과세연도 중간에 합병이 이루어진 경우 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제 방법

사 건 2016누11146 법인세경정청구거부처분취소 원고, 피항소인 aaa 유한회사 피고, 항소인 천안세무서장 제1심 판 결 대전지방법원 2015구합101718(2016.04.27) 변 론 종 결

2016. 8. 11. 판 결 선 고

2016. 9. 1.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2014. 3. 11. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 742,714,243원의 경정청구거부처분 중 333,677,133원을 초과하는 부분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같은 부분을 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본 문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

• 가. 제1심판결 제6면 제10행의 “위법․무효이고”를 “위헌․위법한 것으로서 무효이 고”로 고쳐 쓴다.
• 나. 제1심판결 제9면 제3행부터 제17행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다. “그러나 원고의 주장처럼 사업연도 중간에 합병이 이루어진 경우 합병법인의 ‘해당 과세연도의 개월 수’를 ‘합병 후 개월 수’로 보면, 예를 들어 이 사건에서 이 사건 승계 연구소 연구비에 한정하여 보면, 피합병법인이 합병 전(2010. 1. 1.부터 2010. 6. 30.까
• 지) 이 사건 승계연구소 연구비로 ‘0원’을 지출하고, 합병 후(2010. 7. 1.부터 2010. 12. 31.까지)에 원고가 이 사건 승계연구소 연구비로 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액 2,045,185,561원과 동일한 금액을 지출한 경우에도 이 사건 승계연구소 에서 합병 이후 발생한 위 연구비에서 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생 액의 6/12를 공제한 금액의 40/100에 해당하는 금액을 세액공제 해주어야 하는 불합리 가 발생할 수도 있는 점(합병이 없었을 경우 2010년 1년간 지출된 총 연구비가 피합병 법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액과 동일하여 그 증가분이 없으므로 이 사건 승계연구소와 관련하여 세액공제되는 금액이 없었을 것인데, 합병이 있었다는 이유만 으로 세액공제되는 금액이 발생하는 부당한 결과가 도출된다. 이러한 결과는 연구비가 과거 평균 발생액보다 증가하였을 경우 그 증가분에 대하여 세액공제가 이루어지도록 함으로써 기업의 연구개발을 장려하는 구 조세특례제한법 제10조 의 취지에 반하는 것 으로 보인다) 등에 비추어 보면, 이와 같이 사업연도 중간에 합병이 이루어진 경우와 합병이 없는 경우에 세액공제를 받을 수 있는 연구비 총액이 달라지는 것은 합병 여부 및 합병 시기의 차이에 따른 결과이지, 이를 조세평등주의에 위배된 것이라 단정할 수 없다. 또한 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목은 ‘해당 과세연도에 발생한 일반 연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력 개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액’을 세액공제액으로 규정하고 있고, 구 조세특례 제한법이 정한 위 ‘해당 과세연도’는 ‘세액공제를 받으려는 자의 해당 과세연도’를 의미 하는 것이 명백하므로, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항 의 ‘해당 과세연도의 개 월수’도 ‘합병 후 개월 수’가 아닌 ‘세액공제를 받으려는 자의 해당 과세연도의 개월 수’로 보는 것이 오히려 구 조세특례제한법의 위임취지에 부합하는 것으로 보인다. 따 라서 원고의 ② 주장도 받아들일 수 없다.“

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.