이 사건 세금계산서는 실물 거래 없는 허위의 세금계산서에 해당함

사 건 2018누12570 부가가치세등부과처분취소 원고, 항소인 ××× 피고, 피항소인

○○세무서장 제1심 판 결

2018. 9. 12. 변 론 종 결

2019. 4. 10. 판 결 선 고

2019. 5. 8.

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

• 가. 이 사건 소 중 피고가 2017. 1. 2. 원고에게 한 2014년 2기 부가가치세00,000,000원, 2015년 1기 부가가치세 00,000,000원의 각 부과처분 취소 청구 부 분을 각하한다.
• 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2017. 1. 2. 원고에게 한 2014년 2기 부가가치세 00,000,000원, 2015년 1기 부가가치세 00,000,000원, 2014 사업연도 법인세 00,000,000원, 2015 사업연도 법인세 00,000,000원의 각 부과처분, 2014년 귀속 소득금액000,000,000원, 2015년 귀속 소득금액 000,000,000원의 각 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 중 해당 부분(제1심 판결문 제2쪽 6행부터 제3쪽 3행까지)의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

• 가. 피고의 본안전 항변 원고는 이 사건 처분 중 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분에 대해서만 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 부가가치세 부과처분에 대하여는 전심절차를 거치지아니하였으므로, 부가가치세 부과처분 부분에 대한 소는 부적법하다.
• 나. 판단

1. 갑 제2호증, 을 제9호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2017. 4. 3. 이 사건 처분 중 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 심판청구를 조세심판원에 제기하였고, 2017. 8. 28. 원고의 심판청구가 기각된 사실이 인정된다. 이에 대하여 원고는, 심판청구서의 처분 내용에 이 사건 처분 중 부가가치세 부과처분도 기재하였으므로 부가가치세 부과처분에 대하여도 심판청구를 제기한 것이라고 주장한다. 그러나 위 각 증거에 의하면, 원고는 심판청구서의 청구취지에 이 사건 처분 중 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 취지를 명시하였고, 청구이유도 부가가치세법상 정상거래에 해당하는지 여부는 별론으로 하더라도 이사건 세금계산서의 공급가액 상당액을 비용으로 지출하였으므로, 이를 법인세법상 손금으로 반영하여야 한다는 취지임을 알 수 있다. 나아가 조세심판원의 결정문 중 ‘3. 심리 및 판단’의 ‘가. 쟁점’에서는 ‘이 사건 세금계산서의 공급가액을 공사 원가로 인정하여 법인세 소득금액 계산시 손금에 산입할 수 있는지 여부’가 쟁점임을 명시하였고, ‘나. 관련 법령’에서도 법인세법령만을 기재하였다. 따라서 원고는 이 사건 처분 중 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분만의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였고,조세심판원에서도 그 부분에 관하여만 결정이 이루어졌음이 명백하다. 2) 국세기본법 제56조 제2항 본문은, 같은 법 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한행정소송은 행정소송법 제18조 제1항 본문, 제2항 및 제3항에도 불구하고 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다고 하여 조세행정소송에 관한 필요적 전치주의를 규정하고 있다. 다만, 조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적·발전적 과정에서 이루어진 것으로서서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에, 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 할 것이다(대법원 1991. 5. 24. 선고 91누247 판결, 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두25817 판결 등 참조).

