2. 이 사건 처분의 적법 여부
1. 부과제척기간 도과 및 소멸시효의 완성 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제26조의2 제1항 제3호는 국세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간 행사하지 아니할 경우에는 이를 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 구 국세기본법 제27조 제1항 은 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리는 이를 행사할 수 있는 때로부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다고 규정하고 있는데, 이 사건 처분은 위 부과제척기간과 징수권의 소멸시효기간을 경과한 후에 이루어졌다.
2. 이 사건 건물의 취득가액 산정의 위법
- 가) 원고는 이 사건 부동산의 실제 양도가액이 ○○○원임에도 다운계약서 작성 관행에 따라 이 사건 부동산의 양도가액을 ○○○원으로 신고하면서 양도가액에 맞게 이 사건 건물의 공사비를 과소 신고한 점, 원고가 신고한 이 사건 건물의 취득가액은 원고가 실제로 지출한 비용을 제대로 반영하지 못하고 있는 점, 원고가 이 사건 건물에 대하여 감정을 통해 확인한 평가액은 ○○○○원이므로 원고가 신고한 이 사건 건물의 취득가액 ○○○원은 허위임이 명백하게 드러난 점 등에 비추어 보면, 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 이 사건 건물의 취득가액은 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 등에 의하여 산정하여야 한다.
- 나) 설령 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액에 의하여 취득가액을 산정한다 하더라도 양도소득세 신고 후 추가로 발견된 인건비 증빙자료 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 건물의 공사비로 신고한 금액보다 ○○○원의 공사비를 더 지출하였으므로 위 추가 공사비 ○○○원도 이 사건 건물의 취득가액에 추가로 산입되어야 한다.
3. 따라서 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
- 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
- 다. 판단
1. 부과제척기간 도과 및 소멸시효 완성 주장에 대하여
(1) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 제3호에 의하면, 국세는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년의 기간이 만료된 후에는 부과할 수 없으나, 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하는 등의 경우에는 10년간 국세를 부과할 수 있고, 여기서 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세의 부과․징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 뜻한다.
(2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 2004. 4. 14. AAA에게 이 사건 부동산을 ○○○원에 양도하였음에도 양도소득세를 절감하기 위해 통정하여 매매대금을 ○○○원으로 하는 일명 다운계약서인 부동산매매계약서를 허위로 작성하여 양도소득세 과세표준 신고를 하였던 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 부동산의 양도가액을 실제 양도가액인 ○○○원이 아닌 다운계약서에 기재된 ○○○원으로 신고한 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 봄이 상당하다.
(3) 따라서 원고의 이 사건 부동산 양도에 관한 양도소득세 부과제척기간은 10년이라 할 것이고, 이 사건 처분은 위 양도에 따른 양도소득세를 부과할 수 있는 날인 2005. 6. 1.부터 10년이 도과되기 전에 행해진 것임이 기록상 명백하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(1) 징수권의 소멸시효란 납세의무가 구체적으로 확정되었음을 전제로 과세관청이 일정한 기간 내에 체납 징수를 위하여 조치를 취하지 않으면 세금을 징수할 수 없도록 하는 것을 말한다. 구 국세기본법 제27조 제1항 은 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리는 이를 행사할 수 있는 때로부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다고 규정하고 있다.
(2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 취소를 구하는 이 사건 처분은 징수처분이 아닌 부과처분이고, 소멸시효는 부과처분이 아닌 징수처분에 적용되는 것으로서 징수처분의 소멸시효가 완성되었다고 하더라도 부과처분이 곧바로 위법한 것은 아니다. 또한 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분은 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세를 부과할 수 있는 날인 2005. 6. 1.부터 10년이 도과되기 전에 행해진 것이므로 징수권의 소멸시효는 이 사건 처분에 의한 납부기한의 다음날부터 기산된다고 할 것인데, 이 사건 처분이 있었던 2012. 9. 7.을 기산일로 본다 하더라도 징수권의 소멸시효기간인 5년이 경과하지 않았음이 기록상 명백하므로 원고의 위 주장도 이유 없다.
