청산소득 계산시 손금불산입되는 항목에 토지 등 양도에 대한 특별부가세가 포함되는지 여부

【주 문】

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 6호증, 갑 제8호증, 을 제1호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고 반증이 없다.

• 가. 원고는 동관의 제조등을 목적으로 1955. 1. 12. 설립된 회사로서, 사업부진으로 1992. 3. 23. 주주총회에서 해산결의를 하고 같은 날 해산등기를 경료하고 청산절차를 진행하여 1993. 6. 19.경 실질적으로 청산절차를 종료하였으나 그에 따른 청산종료등기는 경료하지 아니하였다.
• 나. 원고는 청산기간중인 1992. 3. 28. 소외 ○○종묘주식회사와의 사이에 원고 소유인 별지 목록 기재 부동산(이하 이 사건 부동산이라 한다)에 관하여 매매대금은 금4,774,670,000원, 잔금지급기일은 1992. 4. 30.로 정하여 매매계약을 체결하고 그 약정일에 잔금을 지급받은 등 청산절차를 거쳐 피고에게 법인세법(1993.12.31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다) 제43조 제1항, 동법시행령(1993.12.31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것, 이하 법시행령이라 한다) 제116조에 의하여 1993. 3. 21. 잔여재산가액을 금1,797,392,003원으로 확정하고 여기에 자기자본총액을 공제한 청산소득금액은 금1,497,392,003원으로, 청산소득에 대한 법인세액은 금478,427,091원으로, 이 사건 부동산의 양도에 대한 특별부가세는 금973,456,813원으로 각 확정신고하고, 같은 해 6. 19. 이를 납부하였다.
• 다. 그러자 피고는 1997. 1. 7. 원고가 확정신고한 특별부가세 금973,456,813원을 포함하여 공제금액으로 신고한 금1,046,466,073원은 청산소득계산시 잔여재산가액에서 공제하지 말아야 됨에도 불구하고 이를 공제하여 잔여재산가액을 산출한 후 청산소득을 과소신고하였음을 이유로 위 특별부가세액등 공제금액을 잔여재산가액에 산입하여 청산소득금액을 금2,543,858,076원으로 계산한 다음 법 제45조 제1항, 제22조 제1항 소정의 세율 34%를 적용하여 원고에 대하여 청산소득에 대한 법인세 금850,911,745원, 가산세 금197,070,127원 합계 금1,047,981,872원의 부과처분(이는 원고가 당초 신고한 세액보다 금552,868,590원이 증액된 것으로서 위 신고확정의 효력은 위 1997. 1. 7.자 부과처분에 흡수되었다 할 것이고, 이하 위 부과처분을 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 당사자들의 주장 피고는 이 사건 처분이 관계법령에 의한 적법한 것이라고 주장함에 대하여 원고는 법 제43조 제1항, 법시행령 제116조 제1항 규정에 의하면 청산소득에 대한 법인세의 과세표준인 청산소득은 법인의 해산에 의한 잔여재산가액에서 납입자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계금액(이하 자기자본의 총액이라 한다)을 공제한 금액으로 하고, 잔여재산의 가액은 자산총액에서 부채총액(자기자본의 총액을 제외한다)을 공제한 금액으로 하는 것인데 원고가 납부하여야 할 특별부가세 금973,456,813원은 잔여재산가액확정일인 1993. 3. 21. 현재 원고의 국가에 대한 부채로서 원고의 자산총액에서 이를 공제하여야 함에도 불구하고 피고가 위 특별부가세액을 공제하지 아니하고 청산소득을 다시 계산하여 원고에게 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다고 주장한다.
• 나. 관계법령 법 제2조 제1항은 법인세는 각 사업년도의 소득과 청산소득에 대하여 부과한다고 규정하고, 그 중 청산소득에 관하여 법 제43조 제1항은 내국법인이 해산한 경우에 그 청산소득의 금액은 그 법인의 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산일(해산등기를 한 날) 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 법시행령 제116조 제1항은 법 제43조에 규정하는 잔여재산의 가액은 자산총액에서 부채총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 그 제2항은 제1항에서 자산총액이라 함은 해산한 날 현재의 자산의 합계액으로 하되 추심할 채권과 환가처분할 자산에 대하여는 다음 각호에 의한다고 규정하면서 제1호에서 추심할 채권과 환가처분할 자산은 추심 또는 환가처분한 날 현재의 금액이라고 규정하고 있다. 