공사대금의 가공지출 여부 및 위탁매매시 약정에 의해 차감한 경비의 매출누락여부

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

• 가. 피고가 원고에 대하여, 1999. 9.14.에 한 1997년 귀속분 법인세 235,990,060 원의 부과처분 중 4,581,430원을 초과하는 부분을 취소하고, 1999. 10. 16.에 한 근로소득세 1,375,412,060원의 부과처분 중 21,328,903원을 초과하는 부분을 취소한다.
• 나. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.

2. 소송총비용 중 95%는 피고가, 5%는 원고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지

제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 (1) 1999. 9.14.에 한 1997년 귀속분 법인세 235,990,060원(이하 10원미만 버림)의 부과처분, 1997년 제1기 귀속분 부가가치세의 환급세액에서 69,102,720원을 감액하는 처분 중 2,000,000원을 초과하는 부분, 1997년 제2기 귀속분 부가가치세의 환급세액에서 20,718,990원을 감액하는 처분 중 1,333,800원을 초과하는 부분을 취소하고, (2) 1999. 10. 16.에 한 근로소득세 1,375,412,060원의 부과처분 중 8,309,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

• 가. 원고는 1989. 9. 11. 골프장업 등을 영위할 목적을 ○○○을 대표이사로 하여 ‘주식회사 ㅇㅇㅇㅇㅇ’이라는 상호로 설립된 후(위 상호는 1995. 6. 8. ‘주식회사 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇㅇㅇ’으로 변경되었다가, 다시 2003. 9. 3. 현재의 상호로 변경되었다), 1994. 10. 21. ○○○과 ○○○이 공동대표이사로 선임되었다. 그 후 1996. 3. 13. 법인등기부상 ○○○이 대표이사에서 해임되고 ○○○, ○○○이 대표이사에 취임한 것으로 등재되자, ○○○이 청주지방법원 충주지원에 자신을 대표이사에서 해임하고 ○○○, ○○○을 대표이사로 선임한 주주총회결의의 부존재확인의 소를 제기함에 따라 1997. 7. 11. ○○○, ○○○의 대표이사 직무집행이 정지됨과 아울러 ○○○이 대표이사 직무대행자로 선임되었으며, 그 후 1999. 12. 10. 대법원에서 ○○○의 승소판결이 확정되었다. 그런데 원고의 임시주주총회 및 이사회는 2000. 3. 3. ○○○을 다시 해임하고 직무집행 정지된 이후에도 원고의 대표이사로서 사실상 권한이 있는 것처럼 행세한 ○○○을 대표이사로 취임시키자, ○○○이 위 충주지원에 위 2000. 3. 3.자 주주총회결의의 부존재확인의 소를 제기함과 아울러 ○○○에 대한 대표이사 직무집행정지 가처분신청을 하여, 2000. 5. 26. ○○○의 대표이사 직무집행이 정지되었다. 그 후 ○○○과 ○○○은 2000. 9. 23. 합의 하에 공동으로 대표이사에 취임하였다가 다시 ○○○이 해임되는 등 거듭되는 분쟁의 소송 끝에 2004. 7. 21. 다시 공동대표이사로 취임하기에 이르렀다.
• 나. 원고는 위와 같은 경영권분쟁을 거치는 동안 1999. 6.경 서울지방국세청으로부터 세무조사를 받았는데, 그 결과 ‘원고는 (1) 1996. 1.경부터 1997. 12.경까지 ○○○○ 주식회사에게 골프장 공사를 도급주고서는 장부에 전체 공사금액을 17,198,330,000원으로 계상함으로써 실제로 발생한 공사대금 9,181,303,439원과의 차액 8,017,026,561원을 과대 계상함과 아울러, 그 중 1997년 사업연도분에 있어서는 공사대금을 5,463,171,040원으로 지급하였다고 계상한 다음 실제로 지급한 공사대금 2,500.000,000원과의 차액 2,963,175,040원을 과대계상 처리하였고, (2) 같은 기간 ○○○○○○ 주식회사에게 골프장 공사를 도급주고서는 장부에 전체 공사금액을 4,978,330,000원으로 계상함으로써 실제로 발생한 공사대금 3,971,461,800원과의 차액 1,006,617,842원을 과대계상 처리하였고, (3) 같은 기간 주식회사 ○○○○○○○에게 골프장 공사를 도급주고서는 장부에 전체 공사금액을 5,678,000,000원으로 계상함으로써 실제로 발생한 공사대금 629,904,000원과의 차액 5,048,096,000원을 과대계상함과 아울러, 그 중 1997년 사업연도분에 있어서는 공사대금을 744,394,000원으로 지급하였다고 계상한 다음 실제로 지급한 공사대금 629,904,000원과의 차액 114,490,000원을 과대계상 처리하였으며, 또한 (4) 대표이사이던 ○○○에게 사적인 빌라신축자금으로 1996. 