정부출연금(국고보조금)의 귀속시기

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2005. 5. 18. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 ○○○,○○○,○○○원의 부과처분을 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 주식회사 ○○이 1999. 12. 1.부터 참여한 민군겸용기술개발사업을 2000. 12.경 양수한 후 2001. 12.경 ○○○○기술평가원장과 민군겸용기술개발과제 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다.)을 체결하고, 위 협약에 따라 2001. 12. 31. 한국산업기술평가 원장으로부터 정부출연금 10억 5천만 원(이하, ‘이 사건 정부출연금’이라 한다.)을 연구비로 지급받아 자본금의 조정항목(보조금)으로 회계처리하였으며, 2002. 11. 30.까지 연구개발비 ○,○○○,○○○,○○○원을 투입하여 화재진압용 비활성가스 제너레이터를 연구개발하고 2003. 8. 19. ○○○○기술평가원장으로부터 그 연구개발이 성공하였다는 평가결과를 통보받았다.
• 나. 피고는 이 사건 정부출연금이 국고보조금에 해당하므로 ○○○○기술평가원장으로부터 그 연구개발이 성공하였다는 통보를 받은 2003. 8. 19.이 속하는 사업연도의 익금에 해당한다고 보고 기타의 조사적출사항을 포함한 ○,○○○,○○○,○○○원을 익금에 ○,○○○,○○○원을 손금에 가산하여 2005. 5. 10. 원고에게 2003 사업연도 법인세 ○○○,○○○,○○○원을 부과 ․ 고지하는 이 사건 처분을 하였다.
• 다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2005. 10.13. 국세심판청구를 제기하였으나, 2006. 3. 24. 심판청구가 기각되었다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 1, 갑 2-1,2, 갑 3~6, 을 1~3호의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고가 2003. 8. 19. ○○○○기술평가원장으로부터 ‘화재진압용 비활성가스제너레이터’의 성공판정을 받았으나 이는 이론적인 면에서의 성공일 뿐이었고, 실제로 ‘화재진압용 비활성가스제너레이터’를 장착한 소방차의 제작․판매가 가능한 시점은 2004. 1.경이었다. 그런데 원고와 같이 단순한 연구기관이 아닌 기업의 경우 기술개발산업의 성공은 이론적인 연구의 성공이 아닌 연구결과로 제작한 제품의 판매가 가능한 날을 기술개발사업의 성공이 확정된 날로 보아야 하며, 이 사건 협약에 따라 원고가 기술연구개발비로 지급받은 정부출연금의 50%를 제품 등의 매출액 발생시점으로부터 8년 이내에 상환하여야 하고, 위 출연금의 50%를 모두 상환하여야만 기술개발과제의 소유권을 주장할 수 있으며, 원고가 원고지출의 연구개발비를 연구결과로 제작한 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점인 2004. 1.부터 감가상각의 방법으로 손금 계상한 점에 비추어 볼 때, 원고가 ○○○○기술평가원장으로부터 연구과제의 성공 판정을 받은 2003. 8. 19.이 아닌 원고의 연구개발결과로 제작한 제품인 소방차의 판매가능일을 기술개발사업의 성공이 확정된 날로 보아 2004. 1.이 속하는 2004년 사업연도에 이 사건 정부출연금을 익금으로 산입하여야 한다. 따라서 이 사건 정부출연금의 귀속시기를 2003. 8. 19.로 보고 2003 사업연도에 익금산입하여 한 이 사건 처분은 위법하다(원고는 당초, 원고가 수령한 국고보조금보다 더 많은 ○,○○○,○○○,○○○원을 연구개발비로 지출하였음에도 피고가 이 사건 처분을 하면서 국고보조금의 익금가산만 하고 연구개발비를 손금산입하지 않은 것은 부당하다고 주장하였다가, 피고가 원고 지출의 연구 개발비는 무형고정자산으로서 원고가 결산서에 감가상각비로 비용 처리하지 아니한 경우에는 손금으로 인정받을 수 없는 것이라고 반박하자, 원고지출의 연구개발비 중 ○○○,○○○,○○○원은 2004 사업연도에, 나머지 ○○○,○○○,○○○원은 2005사업연도에 각 손금 계상하였으므로 이 사건 정부출연금의 익금산입도 2004 사업연도에 이루어져야 한다고 변경진술함으로써 위 주장을 철회하였다.).
• 나. 관계법령 ◆ 법인세법 제14조 (각 사업연도의 소득) 제23조 (감가상각비의 손금불산입) 제40조 (손익의 귀속사업연도) ◆ 구 법인세법시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제11조 (수익의 범위) 제24조 (감가상각자산의 범위)
• 다. 판단

