이 사건 세금계산서는 일반철도시설 유지보수용역을 공급받을 법률상 또는 계약상 원인없는 원고를 공급받는 자로 하여 발행된 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여서는 아니됨
이 사건 세금계산서는 일반철도시설 유지보수용역을 공급받을 법률상 또는 계약상 원인없는 원고를 공급받는 자로 하여 발행된 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여서는 아니됨
사 건 대전고등법원 2015누11729 원고, 항소인 *** 피고, 피항소인 ㅁㅁ세무서장 제1심 판 결 국패 변 론 종 결 2014.10.29. 판 결 선 고 2015.12.3.
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 원고의 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지
피고가 2014. 6. 11. 원고에 대하여 한 별지 과세 목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.
2. 항소취지 주문과 같다.
1. 법률상 원인 철도산업기본법(이하 ‘기본법’이라 한다) 제20조는 유지보수를 포함한 철도시설의 관리업무를 원고의 업무로 규정하고 있고, 제38조는 철도시설 유지보수 시행업무를 cc의 업무로 규정하고 있으며, aa법 제8조는 이러한 유지보수를 원고와 철도운영자(cc) 간의 상호 협력·협의에 따라 하도록 규정하고 있다. cc의 유지보수 용역 제공은 이러한 법률상 근거에 따라 이루어진 것이므로, cc와 원고 간에는 법률상 원인에 따른 공급관계가 성립한다.
2. 계약상 원인 원고와 cc 간의 설립 시기의 차이로 인하여 국가, 원고, cc 간의 3자간 계약이 일시에 체결되지 못하였던 사정이 있으나, 국가(DDD)와 원고 사이의 자산관리계약 및 국가(DDD)와 cc 사이의 유지보수계약은 모두 cc가 원고에 대하여 유지보수 용역을 공급할 것을 그 내용으로 하고 있다. 따라서 cc와 원고 간에는 자산관리계약과 유지보수계약을 매개로 하여 3자간의 명시적 계약에 따른 공급관계가 성립한다. 한편, 원고는 자산관리계약에 따라 cc로부터 유지보수 용역을 제공받고 있다는 인식을 가지고 있었고, cc 역시 동일한 인식 하에 아무런 이의 없이 계속 세금계산서를 발행하고 그에 대한 대가를 선로사용료와 상계하는 방식으로 정산하여 왔으므로, 원고와 cc 간에는 적어도 묵시적 계약에 따른 공급관계가 성립한다.
1. 철도산업의 구조개혁과 원고 및 cc의 설립
2. 국가와 원고 및 cc 사이의 계약관계
(1) DDD장관 2) 은 2004. 4.경 원고와 사이에, 관리위탁기간을 2008. 12. 31.까지로 정하여 원고에게 일반철도 자산의 관리를 위탁하는 계약(이하 ‘이 사건 자산관리계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다. 제3조(관리위탁 업무의 범위 등)
① DDD장관은 원고에게 다음 각 호의 업무(이하 ‘위탁업무’라 한다)를 시행하도록 하고 원고는 철도자산 관리 전반에 관한 책임을 진다.
1. 국유재산법(이하 이 호에서 ‘법’이라 한다)의 규정에 의한 다음의 업무
① 원고는 수탁자산에 대하여 DDD장관의 승인을 얻어 사용․수익하거나 다른 사람으로 하여금 사용․수익하게 할 수 있다. 제7조(선로 등의 사용 특례) 제6조의 규정에 불구하고 2004년도, 2005년도의 HHH 또는 cc법에 의하여 설립되는 cc가 기본법 제3조 제2호 가목 내지 라목 3) 의 철도시설(이하 ‘선로 등’이라 한다)을 여객 또는 화물운송을 목적으로 사용하는 것에 대하여는 DDD가 선로 등의 사용계약 등의 조치를 하고 사용료 징수 등 사용계약 관리는 원고가 한다. 제8조(수탁자산의 사용료 등) 원고가 수탁자산을 사용․수익하는 자로부터 받는 사용료는 국유재산법에 규정된 사용료율과 평가방법에 의하여 산출된 금액을 기준으로 하되, 예상수익을 참작하여 결정한다. 다만 다음 각 호의 사항은 각각의 기준에 의한다.