한편 법 제43조 제7항은 제1항에서 규정하는 청산소득금액을 계산함에 있어서는 제9조 내지 제21조의 규정을 준용한다고 규정하고, 그 제9조 제1항은 내국법인의 각사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정한 다음 그 제2항과 제3항에서 익금이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로, 손금이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 각 정의하고 있고, 법시행령 제12조 제1항은 수익에 해당하는 것을 열거하면서 그 제2호에서 자산의 양도금액을 들고 있고, 제2항은 손비에 해당하는 것을 열거하면서 그 제1호에서 양도한 자산의 양도당시의 장부가액을, 제10호에서 제세공과금을 들고 있으며, 제15조 제1항은 익금불산입 항목을 규정하면서 제5호에서 자산재평가법의 규정에 의한 재평가차액을 들고 있고, 제16조 제1항은 손금불산입 항목을 규정하면서 제3호에서 각사업년도에 납부하였거나 납부할 법인세(제24조의 3에 규정하는 외국법인세액을 포함한다)를 들고 있다. 또한 법 제59조의 2 제1항은 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지 건물등의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고, 제3항은 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기한 금액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서 그 제1호에서는 취득가액을, 제2호에서는 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용을 각 들고 있다.
• 다. 판 단 살피건대, 법 제43조 제7항에 의하여 청산소득금액을 계산함에 있어서 준용되는 법 제16조 제1항에서는 손금불산입 항목으로 각사업년도에 납부하였거나 납부할 법인세를 들고 있는바, 이와같이 청산소득을 계산하면서 법인세를 공제하지 않도록 한 취지는 법인세는 법인의 소득에 대한 과세인 점에 비추어 그 성질상 법인의 소득을 계산함에 있어 이를 다시 공제하는 것이 부당하기 때문이므로 여기에서 말하는 법인세에 청산소득에 대한 법인세가 포함됨은 물론인데, 청산법인이 그 소유 부동산을 양도함에 따라 발생한 양도차익에 대한 특별부과세 역시 청산소득에 대한 법인세와 마찬가지로 법인의 소득에 대한 과세일 뿐 아니라 소득세법상 종합소득과 양도소득이 서로 상관없이 별도로 계산되고 종합소득을 계산함에 있어 양도소득세를 공제하지 않는 것과는 달리 청산법인에 있어 부동산의 양도에 따라 발생한 청산소득과 양도소득은 일정한 범위내에서 중복되므로(청산법인의 부동산의 양도차익 가운데 회사 계속 중 자산의 재평가차액으로 이미 자산재평가법에 의하여 재평가세가 부과된 부분은 청산소득 계산시 제외되므로 그 범위에서는 소득이 중복되지 않는다) 청산소득을 계산함에 있어서는 그 청산소득의 일부를 구성하는 양도차익에 대하여 과세하는 특별부가세는 그 성질상 이를 청산소득에서 공제하여서는 아니된다 할 것이고, 다만 이경우 동일한 소득에 대하여 청산소득에 대한 법인세와 특별부가세를 중복하여 과세하는 결과가 된다 할지라도 이는 청산법인의 양도소득에 대하여 청산소득에 대한 법인세만을 부과하는 경우 소득세법상의 양도소득세에 비하여 그 세율이 상대적으로 낮기 때문에 과세의 형평과 투기의 방지를 위하여 추가로 특별부가세를 부과하는 입법정책의 문제일 뿐이므로 그것이 이중과세로서 위법하다고 볼 수 없는 것이고, 만약 청산법인이 청산중에 부동산을 양도할 경우 그 특별부가세를 부채로서 공제하도록 한다면 법 제48조 제1항과 제49조 제4항에 의하여 보유 부동산을 양도하지 않은 채 해산일로부터 1년을 도과한 청산법인은 그 1년이 되는 날 현재의 잔여재산가액예정액을 기준으로 청산소득을 계산하여 그에 대한 법인세를 신고납부함에 있어 장차 부동산 양도에 따라 부담할 특별부가세를 공제받지 못하게 되어 과세의 형평을 그르치게 된다 할 것이므로, 법 제43조 제7항에 의하여 청산소득금액을 계산함에 있어서 준용되는 법 제16조 제1항에서 손금불산입 항목으로 들고 있는 각사업년도에 납부하였거나 납부할 법인세에는 청산소득에 대한 법인세 이외에 토지등 양도에 대한 특별부가세가 포함된다고 해석함이 상당하고, 따라서 청산소득금액의 계산함에 있어 특별부가세를 공제하지 말아야 할 것이므로 원고가 납부한 위 특별부가세를 공제하지 아니하고 청산소득을 계산하여 법인세를 부과한 피고의 조처는 정당하다 할 것이고 이를 다투는 원고의 주장은 이유없다.

그렇다면 피고의 이 사건 부과처분이 위법함을 전제로 한 원고의 이 사건 청구는 이유없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1998. 4. 24.