구 법인령 제3조에서‘처분일 현재 3년 이상’은 ‘양도일 직전부터 소급해서 3년 이상 계속해서’로 해석함이 타당

사 건 (청주)2024누50583 법인세경정거부처분취소 원 고 AA대종회 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 5. 판 결 선 고

2025. 10. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 1. 5. 원고에 대하여 한 2021사업연도 법인세 0,000,000,000원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 000씨 5세손 000의 후손들을 구성원으로 하는 종중으로, 2015. 3. 10. 피고로부터 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았다. 2018. 3. 22. 개정된 원고의 정관 중 이 사건과 관련된 내용은 다음과 같다 제2조(목적) 본회는 조상선현의 유지를 길이 받들어 영속적으로 선영을 수호봉사하고 종재를 효율적으 로 운영관리하며 종족간에 상호 친목과 단결을 공고히 하면서 지역사회 발전에도 기여를 함으로써, 종족의 사회적 지위 향상을 도모하고자 함을 목적으로 한다. 제3조(사업) 본회는 전 조의 목적을 달성하기 위하여 다음의 사업들을 시행한다.

1. 선영의 치산, 봉사수호에 관한 사항

2. 종족간의 친목, 단결에 관한 사항

3. 조상 선현의 유적과 치적의 조사 연구 및 보호, 홍보에 관한 사항

4. 종족의 사회적 지위 향상, 발전 및 복리 증진에 관한 사항

5. 종재의 영속적인 계승, 보존과 효율적인 운영, 관리에 관한 사항

6. 종족의 유능한 인재 배출을 위한 육영사업에 관한 사항

7. 지역사회 발전에 봉사, 기여하는 사업과 관계되는 사항

8. 기타 본 회가 지시하는 목적 달성에 필요한 사항

• 나. 원고 소유의 서울 00구 00동 산00-00 임야 00,000㎡)(이하 ‘분할 전 토지’라 한다)는 1971. 4. 8.경 00지구토지구획정리사업 구역으로 편입되었고, 1971. 8. 6. 건설부 고시 제000호로 도시계획시설(공원)로 결정되었으며, 위 토지에 관하여 2005. 10. 20. 서울특별시 고시 제2005-000호로 도시계획시설(공원)조성계획결정, 2008. 5. 15.00구 고시 제2008-00호로 도시계획시설(0000000)사업 실시계획인가, 2019. 6. 20. 00구 고시 제2019-113호 및 2020. 3. 12. 00구 고시 제2020-38호로 도시계획시설(공원)사업 실시계획인가 등이 이루어졌다(이하 위 도시계획시설사업을 통틀어 ‘이 사건 사업’이라 한다).
• 다. 분할 전 토지에는 과거에 원고 선조들의 분묘가 다수 설치되어 있었는데, 원고는 분할 전 토지가 00000000정리사업 구역으로 편입되자 1971. 7. 28.경 00시 일죽면 00리 산0-0 일대 토지를 매수하였고, 1973년경 분할 전 토지에 있던 선조들의 분묘를 모두 철거(이하 ‘이 사건 분묘 철거’라 한다)하여 위 00리 토지로 이장하였다.
• 라. 서울 00구 00동 산00-00 임야 00,000㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)는 2019.12. 20. 분할 전 토지에서 분할되었다.
• 마. 00구청장은 0000. 0. 0. 이 사건 사업의 사업시행자로서 서울주택도시공사 공고 제00호로 이 사건 토지 등 서울 00구 00동 산00-00 일대 토지 22필지에 관하여 보상계획을 공고하고, 2021. 2. 10. 이 사건 토지의 손실보상액을 00,000,000,000원으로 산정하여 원고에게 손실보상협의를 요청하였으나, 협의가 성립되지 아니하여 서울특별시지방토지수용위원회에 수용재결을 신청하였다.
• 바. 서울특별시지방토지수용위원회는 2021. 8. 27. 이 사건 토지를 수용하고(수용개시일 2021. 10. 15.) 손실보상금을 00,000,000,000원으로 정하는 내용의 재결을 하였다. 이에 따라 00구청장은 위 손실보상금을 공탁하였고, 원고는 2021. 11. 1.경 위 공탁금을 수령하였다.
• 사. 원고는 2022. 3. 23. 이 사건 토지의 수용으로 인한 양도차익 00,000,000,000원에 대하여 2021사업연도 법인세 0,000,000,000원을 신고하였고, 2022. 3. 31. 및 같은 해 5. 2. 위 법인세를 모두 납부하였다. 이후 원고는 2022. 10. 12. 이 사건 토지의 손실보상금이 법인세 과세대상이 아니라고 주장하면서 피고를 상대로 법인세 0,000,000,000원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 아. 대전지방국세청장은 2022. 12. 6. 원고에게 국세기본법 제45조의2 제3항 에서 정한 2개월의 기한 내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란하다는 이유로 같은조 제4항에 따라 이의신청․심판청구 등 조세불복이 가능하다는 사실을 통지하였고, 피고는 2023. 1. 5. 원고에게 아래와 같은 이유로 경정청구를 거부한다는 내용의 통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)