1. 기본법 시행령의 규정에 의한 ‘선로 등’의 사용: 기본법 시행령 제36조 제1항의 규정 4) 에 의한 선로 등의 사용료 제10조(운영지원) DDD장관은 원고에게 위탁업무 수행에 필요한 인력․장비․시설․비용 등을 지원할 수 있다. 제11조(예산과 결산)
① 원고는 매사업년도마다 위탁업무에 대한 총수입과 총지출을 예산안으로 편성하여 DDD장관의 승인을 얻어야 한다.
② 원고는 1년을 단위로 수탁자산에서 발생한 수익(정부지원 수입을 포함한다)과 관리비용 내역 및 결산현황을 작성하여 DDD장관에게 제출하여야 한다. 제13조(철도자산의 유지보수 등)
① 철도자산의 관리업무 중 수탁자산에 대한 유지보수 시행업무는 DDD장관이 HHH 또는 공사와 위탁계약 등의 조치를 통하여 HHH 또는 공사(이하 ‘유지보수 수탁자’라 한다)가 시행하며 유지보수에 대한 계획수립 등의 DDD장관의 업무는 원고가 시행한다.
② 원고가 제1항의 규정에 의한 유지보수 관련 업무를 적정하게 시행할 수 있도록 DDD장관은 제1항의 규정에 의하여 유지보수 수탁자와 유지보수 시행업무의 위탁계약 등의 조치를 취할 경우 다음 각 호의 의무사항을 포함하여야 한다.
1. 유지보수 수탁자는 유지보수 계획 수립에 필요한 기초자료를 작성하여 원고에 제출하도록 한다.
③ 원고는 수탁자산 유지보수에 대한 다음 사업년도의 사업계획 및 예산안을 작성하여 매년 12월 10일까지 제출하여 DDD장관의 승인을 얻어야 한다.
(2) DDD장관은 2009. 5. 20. 원고와 사이에, 관리위탁기간을 2009. 1. 1.부터 2013. 12. 31.까지로 정하여 다시 이 사건 자산관리계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다. 제3조(관리위탁 업무의 범위 등)
① DDD장관은 원고에게 다음 각 호의 업무(이하 ‘위탁업무’라 한다)를 시행하도록 하고 원고는 철도자산 관리 전반에 관한 책임을 진다.
1. 국유재산법(이하 이 호에서 ‘법’이라 한다)의 규정에 의한 다음의 업무
① HHH은 매년도 3월까지 다음연도의 유지보수 계획수립에 필요한 관련 자료 및 유지보수비용내역을 작성하여 DDD장관에게 제출하여야 하며 DDD장관은 매 사업연도의 유지보수 계획 및 예산을 편성하여 HHH에게 통보하여야 한다.
② HHH은 제1항의 규정에 의하여 통보받은 예산범위 내에서 유지보수에 대한 집행계획서(이하 ‘집행계획서’라 한다)를 작성하여 DDD장관에게 승인을 얻어야 한다. 제6조(유지보수비용의 지급)
① DDD장관이 HHH에게 유지보수 업무를 위탁함에 따라 지불하여야 할 비용(이하 ‘위탁비’라 한다)의 지출은 HHH이 제출하는 지출계획서와 비용집행내역에 근거하여 매 분기별로 위탁비를 HHH에게 지불하며, 이는 HHH이 지정하는 은행계좌에 입금하여야 한다. 제7조(유지보수 실시 등)
① HHH은 제5조 제2항에서 수립한 집행계획에 따라 유지보수 업무를 수행하여야 한다. 제8조(유지보수비용의 결산 및 정산)
① HHH은 매사업연도 종료후 3월 이내에 위탁사무에 대한 결산서를 작성하여 공인회계사의 검토를 거친 후 DDD장관에게 제출하여야 한다. 제16조(계약서 작성 및 효력)
② 본 계약의 효력은 2005. 1. 1.부터 발생하며, 한국cc가 설립된 때에는 HHH을 한국cc로 본다.
(1) DDD장관은 2004. 12. 31. HHH과 사이에, 위탁계약기간을 2005. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지로 정하여 HHH에게 일반철도시설의 유지보수 시행업무를 위탁하는 계약(이하 2013년 원고와 cc 사이에 유지보수계약이 체결되기 전까지의 계약을 ‘이 사건 유지보수계약’이라 한다)을 체결하였고, 위 계약은 cc법 부칙(2003. 12. 31.) 제6조 제2항 및 위 계약 제16조 제2항에 따라 cc에게 승계되었는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다. 제2조(위탁범위) DDD장관이 cc에게 위탁하는 범위는 국가소유의 철도시설(별표)에 대한 선로, 건축물, 전철전력, 신호, 정보통신, 방음벽, 철도교통관제시설 등(이하 ‘철도시설물’이라 한다)의 유지보수(하자관리 포함) 업무로 한다. ※ 이전 계약의 제8조(유지보수비용의 결산 및 정산)는 동일한 내용으로 제9조(유지보수비용의 결산 및 정산)로 옮겨졌다.
