유예중소기업이 중소기업을 합병한 경우 중소기업 유예 실효 여부

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2003. 2. 3. 원고에 대하여 한 1998년 귀속분 법인세 6,472,923,720원의 부과처분 중 4,305,742,773원을 초과하는 부분 및 1999년 귀속분 법인세 10,684,748,614원의 부과처분 중 7,764,329,439원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

• 가. 원고는 1994. 5. 4. 설립되어 공업용 다이아몬드 분말 및 소결체를 제조․판매하는 중소기업이었는데, 1997. 12. 31. 현재 자산규모가 947억원으로 증가하여 구 중소기업기본법 시행령(2000. 12. 27. 대통령령 제17026호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) [별표2] 소정의 중소기업 기준 자산규모인 700억원을 초과함에 따라, 구 조세감면규제법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호 조세특례제한법 시행령으로 변경되어 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항이 정하는 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 같은 조 제2항 본문에 따라 1998. 1. 1.부터 1999. 12. 31.까지 2년간은 계속하여 구 조세감면규제법상 중소기업으로 보는 유예기간 중의 법인이 되었다.
• 나. 원고는 중소기업 유예기간 중인 1998. 5. 30. 자산 규모 29억원의 중소기업인 주식회사 ○○○를, 같은 해 8. 5. 자산규모 319억원 중소기업인 ○○○○○○ 주식회사를 흡수합병하였다.
• 다. 그 후 원고는 1998년 귀속분 법인세를 신고함에 있어 중소기업에 대한 조세특례를 적용하여 구 조세감면규제법(위 법률은 1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 변경되면서 전문개정되었다) 제4조, 제7조의 각 규정에 의하여 중소기업투자준비금 10억원을 손금산입하고, 중소기업특별세액 1,159,838,889원을 공제한 다음, 법인세로 4,133,297,112원을 신고․납부하였고, 그 후 법인세로 189,189,348원이 추가 부과됨에 따라 위 금액을 전부 납부하였으며, 1999년 귀속분 법인세를 신고함에 있어서도 여전히 중소기업에 대한 조세특례를 적용하여 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제4조, 제7조의 각 규정에 의하여 중소기업투자준비금 6억원을 손금산입하고, 중소기업특별세액 1,718,685,870원을 공제한 다음, 법인세로 6,328,758,524원을 신고․납부하였고, 그 후 법인세로 131,536,470원이 추가 부과됨에 따라 위 금액을 전부 납부하였다.
• 라. 그런데 피고는 원고가 위 나.항 기재와 같이 주식회사 ○○○와 ○○○○○○ 주식회사를 흡수합병함에 따라 구 조세감면규제법 시행령 제2조 제2항 단서, 중소기업기본법 제2조 제3항 단서, 그 시행령 제5조 제1호가 적용됨으로써, 더 이상 조세감면을 받을 수 있는 중소기업 유예 중 기업에 해당하지 아니함에도 위와 같이 중소기업투자준비금을 손금 산입하고 중소기업특별세액을 적용하여 법인세를 신고․납부하였다는 이유로 위 특례규정의 적용을 배제하는 등 법인세를 다시 계산한 다음, 2003. 2. 3. 원고에 대하여 1998년 귀속분 법인세로 2,150,455,260원, 1999년 귀속분 법인세로 4,224,453,620원을 각 부과하는 이 사건 과세처분을 하였다. 마. 원고는 이에 불복하여 2003. 5. 3. 국제심판원에 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 2005. 7. 18. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 2,을 제2호증의 1 내지 14, 을 제3호증의 1내지 16의 각 기재, 변론 전체의 취지.