○ 처리결과: 기각(거부)

○ 처리내용 청구법인이 처분한 유형자산(임야)은 고유목적사업인 선조의 묘역관리를 위해 선산으로 3년 이상 직접 사용한 것으로 볼 수 없으므로, 쟁점임야 처분이익을 해당 사업연도의 소 득금액에서 제외하여 기납부한 법인세 46억 원을 환급신청한 본 경정청구는 거부처분함 이 타당하다고 판단됩니다.

• 자. 원고는 2023. 1. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 6.28. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5 내지 12, 14 내지 23, 26 내지 33, 120,121, 149 내지 152, 156호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재 또는 영상, 변론 전체의 취지

• 가. 제1주장 1) 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서, 구 법인세법 시행령(2023. 7. 7. 대통령령 제33621호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제3조 제2항 전문(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)에 따르면, ‘처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입’은 법인세 과세소득에서 제외되는데, 원고는 이 사건 분묘 철거일까지 이 사건 토지를 3년 이상 선조들의 분묘 관리를 위하여 직접 사용하다가 이 사건 사업으로 인하여 분묘를 철거하였는바, 이 사건 사업으로 인하여 원고가 이 사건 토지 처분일 직전 3년 이상 토지의 사용을 제한받은 점을 고려하면, 이 사건 시행령 조항을 합목적적으로 해석하여 위 조항의 ‘처분일’에 ‘이 사건 분묘 철거일’이 포함되는 것으로 해석하거나, 위 조항의 ‘처분일 현재 3년 이상’을 ‘이 사건 토지 취득일부터 처분일까지 사이에 3년 이상’으로 해석하여야 한다. 따라서 이 사건 토지의 수용으로 인한 양도차익은 이 사건 시행령 조항에 따라 법인세 과세소득에 해당하지 아니한다.

2. 만일 이 사건 분묘 철거일로부터 얼마 지나지 않은 시점에 수용절차가 완료되었더라면, 이 사건 토지의 양도차익은 당시 시행되던 법령에 따라 비과세되었을 것인데, 이 사건 토지의 수용절차가 심각하게 지연된 결과 원고는 본래 납부하지 않아도 되는 법인세를 납부하여야 하게 되었는바, 위와 같이 해석하지 않는다면 이 사건 처분은 이 사건 토지 처분일 직전 3년 동안 원고로 하여금 이 사건 토지를 고유목적사업에직접 사용하지 못하게 한 장애사유를 초래한 국가가 자신이 스스로 만든 장애사유를 법인세 과세 근거로 주장하는 결과가 되어 행정기본법 제11조 제1항, 국세기본법 제15조 및 보편적인 정의관에 따른 신의성실의 원칙에 위반된다.