(2) DDD장관은 2010. 1. 25. cc와 사이에, 위탁계약기간을 2010. 1. 1.부터 2012. 12. 31.까지로 정하여 다시 이 사건 유지보수계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.
(1) DDD장관은 2004. 12. 31. HHH과 사이에, 사용기간을 2005. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지로 정하여 HHH이 선로 등 일반철도 시설을 사용하는 계약(이하 ‘이 사건 선로사용계약’이라 한다)을 체결하였고, 위 계약은 cc법 부칙(2003. 12. 31.) 제6조 제2항 및 계약 부칙 제1조에 따라 cc에게 승계되었는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 제2조(적용범위) 본 계약은 기본법 제3조 제2호 가목 내지 라목에 해당하는 철도시설 중 기본법 제26조의 규정에 의한 철도시설관리권이 설정된 시설을 제외한 국가소유의 철도시설(이하 ‘선로 등’이라 한다)을 HHH이 당해 선로 등을 여객 또는 화물운송을 목적으로 사용하고자 하는 경우에 한한다. 제7조(선로 등 사용료)
① HHH은 DDD장관이 제공하는 선로 등에 대한 사용료를 납부하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의한 선로 등의 사용료는 금 354,060,000,000원으로 한다.
③ 제2항의 사용료는 매 분기별로 납부(1/4씩 매분기)하여야 하며 DDD장관이 지정한 철도시설관리자가 발행하는 납부고지서에 의하여 납부하되, 사용료 납부시는 일반철도 시설 유지보수 위수탁계약과 관련하여 HHH이 지급받을 금액과 연계하여 처리할 수 있다.
④ 제2항의 선로 등 사용료 및 제3항의 유지보수비용에 대하여 부가가치세 납부 등 조정하여야 할 사항이 발생할 경우, DDD장관과 HHH이 상호협의하여 조정한다. 부칙 제1조(계약의 승계) 본 계약사항에 대해서는 한국cc법에 의하여 설립되는 한국cc가 일괄승계한다. 제5조(부가사항) 본 계약서는 2부를 작성하여 철도시설관리자와 철도운영자가 각각 1부씩 보관한다. 다음과 같다.
(2) 원고는 2005. 12. 30. cc와 사이에, 사용기간을 2006. 1. 1.부터 2008. 12. 31.까지로 정하여 새로 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 제7조(유지보수) 본 계약의 대상인 선로 등에 대한 유지보수는 ‘일반철도시설 유지보수 위․수탁계약’에 따른다. 제8조(선로 등 사용료)
① cc는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 사용료를 납부하여야 한다.
② 제1항에 의하여 cc가 매년 납부해야 할 사용료는 당해연도 예산에 반영된 일반철도 유지보수비의 총액에서 정부가 cc에게 지원하는 유지보수비를 제외한 금액으로 하되, 전년도 12월 말까지 다음 연도에 납부하여야 할 사용료를 원고와 cc가 합의하여 확정한다. 다만, 일반철도 유지보수비 정산결과 변경이 있을 경우에는 변경된 유지보수비를 기준으로 한다.
③ 제2항의 사용료는 매분기별로 원고가 발행하는 납부고지서에 의하여 납부하되, 원고가 cc에게 지급해야 할 일반철도 유지보수비와 상계처리할 수 있다.
④ 제2항에서 정한 사용료에 대하여 정부의 지원정책 변경이 있을 경우 등 조정하여야 할 사항이 발생할 경우에는 원고와 cc가 합의하여 조정한다. ※ 계약서 끝에는 원고를 ‘철도시설관리자’로, cc를 ‘철도운영자’로 표기하고 있다. 사건과 관련된 것은 다음과 같다. 제8조(선로 등 사용료)
① cc는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.
② 제1항에 의하여 cc가 2009년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2009년 일반철도 유지보수비용의 70%(예산상 415,172백만 원, 부가가치세 포함)로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침이 결정되면 이에 따른다. 제9조(선로 등 사용료 지급) cc는 선로 등 사용료를 매분기별로 원고가 발행하는 납부고지서에 의하여 계약당사자가 지정한 은행계좌에 납부하여야 한다. 다만, 필요할 경우 원고가 cc에게 지급해야 할 일반철도 유지보수비와 상계처리할 수 있다.
