국고보조금을 비과세사업으로 간주하여 공통매입세액 안분계산함

사 건 2010누1826 부가가치세부과처분취소 원고, 피항소인겸항소인 XX기념관 피고, 항소인겸피항소인 OO세무서장 제1심 판 결 대전지방법원 2010. 8. 4. 선고 2009구합4984 판결 변 론 종 결

2011. 5. 26. 판 결 선 고

2011. 7. 7.

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

• 가. 피고가 2008. 3. 11. 원고에 대하여 한 2007년 제1기분 부가가치세 환급신청에 대한 거부처분은 78,426,099원을 초과하는 부분에 한하여 이를 취소한다.
• 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 이를 5분하여 그 1은 피고가, 나머지는 원고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2008. 3. 11. 원고에 대하여 한 별지 과세처분 내역표 2 기재 부가가치세 부과처분 및 2007년 제171분 부가가치세 환급신청에 대한 거부처분을 모두 취소한다(원 고는 당심에서 청구취지를 변경하였다).

• 가. 원고 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2008. 3. 11. 원고에 대하여 한 별지 과세처분 내역표 2 기재 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.
• 나. 피고 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 모두 기각한다.

• 가. 원고는 ◯◯◯◯법에 따라 1986. 8. 20. 설립되어 기념관자료의 수집·보존·관리 및 전시, 기념관자료의 조사·연구, 기념관시설의 관리 및 확충, 기념관 운영재원 조달을 위한 사업 등을 업무로 하는 법인이다. 원고의 사업수입은 임대수입, 주차수입, 기념품 판매수입 등 과세사업에서 발생하는 수입과 독립기념관 입장료 수입과 같은 면세사업 에서 발생하는 수입으로 이루어져 있고, 국가보훈처장 및 문화관광부장관 등으로부터 인건비, 일반관리비, 시설유지관리비, 사업비, 경영혁신비, 예비비 등 원고의 세출예산에 대응하는 세업예산의 일부로 매년 국고보조금을 지급받고 있는바, 2003년 제1기부터 2007년 제1기까지의 과세기간별 과세수입금액, 면세수입금액, 국고보조금 등 내역은 아래 표와 같다. (아래 표 생략)
• 나. 한편 2003년 제1기부터 2007년 제1기까지 과세기간 동안의 매입세액 구분내역은 아래 표와 같다. (아래 표 생략)
• 다. 원고는 당초 2003년 제1기부터 2004년 제2기 부가가치세 과세표준 및 그 세액을 신고함에 있어 공통매입세액을 관련 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 신고·납부하였다가, 공통매입세액의 안분계산에서 국고보조금은 면세공급가액 및 총공급가액에 포함되지 아니한다는 이유로 피고에게 이들 과세기간에 대한 경정청구를 하였고, 이에 대하여 피고는 원고의 청구를 받아들여 공통매입세액을 안분계산하면서 국 고보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하지 아니하고 산정한 금액을 기준으로 매입세액을 계산하여 초과납부한 부가가치세 합계 249,280,010원을 원고에게 환급하였다(이하 피고의 위 경정결정을 ’이 사건 경정처분’이라 한다). 원고는 그 이후인 2005년 제1기부터 2007년 제1기의 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고하면서 국고보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하지 아니한 채 공통매입세액 중 관련 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업 관련 매입세액을 산정하여 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 라. 그런데 피고는 2007. 10. 15.부터 2007. 10. 19.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 후 2003년 제1기부터 2007년 제1기까지의 과세기간 동안에, 위에서 본 각 국 고보조금(이하 ’이 사건 국고보조금’이라 한다)은 각 과세기간별 공통매입세액을 안분 계산함에 있어서 각 면세공급가액 및 총공급가액에 포함되어야 한다고 결정하였다. 피 고는 그와 같은 계산방법에 따라서 각 과세기간별로 아래 표의 ’본세’란 기재와 같이 산정한 세액에다가 아래 표의 각 ’신고불성실가산세’란 및 ’납부불성실가산세’란 기재 각 가산세를 합산하여 아래 표의 ’합계’란 기재 세액을 산출한 다음 2008. 3. 11. 원고 에 대하여 부가가치세 부과처분을 하였다. (아래 표 생략)
• 마. 원고는 이에 불복하여 2008. 4. 24. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2009. 9. 30. 2003년 제171분, 제2기분 및 2004년 제1기분 부가가치세 부과처분 중 신고불성실가산세, 납부불성실가산세 부분은 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있음을 이유로 각 취소하였으나 나머지 청구는 모두 기각하였다.
• 바. 한편 원고는 피고에게 2007년 제1기분 부가가치세를 신고하면서 83,818,760원의 환급신청을 하였는데, 피고는 2008. 3. 11. 위 계산방법에 따라 2007년 제1기분 환급액을 5,392,661원으로 산정하면서 원고의 위 환급신청액 83,818,760원을 원고에게 환급 하지 않았음에도 이미 위 금액을 환급한 것으로 착각하여 2007년 제1기분 부가가치세로 86,257,710원을 부과하였다가 2008. 3. 31.경 원고로부터 위 86,257,710원을 납부받은 후 다시 원고에게 2010. 12. 3.경까지 위 86,257,710원을 모두 환급하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 4, 6, 7호증(각 가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고는 제1심에서 피고의 2008. 3. 11.자 부가가치세 부과처분 중 별지 과세처분 내역표 1 기재 부가가치세 부과처분의 취소를 구하였고, 제1심 법원은 그 중 2004년 제2기분 가산세, 2005년 제1기분 가산세, 2005년 제2기분 가산세, 2006년 제1기분 가산세, 2006년 제2기분 가산세, 2007년 제171분 부가가치세의 부과처분 취소청구를 인용하고 나머지 청구는 기각하였다. 이에 원고와 피고 모두 항소하였는데, 피고가 제1심에서 패소한 부분인 위 각 가산세 부과처분에 대하여 취소결정을 하자 원고는 당심에서 이 부분 청구는 취하하는 내용으로 청구취지를 변경하였으므로, 위 각 가산세 부과 처분에 대한 취소청구는 당심의 심판대상에서 제외되었다.
• 나. 한편 피고의 2008. 3. 11.자 2007년 제1기분 부가가치세 부과처분은, 피고가 원 고의 종전 83,818,760원의 환급신청에 대하여는 별다른 조치를 취하지 않은 채 원고에게 부가가치세 86,257,710원을 부과하여 원고로부터 위 금액을 납부받았다가 다시 이를 원고에게 환급한 것이어서, 실제로는 원고의 종전 83,818,760원의 환급신청에 대한 피고의 거부처분만이 남아 있는 셈이 된다. 이에 따라 원고는 당심에서 이 부분 청구 취지를 위 환급신청에 대한 거부처분의 취소를 구하는 것으로 변경하였다.
• 다. 그러므로 당심의 심판대상은 피고가 2008. 3. 11. 원고에 대하여 한 별지 과세처분 내역표 2 기재 부가가치세 부과처분(이하 ’이 사건 부과처분’이라 한다) 및 2007년 제1기분 부가가치세 환급신청에 대한 거부처분(이하 ’이 사건 거부처분’이라 하고, 이 사건 부과처분과 이 사건 거부처분을 통틀어 ’이 사건 처분’이라 한다)의 적법 여부에 한정된다.