• 나. 제2주장 설령 이 사건 시행령 조항의 ‘처분일’에 ‘이 사건 분묘 철거일’이 포함되지 않는다고 보더라도, 이 사건 토지는 처분일 직전까지 0000000공원 부지로 시민들에게 제공되어 ‘지역사회 발전에 기여’한다는 원고의 정관 목적에 부합하는 용도로 사용되어 왔으므로, 이 사건 토지는 처분일 현재 3년 이상 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 유형자산에 해당하는바, 이 사건 토지의 수용으로 인한 양도차익은 이 사건 시행령 조항에 따라 법인세 과세소득에 해당하지 아니한다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 제1주장에 관한 판단

1. 이 사건 시행령 조항 중 ‘처분일 현재 3년 이상’의 해석에 관하여

• 가) 관련 법리

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

(2) 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).

• 나) 구체적 판단 아래와 같은 관계 법령의 문언, 체계 및 연혁, 조세법규의 엄격해석 원칙 등을 종합하여 보면, 이 사건 시행령 조항에서 정한 ‘처분일’은 이 사건 토지의 양도일, 즉 수용일을 의미한다고 봄이 타당하고, 원고의 주장과 같이 이 사건 시행령 조항의 ‘처분일’에 ‘이 사건 분묘 철거일’이 포함된다거나, ‘처분일 현재 3년 이상’을 ‘이 사건 토지 취득일부터 처분일까지 사이에 3년 이상’으로 해석하기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (1) 법인세법 제4조 제1항 제1호 및 같은 조 제3항 제5호 본문은 ‘비영리내국법인의 각 사업연도의 소득 중 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입은 법인세가 과세되는 소득에 해당한다’고 정하면서, 이에 대한 예외로 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서 및 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 전문(이 사건 시행령 조항)에서 ‘해당 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입’은 과세소득에서 제외한다고 규정하고 있다.

(2) 구 법인세법 시행령은 이 사건 시행령 조항이 정한 ‘처분일’에 관하여 별도의 정의규정을 두고 있지 않으므로, ‘처분’이라는 문언의 사전적 의미를 존중하여 해석할 필요가 있는데, ‘처분’의 사전적 의미는 ‘처리하여 치움’(국립국어원의 표준국어대사전)이고, 법률용어로서 ‘처분하다’의 사전적 의미는 ‘(개인이나 법인이 주식이나 부동산을) 팔아서 소유권을 변동하다’(고려대 한국어대사전)이다. 또한 ‘현재’의 사전적 의미는 ‘기준으로 삼은 그 시점’(국립국어원 표준국어대사전)이므로, ‘처분일 현재 3년 이상 계속하여’라 함은 부동산의 경우 ‘양도일(소유권 변동일)을 기준으로 직전 3년 이상 계속하여’라는 의미로 해석함이 타당하고, 위와 같이 문언의 의미가 객관적으로 분명함에도 불구하고 합리적인 근거 없이 그 의미를 확장하거나 유추하여 해석하여서는 안 된다.

(3) 법인세법은 비영리내국법인의 법인세 과세․비과세소득과 관련하여, 이 사건 분묘 철거일 무렵 시행되던 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것)에서는 제1조 각 호에 명시된 일부 수익사업에 대하여만 과세로, 그 외의 소득에 대하여는 비과세로 각 규정하고 있었다가, 1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되면서 ‘수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입’이 과세소득으로 추가되었고(제1조단서 제6호), 1990. 12. 31. 법률 제4282호에서 위 과세소득에 관한 규정이 ‘고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입’(제1조 단서 제6호)으로 개정됨에 따라, 구 법인세법 시행령(1990.12. 31. 대통령령 제13195호로 개정된 것)에 처음으로 이 사건 시행령 조항과 같은 취지의 규정, 즉 “고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것이라 함은 부동산의 양도일 현재 2년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 말한다(제2조 제2항).”라는 규정(이하 같은 내용의 규정을 개정 전후를 구분하지 않고 ‘이 사건 비과세 조항’이라 한다)이 신설되었다. 위 규정의 ‘부동산의 양도일’은 이후 1994. 12. 31. 대통령령 제14468호에서 ‘고정자산의 처분일’(제2조 제2항)로, ‘2년 이상’은 1995. 12. 30. 대통령령 제14861호에서 ‘3년 이상’(제3조 제2항)으로 각 개정되었고, 다시 ‘고정자산’은 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정된 것) 제4조 제3항 제5호 단서 및 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정된 것) 제3조 제2항 전문에서 ‘유형자산 및 무형자산’으로 확대되었다. 이와 같이 이 사건 비과세 조항이 신설되었을 당시의 규정은 부동산에 관하여만 비과세소득을 규정하면서 ‘양도일’이라는 표현을 사용하였고, 이후 비과세 대상 자산이 ‘부동산’에서 ‘고정자산’으로 확대되면서 위 ‘양도일’이라는 표현이 ‘처분일’로 수정되었으나, 부동산의 경우 ‘양도일’과 ‘처분일’의 사전적․법률적 의미가 다르다고 보기 어려우므로, 위 조항의 ‘처분일’은 부동산의 경우 여전히 ‘양도일’을 의미한다고 봄이 타당한바, 앞서 본 바와 같이 이 사건 시행령 조항의 ‘처분일’을 ‘양도일(소유권 변동일)’로 해석하는 것은 위와 같은 관계 법령의 연혁 및 입법의도에 비추어 보더라도 정당하다.