(1) 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 비추어 볼 떄, 이 사건 정부출연금은 원고가 그 연구개발과 관련하여 정부로부터 지급받은 순자산 증가액으로 이는 법인세 법 제15조 및 구 법인세법시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정되기전의 것) 제11조 5호 소정의 익금에 해당한다 할 것인데, 법인세법 제40조 는 익금이 확정되는 날이 속하는 사업연도에 이를 귀속시키도록 규정하고 있으므로, 원고 의 이 사건 정부출연금에 대한 권리가 확정되는 시기에 관하여 본다. 갑 제4호증의 기재에 의하면, 원고와 ○○○○기술평가원장은, 연구과제에 대하여 ‘중단’ 또는 ‘실패’라는 평가를 받을 경우 ○○○○기술평가원장이 원고의 귀책 여부를 조사하여 정부출연연구비의 환수 또는 정부출연 연구개발사업에의 참여제한 등의 조치를 취할 수 있다(이 사건 협약 제5조 제5항)고 협약한 사실이 인정되고, 이 사건 협약상 연구개발과제가 화재진압용 비활성가스 제너레이터의 개발이며, 원고가 2003.8.19. ○○○○기술평가원장으로부터 그 연구개발이 성공하였다는 평가결과를 통보받은 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 인정사실을 종합하면, 이 사건 정부출연금은 원고의 과제연구가 실패하고 그 실패에 원고의 귀책이 있는 경우를 제외하고는 상환의무가 없는 보조금이라 할 것이고, 그에 대한 원고의 권리가 확정되는 시기는 원고의 연구개발결과 성공확정 통지일인 2003. 8. 19.로 봄이 타당하다.

(2) 한편, 갑 제4 내지 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고와 ○○○○기술평가원장은, 이 사건 기술개발과제수행으로 취득되는 연구기자재, 연구시설과 위 사업의 결과로 얻어지는 지적재산권, 연구보고서의 판권, 시작품 등 중 정부출연금 지분에 상당하는 부분은 ○○○○기술평가원장의 소유로 하고, 원고가 기술료를 완납하거나 정부지분에 해당하는 금액을 납부한 후 당해 기술개발과제의 수행과정에서 취득된 지적재산권, 유형적 발생품 등에 대하여 양도를 요청할 수 있으며, 이경우 ○○○○기술평가원장은 특별한 사유가 없는 한 무상양여하기로 하고(이 사건 협약 제9조 제1항, 제4항), ○○○○기술평가원장은 원고로부터 제품 등의 매출액 발생시점으로부터 8년 이내에 정부출연연구비의 50% 이상을 기술료로 징수하기로(이 사건 협약 제10조 제1항) 협약한 사실, 원고가 원고지출의 연구개발비를 발생시마다 자산으로 계상하였다가 그 중 ○○○,○○○,○○○원을 2004 사업연도에, 나머지 ○○○,○○○,○○○원을 2005 사업연도에 각 무형자산상각비로 손금 계상한 사실을 인정할 수 있기는 하다. 그러나 원고가 이 사건 협약에 따라 제품 등의 매출액 발생시점으로부터 8년 이내에 출연금의 50%를 납부하는 기술료는 앞으로 발생하는 매출에 대응하는 것이므로 정부출연금의 환수라기보다는 일종의 로열티로서 기술료 지급시 손금으로 인식하여야 할 것이고, 무형고정자산인 연구개발비는 원고가 결산서에 감가상각비로 비용 처리하는 경우에만 손금으로 인정받을 수 있는 것이므로 원고가 그에 대응하는 비용을 지출한바 없이 무상으로 지급받은 정부출연금의 익금산입과 직접적인 연관이 있다고 보기 어려우며, 원고의 연구개발과제는 화재진압용 비활성가스 제너레이터를 장착한 소방차의 제작․판매가 아니라 화재진압용 비활성가스 제너레이터의 개발 그 자체로서, 원고가 2003. 8. 19. 연구개발과제의 성공통보를 받은 이상 연구개발결과에 따른 제품을 생산․판매 여부와 상관없이 원고의 이 사건 정부출연금에 대한 권리가 확정되는 것이라 할 것이다. 따라서 이 사건 정부출연금은 익금에 산입하는 것은 연구개발결과물에 대한 기술료를 지급하고, 무형자산인 연구개발비를 감가상각하여 비용처리하는 것과 별개의 사안이며, 연구개발결과에 따른 제품의 생산․판매와도 무관하다 할 것이므로, 정부출연금의 익금산입과 기술료 지급, 연구개발비의 비용처리 및 제품의 생산․판매와 연계되어야 함을 전제로 이 사건 정부출연금의 귀속시기를 연구개발결과에 따른 제품의 생산․판매가 가능한 시점인 2004. 1.로 보아야 한다는 원고의 주장은 모두 이유 없다.

(3) 결국, 이 사건 정부출연금의 귀속시기를 개발결과가 성공하였다는 통보를 받은 2003. 8. 19.로 보고 2003. 8. 19.이 속하는 2003 사업연도에 위 정부출연금 을 익금 산입하여 한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하 기로 하여 주문과 같이 판결한다.