3. 그런데 이 사건 처분 중 부가가치세 부과처분은 이 사건 세금계산서가 허위임을전제로 한 것이고, 법인세 부과처분과 소득금액변동통지처분은 이 사건 세금계산서의 허위 여부와 별도로 원고가 그 세금계산서의 공급가액 상당을 손금으로 산입한 것이 위법함을 전제로 한 것이다. 이와 같이 위 각 처분은 이 사건 세금계산서의 내용과 같은 재화나 용역의 공급이 있었는지 여부와 관련되어 있기는 하나, 각 과세요건이 전혀 다르다(원고 역시 이 사건 소송에서 이 사건 세금계산서가 소위 위장거래에 의한 것으로서 부가가치세 부과처분은 정당하다고 가정하더라도, 원고가 그 공급가액 상당을 비용으로 지출하여 이를 손금에 산입하는 것이 정당하므로 법인세 부과처분과 소득금액변동통지처분은 위법하다는 입장으로서, 각 처분의 요건이 상이함을 전제하고 있다). 조세행정소송의 전심절차는 각 소송물마다 따로 밟아야 하고, 동일한 세원에 기하여 수종의 과세처분이 행해지더라도 각 과세처분은 독립된 별개의 처분이어서, 각 과세처분마다 전심절차를 거쳐야 함이 원칙이다. 그런데 위와 같이 이 사건 처분 중 부가가치세 부과처분과 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분은 독립된 별개의 처분이고, 그 과세요건도 상이하므로, 이에 대해서는 각 과세처분별로 전심절차를 거쳐야 하고, 원고가 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분에 관하여 전심절차를 거쳤다 하여 다른 과세처분인 부가가치세 부과처분에 대하여도 곧바로 행정소송을 제기할 수 있다고 볼 수는 없다(대법원 1984. 12. 26. 선고 82누195 판결, 대법원 2001. 6. 12. 선고99두8930 판결 등 참조). 따라서 이 사건 처분 중 부가가치세 부과처분에 대한 취소를 하는 원고의 소 부분은 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다.

4. 한편, 원고는 이 사건 처분 중 부가가치세 부과처분이 적법하다고 가정하더라도, 원고가 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받는다는 인식 및 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상 매출세액을 제외하고 부가가치세를 신고·납부하는 등의 방법으로 부가가치세 납부의무를 면탈한다는 인식이 없었으므로, 최소한 부가가치세에 대한 부당과소신고가산세의 부과처분 부분은 위법하다고 주장한다. 그러나 앞서 바와 같이 원고가 이 사건 처분 중 부가가치세 부과처분에 관하여는 본세 및 가산세 모두에 관하여 적법한 전심절차를 거치지 아니하였으므로, 이 부분 원고의 소도 부적법하다.

3. 이 사건 처분 중 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분 부분의 적법 여부 판단

• 가. 원고의 주장 원고는 2014년 하반기부터 2015년 상반기까지 주식회사 AAA(이하 ‘AAA’이라 한다)이 발주한 공사 4건을 하도급받고, BBB로부터 인력과 자재를, CCC로부터 자재를 각 공급받아 공사를 완료하였으며, BBB(DDD)에게 000,000,000원을, CCC에게 0000,000원을 각 지급하였다. 따라서 이 사건 금계산서는 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 아니며, 설령 이 사건 세금계산서가 이른바 위장거래에 따른 것이라 하더라도 이른바 가공거래에 따른 것은 아니므로, 이 건 세금계산서의 공급가액은 비용으로서 손금에 산입되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 중 해당 부분(제1심 판결문 제5쪽 7행부터 제7쪽 마지막 행까지)의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 다만, 일부 내용을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

① 제1심 판결문 제7쪽 최상단에 기재된 표 중 “영수 여부” 란의 “‘위 금액을 영수 함’이라고 기재되어 있음” 다음에 “다만, 2015. 1. 31.자 세금계산서에는 ‘위 금액을 청구함’이라고 기재되어 있음”을 추가한다.

② 제1심 판결문 제7쪽 중단에 기재된 표 중 “받는 사람(DDD BBB)” 란의 “00,000”을 “00,000,000로 “000,000,000원”을 “000,000,000원”으로 각 고쳐쓴다.

• 라. 판단

1. 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결, 대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두28076 판결 등 참조).

2. 위 인정사실 및 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었음이 상당한 정도로 입증되었다고 판단된다. 따라서 이 사건 세금계산서가 이른바 가공거래가 아닌 위장거래에 따른 것으로서 그 공급가액 상당의 비용이 실제로 지출되었다는 점은 원고가 이를증명할 책임이 있다.

