다주택 보유 법인의 종부세 고율적용은 헌법에 위배되지 않음

사 건 2024누11578 종합부동산세부과처분취소 원 고 주식회사 AAAA 피 고 000세무서장 변 론 종 결

2025. 1. 21. 판 결 선 고

2025. 2. 18.

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

• 가. 피고가 2022. 11. 20. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 종합부동산세 00,000,000,000원의 부과처분 중 00,000,000,000원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 0,000,000,000원의 부과처분 중 0,000,000,000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
• 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 98%는 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 11. 20. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 종합부동산세 00,000,000,000원의 부과처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 0,000,000,000원의 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분을 각 취소한다(원고는 이 법원에서 청구취지를 감축하였고, 그에 따라 그 범위 내에서 항소취지도 감축되었다).

• 가. 원고는 2018년 00 00구 00동 33 일원 232,460㎡ 토지를 도시개발구역(명칭:00 002-1지구 도시개발구역)으로 하는 도시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다)의 시행자로 지정되어 이 사건 사업을 시행하였다. 이 사건 사업의 개발계획에 따르면, 도시개발구역 내 공동주택용지인 A1 블록(00 00구 00동 30 일원 67,067㎡, 이하 ‘A1 토지’라고 한다)과 A2 블록(00 00구 00동 35 일원 80,664㎡, 이하 ‘A2 토지’라고 하고, A1 토지와 합하여 ‘이 사건 공동주택용지’라고 한다)에 관하여 “임대주택은 Social Mix를 도입하여 공동체간 조화를 이룰 수 있도록 하고 전체 공동주택용지 대지 지분의 20% 이상 확보”라고 되어 있다.
• 나. 원고는 위탁자로서, 2018. 11. 14. 수탁자 주식회사 00자산신탁(이하 ‘00자산신탁’이라고 한다), 시공사 겸 우선수익자 BBBB 주식회사와 사이에, ‘A1 토지에 0,000세대, A2 토지에 0,000세대, 합계 0,000세대의 집합건물(이하 ’이 사건 건물‘이라 한다)을 신축하고, 이 사건 공동주택용지와 이 사건 건물을 신탁재산으로 하여 이를 분양하는 사업’을 목적으로 하는 관리형 토지신탁계약(이하 ‘이 사건 신탁계약’이라고 한다)을 체결하였다.
• 다. 원고는 이 사건 공동주택용지에 이 사건 건물을 신축하는 주택건설사업(이하 ‘이 사건 주택건설사업’이라고 한다)을 시행하기 위하여 2019. 1.경 주택법상 주택건설사업계획승인을 받았다. 이후 00자산신탁은 2019. 2.경 이 사건 주택건설사업의 시행자를 원고에서 00자산신탁으로 변경하는 주택건설사업계획변경승인을 받았다.
• 라. 00자산신탁은 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ‘민간임대주택법’이라고 한다)에 따라 2016. 5. 17. 00구청장에게 임대사업자로 등록하였고, 2019. 3. 21. 이 사건 건물중 600세대(이하 ‘이 사건 임대주택’이라고 한다)를 민간건설임대주택 중 단기민간임대주택으로 등록하였다.
• 마. 00자산신탁은 2021. 12.경 이 사건 건물의 소유권보존등기를 마쳤다.
• 바. 00자산신탁은 2022. 3.경 원고와 사이에, ‘이 사건 신탁계약을 해지하고, 이 사건 임대주택의 소유권을 원고에게 이전하며, 이 사건 임대주택에 대한 임대사업자로서의 00자산신탁의 권리 및 의무는 면책적으로 원고에게 포괄 승계된다’는 내용의 ‘신탁재산 귀속증서’를 체결하였고, 민간임대주택법에 따라 2022. 4.경 00구청장에게, 이 사건 임대주택을 원고에게 양도한다는 신고를 하여 그 신고가 수리되었으며, 2022. 4. 13. 원고에게 이 사건 임대주택에 관하여 신탁재산의 귀속을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 사. 원고는 민간임대주택법에 따라 2022. 4. 22. 00구청장에게 이 사건 임대주택의 양수를 등록이력으로 하여 임대사업자로 등록하였다.
• 아. 원고는 2022년 과세기준일인 6. 1. 당시 주택으로, 이 사건 임대주택 000세대와 사원용 주택인 00 00구 00동 000-3 0동 000호(이하 ‘이 사건 사원용 주택’이라고 한다) 1세대만을 보유하고 있었다.
• 자. 원고는 2022. 9. 29. 피고에게 이 사건 사원용 주택에 대한 합산배제 신고서를 제출하였다.
• 차. 원고는 2022년 귀속 종합부동산세와 관련하여, 관할세무서장에게 과세표준과 세액을 신고하지 않았고, 구 종합부동산세법 시행규칙(2022. 9. 23. 기획재정부령 제939호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의6 제1항에 따른 법인 주택분 종합부동산세 일반세율 적용 신청서를 제출하지도 않았다.
• 카. 피고는 2022. 11. 20. 원고에 대하여 2022년 귀속 종합부동산세 00,000,000,000원(주택분 00,000,000,000원), 농어촌특별세 0,000,000,000원의 부과처분을 하였다.
• 타. 원고는 2023. 2. 15. 조세심판원에 위 부과처분에 대한 심판청구를 하였고, 2023. 5. 22. 심판청구가 기각되었다.
• 파. 피고는 2024. 5.경 원고에 대한 2022년 귀속 종합부동산세를 00,000,000,000원(주택분 00,000,000,000원, 나머지분 000,000,000원)으로, 농어촌특별세를 0,000,000,000원(주택분 종합부동산세를 과세표준으로 하는 부분 0,000,000,000원, 나머지분 00,000,000원)으로 각 감경하였다(이하 감경된 종합부동산세 부과처분을 ‘이 사건 종합부동산세 부과처분’이라고 하고, 감경된 농어촌특별세 부과처분을 ‘이 사건 농어촌특별세 부과처분’이라고 하며, 이 사건 종합부동산세 부과처분과 이 사건 농어촌특별세 부과처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증(가지번호 포함), 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분 중 원고가 취소를 구하는 부분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 종합부동산세 부과처분의 근거가 되는 구 종합부동산세법(2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되어 2023. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항 제2호는 조세법률주의 원칙, 포괄위임금지의 원칙, 조세평등주의 원칙, 재산권 제한에 관한 과잉금지의 원칙에 반하고, 재산권의 본질적 내용을 침해하므로 헌법에 위반된다.