12. 31. 26,700,000원, 1997. 3. 22. 150,000,000원, 1997. 4. 16. 60,000,000원을 각 지급하고 회수하지 아니하였을 뿐만 아니라, (5) 1997년 사업연도 중 주식회사 ○○○○○○○에게 원고의 골프장회원권 판매업무를 위탁하고 ○○○○○○○으로부터 받은 판매대금 중 662,727,272원(이하 이 사건 금원이라 한다)을 매출에게 누락하였다’고 조사되었다.
• 다. 이에 피고는 위 조사결과에 터잡아 1997년 사업연도 귀속분과 관련하여, ① 위 사업연도에 과대계상된 9,869,629,841원을 건설가계정에서 감액하여 손금산입함과 아울러 다시 위 과대계상액 중 공사업체가 실제 수령한 금액보다 원고가 과다 지출한 3,077,665,040원(위 ○○○○○ 2,963,175,040원 ＋ 위 ○○○○○○○○ 114,490,000원)은 가공지출로 보아 공사비결제차액으로서 익금산입 후 원고의 대표이사이던 ○○○에 대한 상여로 처분하였고, 그 나머지 6,791,964,801원은 미지급금으로서 익금산입 후 사내유보로 처분하였으며, ② 위 빌라신축자금을 업무와 무관한 가지급금으로 보아 그 가지급금 적수 603,512,159,583원에 대한 인정이자 21,633,830원을 익금산입 후 ○○○에 대한 상여로 처분하였고, ③ 이 사건 금원을 매출누락으로 보아 익금산입 후 사내유보로 처분한 다음, 원고에 대하여 아래와 같은 과세처분을 하였다. (가) 위 ①, ③의 사유에 터잡아 원고의 1997년 귀속분 법인세로 과세표준율 691,981,481원으로 경정하고 이에 가산세 55,454,506원을 더하여 산출한 237,209,320원에서 이미 납부된 1,219,260원을 공제한 235,990,060원을 증액경정하는 1999. 9. 14.자 이사건 법인세부과처분. (나) 위 ③의 사유에 터잡아 원고의 1997년 제1기 귀속분 부가가치세로 이 사건 금원중 제1기분에 해당하는 514,636,364원을 매출세액에 추가하고 이미 대손세액 변제액으로 처리된 2,000,000원을 매입세액에서 공제하지 않는 것으로 한 후 가산세를 더함으로써 당초 신고된 공제세액 (-)452,811,101원을 (-)383,708,375원으로 증액경정하여 그 차액인 69,102,720원을 환급세액에서 감액하고, 제2기 귀속분 부가가치세로 이 사건 금원 중 제2기분에 해당하는 148,090,909원을 매출세액에 추가하고 이미 대손세액 변제액으로 처리된 1,333,800원을 매입세액에서 공제하지 않는 것으로 한 후 가산세를 더함으로써 당초 신고된 공제세액 (-)158,496,862원을 (-)137,777,865원으로 증액경정하여 그 차액인 20,718,990원을 환급세액에서 감액하는 1999. 9. 14.자 이 사건 부가가치세 환급세액 감액처분. (다) 위 ①, ②의 사유에 터잡아 ○○○에 대한 근로소득세로, 위 상여처분액 3,099,298,870원(=가공지출액인 위 3,077,665,040원 + 인정이자인 위 21,633,830원)을 ○○○의 1997년 근로소득금액에 추가하고, 이와 별도로 ○○○에 대한 1996년도분 소득으로 처분된 50,845,480원을 ○○○의 1996년 근로소득금액에 추가한 후 가산세를 더하여 산출한 1,375,412,060원을 ○○○에 대한 근로소득세 원천징수액으로서 부과하는 1999. 10. 16.자 이 사건 근로소득세부과처분.
• 라. 이에 원고는 1999. 10. 30. 국세청장에게 위와 같은 과세처분에 대하여 심사청구를 하였으나 2000. 11. 24. 기각되었고, 다시 2001. 2. 22. 국세심판원에 심판청구를 하였으나 역시 기각되었다. [인정증거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제18호증의 1, 2, 을 제1호증의 2, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제4호증의 2, 3, 을 제6, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지.

