퇴직연금보험료는 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에서 제외하고 있지 아니함
퇴직연금보험료는 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에서 제외하고 있지 아니함
사 건 2016누11467 법인세등부과처분취소 원고, 피항소인 주식회사 aaa 피고, 항소인 북대전세무서장 제1심 판 결 대전지방법원 2015구합105260(2016.05.26) 변 론 종 결
2016. 10. 20. 판 결 선 고
2016. 11. 17.
1. 제1심판결을 취소한다.
2. 피고가 2013. 11. 26. 원고에 대하여 한 2008사업연도 귀속 46,688,290원(가산세 포함), 2009사업연도 귀속 102,995,420원(가산세 포함), 2010사업연도 귀속 243,227,510원(가산세 포함) 합계 392,911,220원의 법인세 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.
1. 이 사건 처분 세액 【인정근거】다툼없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것 은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
① 조세특례제한법령은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 ‘인건비’의 범위 에서 퇴직연금보험료를 배제하지 않고 있고, 위 ‘인건비’는 그 명칭을 불문하고 근로자 에게 근로에 대한 대가로 지급된 일체의 비용을 의미하는 점, ② 퇴직연금보험료는 각 사업연도에 실제로 지출되고 전액 손금으로 인정되는 비용으로서 인건비에 해당하는 점, ③ 확정기여형 퇴직연금제도인 퇴직연금보험료는 실제 비용 지출 여부, 적립 및 지급시 회계처리 등이 퇴직급여충당금과 달라 양자의 성질은 전혀 다른 점, ④ 과세관청의 예규에 의할 때 4대 보험의 보험료 지출은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비로 인정되는 점 등을 종합할 때, 이 사건 퇴직연금보험료는 이 사건 연구소의 직원들에 대한 인건비로서 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당한다. 그럼에도 이 사건 퇴직연금보험료를 조세특례제한법상 세액공제 대상으로 인정하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.
① 구 조세특례제한법 제10조 제1항 은 내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에 그 각 호에서 정한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 이에 따라 구 조세제 한특례법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 및 별표 6과 구 조세제한특례법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 및 별표 6은 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 ‘기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비‘를 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 열거하고 있고, 구 조세제한특례법 시행규칙(2009. 4. 7. 기획재정부령 제70호로 개정되기 전의 것, 2010. 4. 20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것, 2011. 4. 7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 ’ 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소‘ 등을 ’기획재정부령이 정하는 전담부서‘로 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 ’기획재정부령이 정하는 자란 일반연구인력개발 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다‘라고 규정하고 있는데, 이 사건 퇴직연금보험료는 기술개발촉진법령이 정한 기업부설연구소인 이 사건 연구소 에서 근무하는 직원들에게 지급된 것으로서 ’기획재정부령이 정하는 전담부서에서 근 무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자‘에게 지출된 비용에 해당한다.
② ‘인건비’란 그 명칭 여하에 불구하고 피용자에게 근로에 대한 대가로 유상으로 지출한 일체의 것을 말하는데, 이 사건 퇴직연금보험료는 이 사건 연구소에서 근무하 는 직원들에게 그 근로의 대가로 유상으로 지급되는 것이므로 ‘인건비’에 해당하며, 조 세특례제한법령은 연구․인력개발비 세액공제의 대상이 되는 ‘인건비’에서 ‘퇴직연금보 험료를 제외한다’는 규정을 두고 있지도 아니하다.
③ 퇴직급여충당금은 정당한 기간손익의 계산을 위하여 추산한 일정한 한도 내의 금원을 ‘퇴직급여충당금’으로 부채계정에 적립함과 동시에 동 금액을 ‘퇴직급여’로 비용계정에 반영하기는 하나, 실제로 퇴직금을 지급하기 전까지는 아무런 현금 지출이 이루어지지 않는다. 반면에 이 사건 퇴직연금보험료는 확정기여형 퇴직연금제도2)에 따라 각 사업연도에 사외의 퇴직연금사업자에게 실제로 지출되고, 그 지출시마다 그 지출분 상당액이 회사의 비용으로 회계처리되며, 과세연도별 및 대상근로자별로 그 지출액을 특정할 수 있다.