(4) 만약 원고의 주장과 같이 원고가 이 사건 사업으로 인하여 이 사건 토지를 고유목적사업에 사용하지 못하였다는 이유로, 이 사건 시행령 조항의 ‘처분일’에 ‘이사건 분묘 철거일’이 포함된다거나, ‘처분일 현재 3년 이상’을 ‘이 사건 토지 취득일부터 처분일까지 사이에 3년 이상’으로 보는 등으로 위 조항을 확대해석하는 경우, 이는 문언의 통상적인 의미를 벗어나게 될 뿐만 아니라, 관계 법령에서 법정 비과세요건으로 정하지 아니한 다른 개별적․구체적인 사정을 요건으로 고려하게 되는 것이어서 조세공평의 원칙에 비추어 타당하다고 볼 수 없다. 또한 위와 같이 해석하는 것은 이 사건 시행령 조항에 ‘고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 경우에는 달리 본다’는 규정을 두고 있지 아니하므로, 토지의 처분대금을 법인세 과세소득으로 보아야 하는지를 결정함에 있어 해당 비영리내국법인이 토지를 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있는지 없는지는 따질 필요가 없다는 판례(대법원 2006. 7. 27. 선고2005두14370 판결, 대법원 2017. 7. 11. 선고 2016두64722 판결)의 취지에도 반하는 것으로 보인다.

2. 이 사건 처분이 신의성실의 원칙에 위반되는지 여부

• 가) 관련 법리

(1) 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙으로(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조), 신의성실의 원칙에 위배된다는 이유로 그 권리의 행사를 부정하기 위해서는 상대방에게 신의를 주었다거나 객관적으로 보아 상대방이 그러한 신의를 가짐이 정당한 상태에 이르러야 하고, 이하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 또한 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어질 것을 요한다(대법원 1996. 1. 23. 선고 95누13746 판결 등 참조).

• 나) 구체적 판단 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고는 분할 전 토지가 1971. 4. 8.경 0000000000사업 구역으로 편입됨으로 인하여 이 사건 분묘 철거를 하게 된 것으로 보이고, 이 사건 사업으로 인하여 원고가 위 무렵부터 이 사건 토지 수용일인 2021. 10.15.까지 약 50년간 이 사건 토지를 직접 사용하기는 사실상 어려웠던 것으로 보인다. 또한 이 사건 분묘 철거일 무렵 시행되던 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것)에서는 제1조 각 호에 명시된 일부 수익사업 외의 소득에 대하여는 비과세로 규정하고 있었으므로, 이 사건 분묘 철거 당시에는 부동산 처분으로 인한 소득이 법인세 과세 대상에 해당하지 아니하였던 점은 앞서 본 바와 같다. 그러나 아래와 같은 관계 법령의 내용, 취지와 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 위와 같은 사정 및 원고가 주장하는 사정들만으로는 이 사건 처분이 신의성실의 원칙에 위반되어 위법하다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(1) 법인세는 원칙적으로 각 사업연도의 소득에 대하여 그 소득이 발생함으로써 납세의무가 성립한 당시 시행되는 관계 법령에 따라 부과되는 것이므로, 법령에 따른 비과세요건은 납세의무가 성립한 당시를 기준으로 갖추고 있어야 하는 것이다. 한편, 어느 토지에 대하여 도시계획시설결정이 고시되었다고 하더라도, 그 고시 당시에 도시계획시설사업이 언제 시행될지나 그 토지가 언제 수용될지 등까지 확정되는 것은 아니므로[현행 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제48조 제1항 은 ‘도시계획시설결정이 고시된 도시계획시설에 대하여 그 고시일부터 20년이 지날 때까지 그 시설의 설치에 관한 도시계획시설사업이 시행되지 아니하는 경우 그 도시계획시설결정은 그 고시일부터 20년이 되는 날의 다음 날에 그 효력을 잃는다’고 규정하고 있는바, 이에 따르더라도 도시계획시설사업의 시행에 최대 20년이 소요될 수 있다. 또한 분할 전 토지에 대하여 최초 도시계획시설결정이 있었을 당시 시행되던 구 도시계획법(2002. 2. 4. 법률 제6655호 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 부칙 제2조로 폐지)은 도시계획시설결정의 시행 시한에 관한 규정을 두고 있지도 않았다], 어느 토지가 도시계획시설로 결정된 시 기와 법인세 납세의무 발생 시기 사이에는 현실적으로 차이가 발생할 수밖에 없다.