(3) 원고는 2009. 3. 31. cc와 사이에, 사용기간을 2009. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지로 정하여 다시 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.
(4) 원고는 2010. 5. 4. cc와 사이에, 사용기간을 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지로 정하여 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 제8조(선로 등 사용료)
① cc는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.
② 제1항에 의하여 cc가 2010년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2010년도 일반철도 유지보수비용 총액의 70%인 433,589백만 원에서 정부의 선로 등 사용료 감면금액 43,400백만 원을 제외한 390,189백만 원(부가가치세 포함)으로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침이 결정되면 이에 따른다. ※ 제9조(선로 등 사용료 지급)의 선로 등 사용료를 일반철도 유지보수비와 상계할 수 있다는 규정은 그대로 유지되었다. 것은 다음과 같다.
(5) 원고는 2011. 12. 16. cc와 사이에, 사용기간을 2011. 1. 1.부터 2011. 12. 31.까지로 정하여 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 제8조(선로 등 사용료)
① cc는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.
② 제1항에 의하여 cc가 2011년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2011년도 일반철도 유지보수비용 총액의 70%인 429,567백만 원에서 정부의 선로 사용료 감면금액 20,000백만 원을 제외한 409,567백만 원(부가가치세 포함)으로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침(적용시기 포함)이 결정되면 이에 따른다. ※ 제9조(선로 등 사용료 지급)의 선로 등 사용료를 일반철도 유지보수비와 상계할 수 있다는 규정은 그대로 유지되었다. 사건과 관련된 것은 다음과 같다.
(6) 원고는 2012. 3. 30. cc와 사이에, 사용기간을 2012. 1. 1.부터 2012. 12. 31.까지로 정하여 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 제8조(선로 등 사용료)
① cc는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.
② 제1항에 의하여 cc가 2012년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2012년도 일반철도 유지보수비용 총액의 70%인 421,150백만 원에서 정부의 선로 사용료 감면금액 20,000백만 원을 제외한 401,150백만 원(부가가치세 포함)으로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침(적용시기 포함)이 결정되면 이에 따른다. 제9조(선로 등 사용료 지급) cc는 선로 등 사용료를 매분기별로 원고가 발행하는 납부고지서에 의하여 계약당사자가 지정한 은행계좌에 납부하여야 한다. 납부방법 및 시기는 양 기관이 상호 협의하여 처리한다. 사건과 관련된 것은 다음과 같다.
3. cc의 원고에 대한 세금계산서 발행 cc는 2009년부터 2012년까지 매해 이 사건 유지보수계약에 따라 지급받아야 할 유지보수비 총액의 30%는 DDD장관을 공급받는 자로 기재하여 정부에게 세금계산서를 발행하는 한편, 나머지 유지보수비 총액의 70%는 원고와 사이에 이 사건 선로사용계약에 따라 원고에게 지급해야 할 선로 등 사용료와 상계한 후, 원고를 유지보수 용역을 공급받는 자로 기재하여 원고에게 세금계산서(이 사건 세금계산서)를 발행하여 왔다.
4. 원고와 cc 사이의 2013년도 이후 이 사건 유지보수계약 체결 (가) DDD는 2013. 1. 9. 원고와 cc에게 ‘일반철도 시설자산의 관리 및 유지보수 관리체계 개선방안’을 통하여 ‘그동안 DDD가 유지보수 위탁계약, 계획수립, 관리·감독, 정산 등의 관리업무를 직접 시행하였으며 원고는 유지보수 업무에서 배제되어 있었기 때문에 유지보수 업무를 효율적으로 하지 못하였다는 점을 인정하고 2013년부터 일반철도 유지보수 업무 주체를 국가에서 원고로 변경한다’는 내용을 공지하였다. 위 개선방안의 일반철도 유지보수 업무체계의 변경내용은 아래 표와 같다. (나) 이에 따라 원고는 2013. 3. 20. cc와 사이에, 위탁계약기간을 2013. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지로 정하여 유지보수계약(이하 ‘2013년 유지보수계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다. 제2조(위탁범위)
① 원고가 cc에게 위탁하는 범위는 국가소유의 철도(별표)에 대한 선로, 건축물, 전철전력, 신호, 정보통신, 방음벽, 철도교통관제시설 등(이하 ‘철도시설물’이라 한다)의 유지보수(하자관리 포함) 업무로 한다.다만 cc에게 무상임대된 승강장․연결통로․지하 정거장 및 철도시설자산관련 건축물은 제외한다. 제5조(위탁사업비)
① 위탁사업에 소요되는 사업비(이하 ‘위탁사업비’라 한다)는 당해연도 확정금액(cc가 공제받을 수 있는 매입세액 제외)으로 하고, 매년 이를 별도의 문서로 원고가 cc에게 통보한다.
