실질사업자 여부(신의칙 위반)

1. 제1심 판결을 아래와 같이 변경한다.

• 가. 이 사건 소 중 2004년 제1기 귀속분 부가가치세 9,300,000원의 부과처분 취소청구 부분을 각하한다.
• 나. 위 가.항 기재 부가가치세에 대한 가산세 117,180원의 부과처분 취소청구를 기각한다.
• 다. 피고가 원고에 대하여 2004년 제2기 귀속분 부가가치세 2004. 10. 1.에 한 9,300,000원의 부과처분 및 같은 해 12. 10.에 한 113,196,030원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송총비용 중 95%는 피고가, 5%는 원고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2004. 9. 6. 원고에 대하여 한 2004년 1기 귀속분 부가가치세 9,300,000원 및 가산세 117,180원의 각 부과처분을 취소한다라는 판결 및 주문 제1의 다.항 기재와 같이 판결.

• 가. 별지 목록 기재 부동산(이하 이 사건 부동산이라 한다)중 제1항 내지 제15항 기재 부동산에 관허여는 1993년부터 1996년까지 사이에 ○○○○ 주식회사 명의로 각 소유권이전등기가 경료되었다가 2001. 11. 15. 원고 명의로 소유권이전등기가 경료되었고, 제16항 기재 부동산에 관하여는 1993년경 ○○○○ 주식회사 명으로 소유권이전등기가 경료되었다가 역시 2001. 11. 15. 원고 명의로 소유권이전등기가 경료되었다.
• 나. 원고는 2001. 10. 5. 피고에 대하여 상호를 ○○○○으로 하고 사업장 소재지를 이 사건 부동산 중의 하나인 ○○시 ○○면 ○○리 ○○-○로 하며 사업개시일을 2001. 9. 17.부터로 하여 부동산 임대업 및 ○○제조업을 영위하겠다면서 사업자등록을 하였다.
• 다. 그런데 피고는 원고가 2004년 제1기 귀속분 부가가치세로 9,300,000원을 확정신고하면서도 이를 납부기한까지 납부하지 아니하자, 2004. 9. 6. 원고에 대하여 미납부된 위 9,300,000원과 그에 대한 납부불성실 가산세 117,180원 등 합계 9,417,180(이하 이 사건 제1기 부가가치세라 한다)을 납부할 것을 고지하였다.
• 라. 그 후 피고는, 원고가 2004. 9. 22. 부동산 임대업을 자진폐업 신고함에 따라, 다시 원고에 대하여 2004. 10. 1. 2004년 제2기 귀속분 부가가치세 9,300,000원을 부과함과 아울러, 같은 해 12. 10.에는 부가가치세법 제6조 제4항 에 의하여 원고가 폐업시 잔존재화인 이 사건 각 부동산의 감가상각된 시가만큼을 원고 자신에게 공급한 것으로 보고 그 공급가액에 대한 부가가치세 101,685,268원 및 그에 대한 신고불성실 가산세 10,168,526원 납부불성실 가산세 1,342,245원 등 합계 113,196,030원을 2004년 제2기 귀속분 부가가치세(이하 위 2004. 10. 1.자 및 같은 해 12. 10.자 부가가치세를 모두 합하여 이 사건 제2기 부가가치세라 한다)로 각각 부과하였다.
• 마. 이에 원고는 2004. 11. 24. 피고에게 이 사건 제1기 부가가치세에 관하여 이의 신청을 하였으나 2004. 12. 27. 기각되었고, 다시 2005. 1. 21. 국세심판원에 이 사건 제1기 및 제2기 각 부가가치세에 관하여 그 부과처분의 취소를 구하는 국세심판청구를 하였으나 같은 해 6. 20. 기각되었다. ［인정 근거］다툼 없는 사실, 갑 제16 내지 20호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 이 사건 제1기 부가가치세에 관한 판단

