초지로 이용된 농지는 8년 이상 자경농지에 해당 안 됨

1. 원고와 피고의 항소를 각 기각한다.

2. 항소비용은 각자 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2004. 9. 5. 원고에 대하여 한 양도소득세 139,452,800원의 부과처분을 취소한다.

원고: 제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2004. 9. 5. 원고에 대하여 한 양도소득세 110,495,213원의 부과처분을 취소한다. 피고: 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

• 가. 원고는 1970. 9. 29. ○○시 ○○읍 ○○리(이하 ‘○○리’라고만 한다) 산54-6 임야 21,025㎡, ○○리 344-2 전 764㎡, ○○리 344-3 과수원 8,638㎡를, 1973. 3. 10. ○○리 344 답 1,898㎡를, 1991. 3. 29. ○○리 344-1 과수원 1,190㎡를 각 취득하였는데, 위 각 토지는 다음과 같이 지목변경 및 분할ㆍ합병되었다.

① ○○리 344 답 1,898㎡에서 2003. 9. 18. ○○리 344-17 답 1,125㎡(이하 ‘이 사건 1 토지’라고 한다)가 분할되었다.

② ○○리 산 54-6 임야 21,025㎡가 2000. 2. 21. ○○리 340-5 임야로 등록전환하면서 위 ○○리 340-5 임야에서 ○○리 340-6 임야 10,631㎡가 분할되었다. 이후 2000. 9. 7. 위 ○○리 340-6 임야의 면적이 10,236㎡로 축소되었다가 2003. 7. 24. 지목이 전으로 변경되면서 ○○리 344-1전에 합병되었다.

③ ○○리 344-2 전 764㎡는 2003. 7. 24. ○○리 344-1 전에 합병되었다.

④ ○○리 344-3 과수원 8,638㎡에서 2000. 11. 3. ○○리 344-3 과수원 8,592㎡가 분할되고, 위 분할된 ○○리 344-3 과수원 8,592㎡는 2003. 7. 24. 지목이 전으로 변경되면서 ○○리 344-1 전에 합병되었다.

⑤ 2003. 7. 24. ○○리 344-1 과수원 1,190㎡의 지목이 전으로 변경되면서 위와 같이 ○○리 340-6 임야 10,236㎡와 ○○리 344-2 전 764㎡, ○○리 344-3 전 8,592㎡외 4필지를 합병하여 그 면적이 40,761㎡로 되었다가, 위 ○○리 344-1 전에서 2003. 9. 18. ○○리 344-20 전 10,564㎡가 분할되었다. 위 분할된 ○○리 344-20 전 10,564㎡에는 지목변경 및 합병 전 토지인 ○○리 340-6 임야 4,282㎡, ○○리 344-1 과수원 207㎡, ○○리 344-2 전 127㎡, ○○리 344-3 과수원 1,418㎡(이하 차례로 ‘이 사건 2,3,4,5 토지’라고 한다)가 각 포함되어 있다(나머지 4,530㎡는 구 ○○리 344-9 목장용지로, 별지 목록 양도소득세 계산 내역 중 ‘6토지’에 해당).

