이 사건 양도소득세경정거부처분이 위법한지 여부

사 건 대전고등법원-2016-누-11542 원 고 윤근혁 피 고 북대전세무서장 변 론 종 결

2016. 09. 08 판 결 선 고

2016. 10. 07

• 가. 원고는 1990. 4. 23. 대전 DD구 BB동 144-1 답 523㎡를 매수한 후 2003. 8.

7. 인접 농지인 같은 동 144-2 답 67㎡를 합병하였다. 대전 DD구 BB동 144-1 답 590㎡는 그 중 104㎡가 2013. 8. 1. 같은 동 144-4 로 분할되어 486㎡만이 남게 되었고(이하 이처럼 분할되고 남은 위 토지를 ‘이 사건 토지’라 한다), 원고는 2014. 9. 5. 주식회사 AA유앤아이에게 2014. 9. 1.자 매매를 원 인으로 하여 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 경료하여 주었다(거래가액 305,812,000원).

• 나. ⑴ 원고는 2014. 9. 26. 피고에게 이 사건 토지가 주거지역 등에 편입된 날인 “2011. 12. 28.”의 기준시가를 적용하여 감면세액을 29,858,108원으로 계산하여 양도소 득세를 신고하였다. ⑵ 그후 원고는 2014. 12. 31. 피고에게 이 사건 토지에 관하여 환지예정지 지정을 받은 날인 “2013. 6. 21.”의 기준시가를 적용하여 감면세액을 43,964,080원으로 계산한 후, 과다납부한 양도소득세 14,105,972원(= 43,964,080원 - 29,858,108원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 다. 피고는 2015. 2. 25. 원고에게 ‘당초 신고가 타당하다고 판단되어 원고의 경정청 구를 불채택한다’는 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 2015. 4. 15. 조세심판원에 심판을 신청하였으나, 2015. 11. 10. 기각되었다. 【인정근거】갑 제1 내지 3호증, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 토지의 경우 8년 이상 자경한 농지로서 연구개발특구의 육성에 관한 특별 법(이하 ‘연구개발특구특별법’이라 한다)에 따라 환지예정지 지정을 받고 그 지정일로 부터 3년 이내에 양도하였으므로, 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제69조 제1항 단서의 ‘도시개 발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우’에 해당하여 양도소득세를 산정함에 있어 감면소득을 계산할 때 ‘환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가’를 적용하여야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이를 같은 조항의 ‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역 (이하 ‘주거지역 등’이라 한다)에 편입된 경우‘로 보아 ’주거지역 등에 편입된 날의 기 준시가‘를 적용하는 것이 타당하다는 이유로 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분 은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실 ⑴ 미래창조부 장관은 2009. 7. 21. 연구개발특구특별법에 따라 아래와 같이 CC연 구개발특구 2단계 BB지구 개발계획을 고시하였다. ․사업의 명칭: CC연구개발특구 2단계 BB지구 개발사업 ․사업위치: 대전 DD구 BB동 200번지 일원 ․사업지정권자: 정부(미래창조과학부 장관) ․사업시행자: BB지구 개발사업조합 ․사업추진방식: 토지소유자에 의한 환지방식 ․개발면적: 298,137㎡(이 사건 토지가 포함됨) ⑵ 2009. 11. 5. BB지구 개발사업조합의 조합설립인가가 이루어졌다. ⑶ 대전광역시장은 2011. 12. 28. 연구개발특구특별법 제27조 제1항 등에 따라 아 래와 같은 내용의 ‘CC연구개발특구2단계(BB지구) 개발사업 실시계획 승인고시‘를 하였고, 이에 따라 이 사건 토지는 대전광역시 공업지역으로 편입되었다. ․사업위치: 대전 DD구 BB동 200번지 일원 ․토지이용계획 ․개발사업시행자: BB지구 개발사업조합 ․시행방법: 토지소유자에 의한 환지방식 ․시행기간: 실시계획승인일 ～ 2013. 12. 31. ⑷ 대전광역시 DD구청장은 2012. 10. 25. BB지구 개발사업조합장에게 ‘CC연구 개발특구2단계(BB지구) 환지계획 인가 통보’를 하였다. ⑸ BB지구 개발사업조합은 2012. 11. 1. 조합원들에게 환지예정지 지정조서 및 환 지예정지 지정설명서를 발송하였는데, 이 사건 토지의 환지예정지는 아래와 같다. ⑹ 대전광역시 DD구청장은 2013. 6. 21. 아래와 같은 내용의 ‘CC연구개발특구2 단계(BB지구) 환지예정지 지정 공고’를 하였다. ․사업명: CC연구개발특구2단계(BB지구) 개발사업 ․사업위치: 대전 DD구 BB동 200번지 일원 ․사업면적: 298,137㎡ ․사업시행자: BB지구 개발사업조합 ․평균감보율: 50% ․환지예정지 지정의 효력 발생일: 2013. 6. 21. ․환지예정지 지정으로 인한 효과: 도시개발법 제36조 (환지예정지 지정의 효과)에 의거 효력발생일로부터 환지처 분의 공고가 있는 날까지 환지예정지 또는 당해 부분에 대하여 종전과 동일한 내용의 권리를 행사할 수 있으며 종전의 토지에 대하여는 이를 사용하거나 수 익할 수 없다. ․시행방법: 토지소유자에 의한 환지방식 ․시행기간: 실시계획승인일 ～ 2013. 12. 31. ⑺ BB지구 개발사업조합은 원고 등 공동주택용지(환지분) 현금청산 신청자 26명 으로부터 그 매매계약에 관한 일체의 권한을 위임받아 2014. 6. 26. 주식회사 AA유앤 아이에게 이 사건 토지를 포함한 대전 DD구 BB동 656번지 대지 21,418.5㎡를 총 28,515,680,000원(이 사건 토지 매매대금은 305,812,811원)에 매도하는 내용의 계약을 체결하였는데, 그 계약서(갑 제8호증의 2, 이하 ‘이 사건 매매계약서’라 한다)의 제1조 2)항에는 ‘주식회사 AA유앤아이는 BB지구 개발사업조합으로부터 위 부동산을 매입 하여 체비지 2) 와 함께 공동주택사업을 하려는 매수자의 지위에 있음을 상호 인정한다.’ 라고 기재되어 있다. 【인정근거】갑 제1호증, 제4 내지 7호증, 제8호증의 1, 2, 변론 전체의 취지
• 라. 판단 위에서 본 사실관계 및 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음 과 같은 사정 등에 비추어 보면, 이 사건과 같이 도시개발법에 따라 환지방식에 의해 사업을 시행하는 경우에는 ‘주거지역 등에 편입된 날’을 기준으로 할 것이 아니라 ‘환 지예정지 지정을 받은 날’을 기준으로 하여 그 기준시가에 따라 양도소득 감면세액을 산정함이 타당하고, 이에 따라 원고가 환지예정지 지정을 받은 날인 “2013. 6. 21.”의 기준시가를 적용하여 산정한 감면세액 43,964,080원을 공제하면, 원고가 과다납부한 양 도소득세 14,105,972원(= 43,964,080원 - 29,858,108원)이 환급되어야 할 것이다. 따라 서 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