• 가. 부가가치세 본세 부과처분의 취소를 구하는 부분에 관한 소의 적법 여부 우선 직권으로 이 사건 소 중 2004년 제1기 부가가치세 본세의 부과처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부에 관하여 살펴본다. 일반적으로 신고납세방식의 경우 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 신고하는 때에 세액이 확정되어 신고와 함께 세액을 납부할 의무가 있는 것으로서, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 신고한 상항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 것은 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수는 없다 (대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두8180 판결 참조). 그런데, 원고가 취소를 구하는 2004. 9. 6.자 납부고지는 원고가 2004년 제1기 부가가치세액을 그 신고기한인 2004. 7. 26.까지 신고하였음에도 그 납부기한이 2004. 7. 26.까지 위 세액을 납부하지 아니함에 따라 피고가 위 신고 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지함과 아울러 납부불성실 가산세로 117,180원을 부과한 것이어서, 위 2004년 제1기 부가가치세 본세 부분은 이미 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분에 불과하므로, 위 징수처분을 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수는 없다 할 것이다. 따라서 원고가 2004. 9. 6.자 납부고지 중 그 취소를 구하는 2004년 제1기 부가가치세 본세 부분은 과세처분에 해당하지 아니하므로 이 부분에 관한 소는 부적법하다.
• 나. 부가가치세 가산세 부과처분의 적법 여부 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이다(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결, 대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조) 그런데 2004년 제1기 부가가치세 본세는 신고납세방식에 따르는 조세로서 위에서 살펴본 바와 같이 원고가 그 신고기한 내에 납부할 세액을 확정신고함에 따라 원고로서는 위 신고에 따른 세액을 납부할 의무를 부담한다 할 것인데, 원고에게 위 부가가치세를 법에 규정된 기한 내에 납부하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 볼 자료가 없는 이상, 원고가 그 부가가치세를 법에 규정된 기한(과세기간 종료 후로부터 25일)내에 납부하지 않았음을 이유로 피고가 납부불성실 가산세를 부과하는 처분을 한 것은 적법하다. 할 것이다.

3. 이 사건 제2기 부가가치세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장 이 사건 부동산의 실질 소유자는 ○○○○ 및 ○○○○로서 원고는 이들 회사로부터 이 사건 부동산을 명의신탁받은 자에 불과하므로, 원고가 ○○○○, ○○○○ 및 이들 회사와 같은 계열사인 ○○○○ 주식회사에게 이 사건 부동산을 임대한 것은 통정허위표시 내지 가장행위에 따른 것으로서 임대료도 수수되지 않은 무효인 거래이고, 원고명의로 이루어진 부동산 임대업에 관한 사업자등록 역시 위 통정허위표시 내지 가장행위를 뒷받침하기 위하여 형식상 작출된 것에 불과한 것이어서, 결국 원고가 위 ○○○○, ○○○○ 및 ○○○○ 등과 이 사건 부동산에 관하여 정상적으로 임대거래한 것으로 보고 행하여진 이 사건 제2기 부가가치세 부과처분은 실질 거래가 수반되지 않은 것에 대하여 과세된 것으로서 실질과세의 원칙에 위배되어 위법하다.

(2) 피고의 주장 첫째, 원고가 부동산 임대업을 영위하던 기간동안 이 사건 부동산의 실질 소유자가 원고가 아닌 ○○○○, ○○○○로 볼 증거는 없으므로 원고를 부동산 임대업의 실질사업자로 보고 행한 이 사건 제2기 부가가치세 부과처분은 적법하다. 둘째, 설사 원고가 이 사건 부동산의 실질 소유자 내지 부동산 임대업의 실질 사업자가 아니라 하더라도, 피고는 원고가 그동안 이 사건 부동산을 가지고 부동산 임대업을 영위하였음을 전제로 부가가치세를 환급받았을 뿐만 아니라 원고가 행한 부가가치세 및 종합소득세의 신고 납부행위를 믿고 이 사건 제2기 부가가치세 부과처분을 하였음에도 불구하고, ○○○○ 등은 폐업하여 실체가 없고 이들 회사의 실질적 경영자인 ○○○는 이미 경제적 능력을 상실하여 피고로서는 원고가 주장하는 실질에 부합하는 조세채권을 회수할 수 있는 방법이 없게 된 지금에 와서 원고가 ○○○○ 등이나 ○○○에게 자신의 명의를 대여한 것으로서 납세의무가 없다고 주장하는 것은 피고를 배신하는 행위로서 신의성실의 원칙에 반한다.

• 나. 관련 법률 ■ 국세기본법 제14조(실질과세)

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. ■ 부가가치세법 제6조(재화의 공급)

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

③ 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기나 그 사용인의 개인적인 목적 또는 기타의 목적으로 사용ㆍ소비하거나 자기의 고객이나 불특정다수인에게 증여하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

④ 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 경우에 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

