2008년 개정 시행령 제42조 및 제13조 제3항, 제5항에 규정된 강화된 성실공익법인 요건은 그 시행일인 2008. 2. 22. 전에 공익법인이 출연 받거나 취득하여 보유하던 주식에 대하여는 적용되지 않음

사 건 2022누10014 증여세부과처분취소 원고, 피항소인 학교법인 대전○○○○ 피고, 항소인

○○○세무서장 변 론 종 결

2022. 05. 13. 판 결 선 고

2022. 09. 02.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2018. 12. 19. 원고에 대하여 한 증여세 ,,***원의 부과처분을 취소한다.

제1심판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

1. 제1심판결의 인용 피고의 항소이유 주장은 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제출된 증거들에 비추어 피고가 주장하는 사정들을 다시 살펴보아도, 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래 제2항과 같이 제1심 판결문의 해당 부분을 일부 고치거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심 판결문 제8쪽 제6〜9행의 “②....”부분을 아래와 같이 고친다. 『② 2008년도에 주식 등을 출연받거나 취득한 공익법인이 2008년도에 개시하는 과세기간 또는 사업연도에 대하여 법 제50조 제3항에 따른 회계감사를 받거나 법 제50조의3에 따른 결산서류 등을 공시한 경우에는 해당 주식 등의 출연일 또는 취득일부터 제13조 제5항 제1호 및 제3호의 개정규정에 따른 공익법인 등에 포함되는 것으로 본다.』

○ 제1심 판결문 제9쪽 제20행 다음에 아래의 내용을 추가한다. 『즉, 2007. 12. 31. 개정 후 상증세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식 초과보유 금지의무가 면제되는 공익법인에 관하여 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항은 이를 성실공익법인이라 칭하면서 그 구체적인 요건 즉, 운용소득의 100분의 90 이상을 직접 공익 목적사업에 사용하여야 함을 규정하였는데, 2008년 개정된 상증세법 시행령 제42조 제1항은 ’법 제49조 제1항 단서 전단에서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인이라 함은 성실공익법인을 말한다.‘라고만 규정하고 그 구체적인 요건을 같은 시행령 제13조 제3항, 제5항의 규정에 따른 강화된 요건에 의하도록 하였다. 그리고 이 사건 부칙 규정은 2008년 개정된 상증세법 시행령 제42조, 제13조 제3항, 제5항의 개정규정의 적용대상을 ’이 영 시행 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.‘라고 분명히 규정하였다. 그렇다면 이 사건 부칙 규정은 2008년 개정된 상증세법 시행령 제42조 등이 구 상 증세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준 적용 제외대상인 성실공익법인의 요건을 강화함으로써 더욱 엄격한 주식보유기준을 도입한 것에 관한 경과규정으로서, 그 취지는 공익법인이 위 개정 시행령 시행 전부터 보유하던 주식에 대하여는 위와 같이 개정된 더 엄격한 주식보유기준을 적용하지 않고 종전의 기준에 따르도록 함으로써 기존의 법률관계에 대한 간섭을 최소화하여 법적 안정을 기하기 위한 것이라고 보아야 한다. 그렇지 아니하고 피고의 주장과 같이 종래 공익법인이 보유하던 주식에 대하여도 2008년 개정된 상증세법 시행령 제42조 등의 강화된 기준을 적용하고자 하였다면 이 사건 부칙 규정에 ’제42조‘를 포함하지 않거나 적어도 그 부칙 규정의 적용범위를 다시 제한하였어야 하고, 아울러 구 상증세법 제49조 제1항 본문 및 각 호의 규정과 같이 종래 보유하던 주식에 대하여 장래 어느 시점까지 처분할 수 있도록 유예기간을 두었어야 한다고 보인다. 그러한 유예기간을 두지 않은 채 2008년 개정된 상증세법 시행령 제42조를 시행일(2008. 2. 22.)부터 곧바로 적용한다면, 그 시행 직후부터 순차로 사업연도 종료일이 도래하는 공익법인들은 기존 보유주식을 처분할 기회조차 갖지 못한 채 구 상증세법 제78조 제4항에 따른 초과보유 가산세를 부과 받게 되어 부당하기 때문이다.』

○ 제1심 판결문 제10쪽 제3행의 “분부”를 “부분”으로 고친다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.