• 가. 원고의 주장 이 사건 법인세 부과처분, 부가가치세 환급세액 감액처분 및 근로소득세 부과처분은 아래와 같은 사유로 위법하므로, 부가가치세 중 매입세액으로 공제하지 아니하기로 함에 다툼이 없는 대손세액과 근로소득세 중 역시 다툼이 없는 ○○○에 대한 1996년 소득처분금액에 해당하는 부분을 제외한 나머지 과세처분은 모두 취소되어야 한다. 첫째, 원고는 1997년경 골프장 공사업체인 ○○○○과 ○○○○○○○에게 공사대금을 결제함에 있어 가공지출한 금액이 전혀 없음에도 이와 달리 그와 같은 가공지출이 있다고 보고 행하여진 ○○○에 대한 상여처분은 잘못이다. 둘째, 원고가 대표이사이던 ○○○에게 사적인 빌라신축자금을 지급한 것은 사실이나, ○○○ 역시 같은 기간 원고에 대한 가수금 적수로 1,045,595,543,072원이 발생하였으므로 그 인정이자를 가지급금의 인정이자와 상계하면 익금산입할 인정이자가 존재하지 아니함에도 이를 간과하고 행하여진 ○○○에 대한 상여처분은 잘못이다. 셋째, 이 사건 금원은 ○○○○○○○이 모집한 회원에 대한 여행알선 및 주선경비 등에 충당하기로 원고와 ○○○○○○○ 사이에 약정한 돈인데 원고의 자금사정 악화로 일시 원고에게 입금시켜 둔 것에 불과하므로 이는 원고의 매출이 아니라 부채임에도 위 돈을 매출액을 보아 이를 1997년 귀속분 법인세 및 부가가치세의 과세표준에 산입한 것은 잘못이다.
• 나. 판단

