면세사업등을 운영하는 경우 공통매입세액 안분계산 시 국고보조금을 산입하여야 함

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 8. 17. 원고에 대하여 한 2018년 1기분 부가가치세 2,058,422,710원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 아니하고, 원고의 주장을 제1심에서 제출된 증거들과 함께 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 일부 고치고 제1심판결의 별지 “관계 법령“을 이 판결의 별지 ”관계 법령“으로 교체하는 것 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다. 【고치는 부분】 ◯ 제1심판결 제4면 제6행 “국고보조금 등”을 “국고보조금과 공공보조금(이하 ‘국고보조금 등’이라고 한다)”로 고친다. ◯ 제1심판결 제6면 밑에서 제5행 “말한다)”를 “말한다, 이하 같다)”로 고친다. ◯ 제1심판결 제7면 제7행 “면세사업을”을 “면세사업등을”로 고친다. ◯ 제1심판결 제9면 제6행 “면세공급가액에 포함할”을 “공통매입세액이 과세사업과 면세사업등에 최대한 합리적으로 안분될”로 고친다. ◯ 제1심판결 제9면 제10행부터 제10면 밑에서 제2행까지를 다음과 같이 고친다. 『 (3) 한편 부가가치세법 제29조 에서 부가가치세의 과세표준에 관하여 정하면서 ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금 등’은 ‘공급가액’에 포함하지 아니하는 것으로 규정(제5항 제4호)하고 있는 것은 사실이다. 그러나 앞서 본 바와 같이 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 은, 부가가치세법 제29조 가 아닌 부가가치세법 제40조 의 위임에 의하여 공통매입세액 안분기준을 정하고 있는 것이다. 쟁점 조항에서 그 안분기준에 있어 필요한 면세사업등에 대한 공급가액과 국고보조금 등의 합계액에 관하여 ‘면세공급가액’이라는 용어를 사용하였다 하더라도 이는 공통매입세액 안분기준을 구체적으로 제시하는 과정에서 산식을 간명하게 기술하기 위한 것에 불과하고, 부가가치세법 제29조 와 달리 공급가액에 관하여 별도의 정의를 하거나 국고보조금 등을 과세표준에 포함시키고자 함이 아니다. 즉, 부가가치세법 제40조 및 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제81조 제1항은 매출세액 계산을 위한 과세표준 산정에 관한 부가가치세법 제29조 와 그 적용국면과 규율대상을 달리하는바, 쟁점조항이 부가가치세법 제29조 와 관련하여 위임입법 한계를 일탈하였다거나 조세법률주의에 반한다고 할 수 없다. 또한 부가가치세법 제40조 는 공통매입세액 안분기준에 관하여 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준’이라고 하여 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 안분의 하나의 기준으로 들고 있을 뿐이고 그 세부 구성방법은 대통령령에 위임하고 있으므로, 쟁점조항이 공통매입세액 안분기준과 관련하여 국고보조금 등을 면세공급가액에 포함시킨다고 하여 이를 부가가치세법 제40조 의 위임 범위나 취지에 반한다고 할 수 있는 것도 아니다.

(4) 원고는 만일 이와 같이 쟁점조항을 해석할 경우, 원고의 손실보전을 위하여 보조금을 지급하는 본래 취지를 몰각시키는 것이라고 주장하기도 한다. 그러나 원고의 공익서비스로 인하여 발생하는 손실의 추가 보전이 필요하다면 이는 국고보조금 등의 증액을 통하여 해결하여야 하는 문제일 뿐이고, 부가가치세법령 문언에도 불구하고 원고 주장과 같이 쟁점조항을 해석하는 방법으로 귀결될 것은 아니다.』

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 같이하는 제1심판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.