사실과 다른 세금계산서인지 여부

대 전 고 등 법 원 제 1 행 정 부 판 결 사 건 2025누401 부가가치세 부과처분, 대표자 상여처분 취소청구의 소 원고, 항소인 AAA 주식회사 피고, 피항소인 OO세무서장 제 1 심 판 결 대전지방법원 2025. 5. 29. 선고 2024구합201313 판결 변 론 종 결 2025. 9. 18. 판 결 선 고 2025. 10. 30.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 9. 5. 원고에 대하여 한 법인세 26,853,667원 부과처분과 부가가치세 26,258,718원 부과처분 및 대표자 상여 소득금액 142,000,000원 변동통지처분을 각 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 아니하고, 원고의 주장을 제1심과 당심에 제출된 증거들과 함께 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 일부 고치는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다. 【고치거나 추가하는 부분】 ◯ 제1심판결 제2면 제7행 및 제8행의 “원고”를 “BBB 주식회사”로 각 고친다. ◯ 제1심판결 제2면 제11행 “체결하였다.”를 “체결하였고, 원고는 2013. 8. 1. BBB 주식회사를 분할합병하면서 위 계약상 권리·의무를 승계하였다.”로 고친다. ◯ 제1심판결 제3면 아래에서 제3행부터 제2행까지를 다음과 같이 고친다. 『원고가 이 사건 단지조성공사 중 조경공사를 CCC 주식회사(이하 ‘CCC’이라 한다)에게 도급하여, CCC이 소나무 식재를 포함한 조경공사를 진행하였다. 그런데 식재된 소나무 중 일부가 고사하여 원고가 CCC에게 복구를 요구하였음에도 원고로부터 조경공사비를 지급받지 못하였다는 이유로 CCC이 복구공사를 거부하였고, 이에 원고가 2017. 9.경 DDD과 추가 수목식재용역계약(이하 ’이 사건 용역계약‘이라고 한다)을 체결하고, 그에 따라 DDD이 고사한 소나무를 대체하기 위하여 소나무 23주를 추가 식재하였다. 이 사건 매입세금계산서는 위와 같이 실제 재화와 용역의 공급에 기초하여 발급받은 것이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.』 ◯ 제1심판결 제5면 제4행부터 제6면 마지막 행까지를 다음과 같이 고친다. 『위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 든 증거 및 갑 제10, 11, 16 내지 19호증, 을 제1 내지 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 사건 매입세금계산서는 실제 용역의 공급 없이 발급·수수되었음이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 증명되었다고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 재화나 용역을 공급하거나 공급받고 이에 따라 이 사건 매입세금계산서를 발행·수취하였다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고가 이와 같은 전제에서 이 사건 각 처분을 한 것은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1. 이 사건 용역계약과 관련한 계약서는 존재하지 않는다. DDD이 실제 소나무 식재를 하였다면 소나무 운송비, 장비사용료, 인건비 등의 지출이 필연적으로 수반되는데, DDD의 2017년 손익계산서에는 위와 같은 비용의 지출이 확인되지 않는다. 원고가 DDD이 지출한 용역비의 증거로 갑 제11호증을 제출하였으나 그에 의하여 확인되는 자금의 이체는 원고가 DDD에 의한 소나무 식재 시점으로 주장하는 2017. 9.경보다 약 5개월이나 앞선 2017. 4. 7. 이루어진 것일뿐더러 원룸누수보수작업 명목으로 지급한 것으로 보이기도 하여(을 제18호증), 이를 이 사건 용역계약 관련 인건비라고 인정하기 어렵다. 원고는 DDD이 장비사용료 명목으로 2,000만 원을 지출하였다고 주장하며 그 근거로 갑 제19호증을 제출하였으나, 이를 뒷받침할 견적서 및 세금계산서 등이 없어 그 내역에 기재된 이체가 이 사건 용역계약 수행을 위한 장비사용료 명목으로 이루어진 것인지 알 수 없고, 그 이체 시점이 2017. 8. 7.인데 조경공사 개시 1개월 전에 장비사용료를 전액 지급한다는 것은 통상적 거래관행에 반하는 것이어서 위 이체 역시 이 사건 용역계약 수행을 위하여 이루어진 것이라고 보기 어렵다.

2. 원고는 DDD이 2016년경 소나무를 구입하여 관리하다가, 해당 소나무를 이 사건 용역계약에 따라 식재한 것이라고 주장하며 세금계산서(갑 제16호증) 및 입출금 거래내역(갑 제17호증)을 제출하기도 하였으나, 위 증거들에 의하여 확인되는 거래는 원고가 이 사건 용역계약의 이행 시기로 주장하고 있는 2017. 9.경보다 약 1년 전에 이루어진 것들이어서 설령 원고의 주장과 같이 DDD이 2016년경 소나무를 구입한 것이 사실이라 하더라도 위 증거들만으로 그와 같이 구입한 소나무가 이 사건 용역계약에 따라 식재되었다고 인정할 수 있는 것은 아니다.