(1) 가공지출이 존재하는지 여부 (가) 무릇 법인의 소득금액을 결정함에 있어 익금에 산입할 수익이 있었는지의 여부나 그 수익액이 얼마인지에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이고, 또 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 할 것이다. (나) 그러므로 원고 1997년 사업연도에 있어 3,077,665,040원을 가공지출한 바 있었는지 여부에 관하여 살펴본다. ㉮ 먼저 ○○○○에 관한 2,963,175,040원 부분에 관하여 본다. 이에 부합하는 듯한 갑 제4호증의 3, 갑 제11호증의 6, 19, 27, 54, 갑 제12호증의 7, 12, 16, 을 제11호증의 1의 각 기재에 의하면, ○○○○의 대표이사인 ○○○은 1999. 4. 21. 피고에게 ‘1996. 1. 1.부터 1997. 12. 31.까지 원고의 골프장 조경공사 일체를 도급받아 시행하였는데 그 도급금액은 부가가치세를 포합하여 190억원이고 세금계산서가 발행된 금액은 부가가치세를 포함한 101억원으로서 그 중 약 25억원은 어음으로 수령한 후 결제되었으며 회원권으로도 19억원 상당을 수령하였음과 아울러 공사대금을 현금으로 수령한 바는 없으며 앞으로도 약 65억원의 채권이 남아 있다’는 취지의 확인서(갑 제4호증의 3)를 작성하여 준 사실, 원고는 1999. 6.경 피고에게 ○○○○에 대한 공사대금으로 2,156,688,342원이 초과지출되어 있다는 취지의 ‘기성별금액 비교표’를 작성하여 준 사실, ○○○은 2001. 12.경부터 수사기관에서 수사를 받은 다음, ‘각종 공사와 관련하여 공사대금을 부풀려 계상한 후 공사업자들로부터 과대계상된 돈을 되돌려 받는 방법으로 회사자금을 빼돌릴 것을 마음먹고, 1996. 11. 24.경부터 1997. 1. 15.경까지 사이에 원고가 건설 중인 골프장의 조경공사와 관련하여 ○○○○의 대표이사인 ○○○과 공사도급계약을 체결함에 있어 실제 도급금액이 91억5,100만원임에도 147억9,000만원으로 정하여 시공하게 한 후 1997. 3. 12.부터 1997. 4. 18.까지 사이에 선수금으로 44억1,900만원을 지급한 것처럼 장부를 조작한 다음 그 중 27억4,530만원만 지급하고 나머지 16억7,370만원을 환수하여 배임행위를 하였다’는 혐의로 2002. 11. 1. 서울지방법원 2002고합1228호로 기소된 사실, 그 수사 및 재판과정에서 원고의 직원이었던 고소인 ○○○은 지출결의서, 거래처원장 및 어음․수표 등을 제시하면서 ○○○이 ○○○○의 공사대금과 관련하여 1,673,700,000원을 가공지출하였다고 진술하였고, 역시 원고의 직원이었던 ○○○ 역시 수사기관에서 ○○○의 진술에 부합하여 진술한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 갑 제4호증의 4 내지 8, 갑 제18증의 1, 2, 3의 각 기재에 의하면, 위 ○○○은 1999. 6. 18. ‘1996. 이후 ○○○○이 원고로부터 결제받은 공사금액은 5,112,091,000원이고 1999. 4. 21. 피고에게 작성하여 준 확인서(위 갑 제4호증의 3)에는 하도급자가 받은 금액이 포함되어 있지 아니하며 개략적인 내용만 확인하여 작성하였기 때문에 사실과 차이가 있다’는 취지의 확인서를 작성하고, 1999. 7. 9.에는 ‘1996. 1. 1.부터 1999. 6. 30.까지 원고로부터 도급받은 금액은 17,198,330,000원(부가가치세 제외)이고 결제받은 금액은 5,112,091,650원이며 별도로 부가가치세 920,098,824원을 결제받았다’는 내용의 확인서를 작성하여 원고에게 각 교부한 사실, ○○○은 2004. 10. 13. 서울중앙지방 법원에서 가공지출 하였다는 위 공소사실에 대하여 증거가 없다는 이유로 무죄를 선고 받았고, 이에 검찰이 항소하였으나 2006. 7. 12. ○○○○법원에서 검찰의 항소가 기각된 후, 위 판결은 그대로 확정된 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 더하여 이 사건에 있어 원고의 가공지출을 확인시켜 줄 만한 신빙성 있는 원고 또는 ○○○○의 장부가 제출되어 있지도 않을 뿐만 아니라 이에 갈음할 증빙으로 볼 수 있는 확인서 등도 가공지출되었다는 금액의 수치와 전혀 일치하지 않고 있는 점, 공사대금이 초과지출되었다는 취지의 원고 작성 문서만으로 이를 바로 가공지출한 것이라고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 본다면, 가공지출에 부합하는 듯한 위 갑 제4호증의 3, 갑 제11호증의 6, 19, 27, 54, 갑 제12호증의 7, 12, 16의 각 기재는 그대로 믿기 어렵고, 을 제11호증의 1, 2, 7, 8을 제12호증의 기재만으로 이를 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. ㉯ 다음으로 ○○○○○○○에 관한 114,490,000에 부분에 관하여 본다. 이에 부합하는 듯한 갑 제7호증의 1, 을 제11호증의 3, 4의 각 기재에 의하면, ○○○○○○○의 대표이사인 ○○○은 1999. 4. 21. 피고에게 ‘원고의 골프장 전기공사 등을 1996. 8.경 시행하였는데 그 도급금액은 부가가지세를 제외한 5,678,000,000원이고 그 중 세금계산서 발행금액 및 결제금액은 629,904,000원이라는 취지’의 확인서를 작성하여 준 사실, 원고는 1999. 3. 8.경 피고에게 ○○○○○○○에 대한 공사대금으로 1,251,693,778원이 초과지출되어 있다는 취지의 ‘주식회사 ○○○○○○○ 정산보고서’를 작성하여 준 사실을 인정할 수 있다. 그러나 갑 제6호증의 1, 갑 제7호증의 2, 을 제11호증의 6의 각 기재에 의하면, 위 ○○○은 1999. 6.경 ‘○○○○○○○의 도급금액은 5,678,000,000원(부가가치세 제외)이고 기성공사금액은 4,019,074,822원(부가가치세 제외)이며, 그 중 현금결제가 574,000,000원, 어음결재가 503,224,000원으로 도합 1,077,224,000원이고 세금계산서 발생금액은 572,639,364원이다’는 내용의 확인서를 작성하여 원고에게 교부한 사실, 원고의 장부에는 ○○○○○○○에 대한 공사대금 결제액이 1996년에 105,000,000원, 1997년에 639,394,000원(회원권 지급분 2,474,000,000원 제외)으로 계상되어 있었는데 피고가 1997년 원고의 장부계상액으로 인정한 744,394,000원은 위 1996년 및 1997년 지급액을 합한 것으로 보여 결국 인정한 1997년 원고의 장부계상액에서는 1996년 지급액이 포함되어 있는 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 더하여 앞서 언급한 바와 같이 이 사건에 있어 원고의 가공지출을 확인시켜 줄 만한 신빙성 있는 원고 또는 ○○○○○○○의 장부가 제출되어 있지도 않을 뿐만 아니라 공사대금이 초과지출되었다는 취지의 원고 작성 문서만으로 이를 바로 가공지출한 것이라고 볼 수도 없는 점, 다른 공사업체에 대한 공사대금 지출과 달리 ○○○○○○○에 대한 지출과 관련하여서는 형사상 아무런 조치도 취해지지 않았던 점 등에 비추어 본다면, 가공지출에 부합하는 듯한 위 갑 제7호증의 1, 을 제11호증의 4의 각 기재는 그대로 믿기 어렵고, 을 제11호증의 3, 5의 각 기재만으로 이를 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. (다) 따라서 원고가 1997년 사업연도에 있어 공사대금과 관련하여 3,077,665,040원을 가공지출하지 아니하였다는 원고의 첫째 주장은 이유 있다.