① CC연구개발특구2단계(BB지구) 개발사업은 ‘토지소유자에 의한 환지방식’에 의해 시행되는 사업이고, 이 사건 토지에 관하여 2013. 6. 21. ‘대전 DD구 BB동 656번지 A1블럭 229.9㎡’로 환지될 예정이라는 내용의 환지예정지 지정 공고가 이루어 졌다.

② 원고가 매각한 이 사건 토지는 ‘환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지’이지 체비지가 아니다 이 사건 매매계약서 제1조 2)항에서도 ‘주식회 사 AA유앤아이가 BB지구 개발사업조합으로부터 (체비지가 아닌) 위 부동산을 매입 하여 체비지와 함께 공동주택사업을 하려 한다는 취지로 기재되어 있다.

③ CC연구개발특구는 연구개발특구특별법 제43조에서 규정한 ‘국가산업단지’에 해당하고, 국가산업단지의 개발에 필요한 사항을 규정하고 있는 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산업입지법’이라 한다)은 제16조의2(조합의 설립 등) 및 제24조(토지소 유자에 대한 환지)의 경우 도시개발법을 준용하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 토지 는 ‘ 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라’ 환지예정지 지정을 받은 경우라고 볼 수 있다.

④ 도시개발법은 도시개발사업을 환지방식에 의해 실시하는 경우에도 그 실시계 획에 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 지구단위계획을 작성하여 포함하도록 규정하고 있고(도시개발법 제24조 제1항, 제17조 제1항), 실시계획 승인이 난 뒤에 환 지계획이 수립되므로, 지구단위계획의 작성(주거지역 등의 지정)이 언제나 환지예정지 지정보다 선행할 것으로 보인다. 따라서 이 사건과 같이 도시개발법에 따라 환지방식 에 의해 사업을 실시하는 경우, 그 과정의 일부로 지구단위계획의 작성(주거지역 등의 지정)이 이루어진다는 이유만으로, 이를 구 조세제한특례법 제69조 제1항 단서 전단의 ‘국토 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역 등에 편입‘된 경우로 보게 된다 면, 같은 항 단서 후단의 ’ 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농 지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우’라는 규정은 불필요한 규정이 되는 불합 리한 결과가 발생한다)언제나 환지예정지 지정에 앞서 지구단위계획의 작성(주거지역 등의 지정)이 이루어지므로 결과적으로 후단이 적용될 여지가 없어진다.

⑤ 국토 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 주거지역 등으로 편입되고, 이후 해당 토지가 수용되는 경우 등에는 해당 토지 소유자의 별다른 노력이나 관여 없이 이러한 주거지역 등 지정만으로 개발이익이 발생하므로 ‘주거지역 등 지정일’을 기준으로 하여 그 이후 발생되는 소득에 대해 과세함이 타당하나, 이 사건과 같이 도시개발법에 따른 환지방식에 의해 사업을 실시하는 경우에는 감보율 등을 고려한 환지예정지 지정이 이 루어진 후에야 비로소 그 개발이익 산정이 가능하다고 볼 수 있으므로 오히려 ‘환지예 정지 지정일’을 기준으로 그 이후의 발생되는 소득에 대해 과세함이 타당한 것으로 보 이며, 구 조세제한특례법 제69조 제1항 단서가 ‘국토 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역 등에 편입‘된 경우와는 별도로 ’ 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따 라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우’를 규정한 것도 이 러한 취지에서라고 볼 수도 있다.

⑥ 결국 도시개발법에 따라 환지방식에 의해 사업이 실시되고 이 사건 토지에 관 하여 환지예정지 지정이 이루어진 이상 이는 조세제한특례법 제69조 제1항 단서 후단 의 ’ 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지 예정지 지정을 받은 경우’라고 봄이 타당하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판 결한다.