1. 처분의 경위
다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2 내지 5호증, 갑 제6호증의 1 내지 6, 갑 제7호증의 1, 2, 3, 갑 제8, 9호증, 갑 제10호증의 1 내지 6, 갑 제11, 12, 13호증, 갑 제14호증의 1, 2, 3, 갑 제15 내지 18호증, 갑 제24호증의 2, 3, 5 내지 8, 11 내지 15, 을 제1 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
- 가. 주식회사 ○○건설(아래에서 ○○건설이라고만 한다)은 1985. 4. 25. 아파트건설 및 택지조성업 등을 목적으로 설립된 회사로서 그 자본금 총액은 52억 8,000만 원이고, 발행주식 1,056,000주 중 대표이사인 정○○가 58%를, 정○○, 정○○가 각 15%씩을, 이○○이 5%를, 이○○가 3%를, 이○○, 김○○가 각 2%씩을 각 보유하고 있었다.
- 나. 그런데 ○○건설은 그 목적사업 중 토목건축공사업에 관한 권리·의무 일체를 분할하여 원고를 설립하기로 하고, 1999. 5. 13. 그 분할계획서(갑 제13호증, 아래에서 이 사건 분할계획서라 한다)에 대한 주주총회의 승인결의를 거쳐 1999. 6. 20. 신설회사인 원고의 설립등기를, 1999. 7. 3. ○○건설의 분할등기를 각 경료하였는바, 위 분할계획서에 의하면 분할시 총 264,000주의 주식을 발행하여 ○○건설의 주주들에게 그 지분비율에 따라 배당하고, 원고의 목적사업을 토목건축공사업 및 이에 부대하는 일체의 사업으로 하며, 원고는 분할 전 ○○건설의 채무 중 출자한 재산에 관한 채무만을, ○○건설은 그 외의 채무만을 각 부담하는 것으로 되어 있다.
- 다. ○○건설은 그 무렵 상법 제530조의9 제4항, 제527조의5 제1항에 따라 채권자들을 위하여 위와 같은 회사 분할에 이의가 있으면 소정의 기간 내에 이를 제출하라는 취지의 공고를 한 바 있으나, 알고 있는 채권자에 대하여 개별적으로 이의제출의 최고를 하지는 아니하였다.
- 라. 그 후 ○○건설은 1999. 9. 14. 충청북도지사에게 양수인을 원고로 하여 건설업양도신고를 하였는바, 충청북도지사는 1999. 10. 1. 양수인이 양도인의 상호보증에 기한 기존 채무를 모두 인수할 것 등을 조건으로 하여 위 신고를 수리하였다.
- 마. 한편 ○○건설은 1996. 12. 31.경 합자회사 ○○종합건설(아래에서 ○○종합건설이라고만 한다)의 신용보증기금에 대한 채무를 보증하고, 1997. 12. 11.경 주식회사 ○○건설(아래에서 ○○건설이라고만 한다)의 신용보증기금에 대한 채무를 보증한 것을 비롯하여 상호보증의 방법으로 다른 건설업체의 금융기관 등에 대한 채무를 다수 보증한 바 있는데, 그 후 ○○종합건설이 부도로 1999. 10. 31. 관할 세무서장으로부터 국세결손처분을 받고, ○○건설이 1999. 6. 30. 청주지방법원으로부터 화의인가결정을 받는 등으로 ○○건설이 보증한 건설업체들이 연쇄 도산함에 따라 1999. 12. 31. 현재 누적 결손금이 자본금의 2배가 넘는 111억 4,000만 원 상당에 이르게 되어 위 보증채무 등에 대한 변제능력을 사실상 상실하였다.
- 바. 이에 따라 ○○건설이 2000. 4. 28. 원고에게 당시 확정된 보증채무액 84억 7,000여만 원의 35.4% 상당인 30억 원의 채무를 부담하여 달라고 요청하자, 원고는 2000. 5. 8. ○○건설과 사이에 원고가 15억 원을 한도로 ○○건설의 위 보증채무를 변제하되 변제된 금액에 대하여는 주채무자를 상대로 구상권을 행사하고 ○○건설에 대하여는 이를 행사하지 아니한다는 취지의 합의를 한 다음 수 차례 ○○건설에게 보증채무변제조의 금원을 지급하였고, 이에 ○○건설은 원고로부터 지급받은 금원으로 2000. 5. 31. 신용보증기금에게 ○○건설에 대한 보증채무액 중 226,621,708원, 2000. 6. 30. 신용보증기금에게 ○○종합건설에 대한 보증채무액 중 302,299,935원, 2000. 8. 9. 신용보증기금에게 ○○건설에 대한 보증채무액 중 57,038,592원, 같은 날 한국○○은행에게 ○○종합건설에 대한 보증채무액 중 158,292,039원, 2000. 11. 13. 한국○○은행에게 ○○종합건설에 대한 보증채무액 중 107,480,272원, 같은 날 신용보증기금에게 ○○종합건설에 대한 보증채무액 중 243,200,000원 등 합계 10억 94,932,546원(아래에서 이 사건 변제액이라 한다)을 변제하였다.
- 사. 그 후 원고는 이 사건 변제액 상당을 손금에 계상하여 과세표준 및 세액을 산출한 후 이를 기초로 청주세무서장에게 2000 사업연도 법인세 신고를 하였는데, 이에 청주세무서장은 2002. 12. 1. 원고가 ○○건설에게 이 사건 변제액 상당을 지급한 행위는 특수관계자에게 업무무관대여금을 지급한 행위로서 부당행위계산에 해당한다는 이유로 위 금원에 관하여 손금 불산입 및 사내유보의 소득처분을 하고, 관련 가지급금 인정이자(2000 사업년도 58,007,254원, 2001 사업연도 120,481,211원)를 익금 산입 및 기타 사외유출로 소득처분하며, 관련 지급이자(2001 사업연도 83,998,137원)를 손금 불산입 및 기타 사외유출로 소득처분하는 일방, 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업에 대한 특별감면세액을 재계산하여 원고에 대한 2000 사업연도 및 2001 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 후 원고에게 2000년도 법인세 485,336,490원 및 2001년도 법인세 84,529,900원을 추가로 납부하라는 내용의 고지(아래에서 이 사건 처분이라 한다)를 하였다.
- 아. 원고는 2003. 3. 5. 이 사건 처분에 대하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2003. 11. 5. 기각되었다.