• 가. 원고의 주장 구 조세감면규제법 시행령 제2조 제2항 단서, 중소기업기본법 제2조 제3항 단서, 구 중소기업기본법 시행령 제5조 제1호 의 각 규정은 중소기업이 주체가 되어 중소기업으로 보는 기업과 합병하는 경우에만 적용되므로 조세법률주의의 원칙상 원고와 같이 일정기간 중소기업 유예 중에 있는 기업이 중소기업을 합병하는 경우에까지 확장해석하여 적용할 수는 없다 할 것임에도, 위 각 규정을 내세워 원고에 대한 중소기업 유예가 실효되었음을 전제로 한 이 사건 과세처분은 위법하다. 또한 원고는 1999. 11. 4.경 피고로부터 원고가 1998. 1. 1.부터 1999. 12. 31. 까지 중소기업에 해당한다는 중소기업사실증명원을 발급받았고, 원고는 이를 신뢰하여 위 1.의 다.항 기재와 같이 손금산입 및 세액공제하여 법인세를 신고하였는데, 위와 같이 표명된 견해에 대하여 부과된 이 사건 과세처분은 신뢰보호의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다.
• 나. 관련 법령 별지 ‘관련 법령’ 기재와 같다.
• 다. 판단 먼저 원고가 주식회사 ○○○와 ○○○○○○ 주식회사를 합병함으로써 원고에 대하여 적용되던 중소기업 유예가 실효되는지 여부에 관하여 살펴본다. 일방적으로 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결, 대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조). 구 조세감면규제법 시행령 제2조 제2항 본문의 중소기업 유예제도는 중소기업이었던 기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 그 사유가 발생한 연도로부터 일정한 기간 중소기업으로 보는 제도로서, 중소기업이었던 기업에 대하여 기존의 지원이 일시에 중단됨으로써 받는 충격을 완화시켜 주는 위함에 그 목적이 있다 할 것이다. 다만, 구 조세감면규제법 시행령 제2조 제2항 단서, 중소기업기본법 제2조 제3항 단서, 구 중소기업기본법 시행령 제5조 제1호 의 규정에 의하면 중소기업이 중소기업외 기업과 합병하는 경우, 중소기업이 중소기업기본법 제2조 제3항 본문의 규정에 의하여 중소기업으로 보는 기업과 합병하는 경우에는 중소기업 유예제도에 의한 유예기간을 허용하지 않고 있는바, 이는 대 기업 또는 그에 준하는 중소기업을 합병한 중소기업에 대하여까지 조세감면이라는 특례가 적용되는 결과 초래될 수 있는 대기업 또는 그에 준하는 중소기업의 조세회피를 방지하고자 함에 있는 것으로 보인다. 그런데 구 조세감면규제법 제2조 제2항 단서, 중소기업기본법 제2조 제3항 단서, 구 중소기업기본법 시행령 제5조 제1호 의 규정에 중소기업 유예 중에 있는 기업이 합병의 주체가 되어 중소기업을 합병한 경우는 중소기업 유예가 실효된다는 점에 관하여 아무런 규정이 없고, 나아가 그와 같은 합병에 대기업 또는 그에 준하는 중소기업에 의한 조세회피의 의도가 엿보이지도 않는다면, 구 조세감면규제법 시행령 제2조 제2항 본문의 입법취지를 무시한 채 단지 합병결과의 규모에만 중점을 두고 조세평등의 원칙을 내세워 중소기업 유예 중에 있는 기업이 합병의 주체가 되어 다른 중소기업을 합병한 경우에까지 중소기업 유예가 실효된다고 확장해석하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용되지 않는다 할 것이다. 만일 그와 같이 확장해석한다면 어느 중소기업이 중소기업 합병을 포함하여 기업의 규모를 대기업으로 확대하는 과정에서 일시에 그 규모를 확대하지 아니하고 단계를 나누어 확대하는 경우, 우연히 다른 방법에 의한 규모 확대가 먼저 이루어져 대기업이 된 이후에 중소기업 합병이 이루어졌다는 사정만으로 중소기업 유예를 실효시키게 되는 반면, 일시에 중소기업을 합병하여 같은 규모의 대기업으로 확대한 중소기업에 대하여는 여전히 중소기업 유예 중에 있는 것으로 보게 되어, 결국 세제상 동일한 취급을 하여야 할 것임에도 오히려 달리 취급하게 되는 불합리한 결과를 초래하게 된다 할 것이다(‘ 조세특례제한법 기본통칙’, 중소기업청이 발행한 ‘중소기업 범위 해설서’ 등에 중소기업 유예 중 기업이 중소기업을 합병하는 경우 그 유예가 실효되는 것으로 되어 있다 하더라도. 그 점이 중소기업 유예 중에 있는 기업이 중소기업을 합병한 경우 그 유예가 실효되지 않는다는 위와 같은 해석에 어떠한 영향을 주는 것은 아니라 할 것이다). 따라서 구 조세감면규제법상 중소기업 유예 중에 있던 원고가 그 기간 중 중소 기업을 합병한바 있다 하더라도, 원고에 대한 중소기업 유예가 실효되었다고 볼 수 없음에도 그 유예가 실효되었음을 전제로 이루어진 이 사건 과세처분은 위법하다 할 것이므로, 원고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요없이 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
• 라. 정당한 세액 나아가 과세처분 취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하는냐의 여부에 따라 판단된다 할 것이므로 원고의 1998년 및 1999년 귀속분 법인세의 정당한 세액을 계산하여 보면, 원고의 법인세 관하여는 구 조세감면규제법 및 구 조세특례제한법 각 제4조에 따라 1998 사업연도 중소기업투자준비금 10억원 및 1999 사업연도 중소기업투자준비금 6억원을 손금산입하고, 같은 법 각 제7조에 따라 1998 사업연도 특별세액감면액 1,159,838,889원 및 1999 사업연도 특별세액감면액 1,718,685,870원을 공제하여야 하므로 결국 별지 계산표 기재와 같이 원고의 1998년 귀속분 법인세는 4,305,742,773원, 1999년 귀속분 법인세는 7,764,329,439원이 된다. 따라서 피고가 2003. 2. 3. 원고에 대하여 한 1998년 귀속분 법인세 6,472,923,720원(= 4,133,297,112원 + 189,189,348원 + 2,150,455,260원)의 부과처분 중 4,305,742,773원을 초과하는 부분 및 1999년 귀속분 법인세 10,684,748,614원(= 6,328,758,524원 + 131,536,470원 + 4,224,453,620원)의 부과처분 중 7,764,329,439원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

