비정기 조사대상자 선정, 세무조사 사전통지 생략, 영세율, 임시투자세액공제 부인 등에 위법이 없음

사 건 2015누13909 부가가치세등부과처분취소 원 고 ××× 피 고 서산세무서장 변 론 종 결

2016. 7. 14. 판 결 선 고

2016. 8. 11.

1. 제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

2. 원고의 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

• 가. 피고가 2013. 11. 11. 원고에게 한 2008년 2기 부가가치세 ○○○원, 2009년 1기 부가가치세 ○○○원, 2009년 2기 부가가치세 ○○○원, 2010년 1기 부가가치세 ○○○원, 2010년 2기 부가가치세 ○○○원, 2011년 1기 부가가치세 ○○○원, 2011년 2기 부가가치세 ○○○원, 2012년 1기 부가가치세 ○○○원, 2012년 2기 부가가치세 ○○○원, 2013년 1기 부가가치세 ○○○원의 각 부과처분을 취소한다.
• 나. 피고가 2013. 11. 11. 원고에게 한 2010 사업연도 법인세 ○○○원, 2011사업연도 법인세 ○○○원, 2012 사업연도 법인세 ○○○원의 각 부과처분을 취소한다.

원고: 제1심판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2013. 11. 11. 원고에게 한 2010 사업연도 법인세 ○○○원, 2011 사업연도 법인세 ○○○원, 2012 사업연도 법인세 ○○○원의 각 부과처분을 취소한다. 피고: 주문과 같다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 이유 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 및 나. 관계 법령 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 이유 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
• 다. 판단

1. 이 사건 세무조사의 하자 주장에 대하여 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결 제11면 제2행의 “지급수수료 ○○○원”을 “기타 ○○○원”으로 고쳐 쓰고, 제17면 제8행과 제9행 사이에 아래와 같은 부분을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. “이에 대하여 원고는, ‘원고에 대한 수시세무조사대상 선정의 적정성은 피고가 원고에게 공식적으로 고지한 세무조사통지서를 기준으로 판단하여야 한다’라는 취지로 주장하나, 세무조사통지는 납세자에게 세무조사의 대상, 범위, 기간과 세무조사를 실시하게 된 경위를 개략적으로 알려주기 위한 것이므로, 과세관청에게는 세무조사통지서에 세무조사 사유 모두를 일일이 특정하여 밝힐 의무는 없다고 할 것이다. 따라서 원고에 대한 수시세무조사대상 선정의 적정성은 세무조사통지서(갑 제5호증의 1)만을 기준으로 판단할 것이 아니라 조사대상선정검토표(을 제1호증) 등을 종합하여 이를 판단함이 타당하므로, 결국 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.”

2. 부가가치세 관련 영세율에 대한 법리오해 주장에 대하여(제1심과 판단을 달리 하는 부분)

• 가) 인정사실 ⑴ 원고는 총괄대리점과 사이에, 총괄대리점이 의뢰하는 가가가에 입출항하는 선박에 대한 가가가 입출항 수속 등 입·출항 관련 업무(이 사건 용역), 선박예인(예인선박을 사용하여 항구의 일정한 장소까지 해당 선박을 이동시켜 주는 것), 선박강취(선박의 입항 또는 출항 시 줄로 고정시키거나, 고정시킨 줄을 제거해 주는 것), 선박통선(선원들의 상륙이나 귀선시 승선․하선의 용역) 등을 위탁받아 수행하기로 하는 약정을 체결하였다. ⑵ 외국선사가 자사 선박의 가가가 입항시 총괄대리점에 이 사건 용역 등을 의뢰하면, 총괄대리점은 위 약정에 따라 원고에게 위 외국항행선박에 대한 이 사건 용역 등을 위탁하고, 이에 따라 원고는 직접 또는 다른 업체를 통하여 이 사건 용역 등을 수행하였다. 이외에도 원고는 총괄대리점을 거치지 않고 외국선사로부터 직접 의뢰를 받아 입·출항 관련 용역을 수행하는 경우도 있었다. ⑶ 원고는 외국선사로부터 직접 용역을 의뢰받아 용역을 공급한 경우에는 외국선사로부터 대금을 직접 받았다. 총괄대리점으로부터 이 사건 용역 등을 의뢰받아 용역을 공급한 경우 원고는 총괄대리점에게 대리점수수료, 예선, 강취, 통선 등 각 항목별로 청구금액을 산출하여 제출하였고, 총괄대리점으로부터 예선, 강취, 통선 등 용역비와 선박의 화물적재량 등에 의해 일정하게 책정된 요율에 따른 대리점수수료를 구분하여 지급받았다(이 중 위 대리점수수료가 이 사건 용역 제공에 따른 수수료에 해당하는데, 이는 외국선사가 총괄대리점에 지급하는 수수료의 약 40% 정도이다). ⑷ 한편 원고는 총괄대리점으로부터 용역을 의뢰받은 경우, 대리점수수료의 경우에는 공급받는 자를 ‘총괄대리점’으로 하여 세금계산서를 발급하고, 예선, 강취, 통선 등의 용역수수료는 ‘영세율 기타매출’(국내 사업장이 있는 외국항행선박의 경우 선주를 대상으로 영세율 세금계산서 발행)로 신고하였으며, 외국선사로부터 용역을 의뢰받은 경우에는 공급받는 자를 ‘외국선사’로 하여 세금계산서를 발행하였다. 【인정근거】갑 제3호증, 을 제11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
• 나) 판단 ⑴ 관련 법리 부가가치세제하에서 영세율의 적용은 국제간의 재화 또는 용역의 거래에 있어서 생산·공급면에서 부가가치세를 과세징수하고 수입국에서 다시 부가가치세를 과세하 는 경우의 이중과세를 방지하기 위하여 관세 및 무역에 관한 일반협정(GATT)상의 소비지과세원칙에 의하여 수출의 경우에만 원칙적으로 인정되고, 국내의 공급소비에 대하여는 위 수출에 준할 수 있는 경우로서 그 경우에도 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합하는 경우에만 예외적, 제한적으로 인정된다(대법원 2007. 6. 14. 선고 2005두12718 판결). ⑵ 위에서 본 사실관계 및 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 이 사건 용역은 구 부가가치세 시행령 제26조 제1항 제3호의 ‘외국을 항행하는 선박에 공급하는 용역’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이에 대해 영세율을 적용하지 아니한 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하고, 결국 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