• 다. 인정사실

(1) 이 사건 부동산에 관한 원고 명의의 소유권이전등기경료 경위 (가) ○○○○은 1955년경 설립된 ○○ 제조업체로서, 1989년경 설립된 ○○○○ 및 1995년경 설립된 ○○○○, 1989년경 ○○○○이 인수한 ○○○○, 1992년 설립한 스리랑카 현지법인인 ○○○○ 등을 계열사로 갖고 있으며, ○○○○을 비롯한 이들 계열사의 실질적인 경영자는 ○○○○의 대표이사이자 최대주주인 ○○○였다. (나) 원고는 ○○○의 처남으로서, 1985. 3. 1.부터 현재까지 ○○대학교 ○○대학 ○○학부 ○○전공 교수로 재직하고 있다. (다) 원래 이 사건 부동산 중 ○○○○ 소유이던 제1항 내지 제15항 기재 부동산과 ○○○○ 소유이던 제16항 기재 부동산은 모두 ○○○○ 및 ○○○○의 공장부지 및 공장건물로 사용되고 있었던 한편, ○○○○의 주거래은행인 ○○은행에 대하여 담보도 제공되어 있었는데, ○○은행이 2001. 6.경 정부의 공적자금회수방침에 따라 그 담보부채권을 ○○유한회사에게 매각하였다. (라) 이에 ○○○는 ○○유한회사로부터 다시 위 담보부채권을 매수하였는데, 이 사건 부동산의 소유 명의를 당시 화의절차가 진행 중이던 ○○○○, ○○○○ 앞으로 그대로 두게 되면 위 회사의 기존 일반채권자들이 이 사건 부동산에 관하여 강제집행을 실시할 것을 우려하여 그와 같은 결과를 회피할 목적으로 내부적으로는 원고와 사이에 이 사건 부동산을 명의수탁하기로 약정한 다음, 대외적으로는 원고가 ○○유한회사로부터 위 담보부채권을 양수함과 아울러 ○○○○ 및 ○○○○로부터 이 사건 부동산을 매수한 후 원고와 ○○○○ 및 ○○○○와 사이에 위 양수채권과 매매대금채권을 상계하는 것으로 함으로써 위 1.의 가.항 기재와 같이 원고 앞으로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하게 되었다. (마) ○○○는 위와 같은 일련의 과정을 이행하기 위하여 2001. 11. 23.경 ○○상호신용금고에게 이 사건 부동산을 담보로 제공하고, 원고 명의로 ○○상호신용금고로부터 26억원을 대출받아 총 35억원을 ○○유한회사에게 지급함과 아울러 그에 소요된 모든 비용을 ○○○○ 등이 조달하거나 부담토록 하였다.

(2) 이 사건 부동산에 관한 임대차계약서 작성 경위 및 세무처리 (가) 위와 같은 경위로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기가 원고 명의로 경료되었음에도 ○○○○, ○○○○ 및 ○○○○이 위 부동산을 공장 부지 및 건물로 계속 사용하고 있음에 따라, 원고는 위 1.의 나.항 기재와 같이 2001. 10. 5. 부동산 임대업에 관한 사업자등록을 한 다음, 2001. 11. 20. 이 사건 부동산에 관하여 ○○○○과 사이에서는 임대차보증금 8억원, 월 차임 800만원, 임대차기간 2001. 11. 20.부터 2011. 11. 19.까지로 하는 임대차계약서를, ○○○○와 사이에서는 임대차보증금 2억 6,500만원, 월 차임 2,000만원, 임대차기간 2001. 11. 20.부터 2011. 11. 19.까지로 하는 임대차계약서를, ○○○○과 사이에서는 임대차보증금 4억원, 월 차임 300만원, 임대차기간 2001. 11. 20.부터 2011. 11. 19.까지로 하는 임대차계약서(○○○○과의 임대차계약서상 작성년도 2002년은 2001년의 오기로 보인다)를 각각 작성함과 아울러 2004. 6. 23. 이 사건 부동산을 목적물로 하여 전세금 39억 1,500만원, 존속기간 2006. 6. 21.까지로 하는 2004. 6. 22자 전세권설정계약에 터잡아 ○○○○ 명의의 전세권설정등기를 경료하여 주었다. (나) 한편, ○○○○, ○○○○ 및 ○○○○이 원고에게 월 차임으로 지급한 것으로 회계처리된 3,100만원(=800만원+2,000만원+300만원)은 원고의 ○○상호신용금고에 대한 대출금채무의 이자로 직접 지급되었을 뿐이고, 그 밖에 원고에게 전세금이나 임대차보증금, 월 차임 등이 지급된 일은 없었다. (다) 이 후 원고 명의로 2001년 제2기 부가가치세 확정신고가 행하여지면서 이 사건 부동산의 취득에 따른 매입세액 254,213,172원이 공제되어 236,180,446원이 환급처리됨과 아울러, 부동산 임대업 자진폐업 신고시인 2004. 9. 22.까지 임대거래에 관한 부가가치세 및 종합소득세 등이 원고 명의로 신고ㆍ납부되었는데, 실제로는 ○○○○이 이 사건 부동산에 관한 세금을 신고ㆍ납부 및 환급처리하였다.