• 나. 원고는 2003. 10. 15. 이 사건 1 토지와 ○○리 344-20 전 10,564㎡를 일괄하여 주식회사 ○○에 대금 12억 6천만원에 매도하고 2003. 12. 17. 피고에게 이 사건 1 토지와 ○○리 344-20 전 10,564㎡중 4,530㎡를 제외한 나머지 6,034㎡(합병 전의 이 사건 2 내지 5 토지에 해당하는 부분임) 합계 7,159㎡에 관하여 구 조세특례제한법(2003. 12. 30 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항 소정의 ‘8년 이상 자경농지’의양도소득세감면규정을 적용하여 양도소득세 과세표준 및 세액신고를 하였다.
• 다. 이에 피고는 이 사건 1 토지 및 ○○리 344-20 전 10,564㎡가 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조에서 규정하고 있는 자경농지에 해당하지 아니한다는 이유로 2004. 9. 5. 원고에게 양도소득세 139,452,800원을 부과ㆍ고지하는 이 사건 처분을 하였다. 〔인정근거〕 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제5호증, 을 제1호증의 1,2, 을 제2호증, 을 제8호증의 1 내지 9의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 1 내지 5 토지의 소재지에서 8년 이상 거주하면서 위 각 토지를 논, 밭, 과수원 등으로 자경하였으므로, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 에 따라 이 사건 1 토지와 ○○리 344-20 전 10,564㎡중 이 사건 2 내지 5 토지에 해당하는 부분인 6,034㎡에 관한 양도소득세가 면제되어야 함에도 위 각 토지에 대하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제12호증, 갑 제17호증의 1 내지 4, 갑 제25호증의 1 내지 4, 갑 제28호증, 갑 제31호증, 을 제4호증, 을 제10호증의 1내지 4, 을 제13호증의 각 기재 및 영상(갑 제31호증의 기재 중 뒤에서 배척하는 부분 제외). 제1심 증인 원○○, 당심 증인 양○○ㆍ육○○ㆍ조○○의 각 증언(제1심 증인 원○○의 증언 중 뒤에서 배척하는 부분 제외)에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 을 제3호증, 을 제5호증, 을 제14호증의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하며 그밖에 반증이 없다.

(1) 원고는 1968년부터 ○○시 ○○동에 거주하다가 1970. 9. 충남 ○○군 ○○면 ○○리 산54-1에 전입하였고, 그 후 1984. 2. 충남 ○○군(1995. 5. 10. 행정구역이 ○○시로 변경됨) ○○면 ○○리 46-1에 전입한 이래 계속 그곳에서 거주하면서 농업에 종사하여 왔다.

(2) 원고는 이 사건 1 토지의 모지번 토지인 구 ○○리 344 답 1,898㎡를 취득한 이후 이를 논으로 경작하다가 1998년경 밭으로 전환하여 이 사건 양도 당시까지 콩 등을 경작하여 왔고, 1970년경 이 사건 3 토지의 모지번 토지인 구 ○○리 344-1 과수원 1,190㎡를 매입할 당시 위 토지를 과수원으로 경작하여 오다가 그 후 1991년경 밭으로 전환하여 이 사건 양도시까지 고추, 참깨, 콩 등을 재배하였다. 또한 원고는 이 사건 4 토지의 모지번 토지인 구 ○○리 344-2 전 764㎡를 취득하여 고추, 참깨, 콩을 재배하는 밭으로 경작하다가 1972년경 논으로 전환하여 벼를 재배하고, 다시 1998년경 밭으로 전환하여 이 사건 양도 당시까지 고추, 참깨, 콩 등을 재배하였다.

(3) 한편 원고는 1970. 8. 14. 당시 ○○리 344-9 목장용지의 모지번 토지인 구 ○○리 산54-1 임야, 이 사건 2 토지의 모지번 토지인 구 ○○리 산54-6 임야, 이 사건 초지조성허가를 받았고, 그후 2003. 7. 10. 위 초지조성허가 대상토지 중 37,056㎡에 대하여 농작물 재배지 조성 전용신고를 하였는데, 위 전용신고를 한 대상토지에 이 사건 2, 5 토지 부분이 포함되어 있다.

(4) 이 사건 각 토지별 양도소득 금액 및 이 사건 양도세액을 계산하면 별지 목록 양도소득세 계산 내역 기재와 같다.