• 가. 원고의 주장 원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

1. 이 사건 국고보조금은 원고가 재화 또는 용역을 제공하고 받은 대가가 아니라 독립기념관법 등 관계법령에 따라 제공받은 보조금이므로 공통매입세액을 안분계산함에 있어 이를 면세공급가액 및 총공급가액에 포함시킬 수 없음에도 피고가 이 사건 국고보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하여 매입세액을 산정한 이 사건 처분은 위법하다. 가사 그렇지 않다고 하더라도 원고가 받는 국고보조금은 면세 혹은 비과세사업 뿐만 아니라 과세사업을 위해서도 사용되는 것이 예정되어 있으며, 국가는 국고보조금이 과세사업을 위한 것이기도 한다는 점을 이마 승인하고 있으므로, 이 사건 국고보조금이 오로지 면세 혹은 비과세사업을 위한 것이라는 전제 하에 이를 공통매입 세액 안분계산을 위한 면세 혹은 비과세 공급가액에 포함시킨 것은 위법하다.

2. 피고가 원고의 경정청구를 받아들여 이 사건 경정처분을 하였고, 원고는 그에 따라 그 과세기간 이후의 부가가치세에 대하여는 국고보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함시키지 아니한 채 공통매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 산정하고 신고·납부하였는데, 피고가 종전의 입장을 바꿔 이 사건 처분을 한 것은 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙에 위배되어 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 첫 번째 주장에 대한 판단

• 가) 공통매입세액의 안분계산 (1) 부가가치세법 제17조 제1항 및 제2항은, 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 그러므로 통일한 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 납부세액의 계산원리에 따라 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 매입세액만 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하여 납부세액을 계산하여야 한다.

