연구인력개발비가 직전 4년간 지출된 바 없는 경우 연구인력개발비 세액공제

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2008. 7. 21. 원고에 대하여 한 2005사업연도 법인세 225,722,770원 및 2006 사업연도 법인세 159,270,120원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

1. 이 법원의 심판범위 및 제1심 판결의 인용

• 가. 원고는 제1심에서 2005사업연도 및 2006사업연도의 각 법인세 경정청구 거부처분의 취소를 구하였는데, 제1심은 2005사업연도 법인세 부분은 원고의 청구를 일부 인용하고, 2006사업연도 법인세 부분에 대하여는 원고의 청구를 기각하였다. 이에 대하여 피고만이 항소하였으므로, 이 법원의 심판대상은 2005사업연도 법인세 부분 중 원고 청구인용 부분에 한정되므로 이 법원은 2005사업연도의 법인세 부분에 대하여만 판단하기로 한다.
• 나. 이 판결의 이유는 제1심 판결 이유에서 아래와 같은 내용을 고치는 외에는 제1심 판결 이유 중 2005사업연도 법인세 부분에 관한 이유와 같다.

① 제3면 마지막 행의 "1) 연구"에서부터 제4면 제3행의 "한다"까지를 삭제한다.

② 제4면 제12행 "1) 기엽부설연구소로"에서부터 제5면 제13행의 "이유 없다"까지를 삭제한다.

③ 제6면 제15행의 "할 수 없다" 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다. "(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조) (원고는 당심에서 ‘연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받기 위해서는 과학기술부장관에게 전담부서의 신고를 마쳐야 하는 것은 아니고 그 요건만 갖추면 되는 것이므로, 2005. 1.부터 연구개발전담부서를 실질적으로 운영하여 발생한 연구원 인건비 27,003,290원을 세액공제대상에 추가하여야 한다.’는 주장을, 이 사건에 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 가 적용되어야 한다는 주장이 받아들여지지 않을 경우에 대비한 예비적 주장으로 변경하였는바, 앞서 본 바와 같이 원고의 위 주위적 주장을 받아들이는 이상 예비적 주장에 대하여는 따로 판단하지 않는다)"

그렇다면, 원고의 청구를 일부 받아들여 2005사업연도 법인세 225,722,770원에 대한 피고의 경정청구거부처분 중 13,501,640원을 초과하는 부분을 취소하고 나머지 청구를 기각한 제1심 판결은 정당하고 피고의 항소는 이유 없으므로, 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.