철도관련 시설자산은 국가에 면세 공급되는 자산이 아니므로, 관련 매입세액을 불공제함은 위법함

사 건 2010누2935 부가가치세등부과처분취소 원고, 피항소인 XX시설공단 피고, 항소인 대전세무서장 제1심 판 결 대전지방법원 2010. 12. 1. 선고 2010구합2267 판결 변 론 종 결

2011. 9. 22. 판 결 선 고

2011. 10. 6.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2008. 10. 15. 원고에 대하여 한 2005년 제1기분 1,092,682,090원, 2005년 제2기분 4,445,293,410원 중 4,878,250원을 초과하는 부분, 2006년 제1기분 767,432,700 원, 2006년 제2기분 6,813,769,730원, 2007년 제2기분 455,479,460원의 각 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 다음과 같이 제1심 판결 이유 중 일부 잘못된 부분을 고쳐 쓰고, 제l심 판결 이유 중 판단 부분에 대하여 보충의견을 추가하는 것을 제외하고는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

제1심 판결문 제2면 제10행의 "제공하도록 하고”를 ”사용하도록 하고”로, 제3면 제1행의 ”제7조”를 ”제7호"로, 제6면 제17행의 "제2조 제2항”을 ”제2조 제3항"으로, 제9면 제13행의 ”사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 사업자가 납부하여야 할”을 ”사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은”으로, 제10면 제2행의 ”제19호”를 ”제18호”로, 제13면 제6행의 "2004. 12. 31."을 "2004. 12. 30."로 각 고치고, 제8면 제20, 21행의 ”이러한 시설자산은 향후 국토해양부의 승인절차를 거쳐 국가에 귀속될 예정이고" 부분을 삭제함

• 가. 제1심 판결 이유 중 제2의 라.항 ’판단1 부분 이 부분에 아래와 같은 판단을 보충하여 추가함, [추가판단] 『구 철도산업발전기본법 제3조 제2, 6, 7호가 규정하고 있는 “철도시설”, “철도시설의 건설” “철도시설의 유지보수”의 각 정의에 비추어 이 사건 시설자산은 그 성격상 ”철도시설의 건설”에 해당한다고 봄이 상당하고, 구 철도산업발전기본법 제20조 제1항 및 구 철도건설법(2008. 2. 29 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항은 모두 철도시설 국가소유(귀속)의 원칙을 규정하고 있으므로, 철도시설인 이 사건 시설자산 역사 국가에 귀속되어야 할 자산임은 명백하다. 그런데 이 사건 처분의 근거는, 이 사건 시설자산이 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호 가 정한 부가가치세 면제대상인 "원고가 철도시설을 국가에 귀속시키고 철도 산업발전기본법 제26조 에 따라 철도시설관리권을 설정받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설”에 해당한다는 데에 있다. 그러나 이 사건 시설자산이 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호 소정의 철도시설에 해당하기 위하여는 이 사건 시설자산이 ”국가에 귀속되고 구 철도산업발전기본법 제26조 에 따라 철도시설관리권을 설정받는 철도시설”이어야 하나, ① 구 철도건설법 제17조 제3항 은, 철도시설 국가소유(귀속)의 일반원칙을 규정한 구 철도산업발전기본법 제20조 제1항 및 구 철도건설법 제17조 제1항 과는 별도로 ”사업시행자가 원고인 경우 고속철도건설사업으로 조성 또는 설치되는 토지 및 시설의 귀속에 관하여는 한국철도 시설공단법이 정하는 바에 의한다”고 규정하고 있고, 구 한국철도시설공단법(2008. 2. 29 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항은 ”국가는 원고가 건설한 철도시설 등과 관련하여 취득한 재산시설 및 그 운영에 관한 권리와 그와 관련된 채무 등의 의무를 각 사엽이 종료되는 때에 이를 포괄하여 승계한다”고 규정하고 있으며, 구 한국철도시설공단법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20722호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항은 ”법 제24조 제1항 본문에서 ‘사업’이라 함은 철도건설법 그 밖에 원고의 사업과 관련된 법령에 의하여 실시계획의 승인 등을 얻은 단위사업을 말한다”고 규정하고 있으므로, 원고가 ” 철도건설법 그 밖에 원고의 철도시설 건설 등 사업과 관련된 법령에 의하여 실시계획의 승인 등을 얻은 단위사업의 시행으로 취득한 시설”이 아닌 "철도시설관리권에 기해 정수한 선로사용료로 취득한 철도시설”인 이 사건 시설자산의 국가귀속에 관하여는 관계법령에 명시적인 규정이 없다고 할 것이어서, 결국 이 사건 시설자산은 구 한국철도시설공단법에 따라 당연히 국가귀속이 이루어지는 철도시설에는 해당하지 아니함이 명백하고, 나아가 이 사건 시설자산에 관하여 그 근거나 방식이 어떠하든지 간에 별도의 국가귀속 절차가 이루어진 바는 없어 이 사건 시설자산은 적어도 현재까지는 국가의 소유가 되었다고는 인정할 수 없는 점. ② 또한 철도산업발전기본법 부칙(법률 제6955호 2003. 7. 29.) 제2조 제3항은 ”건설교통부장관은 고속철도가 완성되어 원고가 제23조 제5항의 규정(철도청이 건설중인 시설자산, 고속철도건설공단이 건설중인 시설자산 및 운영자산은 완공된 때에 국가에 귀속된다는 규정)에 의하여 시설자산을 국가에 귀속시카는 때에는 원고에 철도시설관리권을 설정 한다”고 규정하여 철도의 관리청인 건설교통부장관에게 철도시설관리권의 설정 여부에 관한 재량을 부여하지 않고 있는데, 이는 당시 이미 건설중인 철도시설의 국가귀속에 관한 규정으로서 이 사건 시설자산에 대하여는 그 적용이 없는 반면, 구 철도산업발전 기본법 제26조 제1항 은 ”건설교통부장관(현 국토해양부장관)은 철도시설관리권를 설정할 수 있다”고만 규정하여 철도시설에 대한 철도시설관리권의 설정 여부는 철도의 관리청인 국토해양부장관의 재량사항으로 하고 있어 이 사건 시설자산이 국유재산이라 하더라도 필연적으로 철도시설관리권의 설정 대상이 된다고 보기는 어렵고, 실제로 이 사건 시설자산의 국가귀속과 관련된 철도시설관리권의 설정 문제에 관한 원고의 문의에 대하여 국토해양부장관은 이 사건 시설자산의 국가귀속은 철도시설관리권 설정과는 직접적인 관련이 없는 것으로 판단된다는 회선을 하였는바, 그렇다면 국토해양부장관은 현재까지는 이 사건 시설자산에 철도시설관리권을 설정한 바도 없고, 또 이를 설정할 의사도 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 시설자산은 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호 가 정한 부가가치세 면제대상인 ”원고가 철도시설을 국가에 귀속시키고 철도산업발전기본법 제26조 에 따라 철도시설관리권을 설정받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설”에 해당한다고 보기 어렵다, 따라서 피고가 이 사건 시설자산을 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호 소정의 면세거래에 제공된 재화로 보아 원고의 매출세액에서 그 매입세액 상당을 불공제하여 한 이 사건 처분은 위법하다』
• 나. 제1심 판결 중 별지 ‘관계법령’ 부분 이 부분에 별지 관계법령을 추가함

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.