 의한 임시특별감면세액을 다시 계산한 다음, 원고에 대하여 2006.4.18. 2004 사업연도 귀속 법인세로 937,529,490원을 부과하는 이 사건 과세처분을 하였다. ［인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증, 을 1,2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 과세처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 소득세법 제20조 제1항 제1호 나목에 정한 ‘이익처분에 의한 상여’는 법인의 주주총회, 사원총회 또는 이에 준하는 의결기관, 잉여금처분에 관한 권한을 가진 의결기관의 결의에 의하여 지급되는 상여만이 이에 해당한다고 할 것인바, 이 사건 특별상여금은 잉여금처분에 관한 권한이 없는 이사회 결의에 의하여 지급되었을 뿐 아니라 임원의 경우 주주총회에서 정한 임원 보수 한도액 내에서 지급되었으므로 ‘이익처분에 의한 상여’에 해당하지 않음에도, 이 사건 특별상여금을 ‘이익처분에 의한 상여’에 해당함을 전제로 한 이 사건 과세처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) 원고의 정관에 의하면 임원(이사,감사)의 보수는 주주총회에서 정하는 것으로 되어 있고, 이에 따라 원고는 2003.9.24. 정기주주총회를 개최하여 2004 사업연도 기간의 임원의 보수에 관하여 이사는 6억원을 한도로, 감사는 1억 5,000만원을 한도로 지급하는 것으로 결의하였다. 또한, 원고는 같은 날 이사회를 개최하여 2004 사업연도 기간의 임원의 보수에 관하여 대표이사는 월정 보수 1,000만원 및 상여금 755%로, 이사는 월정 보수 300만원으로 정하되, 상기 보수 이외에 영업실적에 따라 이사회의 결의에 의하여 직원에게 지급되는 성과상여금 지급비율만큼 특별상여금을 추가로 지급할 수 있는 것으로 결의하였다.

(2) 원고의 직원의 보수에 관하여는 1996년경 단체협약(이하 ‘이 사건 단체협약’이라 한다)이 체결된 이래 계속하여 이 사건 단체협약이 적용되었는데, 이 사건 단체협약에는 기본급의 30일분을 기준으로 연 755%의 상여를 지급하도록 규정되어 있다.

(3) 원고는 2004사업연도에 아파트 건축 등으로 인하여 470억여원의 당기순이익을 거두게 되자, 2004 사업연도 결산일(2004.6.30.) 직전인 2004.6.15. 이사회를 개최하여 ‘2004년 7월에 ○○산 ○○파크 아파트의 준공에 즈음하여 창사 이래 최대의 수익 실현에 기여한 모든 임직원의 노고에 대하여 특별상여금을 지급하되, 1년 이상 근속한 임직원에게 연 급여액의 100%를 지급한다.’는 내용으로 결의(이하 ‘이 사건 이사회 결의’라 한다)하였고, 이에 따라 대표이사, 이사, 감사 등 임원4명, 소외 도○○ 등 직원 5명 등 총 9명(이하 ‘이 사건 임직원’이라 한다)에게 특별상여금 명목으로 이 사건 특별상여금 합계 304,139,880원을 지급하였다.

(4) 이 사건 임직원은 이 사건 특별상여금 외에도 이사회 결의 또는 이 사건 단체협약에 의하여 정해진 상여금(월 보수액의 755%)을 모두 지급받았다.

(5) 원고의 주식 소유 현황을 보면 대표이사 우○○이 43.67%를 소유한 것을 포함하여 우○○의 일가가 90.67%를, 소외 ○○지업 주식회사가 나머지 9.33%를 각 소유하고 있다. 〔인정근거]다툼 없는 사실, 갑 4호증, 갑 5호증의 1, 갑 6,7호증, 을 4호증의 1,2,을 5,7,9호증의 각 기재, 증인 고진호의 일부 증언, 변론 전체의 추지

• 라. 판단 이 사건 특별상여금이 소득세법 제20조 제1항 제1호 나목에 정한 ‘이익처분에 의한 상여’에 해당하는지에 관하여 살피건대, 위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 대표이사 우○○이 사실상 90%의 주식을 소유하고 있어 사실상 1인 회사로 운영되고 있는 것으로 보이는 점, ② 따라서 이 사건에서는 대표이사인 우○○을 포함한 이사들의 이사회 의결을 주주총회의 결의로 볼 여지도 있는 점, ③ 이 사건 특별상여금 지급을 결의한 이사회는 2004 사업연도가 거의 종료될 무렵에 개최되었을 뿐 아니라, 원고가 창사 이래 최대의 당기순이익을 거두게 됨에 따라 이 사건 특별상여금을 지급하기로 하는 이 사건 이사회 결의가 이루어지게 된 점, ④ 이 사건 특별상여금은 이사회의 임원 보수에 관한 결의 또는 단체협약에서 정한 직원급여지급기준에 따라 지급된 것이 아니라 2004 사업연도의 당기순이익을 임직원들에게 상여로 지급한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 이사회 결의를 통하여 결국 사실상 1인 주주에 해당하는 대표이사 우○○이 2004 사업연도에 발생한 이익을 임직원들에게 특별상여금이란 명칭으로 분배하기로 함으로써 사실상 잉여금을 처분한 것이므로 이 사건 특별상여금은 소득세법 제20조 제1항 제1호 나목에 정한 ‘이익처분에 의한 상여’에 해당한다고 보아야 할 것이다. 따라서, 피고가 이 사건 특별상여금을 소득세법 제20조 제1항 제1호 나목의 ‘이익처분에 의한 상여’에 해당한다고 보아 감면비율을 산정하여 법인세를 부과한 이 사건 과세처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. ■구 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제63조의2【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "수도권외 지역이전법인"이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면 받을 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 부동산업과 소비성서비스업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권 과밀억제권역안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 5년이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지및개발에관한법률에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2005년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 공장 또는 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 그 부지를 취득한 날부터 3년 이내에 이전하여 사업을 개시할 것(2005년 12월 31일 이전에 공장 또는 본사의 부지를 취득하고 그 취득일이 속하는 과세년도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다)

② 수도권외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세년도와 그 다음 과세년도의 개시일부터 5년이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 5년이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

2. 본사를 이전한 경우에는 과세년도별로 가목의 금액에 나목 및 다목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

• 가. 당해 과세년도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익(주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다)을 차감한 금액
• 나. 당해 과세년도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율
• 다. 당해 과세년도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동 비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 령으로 본다

③ 제2항제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말한다)에서 이전일이 속하는 과세년도의 직전 과세년도에 수도권외의 지역에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권안의 본사 근무인원이라 함은 본사의 이전후 수도권안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세년도에는 이전후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다.

⑨ 제1항 내지 제5항 및 제7항의 규정을 적용함에 있어서의 기간계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ■구 조세특례제한법 시행령(2003.12.30. 대통령령 18176호로 개정되기 전의 것) 제60조의2(법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로서의 이전에 대한 임시특별세액감면)

⑦ 법 제63조의제2항제2호의 규정을 적용함에 있어서 급여는 소득세법 제20조 제1항제1호 가목 및 라목의 규정에 의한 급여와 소득을 말하며, 연간급여총액은 감면받는 과세연도에 본사근무인원 또는 법인전체인원에게 지급되는 급여총액을 말한다. ■소득세법 제20조(근로소득)

① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

• 가. 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급 급료. 보수. 세비. 임금. 상여. 수당과 이와 유사한 성질의 급여
• 나. 법인의 주주총회. 사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 의하여 상여로 받는 소득
• 다. 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액
• 라. 퇴직으로 인하여 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득