① 구 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 는 ‘재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 부과 한다’라고 규정하고 있고, 같은 법 제7조 제1항은 ‘용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화․시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.’라고 규정하고 있으므로, 계약상 원인에 의하여 용역을 공급하는 경우 그 계약의 상대방이 용역을 공급받는 자가 된다. 이 사건의 경우 원고는 총괄대리점과의 계약에 따라 이 사건 용역을 제공한 것이므로, 이 사건 용역을 공급받은 자는 ‘총괄대리점’이지, ‘외국선사’가 아니다.

② 이 사건 용역(가가가 입출항 수속 등 입·출항 관련 업무)은 선박에 직접 공급되는 예선, 강취, 통선 용역과는 달리 선박 외에서 이루어지는 입출항 수속 등의 사무처리가 주된 것이고, 원고도 이를 구분하여 예선, 강취, 통선 등의 용역수수료는 ‘영세율 기타매출’로 신고하고, 총괄대리점으로부터 위탁받아 처리한 이 사건 용역 관련 대리점수수료의 경우에는 공급받는 자를 ‘총괄대리점’으로 하여 세금계산서를 발급하였던 것으로 보인다.

③ 원고는 총괄대리점으로부터 위탁받아 이 사건 용역을 수행한 후, 총괄대리점으로부터 선박의 화물적재량 등에 의해 일정하게 책정된 요율(외국선사가 총괄대리점에 지급하는 수수료의 약 40% 정도)에 따른 대리점수수료를 지급받았는데, 위에서 본 이 사건 용역의 내용 및 원수수료의 40% 정도에 불과한 낮은 대리점수수료율 등에 비추어 보면, 위 대리점수수료는 원고가 외국항행선박의 선주 등에게 직접 제공한 용역의 대가라기 보다는 총괄대리점으로부터 하도급 받아 제공한 용역의 대가라고 봄이 타당하다.

④ 이 사건 용역이 영세율 적용대상이 아니라고 보아 원고가 총괄대리점으로부터 부가가치세를 징수하더라도, 총괄대리점은 영세율 적용을 받아 매입세액을 환급받을 수 있으므로, 총괄대리점이 원고에게 지급해야 할 이 사건 용역 관련 대리점수수료가 상승한다고 단정할 수는 없다.

⑤ 원고는 총괄대리점으로부터 위탁받아 처리한 이 사건 용역 관련 대리점수수료의 경우 공급받는 자를 ‘총괄대리점’으로 하여 세금계산서를 발급하였고, 이처럼 공급받는 자가 ‘외국선사’가 아닌 ‘총괄대리점’인 이상 이에 대해 영세율을 적용하지 아니하고 부가가치세를 부과하는 것이 부가가치세의 징수체계에 부합하는 것으로 보이며, 이 사건의 경우 이러한 징수체계 내지 징수질서를 해하면서까지 영세율을 적용해야할 예외적, 제한적인 필요성이 있다고 보이지도 않는다.

3. 법인세 관련 임시투자세액공제 대상에 대한 사실오인 주장에 대하여 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 이유 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

그렇다면, 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 모두 이유 없어 이를 모두 기각할 것인바, 제1심판결은 원고의 청구를 일부 인용(이 사건 부가가치세의 부과처분을 취소)하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.