2. 이 사건 건물의 취득가액 산정의 위법 주장에 대하여
- 가) 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제114조 제5항은 ‘제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액․매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다’고 규정하고, 구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제176조의2 제1항 각 호 외의 부분은 ‘법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.’고 규정하고, 같은 항 제1호는 ‘양도 또는 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우’, 같은 항 제2호는 ‘장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우’라 규정하고 있다.
- 나) 먼저 이 사건 건물의 취득가액을 원고가 양도소득세 예정신고 당시 신고한 가액(실지거래가액)에 의하여 산정하여야 하는지에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거들과 갑 제5 내지 10호증, 을 제3, 4호증의 각 기재, 제1심 법원의 신탄진농업협동조합에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 2003. 6. 30.과 2004. 1. 15. 각 이 사건 토지의 지분을 취득하고, 2003. 12. 20. 이 사건 건물을 취득하였음에도 취득 후 1년 이내인 2004. 4. 14. 이 사건 부동산을 양도하였으므로 양도가액은 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액인 실지거래가액에 의하여야 하는 점(구 소득세법 제96조 제1항 제4호), ② 원고는 2004. 6. 24. ○○세무서에 양도소득세 예정신고서를 제출하면서 건물 신축 비용으로 262건의 세금계산서, 간이영수증 및 미등록 시공자로부터 받은 영수증 등을 증빙서류로 제출하여 필요경비로 공제받았는데 이를 두고 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부, 매매계약서, 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에 해당하여 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보기 어려운 점, ③신탄진농업협동조합은 2003. 12. 12. 자체 간이감정으로 이 사건 건물을 290,544,000원으로 평가하고, 이 사건 토지를 ○○○원으로 평가하여 이 사건 부동산을 합계 ○○○원으로 평가하였는데, 위 평가금액이 원고가 예정신고한 이 사건 부동산의 취득가액 ○○○원과 큰 차이가 나지 않는 것으로 보이므로 원고가 이 사건 양도소득세 예정신고 당시 제출한 영수증 기타 증빙서류의 내용이 허위임이 명백하다고 보기도 어려운 점, ④ 이 사건 부동산의 양도 당시 시행되던 구 소득세법에 의하면, 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따르고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 따라야 하므로(구 소득세법 제100조), 이 사건 부동산의 양도가액을 실지거래가액으로 산정하면서 취득가액을 매매사례가액이나 감정가액 등으로 산정할 수는 없는 점, ⑤ 원고가 개인적으로 감정평가기관에 감정을 통해 확인한 평가액은 법원의 결정에 의한 공신력 있는 감정가액이 아니므로 이를 그대로 신뢰하기는 어려운 점 등을 종합하면, 이 사건 건물의 취득가액은 원고가 양도소득세 예정신고 당시 신고한 가액(실지거래가액)에 의하여 산정하여야 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
- 다) 다음으로 원고가 당초 신고한 이 사건 건물의 취득가액 외에 별도로 공사비 ○○○원을 추가로 지출하였는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 2004. 6. 24. ○○세무서에 양도소득세 예정신고서를 제출하면서 건물 신축 비용 262건의 영수증, 세금계산서 등의 증빙서류를 제출하여 필요경비로 공제를 받았는데 원고는 그 당시에는 비교적 고액인 위 추가 공사비에 대한 영수증 등을 제출하지 않았던 점, ② 원고는 기존에 공제받지 못한 필요경비에 대하여 2012. 6.경 ○○국세청에서 실시한 부동산 투기 조사시 충분히 공제받을 수 있었음에도 추가 비용을 제시하지 않다가 심판청구 및 소송단계에 이르러서야 이를 제시하고 취득가액에 산입하여야 한다고 주장하고 있는 점, ③ 원고가 제출한 영수증 등은 구체적인 공사내역 등이 기재되지 않은 채 원고로부터 인건비 등을 영수하였다는 것에 불과하여 이 사건 건물의 신축과 관련하여 지급된 것인지 명확하지 않고 일부 거래처에 대하여는 이미 필요경비로 공제받은 금액과 중복되는 부분도 일부 있어 보이는 점 등을 종합하면, 원고가 제출한 갑 제13, 14, 16, 17호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 원고가 당초에 신고한 이 사건 건물의 취득가액 외에 별도로 ○○○원을 추가로 공사비로 지급하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
3. 소결론 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 위 주장은 이유 없다.