(3) 이 사건 부동산의 소유와 관련된 민ㆍ형사상 판결 (가) ○○○○ 등은 1998. 7. 20. ○○지방법원 ○○지원으로부터 화의결정을 받은 상태에서 2001. 2.경부터 구조조정을 추진하던 중, 2001. 10.말경 구조조정 전문회사인 ○○캐피탈 주식회사와 구조조정 약정을 맺은 후 2002. 2. 26.경 150억원 상당의 유상증자를 통하여 화의채무를 상환하고 화의를 종료하기로 하였는데, ○○캐피탈이 ○○상호저축은행으로부터 위 유상증자자금 150억원을 대출받는 과정에서 위 대출금채무의 담보제공을 요구받은 ○○○가 당시 실질적으로는 ○○○○ 및 ○○○○의 소유이면서 원고 명의로 소유권이전등기가 경료되어 있던 이 사건 부동산을 ○○상호저축은행에게 담보로 제공하였다는 이유로 ○○지방법원 2005고합○○호 특정경제법죄가중처벌등에 관한 법률 위반(배임)죄 등으로 형사처벌 되었다. (나) 한편 원고는 ○○○○, ○○○○ 및 ○○○○ 등을 상대로 ○○지방법원 ○○지원 2005가합○○호로 원고와 ○○○○ 등 사이에서 이 사건 부동산에 관하여 임대차보증금반환채무 및 전세금반환채무가 존재하지 아니한다는 확인을 구하는 소송을 제기하여, 2005. 10. 25. 위 법원으로부터 원고의 ○○○○에 대한 소는 파산관재인을 피고로 하지 않았다는 이유로 각하되었고, 원고와 ○○○○ 및 ○○○○ 사이에서는 ‘○○○○ 등이 원고에게 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하여 주었음에도 ○○○○ 등이 계속하여 공장을 운영하고 있는 것에 대한 채권자들의 의심을 회피하기 위하여 위 2001. 11. 20.자 임대차계약 및 2004. 6.22.자 전세권설정계약을 체결하였는데 이는 통정한 허위표시에 해당하여 무효이므로 원고의 ○○○○ 등에 대한 임대차보증금반환채무 및 전세금반환채무는 각 존재하지 아니함을 확인단다’는 취지의 판결이 선고되었으며,위 판결은 그대로 확정되었다. ［인정 근거]다툼이 없는 사실, 갑 제1,2호증, 갑 제3호증의 1 내지 16, 갑 제4 내지 8호증, 갑 제9호증의 1,2,3, 갑 제10 내지 13호증, 갑 제15호증, 갑 제22호증의 1,2,3, 갑 제23호증의 각 기재, 제1심 증인 ○○○의 증언, 변론 전체의 취지.

• 라. 판단

(1) 실질과세의 원칙 위배 여부 (가) 국세기본법 제14조 제1항 은 “과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”고 규정하여 실질과세의 원칙을 명시하고 있다. (나)그런데 위 인정사실에 의하면, 이 사건 부동산은 ○○○○ 및 ○○○○가 ○○유한회사로부터 위 부동산을 담보로 한 담보부채권을 매수하는 과정에서 그 선순위 담보권이 혼동으로 소멸됨에 따른 다른 일반채권자들의 강제집행을 회피하기 위하여 그 소유 명의만을 원고 앞으로 이전해 놓은 것으로서 실제 소유자는 ○○○○ 및 ○○○○라고 할 것이고, ○○○○ 등이 원고에게 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하여 주었음에도 ○○○○ 등이 계속하여 공장을 운영하고 있는 것에 대한 채권자들의 의심을 회피할 목적으로 체결된 위 임대차계약 및 전세권설정계약은 통정한 허위표시로서 무효라고 할 것이다. (다) 따라서 원고가 이 사건 부동산을 자산으로 한 부동산 임대업에 관한 사업자등록을 내고 ○○○○ 등으로부터 월 차임 명목으로 매월 3,100만 원 상당을 지급받은 것으로 회계처리를 하였다고 하더라도 이는 이 사건 부동산을 명의수탁함과 아울러 무효인 임대차계약에 따른 형식상의 결과이고 그 실질에 있어서는 ○○○○이 원고와의 임대거래를 빙자하여 ○○상호신용금고에 대한 대출금채무의 이자를 직접 지급한 것에 불과하므로, 원고가 실제 임대사업자로서 이 사건 부동산을 임대하고 월 차임을 지급받았음을 전제로 행하여진 이 사건 제2기 부가가치세 부과처분은 실질과세의 원칙에 위배된다고 할 것이다.