② 위탁사업비는 국가에서 부담하는 부분(이하 ‘국가부담분’이라 한다)과 선로사용료로 충당하는 부분(이하 ‘선로사용료분’이라 한다)으로 구분한다. 제8조(유지보수계획)
② cc는 매년 3월 말까지 다음연도 사업계획 수립을 위해 원고가 요구하는 자료를 원고에게 제출하여야 한다.
③ cc는 다음연도 예산에 대한 분기별 자금집행계획서는 매년 12월 10일, 실행예산(안)은 매년 12월 20일까지 원고에게 제출하여야 한다.
⑤ cc는 제5조 제1항에 의거 원고에게 통보받은 날로부터 2월 이내에 당해 연도 예산집행계획서(이하 ‘집행계획서’라 한다)를 원고에게 제출하여 원고의 승인을 득하여야 한다. 제9조(유지보수 실시 등)
① cc는 제8조 제5항에 의한 집행계획서에 따라 유지보수를 수행하여야 한다. 제10조(위탁사업비의 결산 및 정산)
③ 위탁사업비에 대한 원고의 정산 결과 발생된 잔액 중 국가부담분은 원고가 지정한 계좌로 입금하고, 선로사용료분은 원고와 cc가 협의하여 처리하여야 한다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
1. 관련 법리 및 이 사건의 쟁점 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’이라 한다) 5) 은 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급을 과세거래로 규정하고 있고(제1조 제1항 제1호), 여기서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무 및 그 밖의 행위를 말한다(제1조 제3항). 또한 부가가치세를 납부할 의무가 있는 “사업자”란 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 용역을 공급하는 자를 의미한다(제2조 제1항 제1호). 한편 여기서 “용역의 공급”이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하는 것을 의미한다(제7조 제1항). 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ‘필요적 기재사항’이라 한다)의 전부 또는 일부가 ‘사실과 다르게’ 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있고, 제16조 제1항 제2호에서는 필요적 기재사항의 하나로서 ‘공급받는 자의 등록번호’를 규정하고 있다. 따라서 공급받는 자가 원고로 기재된 이 사건 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’인지 여부는, 원고가 이 사건 부가가치세 과세기간 중 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 cc로부터 일반철도시설 유지보수 용역을 공급받았는지 여부에 달려있다.
2. 법률상 원인의 존부
3. 계약상 원인의 존부
(1) 살피건대 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 바와 같이, 위와 같은 주장은 명시적으로 존재하는 이 사건 유지보수계약(원고가 아닌 DDD가 cc와의 계약 당사자임)의 내용에 반하는 것인 점, 원고와 cc 사이에 2013년 유지보수계약이 체결되게 된 원인이 종전까지는 원고가 일반철도 유지보수 업무에서 배제되어 유지보수 업무가 부실화된 문제를 개선하기 위한 것인 점, 이 사건 유지보수계약에 따른 유지보수비의 지급의무는 DDD에 있으므로, 이 사건 선로사용계약에서 선로사용료와 유지보수비의 70%를 상계하도록 한 조항만을 근거로 원고에게 유지보수비채무가 있다거나 유지보수의 용역을 제공받는 상대방이라고 단정하기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 원고가 일반철도 유지보수 업무를 수행하거나 cc로부터 유지보수 용역을 제공받는 등 원고와 cc 사이에 묵시적 계약에 따른 유지보수 용역 공급관계가 성립한다고 보기 어렵다.