• 가) CCC의 대표자 EEE는 재화 또는 용역을 공급한 사실이 없음에도 불구하고 원고에 대한 공급가액 000,000,000원 상당의 세금계산서(총 2장)를 포함하여 공 급가액 합계 0,000,000,000원 상당의 매출세금계산서를 발행하였다는 범죄사실로 유죄 판결을 선고받아 확정되었다. 형사판결이 확정된 이상 위 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결 등 참조). 그런데 ① CCC는 ‘세제’ 제조업을 주된 사업으로 하는 회사인데 세제를 제조할 만한 시설도 갖추고 있지 못하고 있었던 점, ② CCC는 2014년 2기부터 2015년 1기까지 매입세금계산서의 수취 없이 공급가액 0,000000,000원 상당의 매출세금계산서만 발행하였는데, 이와 같이 매입 없이 거액의 매출만 하는 거래가 가능하다고 볼 수 없는 점, ③ 원고는 2015. 2. 27. 및 2015. 3. 26. CCC로부터 000,000,000원 상당의 재화(통신장비 및 케이블)를 공급받았고, CCC는 000,000,000원을 영수하였다는 내용의 세금계산서를 발행하였음에도 불구하고, 그 무렵까지 원고가 CCC에게 지급한 금원이 없었던 점, ④ 원고는 2015. 4. 9. CCC에게 0,000,000원을 지급하였고, CCC가 2015. 7. 25. 폐업되고 세금계산서 허위 발행으로 세무서로부터 조사를 받게 되자 뒤늦게 2015. 8. 13.경부터 2016. 1. 21.경까지 합계 297,600,000원을 지급한 점 등을 종합하여 보면, EEE에 대한 확정된 형사판결의 내용과 같이 이 사건 세금계산서 중 CCC가 원고에게 발행한 공급가액 000,000,000원 상당의 세금계산서는 실물거래 없이 허위로 작성된 것임을 인정할 수 있다.
• 나) BBB의 실질 운영자인 이OO은 재화 또는 용역을 공급한 사실이 없음에도 불구하고 원고에 대한 공급가액 000,000,000원 상당의 세금계산서(총 5장)를 포함하여 공급가액 합계 0,000,000,000원 상당의 매출세금계산서를 발행하였다는 범죄사실등으로 고발되어 조사를 받던 중 사망하여 공소권 없음 처분으로 형사사건이 종결되었다. 비록 이OO에 대하여는 유죄판결이 선고되어 확정되지는 아니하였으나, ① 이OO은 원고에게 발행한 세금계산서 5장 중 2014. 12. 24. 발행된 것(공급가액 00,000,000원 상당)이 허위임을 인정한 바 있고, 원고의 대표자 이AA은 위 세금계산서 5장 중 2014. 10. 20. 발행된 것(공급가액 00,000,000원 상당)이 허위임을 인정한 바 있는 점, ② BBB가 2014년 2기부터 2015년 1기까지 CCC로부터 받은 공급가액 0,000,000,000원 상당의 매입세금계산서는 실물거래 없이 허위로 작성된 것이므로, AAA가 CCC로부터 케이블, 통신장비 등을 납품받은 사실이 없다고 보아 야 하며, 같은 이유로 원고가 BBB로부터 이러한 물품을 납품받았다고 보기 어려운 점, ③ 원고는 2014. 10. 20.부터 2015. 1. 31.까지 BBB로부터 AAA 철근제강 CCTV 시스템 납품 등 각종 재화나 용역을 제공받았고, BBB는 원고로부터 000,000,000원을 영수하였으며, 원고에게 30,000,000원을 청구하였다는 내용의 세금계산서를 발행하였음에도 불구하고, 원고가 2015. 3. 16.까지 BBB에게 지급한 금원은000,000,000원에 불과하여 위 세금계산서의 공급가액이나 영수 여부 기재와 큰차이가 있는 점(원고가 지급한 금원 중 상당액은 한OO 등에게 다시 이체되거나 현금으로 인출되어, 종국적으로 BBB에게 귀속된 것인지도 의문이다), ④ 원고가 그 이후인 2016. 6. 1.부터 2016. 10. 7.까지 ‘DDD FFF’의 계좌로 입금한 합계 000,000,000원은 위 세금계산서 발행 거래와 관련하여 지급된 것이라고 보기 어려운 점(위 세금계산서 발행일과 금원 지급일 사이에 차이가 많고, BBB와 FFFF 모두 2016. 3. 31. 폐업하였는데 BBB의 폐업 때문에 FFFF의 계좌로 금원을 이체하였다는 원고의 주장도 납득하기 어렵다) 등을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서 중 BBB가 원고에게 발행한 공급가액 000,000,000원 상당의 세금계산서도 실물거래 없이 허위로 작성된 것임을 인정할 수 있다.