(2) 가지급금 적수를 상계할 가수금 적수가 발생하였는지 여부 살피건대, 과연 원고의 1997년 사업연도에 원고의 ○○○에 대한 가지급금 적수를 상계할 ○○○의 원고에 대한 가수금 적수 1,045,595,543,072원이 발생하였는지 여부에 관하여 보면, 이에 부합하는 듯한 갑 제9호증의 기재는 당초 법인세 신고시 함께 작성되었을 것으로 보이는 갑 제8호증(가지급금 등의 인정이자 조정명세서)과 작성 양식을 달리하고 있을 뿐만 아니라 연월일이 모두 ‘1999’로 기재되어 있으며 작성용지도 1999년 이후에 제작된 것(하단에 ‘99. 4. 1. 개정승인’이라고 인쇄되어 있다)으로 보여 사후에 작성된 것으로 보이고, 갑 제13호증의 1 내지 27, 갑 제15호증의 1 내지 14, 갑 제16호증의 1 내지 12의 각 기재는 결재란이 모두 공란으로 되어 있어 모두 그대로 믿을 수 없으며, 갑 제14, 17호증의 각 기재만으로 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 인정이자로 계산될 가지급금 적수가 존재하지 아니한다는 원고의 둘째 주장은 이유 없다.

(3) 이 사건 금원이 매출누락분에 해당하는지 여부 살피건대, 갑 제1호증의 2, 갑 제10호증, 을 제14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1997. 5. 12. ○○○○○○○과 사이에 ○○○○○○○은 원고가 발행한 제5차 골프장 회원권 745장 중 329장의 명의를 ○○○○○○○ 앞으로 변경하여 판매하되 회원권당 판매대금 9,900,000원 중 900,000원을 판촉용 여행알선 및 주선경비에 충당하기로 하고, 원고는 ○○○○○○○에게 판매대금의 15%를 판매수수료로 지급하고 ○○○○○○○ 명의 변경에 소요되는 취득세를 부담하기로 함과 아울러, ○○○○○○○은 회원권의 판매대금 중 위 여행알선경비 900,000원, 판매수수료 및 취득세를 공제한 액수만을 원고에게 지급하기로 약정한 사실, 회원권 판매대금 9,900,000원 중 9,000,000원은 가입보증금이므로 향후 반환하여야 하나 900,000원은 소멸성 금원인 사실, 원고는 ○○○○○○○으로부터 받은 판매대금 중 이 사건 금원을 미지급금으로 계상한 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다. 위 인정사실에 의하면, ○○○○○○○은 원고의 위탁매매인으로서 원고의 회원권을 판매하였다 할 것이어서 그 판매대금은 특별한 사정이 없는 한 이를 수령함과 동시에 위탁자인 원고에게 귀속되므로 위탁판매로 인하여 받은 금전 기타 수취한 과실을 원고에게 지급하여야 할 의무를 부담한다 할 것이고, 다만 ○○○○○○○이 회원권의 판매대금 중 위 여행알선경비 등을 공제한 나머지 액수만을 원고에게 지급하기로 한 것은 위탁판매에 따른 비용이나 보수의 지급방법에 관한 약정에 불과하다 할 것이므로, 이 사건 금원은 원고의 수익 또는 매출로 보아야 할 것이다(다만 이 사건 금원은 골프장 회원권 판매와 관련하여 원고가 ○○○○○○○과의 위 약정에 따라 부담하여야 할 부대비용으로서 손금산입의 대상이라 할 것인바, 원고가 이 사건 금원에 관하여 법인세 및 부가가치세를 부과하는 것 자체에 관하여 다투고 있으므로, 아래에서 살펴보는 바와 같이 적당한 세액을 계산함에 있어 손금으로 산입하기로 한다). 따라서 이 사건 금원이 이 사건 법인세 및 부가가치세의 과세표준에 산입하여서는 아니된다는 원고의 셋째 주장도 이유 없다.