(2) 이에 대해 원고는, 원고가 실제로 유지보수업무 시행기관인 cc로부터 유지보수 계획 수립에 필요한 기초자료를 제공받아 철도시설의 유지보수 계획을 수립하고 소요 비용을 추산하여 예산안을 작성하며, cc에게 유지보수에 관한 지시를 하는 등 실질적으로 유지보수 업무를 담당하였고, DDD도 원고가 철도시설관리자로서 일반철도시설 유지보수와 관련하여 국가를 대신하여 업무를 대행하고 있는 것이라는 의견을 밝히고 있으므로, 원고가 유지보수 업무 담당자 내지 관리청으로서 cc로부터 유지보수 용역을 공급받았다고 주장한다. 살피건대 갑 제11호증의 1 내지 3, 제12호증의 1 내지 18의 각 기재에 의하면, DDD가 피고측에 대한 회신 또는 협조요청에서 ‘DDD가 원고에게 일반철도시설 유지보수 업무를 대행토록 하였으며, 무자본 특수법인인 원고에 대하여 과세처분이 내려질 경우 예산을 지원해야 하는 등의 문제를 감안하여 부가가치세(매입세액) 공제가 유지될 수 있도록 긍정적으로 검토하여 달라’는 내용의 공문을 발송한 사실, 원고가 유지보수와 관련하여 원고 주장과 같은 업무를 수행한 사실이 인정되기는 하나 DDD의 의견만으로 원고에게 유지보수 업무 담당자나 관리청으로서의 지위가 발생한다고 보기 어렵고, 원고가 수행한 업무는 유지보수 업무 그 자체라기보다는 이 사건 자산관리계약에 따라 DDD의 업무를 보조한 것이라고 봄이 상당한 점 등에 비추어 보면, 원고 주장의 사정들만으로 원고가 유지보수 업무를 담당하고 cc로부터 그 용역을 공급받는 자라고 보기 어렵다.
4. 소결론 따라서 이 사건 세금계산서는 일반철도시설 유지보수 용역을 공급받을 법률상 또는 계약상 원인 없는 원고를 공급받는 자로 하여 발행된 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여서는 아니되므로, 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 국세기본법 제56조 제3항 단서는 그 청구일로부터 90일의 결정기간 내에 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 그 결정의 통지를 받기 전이라도 위 결정기간이 지난 날부터 행정소송을 제기할 수 있다고 규정하여, 필요적 전치주의의 적용을 완화하고 있는바, 본조의 입법취지에 비추어 일반적으로 국세부과처분에 대한 항고소송에 있어서 관련규정에 따라 심사청구 또는 심판청구가 적법하게 제기되어 취하됨이 없이 그 청구일로부터 90일의 결정기간을 경과한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 적법하게 전심절차를 거친 것으로 봄이 상당하다. 2) 현재의 정부조직법에 의해 변경된 명칭에 따라 종전의 건설교통부장관 또는 국토해양부장관을 DDD장관으로 기재한다. 3) 기본법 제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.
2. "철도시설"이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 시설(부지를 포함한다)을 말한다.
1. 국가 또는 지방자치단체가 건설사업비의 전액을 부담한 선로등: 당해 선로등에 대한 유지보수비용의 총액
2. 제1호의 규정에 의한 선로등외의 선로등: 당해 선로등에 대한 유지보수비용 총액과 총건설사업비(조사비·설계비·공사비·보상비 및 그 밖에 건설에 소요된 비용의 합계액에서 국가·지방자치단체 또는 법 제37조제1항의 규정에 의하여 수익자가 부담한 비용을 제외한 금액을 말한다)의 합계액 5) 부가가치세법은 이 사건 부가가치세 과세기간 중 8회의 개정이 있었으나, 이는 타법의 개정에 따른 것이거나 사업자의 납세편의, 전자세금계산서의 활성화, 부가가치세의 면제 및 부과, 개인사업자의 세부담 경감, 신용카드 관련, 법률문장 정리 등에 관한 개정이므로 이 사건과 관련하여서는 이 사건 부가가치세의 최종 과세기간 직전의 법률인 2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것을 관련 법령으로서 검토하기로 한다. 6) 기본법은 2003. 7. 29. 제정되어 2003. 10. 30. 시행된 이후 8회의 개정이 있었으나, 이는 모두 정부조직법 등 타법의 개정에 따른 것이거나 형사상 처벌에 관한 책임주의 관철을 위한 영업주에 대한 양벌규정의 개정으로서 그 실질적 내용에는 변함이 없으므로, 이 사건 부가가치세의 최종 과세기간 이전의 법률인 2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것을 관련 법령으로서 검토하기로 한다. 7) aa법은 이 사건 부가가치세 과세 기간에 2009. 1. 30. 1회의 개정이 있었는데, 이는 사실상 이 사건 부가가치세 과세기간의 전 기간에 적용된 것이므로, 이 사건 부가가치세의 최종 과세기간 이전의 법률인 2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것을 관련 법령으로서 검토하기로 한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.