조세감면규제법 제67조의 3에 의한 특별부가세 면제적용

【주 문】

1. 원고의 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】

사립학교법에 의하여 설립된 학교법인인 원고법인이 타인으로부터 ㅇㅇ ㅇㅇ군 ㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ의 47 과수원 3,324평방미터 외 13필지 도합 29,524평방미터(이하 이를 이 사건 부동산이라 한다)를 무상으로 기부받아 1968. 10. 14. 원고 앞으로 각 그 소유권이전등기를 마친 사실, 그 후 원고가 수익사업용 고정자산인 이 사건 부동산을 처분하여 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 1989. 12. 1. 소외 김윤복 등 10인에게 이 사건 부동산의 일부씩을 도합 금379,567,500원에 매도하고 1990. 4. 20. 그 매수인들에게 각 소유권이전등기를 하여 준 사실, 그런데 원고가 이 사건 부동산의 양도일이 속하는 사업연도(1990. 3. 1.부터 1991. 2. 28.까지)의 법인세과세표준과 세액의 신고기간인 1991. 5. 29.까지 피고에게 조세감면규제법 제67조의3 제4항에 따른 특별부가세면제신청서를 제출하지 아니하자, 피고는 이 사건 부동산의 실지양도가액은 위 금379,567,500원임이 분명한 데 반하여 그 취득가액은 원고가 이 사건 부동산을 1976. 12. 31. 이전에 취득하였으므로 1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정된 법인세법 부칙(법률 제2686호) 제13조, 동시행령 부칙(1988. 12. 31. 대통령령 제12565호로 개정된 것) 제7조에 의하여 1977. 1. 1. 현재의 시가로 하여야 하나 1977. 1. 1. 현재의 이 사건 부동산의 시가를 알 수 없어 그 취득가액이 불분명한 경우에 해당한다 하여 법인세법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12875호로 개정된 것) 제124조의2 제7항 제1호 소정의 산식에 의하여 환산한 가액인 금37,868,587원을 그 취득가액으로 보고 위 각 가액을 토대로 하여 관계법령에 따라 산출한 특별부가세 금97,239,767원(이에는 가산세 금22,439,946원이 포함된 것임)을 1991. 12. 16.자로 원고에 대하여 부과, 고지한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 2, 을제1호증의 2 내지 13, 을제2호증의 1 내지 11, 을제3호증의 1, 2, 을제4호증의 1 내지 10, 을제5호증의 1 내지 5, 을제9, 10호증의 각 기재 및 변론의 전취지에 의하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고의 주장 원고는 주위적으로, 학교법인이 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 그 소유의 토지 등을 양도하였더라도 소정의 기간내에 세액면제신청서를 제출하여야만 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있는 위 조세감면규제법 제67조의3 제4항 및 같은 법 시행령 제55조의3 제4항은 평등권보장 등에 관한 헌법규정에 반하는 것일 뿐만 아니라 원고는 수익용재산인 이 사건 부동산을 다른 수익용재산으로 대체하기 위하여 사전에 감독관청으로부터 허가를 받아 이 사건 부동산을 처분하고 그 대신 ㅇㅇ ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ의 16 대지 및 건물을 취득한 다음 이러한 사실을 감독관청에게 보고를 하였지만 위와 같은 특별부가세면제신청의 법규정을 몰라 그 신청을 하지 아니한 것에 불과한데도 단순히 위와 같은 세액면제신청을 하지 아니하였다는 이유만으로 원고에게 특별부가세를 부과한 이 사건 처분은 부당하여 위법하다 할 것이고, 예비적으로 가사 위 주위적 주장이 이유 없다 하더라도 이 사건 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 계산함에 있어서 법인세법 부칙 제14조에 따라 1989. 1. 1. 현재 이 사건 부동산의 시가인 금218,479,200원을 그 취득가액으로 삼아야 하므로 그 양도차익은 이 사건 부동산의 실지양도가액에서 위 취득가액 금218,479,200원과 법인세법 제59조의2 제3항 제2호, 제3호 소정의 각 금액을 공제한 금118,588,671원이 되고 이를 과세표준으로 하여 원고가 부담하여야 할 정당한 특별부가세액을 산출하면 금29,647,167원이 되므로 이 사건 과세처분 중 위 금29,647,167원을 초과하는 부분은 위법하다는 취지로 주장한다.