(4) 정당한 세액 과세처분 취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단된다 할 것인바, 이상에서 살펴본 바에 터잡아 이 사건 법인세, 부가가치세 및 근로소득세의 정당한 세액을 산출하면 다음과 같다. (가) 우선 이 사건 법인세에 관하여 본다. 먼저, 을 제1호증의 2, 을 제6호증의 각 기재에 의하며, 피고는 골프장 공사대금과 관련된 과대계상 9,869,629,841원을 손금에 산입함과 아울러 익금에도 산입하여 이 사건 법인세의 과세표준을 산정한 사실을 인정할 수 있는바, 이와 같이 피고가 과대계상된 금액을 전부 손금에 산입하고 같은 금액을 다시 익금에 산입한 이상, 골프장 공사대금에 관한 가공지출의 불인정은 ○○○에 대한 이 사건 근로소득세의 과세표준에는 영향을 줄 수 있다 하더라도, 이 사건 법인세의 과세표준에는 아무런 영향을 주지 않는다 할 것이다(아울러 ○○○에게 상여처분되지 않고 사내유보된 과대계상 부분도 역시 과대표준에 아무런 영향을 주지 못한다). 또한 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전무개정되기 전의 것) 제20조, 그 시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것) 제47조 제1항, 그 시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되기 전의 것) 제20조 제3항의 각 규정에 터잡아 원고가 ○○○에게 사적인 빌라신축자금으로 1996. 12. 31. 26,700,000원, 1997. 3. 22. 150,000,000원, 1997. 4. 16. 60,000,000원을 각 지급한 가지급금에 대한 인정이자를 계산하면, 1997년 당시 국세청장이 정한 당좌대월이자율은 연 12%이고, 1997년 사업연도의 ○○○에 대한 가지급금의 적수(積數)는 68,095,500,000원｛26,700,000원 × 80일(1997. 1. 1.~1997. 3. 21.) + (26,700,000원 + 150,000,000원) × 25일(1997. 3. 22.~1997. 4. 15.) + (26,700,000원 + 150,000,000원 + 60,000,000원) × 260일(1997. 4. 16.~1997. 12. 31.)｝이므로 이에 대한 연 12%의 당좌대월이자 상당액은 22,387,560원(68,095,500,000 ÷ 365 × 0.12)임은 계산상 명백하다(피고가 이 사건 법인세의 과세표준 산정시 위 가지급금에 대한 인정이자를 21,633,830원으로 본 것은 명백한 계산상 착오로 보인다). 따라서 위 인정이자를 익금산입하고, 앞서 언급한 바와 같이 이 사건 금원을 손금산입한 다음, 이 사건 법인세의 정당한 세액을 계산하면, 별지 1‘법인세 계산내역’ 기재 (다) 끝으로 이 사건 근로소득세에 관하여 보건대, 원고가 1996년도 ○○○의 근로소득금액으로 신고한 금액이 21,800,000원이고 그 부분에 관한 원천징수세로 납부한 세액이 3,360,000원인 사실 및 1997년도 ○○○의 근로소득금액으로 신고한 금액이 32,400,000원이고 그 부분에 관한 원천징수세로 납부한 세액이 5,480,000원인 사실은 당사자 사이에 다틈이 없는바, 여기에 피고가 가공 지출로 잘못 인정하고 상여처분한 3,077,665,040원을 과세표준에서 빼고 위 가지급금에 대한 인정이자 22,387,560원을 더하면, 원고에게 추가로 부과되어야 할 근로소득세 원천징수액은 별지 2 ‘근로소득세 계산내역’ 기재와 같이 21,328,903원이 된다.

그렇다면, 이 사건 법인세 235,990,060원의 부과처분 중 4,581,430원을 초과하는 부분은 위법하므로 이 부분의 취소를 구하는 원고 청구 부분은 이유 있어 이를 각 인용하고, 이 사건 부가가치세의 환급세액 감액처분의 취소를 구하는 원고 청구 부분은 이유 없어 이를 각 기각하여야 할 것인바, 이와 결론을 일부 달리한 제1심 판결은 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하고, 주문과 같이 판결한다.