3. 갑 제3 내지 15, 17, 18호증의 각 기재 등 원고가 제출한 모든 증거를 종합하여 보아도, 이 사건 세금계산서가 이른바 가공거래가 아닌 위장거래에 따른 것으로서, 그 공급가액 상당의 비용이 실제로 지출되었음을 인정하기에 부족하다.

• 가) 원고가 제출한 위 각 증거에 의하면, 원고가 AAA로부터 하도급받은 공사를 시행한 바 있음을 인정할 수는 있다. 그러나 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허 위로 작성된 것으로 인정되는 이상, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 위 공사와 관련하여 해당 사업연도에 이 사건 세금계산서의 공급가액에 상당하는 자재와 인력을 사용하고 그에 대한 구체적인 비용을 실제로 지출하였음을 인정하기에는 부족하다.
• 나) 원고는 위와 같은 공사를 시행하기 위해서는 자재와 인력이 반드시 필요하고, 원고의 재무상태표상 공사를 시행할 만한 자재를 가지고 있지 않았으므로, 해당 사업연도에 이를 매입한 것으로 인정할 수 있다고 주장한다. 그러나 원고가 임의로 작성한 재무상태표 등을 선뜻 믿기 어렵고, 이 사건 세금계산서의 작성과 관련된 자들이 용이하게 만들어 낼 수 있는 확인서나 추상적인 자료만으로 거액의 비용을 손금으로 인정 할 수는 없다. 따라서 원고로서는 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여 구체적인 장부기장과 객관적인 증빙 등을 제출하여야 할 것인데, 이러한 증거가 제출되었다고보기 어렵다.
• 다) 원고는 원고와 그 대표자 이AA이 허위의 세금계산서 수취에 대하여 형사처벌을 받은 바 없다는 점도 그 주장의 논거로 내세우고 있으나, 그와 같은 사정만으로 이 사건 세금계산서의 공급가액을 실제 비용으로 인정하기는 어렵다[오히려, 갑 제17호증의 기재에 의하면, 원고와 그 대표자 이AA은 한OO에 대한 조사를 위하여 한시적으로 기소중지 상태에 있었음에 불과함을 인정할 수 있고, 원고와 그 대표자 이AA은 결국 허위 내용인 이 사건 세금계산서를 수취한 행위가 조세범처벌법위반에 해당함을 이유로 기소되어 유죄판결을 받아 그 판결이 확정된 것으로 보인다(대전지방법원 서산지원 2019. 4. 18. 선고 2018고단1076 판결)].

그렇다면 이 사건 처분 중 부가가치세 부과처분 부분에 관한 취소를 구하는 원고의 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 위와 같이 변경한다. (별지) 관계 법령 ■ 국세기본법 제56조(다른 법률과의 관계)

② 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조제1항 본문, 제2항및 제3항에도 불구하고 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 대한 제65조제1항제3호 단서(제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대한 행정소송은 그러하지 아니하다. ■ 법인세법 (2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제66조(결정 및 경정)

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. ■ 법인세법 시행령 (2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제104조(추계결정 및 경정)

① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비또는 허위인 경우 제106조(소득처분)

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. ■ 법인세법 시행규칙 제54조(대표자 상여처분방법) 영 제106조 제1항 제1호 단서의 규정을 적용함에 있어서 사업연도중에 대표자가 변경된 경우 대표자 각인에게 귀속된 것이 분명한 금액은 이를 대표자 각인에게 구분하여 처분하고 귀속이 분명하지 아니한 경우에는 재직기간의 일수에 따라 구분계산하여 이를 대표자 각인에게 상여로 처분한다. 끝.