• 라. 판단 자경농지임을 이유로 조세특례제한법 제69조 에 의하여 양도소득세를 면제받기 위해서는 원고가 8년 이상 계속하여 이 사건 토지가 속한 시ㆍ군ㆍ구 또는 위 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역에 거주하면서 이를 직접 경작한 사실이 인정되어야 하며, 그에 대한 입증책임은 원고에게 있다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누 11893 판결 등 참조). 먼저, 위 인정사실에 의하면 이 사건 1 토지 및 ○○리 344-20 전 중 이 사건 3,4 토지에 해당하는 부분은 구 조세특례제한법 제69조 제1항 에 규정된 양도소득세의 면제대상이 되는 자경농지에 해당한다고 할 것이다. 다음으로 ○○리 344-20 전 중 이 사건 2,5토지에 해당하는 부분에 관하여 보면, 원고가 1970. 8. 14. 이 사건 2,5토지의 각 그 모지번 토지에 대하여 ○○시로부터 초지조성허가를 받았고, 그후 2003. 7. 10. 이에 대하여 농작물 재배지 조성 전용신고를 한 사실은 위 인정과 같은바, 초지법 제5조 는 초지조성을 하고자 하는 자는 시장ㆍ군수에게 초지조성허가를 신청하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제12조 제1항은 시장ㆍ군수는 허가일로부터 1년이 경과하여도 사업에 착수하지 아니하거나 착수 후 1년이상 사업을 중지한 때 초지조성허가를 취소할 수 있도록 규정하고 있을 뿐만 아니라, 같은 법 제23조는 초지법에 의하여 조성된 초지를 전용하고자 하는 경우에도 시장ㆍ군수의 허가를 받도록 규정하고 있는 등 초지의 조성 및 전용을 통제하고 있는 점, 농지법 제2조 는 초지법에 의하여 조성된 초지는 농지에서 제외하고 있는 점, 원고가 이 사건 2,5 토지의 각 그 모지번 토지에 대하여 관공서로부터 초지조성허가를 받은 이후로 초지조성허가가 취소된 바 없으며, 허가 후 30년 가량이 경과한 후 위 토지에 대하여 농작물 재배지 조성 전용신고를 하였다면 특별한 사정이 없는 한 위 각 토지에는 초지가 조성되어 유지되어 왔다고 볼 수밖에 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 ○○리 344-20 전 중 이 사건 2,5 토지에 해당하는 부분을 8년 이상 자경하여 왔다는 점에 부합하는 듯한 갑 제31호증, 갑 제34호증의 각 기재와 제1심 증인 원○○의 증언은 이를 그대로 믿기 어렵고, 갑 제11호증의 1,2, 갑 제12호증, 갑 제17호증의 1 내지 4, 갑 제18내지 24호증, 갑 제26,27호증, 갑 제28 내지 30호증, 갑 제32호증의 1 내지 4, 갑 제33호증의 1,2의 각 기재 및 영상, 당심 증인 양○○ㆍ육○○ㆍ조○○의 각 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하며 그밖에 이를 인정할 증거가 없으므로, ○○리 344-20 전 중 이 사건 2,5 토지에 해당하는 부분이 구 조세특례제한법 제69조 제1항 에 규정된 양도소득세의 면제대상이 되는 자경농지에 해당한다는 원고의 주장은 이유 없다. 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 1 토지와 ○○리 344-20 전 중 이 사건 3,4 토지 부분에 해당하는 부분이 구 조세특례제한법 제69조 제1항 조정의 자경농지에 해당하지 아니함을 전제로 하여 부과된 부분은 위법하고, 이 사건 처분 중 위 토지 부분의 양도에 대하여 부과된 양도소득세는 별지 양도소득세 계산 내역 중 차감고지세액란 기재와 같이 28,957,587원(가산세 포함)이라 할 것이므로, 결국 이 사건 처분 중 110,495,213원(=139,452,800원 - 28,957,587원)을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 부분은 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고 및 피고의 항소를 모두 기각한다. 관계 법령 조세특례제한법 (2003. 12. 30 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상〔 농지법 제32조 의 규정에 의한 농업진흥지역 내의 농지를 농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상]계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세˙감면 및 소액부징수 대상을 포함한다.)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역˙상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것) 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년(농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

③ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 농업·농촌기본법 제15조의 규정에 의한 영농조합법인 및 동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인을 말한다. <신설 2002.12.30>

③ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시˙광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도˙농복합형태의 시의 읍˙면지역을 제외한다)에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역˙상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 3EHDD일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역˙상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천 명의 이상인 지역
• 나. 사업시행면적 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지정일부터 3년이 지난 농지

④ 제3항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분 전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. 조세특례제한법 시행규칙(2003. 12. 15. 부령 제382호로 개정되기 전의 것) 제27조 (농지의 범위 등)

① 영 제66조 제3항의 규정에 의한 농지는 전˙답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막˙퇴비사˙양수장˙지소˙농도˙수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제3항의 규정에 의한 토지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각호에 기준에 의한다.

1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년(농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사, 농업˙농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 5년)이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것

2. 주민등록표등본, 시˙구˙읍˙면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년(농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사, 농업˙농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 5년)이상 농지소재지에 거주하면서 자기 농지법(2007. 1. 3. 법률 제8179호로 개정되기 전의 것) 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “농지”라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 토지를 말한다.

• 가. 전˙답 또는 과수원 기타 그 법적 지목 여하에 불구하고 실제의 토지현장이 농작물의 경작 또는 다년성식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 초지법에 의하여 조성된 초지 등 대통령령이 정하는 토지를 제외한다. 초지법(2006. 9. 27. 법률 제7995호로 개정되기 전의 것) 제5조 (초지조성의 허가)

① 초지조성을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 시장˙군수에게 초지조성허가를 신청하여야 한다. 다만, 초지조성허가 신청지가 2개 이상의 시˙군˙자치구에 걸쳐 있는 경우에는 신청면적이 가장 많이 포함되어 있는 지역을 관할하는 시장˙군수에게 신청하여야 한다.

② 시장˙군수는 제1항의 규정에 의하여 초지조성허가를 할 때에는 초지조성기간 등 농림부령이 정하는 조건을 붙일 수 있다. 제12조 (허가의 취소)

① 이 법에 의하여 조성된 초지를 전용하고자 하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 시장˙군수의 허가를 받아야 한다. 다만, 초지조성이 완료된 날부터 30년이 경과된 초지의 경우에는 시장˙군수에게 신고하여야 한다. 끝. 양도소득세 계산 내역 구분 344-17(1토지) 344-1(3토지) 344-2(4토지) 344-3(5토지) 344-9(6토지) 340-6(2토지) 합계 면적 1,125 207 127 1,418 4,530 4,282 11,689 공시지가 12,100 15,700 12,700 15,000 10,900 12,400 78,800 양도기준시가 13,612,500 3,249,900 1,612,900 21,270,000 49,377,000 53,096,800 142,219,100 양도가액 120,600,890 28,792,715 14,289,600 188,443,043 437,458,963 470,414,790 1,260,000,000 1,260,000,000 취득가액 30,598,738 11,003,585 3,357,493 51,118,315 172,334,753 155,236,880 423,649,764 필요경비 103,612 37,260 11,369 173,094 583,554 525,658 1,434,547 양도차익 89,898,540 17,751,870 10,920,738 137,151,634 264,540,656 314,652,252 834,915,689 장기보유특별공제 26,969,562 5,325,561 3,276,221 41,145,490 79,362,196 94,395,675 250,474,706 양도소득금액 62,928,978 12,426,309 7,644,516 96,006,144 185,178,450 220,258,578 584,440,983 양도소득기본공제 2,500,000 과세표준 581,940,983 세율 36% 산출세액 197.798.753 감면세액 28,211,207 1,3,4토지 감면시 예정신고세액공제 6,209,147 결정세액 163.378.399 가산세(신고)

• 가산세(납부) 2.999.140 가산세계 2.999.140 총결정세액 166.377.539 기납부세액 55.882.325 기결정새액 139.452.801 차감고지세액 -28.957.587