(2) 한편 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 은, 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액) 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법(면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액)을 규정하고 있다. 그런데 부가가치세 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액 과다를 바 없는 점에 비추어 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 참조).

• 나) 국고보조금과 공통매입세액의 안분계산

(1) 원고는 기념관자료의 수집·보존·관리 및 전시, 기념관자료의 조사·연구, 기념관시설의 관리 및 확충, 기념관 운영재원 조달을 위한 사업 등을 업무로 하는 법인 이고, 원고의 수입내역은 과세사업(임대, 주차, 기념품 판매 등) 및 면세사업(입장료) 관련 수입과 국고보조금으로 이루어져 있음은 앞서 본 바와 같다.

(2) 그렇다면 원고의 공통매입세액은 과세사업과 면세사업뿐 아니라 비과세영역으로서 원고의 본래 업무라 할 수 있는 기념관자료의 수집·보존·관리 및 전시, 기념관자료의 조사·연구 등에도 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 성격을 가진 것이라고 봄이 상당하고, 이 경우 비과세영역(원고의 본래 업무)에 관련된 매입세액은 면세사업에 관련된 매입세액과 마찬가지로 과세사업으로 인한 매출세액에서 공제할 수 없는 것이므로, 결국 원고의 공통매입세액을 가장 합리적으로 배분하는 방법은 부가가치세법 제61조 제1항 을 유추적용하여 각 과세기간별 과세사업과 면세사업 및 비과세영역(원고의 본래 업무)의 각 공급가액을 모두 합산한 가액에 대하여 과세사업의 공급가액이 차지하는 비율을 산정한 다음 이를 기준으로 공통매입세액 중 과세사업에 관한 부분을 안분계산하는 방식이라고 할 수 있다.

(3) 그런데 문제는 비과세영역(원고의 본래 업무)은 그 용역의 공급에 대한 대가가 주어지지 않는 영역으로서 성질상 감정 등의 방법으로도 그 공급가액을 산정할 수 없다는 데에 있다. 그러나 그렇다고 하여 원고의 주장과 같이 원고의 공통매입세액을 안분계산함에 있어 비과세영역을 도외시하고 과세사업과 면세사업의 공급가액만을 합산한 가액에 대하여 과세사업의 공급가액이 차지하는 비율을 산정한 다음 이를 기준으로 원고의 공통매입세액 중 과세사업에 관한 부분을 안분계산하게 되면, 과세사업에 관한 부분의 비울{과세공급가액/총공급가액(과세공급가액 + 면세공급가액)}이 실제{과세공급가액/총공급가액(과세공급가액 + 면세공급가액 + 비과세영역공급가액)}와 달리 높게 산정되어 그만큼 원고가 매출세액에서 공제받을 수 있는 매입세액이 부당히 증가하는 결과를 초래하는데, 이는 과세사업에 관련된 매입세액만을 매출세액에서 공제하도록 한 부가가치세법 제17조 의 취지에 명백히 위배되는 것이어서 이러한 계산방식은 결코 채택할 수 없다.

(4) 한편 원고가 지적하는 바와 같이 국고보조금이 원고가 재화 또는 용역을 제공하고 받은 대가 그 자체가 아님은 분명하나, ① 국고보조금은 원고의 업무수행에 필요한 경비로 보조되는 금원으로서(독립기념관법 제13조 제1항), 원고의 설립목적 달성에 필요한 본래의 업무를 수행하는 데에 사용되도록 국가가 지급하는 금원이라고 보아야 하는 점, ② 원고는 인건비, 일반관리비, 시설유지관리비, 사업비, 경영혁신비, 예비비 등 원고의 세출예산에 대응하는 세입예산의 일부로 매년 국고보조금을 지급받고 있는 점, ③ 2003년도 내지 2007년도 원고의 국고보조금 손익계산서(갑 제6호증의 1 내지 5)에 의하면 국고보조금은 경상관리비와 사업비로 나누어 집행되고, 인건비를 비롯한 업무관련 업무추진비, 소모품비, 용역비, 공과금, 각종 시설유지비, 전시물 교체 보완, 각종 사업비 등으로 지출된 점 등을 고려해 보면, 비과세영역(원고의 본래 업무)의 공급가액을 산정할 별다른 방법이 없는 현재로서는 원고의 본래의 업무수행에 사용 되도록 지급되는 국가보조금을 비과세영역(원고의 본래 업무)의 공급가액으로 간주하여 원고의 공통매입세액을 안분계산하는 방법이 가장 현실적이고 합리적인 대안으로 보인다(결국 이는 입법의 미비로서 궁극적으로는 법률의 제·개정을 통하여 입법적으로 이를 해결할 필요성이 있다 할 것이다).

