부동산이 일괄 양도되었음을 전제로 기준시가로 안분하여 과세, 비과세를 구분계산한 처분

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에게 2006. 4. 1.자로 한 2004년 귀속 양도소득세 54,024,290원의 부과처분과 2004년 귀속 양도소득세 388,879,770원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 별지 1 목록 기재 각 부동산 중 1 내지 10번 기재 부동산(이하 ‘이 사건 1 부동산’이라 한다)과 11 내지 14번 기재 부동산(이하 ‘이 사건 2 부동산’이라 한다)을 대한예수교장로회 ○○중앙교회(이하 ‘○○중앙교회’라 한다)에, 15, 16번 기재 부동산(이하 ‘이 사건 3 부동산’이라 한다)을 최○○에게 각 매도한 후, 이 사건 1, 2 부동산에 관하여는 2004. 10. 8., 이 사건 3부동산에 관하여는 2004. 10. 19. 각 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 나. 원고는 2004. 12. 14. ① 이 사건 1, 3부동산의 양도에 관하여 양도가액을 42억원(이 사건 1 부동산 39억 원 + 이 사건 3 부동산 3억 원), 취득가액을 318,239,217원으로 잡되, 이 사건 3 부동산이 8년 이상의 자경농지에 해당하는 것을 전제로 감경되는 세액을 공제하여 양도소득세 799,343,380원을 예정 신고, 납부하였고, ② 이 사건 2 부동산에 관하여는 27억 원에 양도하였으나 소득세법(2004. 1. 29. 법률 제7120호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제4호의 대토농지에 해당한다는 이유를 들어 양도소득세 비과세로 신고하였다.
• 다. 그러나 피고는 이 사건 1, 2부동산이 일괄 양도된 경우로서 각 부동산의 양도가액의 구분이 분명하지 않은 때에 해당하는 것으로 보아, 소득세법 제100조 제2항, 소득세법시행령(2005. 2. 29. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제4항, 부가가치세법시행령(2004. 11. 3. 대통령령, 제18580호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조의 2 제4항 단서 제1호의 규정을 적용하여, 이 사건 1, 2 부동산의 총 양도가액 66억 원(39억 원 + 27억 원)을 이 사건 1, 2 부동산에 속하는 각 부동산의 양도 당시 기준시가로 안분하였다. 그래서 이 사건 1 부동산 전체의 양도가액을 5,369,023,218원, 이 사건 2 부동산 전체의 양도가액을 1,230,976,782원으로 각 산정하고, 취득가액도 같은 방법으로 다시 안분한 후, 이에 기초하여 이 사건 1, 3 부동산에 대한 양도소득세를 다시 계산하여(이 사건 3 부동산에 대하여는 원고의 신고대로 8년 자경 농지임을 인정하여 세액을 감경함), 2006. 4. 1. 원고에게 388,879,770원(10원 미만 버림)의 양도소득세를 부과 고지하였다(이하 ‘이 사건 1 처분’이라 한다).
• 라. 아울러 피고는 이 사건 2 부동산이 농지대토의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 원고의 비과세신청을 받아들이지 않고, 다만 8년 이상의 자경농지에 해당하는 것으로 보아 세액을 감경한 후, 2006. 4. 1. 원고에게 양도소득세로 305,825,410원(10원 미만 버림)을 부과처분 하였다(이하 ‘이 사건 2 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 2006. 6. 12. 이 사건 1, 2 처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2007. 2. 9. 기각되었다.
• 바. 원고는 위 행정심판과 별개로 이 사건 1, 2 처분에 관하여 국민고충처리위원회에 민원을 제기하였고, 국민고충처리위원회는 2007. 4. 2. 원고의 민원을 일부 수용하여 이 사건 2 부동산에 대한 양도소득세를 비과세할 것을 피고에게 권고하였다. 피고는 그 권고를 받아들여 2007. 4. 19. 이 사건 2 부동산에 대한 양도소득세를 비과세하여 이 사건 2 처분의 양도소득세를 54,024,290원으로 감액하는 경정결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증 내지 갑 3호증, 갑 7호증 내지 갑 15호증, 갑 18호증 내지 갑 21호증, 갑 23호증, 갑 24호증, 을 1호증 내지 을 6호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 2004. 3. 8. ○○중앙교회에 우선 이 사건 1 부동산을 39억 원에 매도하였고, 이어 2004. 6. 8. 추가로 이 사건 2 부동산을 27억 원에 매도한 후, 매매대금까지 각각 따로 지급 받았으므로, 이 사건 1, 2 부동산이 일괄 양도되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 2 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) ○○중앙교회는 이 사건 각 부동산을 매수하여 그곳에 교회 건물을 신축하기로 하고 2004. 2. 22. 계약체결부터 소유권이전에 이르기까지 일체의 업무를 담임목사 이○에게 위임하였다.

