2. 이 사건 처분의 적법 여부
- 가. 원고 주장의 요지 이 사건 토지의 경우 8년 이상 자경한 농지로서 연구개발특구의 육성에 관한 특 별법(이하 ‘연구개발특구법’이라 한다)에 따라 환지예정지 지정을 받고 그 지정일로부 터 3년 이내에 양도하였으므로, 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개 정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제69조 제1항 단서의 ‘ 도시개발법 또 는 그 밖의 법률(이하 ‘ 도시개발법 등’이라 한다)에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토 지로 환지예정지 지정을 받은 경우’에 해당하여 양도소득세를 산정함에 있어 감면소득 을 계산할 때 ‘환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가’를 적용하여야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이를 같은 조항의 ‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계 획법’이라 한다)에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ‘주거지역 등’이라 한다) 에 편입된 경우‘로 보아 ’주거지역 등에 편입된 날의 기준시가‘를 적용하는 것이 타당 하다는 이유로 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.
- 나. 관련법령 별지 관련법령 기재와 같다.
- 다. 인정사실 ⑴ B은 2009. 7. 21. 구 C연구개발특구 등의 육성에 관한 특별 법(2012. 1. 26. 법률 제11232호로 개정되기 전 법률, 이하 ‘구 연구개발특구법’이라 한 다)에 따라 아래와 같이 이 사건 토지가 포함된 대전 유성구 DD동 일대의 토지를 토 지소유자에 의한 환지방식의 사업추진방식으로 개발한다는 내용으로 C연구개발특구 2단계 DD지구 개발계획을 고시하였다. ․사업의 명칭: C연구개발특구 2단계 DD지구 개발사업 ․사업위치: 대전 유성구 DD동 200번지 일원 ․사업지정권자: 정부(미래창조과학부 장관) ․사업시행자: DD지구 개발사업조합 ․개발면적: 298,137㎡ ⑵ 대전광역시장은 2011. 12. 28. 구 연구개발특구법 제27조 제1항 등에 따라 아래 와 같은 내용의 ‘C연구개발특구2단계(DD지구) 개발사업 실시계획 승인고시’를 하 였고, 이에 따라 이 사건 토지는 국토계획법상 대전광역시 공업지역으로 편입되었다. ․사업위치: 대전 유성구 DD동 200번지 일원 ․토지이용계획 ․개발사업시행자: DD지구 개발사업조합(2009. 11. 5. 설립인가) ․시행방법: 토지소유자에 의한 환지방식 ․시행기간: 실시계획승인일 ～ 2013. 12. 31. ⑶ 대전광역시 EE은 2012. 10. 25. DD지구 개발사업조합장에게 ‘C연구 개발특구2단계(DD지구) 환지계획 인가통보’를 하였고, DD지구 개발사업조합은 2012.
11. 1. 조합원들에게 환지예정지 지정조서 및 환지예정지 지정설명서를 발송하였는데, 이에 따르면 이 사건 토지의 환지예정지는 A1블럭(가지번 656) 229.9㎡였다. ⑷ 대전광역시 EE은 2013. 6. 21. 그 효력 발생일을 공고 당일로 하는 C 연구개발특구 2단계(DD지구) 환지예정지 지정 공고를 하였는데, 사업위치나 면적, 사 업시행자, 시행방법, 시행기간은 위 ⑵항에 기재된 DD지구 개발사업 실시계획 승인고 시와 같되 평균 감보율은 50%이며, 이 사건 토지의 환지예정지는 위 환지예정지 지정 조서와 동일하게 지정되었다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 제4 내지 7호증, 제8호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
- 라. 판단 구 조특법 제69조 제1항은 본문에서 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전부 면제한다고 규정 하면서도, 그 단서에서는 해당 토지가 국토계획법에 따른 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법 등에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우 에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대 통령령이 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하도록 정하고 있다. 이처럼 구 조특법 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세 면제범위를 제 한한 것은, 농지가 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 후에는 개발이 익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다. 구 조특법 제69조 제1항 단서의 문언상 주거지역 등 편입과 환지예정지 지정 중 어느 하나의 요건만 충족되면 양도소득세 면제범위가 제한된다고 볼 수 있을 뿐만 아 니라, 농지가 국토계획법에 따른 주거지역 등에 편입된 후 순차로 도시개발법 등에 따 른 환지예정지 지정을 받은 경우 주거지역 등에 편입된 때부터 이미 사실상 농지 외의 토지로 취급되어 거래가 이루어지므로, 이 경우에는 환지예정지 지정이 아니라 그에 앞서 이루어진 주거지역 등 편입 전까지 발생한 양도소득에 대하여만 양도소득세 면제 대상이 된다고 봄이 타당하다. 한편 여기에서 ‘주거지역 등’은 주거지역․상업지역 및 공업지역만을 의미하는데, 농지가 국토계획법에 따른 녹지지역에 편입되었다가 이후 도시개발법 등에 따른 환지 예정지 지정을 받은 경우와 같이 주거지역 등에 편입됨이 없이 곧바로 환지예정지 지 정이 이루어지는 경우도 있을 수 있으므로, 이와 같이 본다고 하여 구 조특법 제69조 제1항 단서 중 ‘환지예정지 지정을 받은 날까지’ 부분이 불필요하거나 무의미하게 되는 것도 아니다. 이러한 점들을 종합하여 보면, 구 조특법 제69조 제1항 단서에 따른 양 도소득세 면제 제한은 국토계획법에 의하여 주거지역 등에 편입된 날과 도시개발법 등 에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날 중 빠른 날을 기준으로 적용된 다고 보아야 한다(대법원 2017. 3. 30. 선고 2016두57038 판결). 앞서 본 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 토지는 2013. 6. 21. 도 시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받기에 앞서 2011. 12. 28. 이미 국토계획법에 따른 공업지역으로 편입되었으므로, 구 조특법 제69조 제1항 단서 에 따라 원고의 이 사건 토지 양도소득 중 공업지역 편입일인 2011. 12. 28.까지 발생 한 부분에 대해서만 양도소득세 면제대상이 될 수 있다고 보아야 한다. 원고는, 수용 또는 사용방식이 아닌 환지방식의 사업에서는 실시계획 승인으로 주거지역 등에 편입된다 하더라도 환지계획이 수립되고 인가되어 환지예정지 지정이 되기 전까지는 권리의 변동이 전혀 없는 것일 뿐 아니라, 주거지역 등의 편입 이후에 실시계획 승인이 취소되는 등 개발사업 자체가 무산될 가능성을 배제할 수 없어 환지 예정지 지정일 이후라야 토지의 가격이 상승될 수 있다는 전제에서 달리 보아야 한다 고 주장하나, 실제로 환지 방식의 사업대상지에서 종전 토지의 사용 수익이 금지되는 환지예정지 지정일 이후에서야 비로소 토지의 가격이 상승한다고 볼 만한 증거가 없을 뿐 아니라, 현실에서는 주거지역 등에 편입되는 시점부터 경제적인 측면에서 지가 상 승에 대한 기대치가 높아지게 마련이고, 농지에 대한 양도소득세를 일정한 경우 감면 하는 내용의 이 사건 구 조특법 제69조 제1항 단서와 같은 특혜규정은 조세공평의 원 칙상 엄격하게 해석해야 한다는 원칙에 입각하더라도, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다. 따라서, 환지예정지 지정일까지로 감면세액의 계산범위를 넓게 인정하여 과다 납 부한 양도소득세를 환급해달라는 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 적 법하다.