• 나. 주위적 청구에 관한 판단 조세감면규제법 제67조의3(1985. 12. 23. 법률 제3796호로 신설되었다가 1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 것) 제1항 제2호는 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 1985. 12. 31. 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하는 한편 같은 조 제4항은 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제55조의3 제4항은 법 제67조의3의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있는 바, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건이거나 또는 감면세요건이거나를 막론하고 조세법규는 엄격한 해석이 요구되므로 이러한 입장에서 위 각 규정들을 종합하여 보면 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 1985. 12. 31. 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제받으려면 법인세법 제26조 에 규정된 법인세과세표준과 세액의 신고기간내에 특별부가세면제신청서를 제출하여야 하고 위 신고기간내에 위 신청서를 제출하지 아니한 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없다고 보아야 할 것이고 위와 같이 일정한 요건을 충족한 경우에 한하여 특별부가세를 면제하도록 하고 있는 위 규정들이 평등권보장 등에 관한 헌법의 규정에 반하는 것이라고 해석되지도 아니하므로, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 부동산의 양도일이 속하는 사업연도의 법인세과세표준 및 세액의 신고기간내에 이 사건 부동산의 양도소득에 관한 특별부가세의 면제신청서를 제출하지 아니한 이상 특별부가세 면제신청서제출에 관한 위 규정을 몰라 그 신청서를 제출하지 아니하였다 하더라도 위 규정에 의한 특별부가세의 면제혜택을 받을 수는 없다 할 것이므로 위 주위적 청구는 이유 없다.
• 다. 예비적 청구에 관한 판단 법인이 이 사건 부동산과 같은 수익사업용 고정자산을 처분한 경우 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정된 것, 이하 같다) 제1조 제1항 제6호에 의하여 그 처분으로 인한 수입을 해당 사업연도의 소득으로 보아 법인세를 부과하는 한편 이와는 별도로 같은 법 제59조의2의 규정에 의하여 그 양도차익은 특별부가세의 과세대상이 된다. 그런데, 법인세 각 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 양도차익은 그 자산의 양도금액에서 그 자산의 양도 당시의 장부가액을 차감하여 산출하되(법인세법시행령 제12조 제1항 제3호, 제2항 제1호), 1988. 12. 31. 이전에 취득한 토지 등을 양도하는 경우에는 당해 자산의 양도금액에서 그 자산의 양도 당시의 장부가액과 1989. 1. 1. 현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액 중 높은 금액을 차감하여 계산하도록 규정되어 있고(법인세법 부칙 제14조), 한편 특별부가세의 과세표준인 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 및 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액을 공제한 금액으로 하고(법인세법 제59조의2 제1항, 제3항), 1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정된 법인세법 부칙(법률 제2686호) 제13조, 같은 법 시행령 부칙(1988. 12. 31. 대통령령 제12565호로 개정된 것) 제7조에 의하면 1976. 12. 31. 이전에 취득한 토지는 1977. 1. 1.에 취득한 것으로 의제하여 1977. 1. 1. 현재의 시가에 의하여 평가한 가액을 그 취득가액으로 보며, 법인세법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 개정된 것) 제124조의2 제7항은 법 제59조의2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나가 불분명한 경우에 그 불분명한 가액은 같은 항 각 호 소정의 산식에 의하여 환산한 가액에 의하도록 규정하고 있는 바, 위 각 규정에 의하면 토지 등의 양도로 인한 소득에 대하여 법인세를 부과할 경우와 특별부가세를 부과할 경우는 각기 그 양도차익의 산출방법을 달리 하고 있음이 명백하므로, 이와는 달리 이 사건 부동산의 양도소득에 대하여 특별부가세를 부과함에 있어서도 법인세부과의 경우와 마찬가지로 1989. 1. 1. 현재의 이 사건 부동산의 시가를 그 취득가액으로 삼아 이를 기초로 하여 그 양도차익을 산출하여야 한다는 것을 전제로 하는 이 사건 예비적 청구는 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 그 이유 없다 하겠다.

그렇다면 원고의 주위적 청구 및 예비적 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1993. 4. 2.