(2) ○○중앙교회는 2004. 3. 8. 원고로부터 이 사건 부동산 전부를 매수한 후, 원고와 함께 매매 당사자로서 2004. 9. 16. 이 사건 부동산 전체에 대하여 토지거래계약 허가신청을 하였으나, 그 중 별지 목록 4 내지 8, 15, 16 기재 5필지는 토지거래허가가 필요 없었기 때문에 이를 제외한 나머지에 대하여 2006. 9. 23. 토지거래허가를 받았다. 그 후 이 사건 3 부동산에 관하여는 매수인이 ○○중앙교회 장로인 최○○으로 변경되었기 때문에, 최○○과 원고는 매매 당사자로서 2004. 10. 4. 다시 이에 대하여 토지거래계약 허가신청을 하여 2004. 10. 14. 그 허가를 받았다.

(3) 이 사건 1 부동산 중 토지거래허가를 받은 3필지의 토지 및 그 지상 건물과 이 사건 2 부동산에 관하여는 2004. 3. 8. 매매를 원인으로 하여, 이 사건 1 부동산 중 토지거래허가를 받지 않은 위 5필지의 토지에 관하여는 2004. 10. 7. 또는 2004. 10. 5. 매매를 원인으로 하여, 2004. 10. 8. ○○중앙교회 앞으로 모두 소유권이전등기가 마쳐졌고, 이 사건 3 부동산에 관하여는 2004. 10. 18. 매매를 원인으로 2004. 10. 19. 최○○ 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 7호증 내지 갑 15호증, 갑 18호증 내지 갑 21호증, 갑 23호증, 갑 24호증, 을 7호증 내지 을 12호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

(1) 양도소득세를 부과함에 있어 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하여야 하나, 납세의무자가 과세관청의 과세처분 이전에 증빙서류를 갖추어 양도 및 취득 당시의 실지거래가액을 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 산정하여야 하고(소득세법 제96조 제1항 제6호), 양도소득세 납세의무자가 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득 및 양도에 관한 매매계약서와 계약상대방의 거래확인서, 인감증명서 등을 제출하였다면, 과세관청으로서는 위 각 증빙서류가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 위 각 증빙서류상의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 하나(1996. 6. 25. 선고 95누3183 판결), 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우라 하더라도 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분하여 계산하여야 한다(소득세법 제100조 제2항).

(2) 이 사건 1, 2 부동산의 실지거래가액인 66억 원을 기초로 양도차익을 산정하여야 한다는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다. 그런데 이 사건 2 부동산은 대토농지로서 양도소득세 비과세 대상이기 때문에, 이 사건 1, 2 부동산의 양도가액을 어떻게 배분하는가에 따라 실제로 납부하는 세액이 크게 달라진다.

(3) 원고는 당초 이 사건 부동산 전부를 ○○중앙교회에 매도하기로 계약하였다가, 그 후 토지거래허가를 받는 과정에서 이 사건 3 부동산의 매수인 명의의 최○○으로 변경되기는 하였으나, 이는 모두 여전히 교회 건물 신축부지이다. 그렇다면 적어도 이 사건 1, 2 부동산의 경우에는 매도인과 매수인 및 구입 용도가 동일하고, 매매 교섭 단계에서부터 실제 매매계약의 체결과 토지거래허가 및 이전등기에 이르기까지 기술적인 면에서 약간의 시차가 날 지는 혹시 몰라도 대체로 모두 같은 시기에 이루어졌으므로, 사회통념 상 위 각 부동산은 한꺼번에 일괄하여 거래가 이루어졌다고 보는 것이 자연스럽다.