3. 원고 및 원고가 거래하는 주식회사 FFF, 주식회사 GGG, 주식회사 HHH, DDD, CCC(이하 원고 외 위 5개 법인을 통칭하여 ’원고 외 법인들‘이라고 한다)의 실제 경영은 모두 JJJ에 의하여 이루어졌다. 원고의 대표이사 KKK는 DDD을 포함한 원고 외 법인들의 공사계약서, 사업자등록증, 인감복사본 등을 본인 PC에 저장하여 필요할 때마다 사용하였고, 원고 외 법인들의 세금계산서 발행 및 금융거래들이 KKK에 의하여 이루어졌다. 원고 외 법인들은 독립적인 인적·물적 설비를 갖추지 아니하였고, 원고의 사업장을 사용하였다. 이처럼 원고 외 법인들은 원고와 사실상 하나의 법인과 같이 운영되었던바, DDD은 원고와 인적·물적으로 독립된 회사라고 보기 어렵다. 이처럼 원고, CCC 및 DDD 모두 동일인에 의하여 경영되는데, CCC이 원고의 요청을 거부하여 DDD이 식재를 하도급하게 된 것이라는 이 사건 용역계약 체결 경위 또한 믿기 어렵다.

4. CCC은 2013. 9.경 R20 1) 규격 소나무 120주를, 2017. 5.경 R6 규격 소나무 120주를 각 식재하였고, 그 240주에 대한 대금은 약 6,500만 원이며, 재료비, 노무비, 경비를 모두 합산하여도 이식공사에 대한 대금은 1억 1,297만 원이다(을 제15호증 참조). 조경수가 고사하여 대체목을 식재하는 경우 종전과 유사한 등급의 조경수로 식재가 이루어지는 것이 통상적이라 할 것인데, CCC에 공사대금도 지급하지 못하였다는 원고가 당초 CCC에 의하여 식재된 소나무보다 훨씬 고가인 R30 ~ R40 규격의 소나무 23주(견적서에 의하면 기타경비 및 이윤을 제외한 23주의 소나무 대금만으로 1억 1,040만 원에 달한다)를 고사목을 대체하기 위하여 식재하였다는 것은 거래의 통념상 납득할 수 없다. 원고는 조경공사 준공내역서(갑 제9호증)를 근거로 23주의 소나무가 DDD에 의하여 식재된 것이 사실이라고 주장하나, 그 준공내역서에 기재된 소나무 식재 내역이 CCC 조경공사 내역(을 제15호증) 및 DDD의 견적서(갑 제18호증) 내역과 일치하지 않으므로, 설령 이 사건 단지조성공사와 관련하여 조경공사 준공내역서 기재와 같이 R30 ~ R40 규격 소나무가 식재된 것이 사실이라고 하더라도 그와 같은 소나무 식재가 DDD에 의하여 이루어진 것이라고 인정할 수 있는 것은 아니다.

5. 이처럼 DDD이 실제 소나무 식재 작업을 하였음을 인정할만한 증거는 부족한 점, 원고와 DDD이 실질적으로 경영적으로 독립된 회사라고 보기 어려운 점, 원고는 이 사건 용역계약과 무관한 증거들을 이 사건과 관련이 있는 것처럼 제출하고 있는 것으로 보여 원고의 주장을 전반적으로 신뢰하기 어려운 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, DDD이 2017. 9. 15. 원고에게 합계금액을 1억 4,200만 원으로 하여 견적서를 발행하였고, 원고가 2017. 9. 28. DDD에게 1억 4,200만 원을 이체하였다는 사실만으로 그 견적서 내역과 같은 소나무가 이 사건 용역계약에 따라 식재되었다고 인정하기에 부족하다.

6. 원고는 원고와 DDD이 이 사건 단지조성공사와 관련된 세금을 정상적으로 납부하였으므로 원고나 DDD이 세금 포탈 등의 목적으로 실질거래 없이 허위의 세금계산서를 발급할 동기가 없다고 주장한다. 그러나 JJJ은 원고와 원고 외 법인들 사이의 세금계산서 발행 및 수취와 관련하여 실제 거래 유무와 관계없이 세금계산서의 발급을 지시하여 왔던 것으로 보이고(을 제12호증 제9면 참조), 그와 같은 지시는 특정 법인의 매출액을 부풀리거나 영업이익을 과다 또는 과소하게 보이게 하여 해당 법인의 신용도, 대출, 법인소득세 등의 영역에서 부당한 이익을 취하기 위하여 이루어졌을 것으로 보인다. 그렇다면 이 사건 매입세금계산서 역시 그와 비슷한 동기에서 JJJ의 지시 아래 KKK가 실물거래 없이 발행하였을 가능성이 높아 보인다.

7. 경찰이 2023. 6. 20. 이 사건 매입세금계산서를 포함한 원고 등의 허위 세금계산서 발급 혐의에 대하여 증거가 부족하다는 이유로 불송치 결정을 하였다고 하더라도, 행정재판이나 민사재판은 과세관청이나 수사기관의 조사 결과에 구속받는 것이 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있는 것이므로(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조), 그와 같은 불송치 결정만으로는 앞서 본 판단을 뒤집을 수 없다.』 이 판결한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 같이하는 제1심판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.