관계 기업의 자본금이 1,000억 원이 넘은 경우의 중소기업유예제도 적용여부

사 건 대전고등법원-2018-누-10093 원고, 항소인 AA제약 주식회사 피고, 피항소인 BB세무서장 제1심 판 결 대전지방법원-2017-구합-102869 변 론 종 결 2018.4.12. 판 결 선 고 2018.4.26.

1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결문을 아래 제2항과 같이 추가 하거나 고쳐 쓰고 것 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제4면 제17행 마지막 부분에 다음 내용을 추가한다. 『(이하 대통령령 제24799호로 개정되기 전의 중소기업기본법 시행령을 ‘중소기업기본 법 시행령’이라 하고, 대통령령 제24799호로 개정된 중소기업기본법 시행령을 ‘개정 후 중소기업기본법 시행령’이라 한다).』

○ 제5면 제19행의 ‘않겠다는 취지이다.’를 『않음으로써 공정하고 경쟁 촉진적인 중소 기업 경영환경을 조성하겠다는 취지이다.』로 고친다.

○ 제6면 제16행부터 제7면 제1항까지를 다음과 같이 고친다. 『원고는, 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령(이하 ‘개정 후 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항은 조세특례제한법 시행령 제2조 제

• 3 - 2항의 정당한 해석, 즉 어느 기업이 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에도 중소기업 유예기간을 적용한다는 해석을 명문으로 확인한 것이라고 주장 한다. 그러나 개정 후 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 을 원고의 주장과 같이 해석 할 근거가 없고, 개정 후 조세특례제한법 시행령 부칙 제4조는 2015. 1. 1. 이후 최초 로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우에 위 개정규정을 적용한다고 규정하여 원고와 같이 2015. 1. 1. 이전에 이미 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당 하지 않게 된 경우에는 중소기업 유예기간이 적용되지 않음을 전제로 하고 있는 점을 고려하면, 원고의 주장과 같이 위 개정규정이 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 에 대한 기존 해석을 단순히 확인하기 위해 그 입법이 이루어졌다고 볼 수 없다.』

○ 제7면 제2행부터 제9행까지를 다음과 같이 고친다. 『4) 원고는, 개정 후 중소기업기본법 시행령 제9조 제4호 가 ‘중소기업이 다른 기업의 주식을 소유하는 경우에는 관계기업 기준에도 불구하고 중소기업에 해당한다’는 내용 으로 개정되었으므로, 개정 후 중소기업기본법 시행령이 적용되는 시점 이후인 2014, 2015 사업연도에 대하여는 중소기업 유예기간이 원고에게도 적용되어야 한다고 주장 한다. 그러나 중소기업기본법 시행령이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요 건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업 으로 제한하는 등 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 달리 규정하

• 4 - 고 있는 점(조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문)하고 있는 점, 또한 조세특례제한 법과 그 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하 지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있고(조 세특례제한법 시행령 제2조 제2항, 제5항), 그 유예사유, 유예기간과 기산일 등도 중소 기업기본법령의 그것과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부는 조세 특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결 등 참조). 결국 조세특례제한법 시행령은 조세정책적 고려 아래 조세특례의 적용대상인 중 소기업의 해당 여부를 중소기업기본법령과 달리 정하였다고 보는 것이. 타당하므로, 원 고가 조세특례제한법령상 특별세액감면의 대상인 중소기업에 해당하는지 여부는 조세 특례제한법 시행령에 따라 판단하여야 하지, 원고 주장과 같이 개정 후 중소기업기본 법 시행령에 따라 판단할 것은 아니므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.』

그렇다면 제1심판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.