④ 퇴직급여충당금의 경우 장부상으로만 계상된 비용에 불과하여 피용자가 실제로 퇴직하여 그에 대하여 지급이 현실적으로 이루어진 때에야 비로소 회사의 비용이 된다 고 볼 수 있는 반면, 퇴직연금보험료는 회사가 사외의 퇴직연금사업자에게 보험료를 지출함과 동시에 그 해당 금원이 피용자에게 확정적으로 귀속하는 것이므로, 퇴직연금 보험료가 지출되는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 있다.
⑤ 이와 같이 퇴직급여충당금과 퇴직연금보험료는 그 실질에 있어 큰 차이가 있는 점, 퇴직급여를 사내에 관념적으로만 적립하는 퇴직금제도에 의한 퇴직급여충당금은 근로자들의 안정적인 노후재원 마련에 문제점이 야기되므로 사외의 퇴직연금사업자에 게 적립하는 퇴직연금보험제도를 사업자가 선택하도록 유도할 필요성이 있는 점, 조세 특례제한법 시행령이 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되면서 별표 6에 “ 법인세법 제33조 에 따른 퇴직급여충당금”을 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에서 제외한다는 단서 규정을 추가하면서도, ‘퇴직연금보험료’를 이러한 인건비에서 제외한다는 규정을 두지 않은 것은 이와 같은 이유 등에서 ‘퇴직연금보험료’를 ‘인건비’에 포함시키려는 입법의도가 있었던 것으로 볼 여지도 충분한 점 등에 비추어 보면, 퇴직연금보험료를 퇴직급여충당금과 달리 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함시키 는 것이 조세평등의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.
⑥ 오히려 국민연금, 건강보험료 등을 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건 비에 포함시키면서도 이와 유사한 퇴직연금보험료만을 그 대상에서 제외할 특별한 이유가 없어 보인다.
그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판 결한다.
○ 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비 스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연 도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업 소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인 력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액 과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.
- 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인 력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경 우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
- 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외 의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위 탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액 의 100분의 40에 상당하는 금액
- 다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도 로 한다)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 구 분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
• 10 -
○ 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조 (연구·인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비 스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경 우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인 력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전 연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.
- 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인 력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경 우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
- 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외 의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위 탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액 의 100분의 40에 상당하는 금액
- 다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도 로 한다)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 구 분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
○ 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액
• 11 - 을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적 용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연 구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
- 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100 분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
- 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개 발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.
○ 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액 을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적 용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연 구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
- 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100 분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
- 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계 산한 금액
• 12 - [별표 6] <개정 2008.10.7> 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항관련) 구 분 비 용
① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정 하는 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으 로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비 [별표 6] <개정 2010. 2. 18>
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10
3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖 에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
○ 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)
② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인 력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.
○ 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등)
① 법 제9조3) 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구 개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.
• 13 - 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구 분 비 용
① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정 하는 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으로 서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비
○ 구 조세특례제한법 시행규칙(2009. 4. 7. 기획재정부령 제70호로 개정되기 전의 것) 제7조 (연구 및 인력개발비의 범위)
① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장 관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.
○ 구 조세특례제한법 시행규칙(2010. 4. 20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것) 제7조 (연구 및 인력개발비의 범위)
① 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나 에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.
1. 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조 에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서
○ 구 조세특례제한법 시행규칙(2011. 4. 7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위)
① 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나 에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "일반연구인력개발 전담부서"라 한다)를 말한다.
1. 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조 에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서. 끝.
3. 구 조세제한특례법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제9조 제2항 제1호이 규정한 ‘제1항에 따라 손금 에 산입한 연구·인력개발준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발 의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한 다)’을 가리킨다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.