2. 구 종합부동산세법 제9조 제2항 제2호 가 위헌인 경우에 종합부동산세 부과처분의 근거가 되는 구 종합부동산세법 제9조 제1항 제2호 역시 다수의 임대주택을 의무적으로 보유할 수밖에 없는 원고에게 과중한 부담을 가져오므로, 재산권 제한에 관한 과잉금지의 원칙에 반하고, 재산권의 본질적 내용을 침해하여 헌법에 위반된다.

3. 따라서 이 사건 종합부동산세 부과처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분(= 주택분 종합부동산세 00,000,000,000원) 및 이 사건 농어촌특별세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분(= 주택분 종합부동산세를 과세표준으로 하는 농어촌특별세 0,000,000,000원)은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지와 같다.
• 다. 판단

1. 등록된 임대사업자인 00자산신탁은 주택건설사업계획승인을 받고 임대를 목적으로 건설 중에 있는 이 사건 임대주택을 2019. 3. 21. 구 민간임대주택법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2호에서 정한 민간건설임대주택 중 같은조 제6호에서 정한 단기민간임대주택으로 등록하였으므로, 민간임대주택법 부칙(2020. 8. 18.) 제5조 제1항에 의하여, 00자산신탁 및 이 사건 임대주택은 등록이 말소되기 전까지 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 민간임대주택법이 적용된다. 이후 00자산신탁이 00구청장에게 이 사건 임대주택의 양도를 신고하여 그 신고가 수리되었고, 원고가 이 사건 임대주택의 소유권이전등기를 마치고 임대사업자로 등록하였으므로, 원고는 민간임대주택법 제43조 제2항 후문에 의하여 00자산신탁의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하였다. 즉, 원고 및 이 사건 임대주택은 등록이 말소되기 전까지 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 여전히 민간임대주택법이 적용되고, 원고가 이 사건 임대주택을 양수하였다고 하더라도 이 사건 임대주택의 성질이 민간건설임대주택에서 민간매입임대주택으로 변경되지는 아니한다(대법원 2022. 2. 24. 선고 2021도10407 판결 참조).