(4) 그런데 원고는 이 사건 1, 2 부동산에 대한 매매계약 및 대금 수령이 전혀 별개로 이루어졌다고 주장하면서, 그 증거로 갑 6호증(이 사건 1 부동산에 관한 매매계약서), 갑 17호증(이 사건 2 부동산에 관한 매매계약서), 갑 25호증, 갑 26호증 내지 갑 34호증, 갑 38호증 내지 갑 41호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다)을 들고 있다. 그러나 ① 이 사건 2 부동산에 관한 등기부상 매매원인 일자는 이 사건 1부동산과 같이 2004. 3. 8.임에도 갑 17호증에는 그 일자가 2004. 6. 8.로 다르게 기재되어 있는 점, ② 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 35호증의 1 내지 8, 갑 36호증의 1 내지 4, 갑 37호증의 1, 2, 을 3호증의 각 기재의 의하여 인정되는 바와 같이, 2004년 각 개별공시지가를 기준으로 이 사건 양도가액을 안분하면, 이 사건 1 부동산은 5,369,023,218원, 이 사건 2 부동산은 1,230,976,782원이 되는데, 위 갑 6호증에는 이 사건 1 부동산의 매매가액이 39억 원으로서 무려 14억 원 이상 낮은 가격으로 되어 있고, 반면에 위 갑 17호증에는 이 사건 2 부동산의 매매가액이 27억 원으로서 공시지가에 비하여 2배가 훨씬 넘는 높은 금액으로 되어 있어, 사회 일반의 통상적인 거래관념 및 경험칙에 반하는 점, ③ 원고의 주장대로 할 경우 비과세 대상인 이 사건 2 부동산의 가격은 극히 이례적으로 높고, 양도소득세 과세 대상인 이 사건 1 부동산에 따른 상당한 이익을 보게 되는 점, ④ 갑 26호증 내지 갑 34호증의 각 기재에 의하면 원고가 ○○중앙교회에 2004. 3. 8. 11억 원, 2004. 3. 15. 7억 원을 각 지급한 사실을 인정할 수 있으나, 그 돈이 반드시 이 사건 1 부동산에 한정된 매매대금이라고 볼 이유가 없고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 2부동산의 매매계약서는 등기원인과 다른 내용의 기재가 있어 사후에 다시 작성되었을 가능성을 배제할 수 없으며, 그렇게 매매계약서를 사후에 다시 작성할 경우 위와 같이 실제로 지급된 금액에 부합하도록 계약금, 중도금, 잔금을 적절히 분배하는 것이 어렵지 않은 점 및 앞서 본 다른 모든 사정을 종합할 때, 갑 6호증, 갑 17호증, 갑 25호증, 갑 40호증의 각 기재는 믿기 어렵고, 그 외 원고의 주장 사실을 인정할 다른 증거도 부족하다.

(5) 그렇다면 이 사건 1, 2 부동산은 66억 원에 일괄하여 ○○중앙교회에 양도된 것으로 봄이 상당하고, 아울러 1, 2 부동산 각각에 대한 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하므로, 이런 전제하에 소득세법 제100조 제2항 에 의거 양도소득세를 계산한 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다. (별지 1) 목 록

1. ○○시 ○○동 197-1 잡종지 13,331,㎡

2. 같은 동 197-9 잡종지 881㎡

3. 같은 동 197-7 잡종지 1,882㎡

4. 같은 동 195-2 구거 129㎡

5. 같은 동 198-1 도로 3㎡

6. 같은 동 198-3 도로 23㎡

7. 같은 동 207-5 도로 116㎡

8. 같은 동 197-2 도로 238㎡

9. 같은 동 197-1 지상 에이동 경량철골조 조립식 판넬지붕 2층 건물 1층 350.5㎡, 2층 180.4975㎡ 비동 철근콘크리트조 경사슬래브지붕 2층 건물 1층 25.42㎡, 2층 28.56㎡ 씨동 조립식 판넬조 판넬지붕 단층 관리자숙소 54㎡

10. 같은 동 197-7 지상 경량철골조 샌드위치판넬지붕 단층 자동차관련시설(차고) 250.8㎡ 경량철골조 샌드위치판넬지붕 단층 자동차관련시설(강의실) 75㎡

11. 같은 동 197-6 과수원 10,336㎡

12. 같은 동 197-3 전 175㎡

13. 같은 동 198-18 답 907㎡

14. 같은 동 198-19 답 1,010㎡

15. 같은 동 195-1 전 370㎡

16. 같은 동 198-15 답 978㎡. 끝. (별지 2) 관 계 법 령 ■ 소득세법 (2004. 1. 29. 법률 제7120호로 개정되기 전의 것) 제89조 (비과세양도소득) 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득 제94조 (양도소득의 범위)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제95조 (양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 제96조 (양도가액)

① 제94조 제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 제99조 (기준시가의 산정)

① 제96조제1항 본문, 제97조제1항제1호가목 본문, 제100조 및 제114조제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조제1항제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

• 가. 토지 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가각 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격․구조․용도․위치․신축연도 등을 참작하여 매년 1회이상 국세청장이 산정․고시하는 가액 제100조 (양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액․감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액․감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항의 규정에 의한 제114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액․감정가액․환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액․감정가액․환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ■ 소득세법 시행령 (2005. 2. 29. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것) 제153조 (농지의 비과세)

② 법 제89조제4호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년내에 다른 농지를 취득하여 3년이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일부터 1년내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년이상 새로운 농지 소재지에 거주하면서 경작한 경우

2. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1이상인 경우

④ 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 동 각항에 규정된 농지에서 제외되는 농지는 다음 각호와 같다.

1. 양도일 현재 특별시․광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시지역(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의한 도․농복합형태의 시의 읍․면지역을 제외한다)에 있는 농지중 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역․상업지역 또는 공업지역안의 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역․상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

• 가. 사업지역내의 토지소유자가 1천명이상인 지역
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모이상인 지역

2. 당해 농지에 대하여 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지의 지정이 있는 경우로서 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 제166조 (양도차익의 산정 등)

④ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령 제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다. ■ 부가가치세법시행령 (2004. 11. 3. 대통령령 제18580호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 (과세표준의 안분계산)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가지액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 끝.