(2) 실질과세의 원칙 주장이 신의성실의 원칙에 반하는지 여부 (가) 조세소송에서의 신의성실의 원칙의 적용은 조세소송 절차법과 관련한 적용 및 실체법과 관련한 적용으로 나누어 볼 수 있고 조세소송의 절차법과 관련한 적용은 민사소송에서의 그것과 특별히 구분된다 할 수 없을 것이지만, 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세 실체법과 관련한 적용은 사적자치의 원칙이 지배하는 사법에서보다는 제약을 받으며 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것이다. 더구나 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거의 언동에 반하는 행위를 하였을 경우에는 세법상 조세 감면 등 혜택의 박탈, 신고불성실ㆍ기장불성실ㆍ자료불제출가산세 등 가산세에 의한 제재, 각종 세법상의 벌칙 등 불이익처분을 받게 될 것이며, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있는 등 세법상 우월한 지위에서 조세과징권을 행사하고 있고, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 점 등을 고려한다면, 납세의무자에 대한 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 될 것이므로, 납세의무자의 배신행위를 이유로 한 신의성실의 원칙의 적용은 그 배신행위의 정도가 극히 심한 경우가 아니면 허용하여서는 안 될 것이다. 따라서 신의성실의 원칙과 동열시되거나 한 적용례로 통용되는 금반언의 원칙을 적용함에 있어서도 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며 그에 의하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 할 것이다(대법원 1997. 3. 20. 선고 95누18383 전원합의체판결, 대법원 2004. 5. 14. 선고 2003두3468 판결 등 참조). (나) 이 사건에 있어, 원고가 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하고 부동산 임대업에 관한 사업자등록을 한 다음 회계상 원고와 ○○○○ 등 사이에서 임대거래가 있었던 것으로 처리하고 그에 터잡아 세무처리까지 하였음에도 이 사건에 있어 그간의 행위와 달리 명의수탁 내지 명의대여임을 전제로 자신에게는 조세채무가 없다고 주장하고 있음은 이미 살펴본 바와 같다. 그러나 ○○○○ 등이 다른 일반 채권자들의 강제집행을 우려하여 이를 회피할 목적으로 이 사건 부동산의 소유 명의 및 부동산 임대업에 관한 사업자등록 명의에 원고가 자신의 명의를 대여하여 준 것과 관련하여 형사상 강제집행면탈죄로 처벌하거나 각종 세법상의 벌칙 등으로 제재를 가할 수 있는지는 별론으로 하더라도, 원고가 조세회피의 목적으로 명의대여를 하였다거나 과세관청인 피고의 실지조사권을 방해하여 조세과징권의 행사를 불가능하게 한 것도 아니라고 한다면, 위와 같은 사정만으로 원고가 피고에 대하여 심한 배신행위를 하였다고 보기 어렵다 할 것이다. 나아가 실질과세의 원칙 하에서는 행위의 외형이 아니라 실질을 따져서 과세함이 원칙인바 실지조사권을 가지고 있는 피고로서는 이 사건과 같은 경우 그 실질을 조사하여 과세하여야 할 의무가 있고 그 과세처분의 적법성에 대한 입증책임도 부담하고 있다 할 것인데, 피고가 적절한 실지조사권의 행사도 하지 아니한 채 원고의 사업자등록과 그에 따른 세무처리만을 보고 이를 그대로 신뢰하였다 하더라도 이를 보호받을 만한 가치가 있는 신뢰라고 할 수도 없다 할 것이다. (다) 따라서 원고의 배신행위의 정도가 극히 심한 경우에 해당한다거나 그로 인하여 피고의 보호받을 가치가 있는 신뢰를 침해받았다고 보기 어려운 이 사건에 있어, 원고가 이제와서 그동안의 세무처리와 달리 실질과세의 원칙을 주장하면서 자신의 조세채무를 부인한다고 하여 이를 두고 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

(3) 소결론 결국 실질과세의 원칙에 위배되는 이 사건 제2기 부가가치세 부과처분은 위법하다.

그렇다면, 이 사건 제1기 부가가치세 부과처분 중 본세의 취소를 구하는 소 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 가산세의 취소를 구하는 청구 부분은 이유 없어 이를 기각하며, 이 사건 제2기 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 청구 부분은 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로하여 주문과 같이 판결한다.