2. 원고는 2022년 과세기준일 현재 이 사건 임대주택과 구 종합부동산세법 제8조 제2항 제2호 전단, 구 종합부동산세법 시행령(2022. 9. 23. 대통령령 제32918호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1항 제1호 본문에 의하여 과세표준에서 합산 배제되는 이 사건 사원용 주택만을 보유하고 있었으므로, 구 종합부동산세법 제9조 제2항 본문, 구 종합부동산세법 시행령 제4조의3 제1항 제5호 에 의하여 원고에게는 구 종합부동산세법 제9조 제2항 제2호 에서 정한 세율이 아니라 제9조 제1항 제2호에서 정한 세율이 적용되고, 원고가 구 종합부동산세법 시행령 제4조의3 제1항 제5호 에 해당하는 법인인 이상, 구 종합부동산세법 시행령 제4조의3 제2항, 구 종합부동산세법 시행규칙 제4조의6 제1항 본문 및 제5호에 따른 법인 주택분 종합부동산세 일반세율 적용 신청서 및 임대사업자 등록증 사본을 제출하지 않았다고 하더라도, 이는 협력의무의 불이행에 불과하므로 달리 볼 수 없다(대법원 2003. 5. 16. 선고 2001두3006 판결 참조).

3. 구 종합부동산세법 제9조 제1항 제2호 에서 정한 세율에 따른 원고의 2022년 귀속 주택분 종합부동산세는 0,000,000,000원이 되고(을 제4호증의 기재), 이를 과세표준으로 하는 농어촌특별세는 0,000,000,000원(= 0,000,000,000 × 0.2, 원 미만 버림)이 된다.

4. 따라서 이 사건 종합부동산세 부과처분 중 00,000,000,000원(= 주택분 0,000,000,000원 ＋ 나머지분 000,000,000원)을 초과하는 부분(= 000,000,000원) 및 이 사건 농어촌특별세 부과처분 중 0,000,000,000원(= 주택분 종합부동산세를 과세표준으로 하는 부분 0,000,000,000원 ＋ 나머지분 00,000,000원)을 초과하는 부분(=00,000,000원)은 각 위법하고, 이 사건 처분 중 원고가 취소를 구하는 나머지 부분은 적법하다.

5. 원고의 위헌 주장에 대하여 살피건대, 먼저 앞서 본 바와 같이 원고에게는 구 종합부동산세법 제9조 제2항 제2호 에서 정한 세율이 아니라, 같은 조 제1항 제2호에서 정한 세율이 적용되므로, 구 종합부동산세법 제9조 제2항 제2호 의 위헌 여부는 이 사건 처분의 위법 사유가 될 수 없다. 나아가, 구 종합부동산세법 제9조 제1항 제2호 에 관하여 보건대, 해당 세율이 재산권의 본질적 내용인 사적 유용성과 원칙적인 처분권한을 침해한다고 볼 수 없다. 또한,부동산 가격 안정을 도모하고 실수요자를 보호하려는 입법 목적이 정당하고, 종합부동산세 부과가 위 목적 달성에 적합한 수단이 되며, 주택분 종합부동산세의 과세표준 및 세율 등으로 인한 납세의무자의 세 부담 정도가 지나치다고 보기 어렵고, 공익과 사익 사이에 법익의 균형성도 유지되고 있으므로, 재산권 제한에 관한 과잉금지의 원칙에 반한다고 볼 수도 없다[원고와 같은 취지의 청구인들의 주장을 모두 배척하고 헌법에 위반되지 아니한다고 선고한 헌법재판소 2024. 5. 30. 선고 2022헌바238 등(병합) 결정, 헌법재판소 2024. 7. 18. 선고 2023헌바379 등(병합) 결정, 헌법재판소 2024. 8.29. 선고 2024헌바59 등(병합) 결정 등 참조].

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.