그렇다면, 위 정당한 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 이와 결론을 같이 한 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

■ 구 조세감면규제법 (1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 변경되어 전문개정되기 전의 것) 제4조 (중소기업투자준비금의 손금산입)

① 대통령령이 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 내국인이 대통령령이 정하는 사업용 자산(이하 “사업용 자산”이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자 준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용 자산가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위 안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 제7조 (중소제조업등에 대한 특별세액감면)

① 제조업・부가통신업・연구 및 개발업・방송업・엔지니어링사업・정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다. ■ 구 조세감면규제법 시행령 (1998. 12. 31. 대통령령 제15976호 조세특례제한법 시행령으로 변경되어 전문개정되기 전의 것) 제2조 (중소기업의 범위)

① 법 제4조제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업・광업・건설업 ・운수업(제6조제9항의 규정에 의한 물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 같다)・어업・도매업・소매업・부가통신업・연구 및 개발업・법 제6조제3항의 규정에 의한 방송업(이하 “방송업”이라 한다). 제6조제7항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제6조제8항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 제39조제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업 또는 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생 처리하는 경우를 포함한다. 이하 같다). 수질환경보전법에 의한 폐수 처리업(이하 “중소기업해당사업”이라 한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.

1. 당해 기업이 상시 사용하는 종업원 수가 중소기업기본법시행령 별표 1의 기준(어업의 경우 300인으로 한다)이내일 것

중소기업기본법시행령 별표 2의 기준이내일 것

3. 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 중소기업기본법시행령 제2조제2호 의 규정에 적합할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 제1호 또는 제2호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도 외 그 다음 2과세연도까지 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업기본법 제2조23항 단서의 규정에 의한 사유에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. ■ 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제4조 (중소기업투자준비금의 손금산입)

① 대통령령이 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 대통령령이 정하는 사업용 자산(이하 “사업용 자산”이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자 준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용 자산 가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위 안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 제7조 (중소제조업등에 대한 특별세액감면)

① 제조업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터 운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 내국인중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다. ■ 구 조세특례제한법 시행령(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의것) 제2조 (중소기업의 범위)

① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제4조제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업(소득세법시행령 제31조 의 규정에 의하여 제조업으로 보는 업종을 포함한다. 이하 같다). 광업, 건설업, 운수업(제5조제8항의 규정에 의한 물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 법 제6조제2항의 규정에 의한 방송업(이하 “방송업”이라 한다),제5조제6항의 규정에 의한 엔지니어링 사업, 제5조제7항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 제54조제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생 처리하는 경우를 포함한다. 이하 “폐기물처리업”이라 한다.) 또는 수질환경보전법에 의한 폐수처리업(이하 폐수처리업“이라 한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다.

1. 당해 기업이 상시 사용하는 종업원 수가 중소기업기본법시행령 별표 1의 기준(어업의 경우 300인으로 한다) 이내일 것

중소기업기본법시행령 별표 2의 기준이내일 것

중소기업기본법시행령 제2조제2호 의 규정에 적합할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 제1호 또는 제2호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 2과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업기본법 제2조제3항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. ■ 중소기업기본법 제2조 (중소기업자의 범위)

① 중소기업의 육성을 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 업종의 특성과 상시근로자수, 자산규모, 매출액등을 참작하여 그 규모가 대통령령이 정하는 기준이하이고, 그 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

② 중소기업은 대통령령이 정하는 바에 따라 소기업과 중기업으로 구분한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 이를 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업외의 기업과의 합병 기타 대통령령이 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니한다. ■ 중소기업기본법 시행령 (2000. 12. 27. 대통령령 제17026호로 전문개정되기 전의 것) 제5조 (중소기업의 유예제외) 법 제2조제3항 단서에서 “기타 대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각 호의 사유를 말한다.

1. 중소기업이 법 제2조제3항 본문의 규정에 의하여 중소기업으로 보는 기업과 합병하는 경우

2. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조제1항 의 규정에 의하여 동법 제9조제1항의 대규모기업집단에 속하는 회사로 통지받은 경우 별표 1 【중소기업의 상시 근로자수 기준】 표준산업분류 해당 업종 상시근로자수 (단위: 명) 15-37 제조업 300 별표 2 【중소기업의 자산총액기준】 표준산업분류 해당 업종 자산총액 (단위: 억 원) 28 조립금속제품 제조업(기계 및 장비제외) 700

• 끝. 계 산 서 (단위: 원) 구분 1998년 귀속분 1999년 귀속분 결산서상 당기순이익 16,738,427,064 28,255,642,632 소득조정 금액 익금산입 8,093,926,983 19,027,705,900 손금산입 4,223,225,143 12,375,472,243 각 사업연도 소득금액 20,559,128,904 34,907,876,289 이월 결손금 등 과세표준 20,559,128,904 34,907,876,289 세율 28% 28% 산출세액 5,755,756,093 9,762,205,360 공제감면세액 1,493,816,193 2,536,893,716 기산 세액 과소신고 20,380,672 97,908,210 미납부 23,612,586 441,109,585 합계 43,802,873 539,017,795 총 결정세액 4,305,742,773 7,764,329,439