(5) 따라서 이러한 계산방식에 의하면, 원고의 경우 각 과세기간별 과세사업과 면세사업의 각 공급가액 및 국고보조금을 모두 합산한 가액에 대하여 과세사업의 공급 가액이 차지하는 비율을 산정한 다음 이를 기준으로 공통매입세액 중 과세사업에 관한 부분을 안분계산한 후 그 매입세액만을 매출세액에서 공제하여야 한다.

• 다) 이 사건 처분의 적법성 앞서 본 바에 의하면, 피고는 위와 같은 계산방식에 따라 각 과세기간별 공통 매입세액 중 과세사업에 관한 부분을 계산하여 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하고 부가가치세를 부과하였으므로, 이 사건 부과처분은 적법하고, 다만 피고는 위와 같은 계산방식에 따라 산정한 2007년 제1기분 환급액 5,392,661원을 원고에게 환급하여야 함에도 이를 하지 않았으므로, 이 사건 거부처분은 원고의 환급신청액 83,818,760원 중 78,426,099원(= 83,818,760원 - 5,392,661원)을 초과하는 부분에 한하여 위법 하다.
• 라) 예비적 주장에 대한 판단 이에 대하여 원고는, 국고보조금은 면세 혹은 비과세사업뿐 아니라 과세사업 을 위해서도 사용되는 것이 예정되어 있으며, 국가는 국고보조금이 과세사업을 위한 것이기도 한다는 점을 이미 승인하고 있으므로, 이 사건 국고보조금이 오로지 면세 혹 은 비과세사업을 위한 것이라는 전제 하에 이를 공통매입세액 안분계산을 위한 면세 혹은 비과세 공급가액에 포함시킨 것은 위법하다고 주장하므로 살피건대, 물론 원고의 위와 같은 주장은 충분히 수긍이 가고, 또한 국고보조금은 비과세영역(원고의 본래 업 무)의 경제적 산출물이 아니어서 이를 바로 그 공급가액으로 보기 어려운 점도 있다고 할 것이나, 한편 원고의 공통매입세액은 비과세영역(원고의 본래 업무)에도 공통으로 사용되는 성격을 가지고 있는 이상 공통매입세액의 안분계산에 있어 비과세영역(원고 의 본래 업무)의 공급가액을 고려하지 않을 수 없는 점, 현재로서는 비과세영역(원고의 본래 업무)의 공급가액을 산정할 별다른 방법이 없으므로 그나마 원고의 본래의 업무 수행에 사용되도록 지급되는 국가보조금을 비과세영역(원고의 본래 업무)의 공급가액 으로 간주하여 원고의 공통매입세액을 안분계산하는 방법이 가장 현실적이고 합리적이 라고 할 수 있는 점 등을 고려해 보면, 결국 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 마) 소결 따라서 원고의 첫 번째 주장은 이 사건 거부처분에 한하여 일부 이유 있다.

2. 두 번째 주장에 대한 판단

• 가) 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 1988. 3. 8. 선고 87누156 판결 등 참조).
• 나) 이와 같은 법리에 비추어 보면, 피고가 원고의 경정청구를 받아들여 이 사건 경정처분을 하였다가 세무조사를 거쳐 이 사건 처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 과세관청은 부과처분에 오류가 있음을 사후에 발견한 경우 납세의무성립일 당시의 조세법령에 근거하여 당초의 부과처분을 경정·재경정하거나 당초 부과처분을 취소한 후 다시 부과처분을 할 수 있는 것이므로, 피고가 원고의 경정청구를 받아들여 이 사건 경정처분을 하였다는 사실만으로는 피고가 원고에게 이 사건 처분을 하지 아니하겠다는 공적인 견해를 표명한 것으로 보기 어려우므로, 원고의 두 번째 주장은 나머지 부분에 대하여 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 이 사건 거부처분의 취소청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 이 사건 거부처분의 취소청구 중 나머지 청구 및 이 사건 부과처분의 취소청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결 한다.