(2) 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세․재정정책을 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼 조세에 관한 법규․제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 특별한 사정이 없는 한 현재의 세법이 변함없이 유지되리라는 납세자의 기대나 신뢰는 보호될 수 없다(헌법재판소 2023. 7. 20. 선고 2019헌바223 전원재판부 결정 등 참조). 따라서 이 사건 분묘 철거 당시 시행되던 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것)에서 부동산의 처분으로 인한 소득을 과세소득으로 규정하지 아니하였다고 하더라도 이러한 조세혜택에 대한 기대와 신뢰는 영구적인 것이 아닌 신축적․잠정적인 것이라고 보아야 하고, 납세의무자인 원고로서는 이 사건 분묘 철거일과 이 사건 토지 양도일 사이에 관계 법령의 조세감면 규정이 축소 내지 폐지되는 방향으로 개정될 수 있으리라는 것은 충분히 예측할 수 있었다고 할 것이므 로, 이 사건 분묘 철거 당시에 시행되던 법인세 비과세소득에 관한 규정이 유지될 것이라는 원고의 신뢰는 특별히 보호하여야 할 가치나 필요성이 있다고 보기 어렵다.

(3) 특히 원고가 이 사건 분묘 철거를 하였을 당시에는 이 사건 비과세 조항이 존재하지도 아니하였으므로, 원고가 ‘이 사건 토지를 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부’는 비과세요건으로 고려될 수 있는 것도 아니었다. 이후 1990. 12. 31.경 이 사건 비과세 조항이 신설되었는데 만약 이 사건 토지가 그 무렵 처분되었다고 하더라도, 위 당시를 기준으로도 이 사건 토지는 ‘양도일 현재 2년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용’된 부동산이 아니어서 비과세요건에 해당할 수 없었다. 이러한 점을 고려하면, 이 사건 토지 수용으로 인한 양도차익이 추후 과세 대상이 된 것은, 이 사건 분묘 철거일과 이 사건 토지 수용일 사이에 앞서 본 바와 같은 법령의 개정으로 인하여 비영리내국법인의 부동산의 처분 등으로 인한 소득이 원칙적으로 과세 대상에 포함되었기 때문이지 이 사건 사업이 장기간 지체된 탓이라고 보기 어렵다.

(4) 위와 같은 여러 사정들을 고려하면, 이 사건 토지에 관하여 이 사건 사업 결정이 고시되었다는 등의 사정만으로 그 고시 당시에 시행되는 규정에 따라 조세감면이 될 것이라는 과세관청 등의 공적인 견해표명이 있었다고 볼 수 없고, 설령 원고가 조세감면에 대한 신뢰를 가졌다고 하더라도 이러한 신뢰가 정당한 것으로서 마땅히 보호되어야 할 것이라고 볼 수도 없으며, 이 사건 시행령 조항을 이 사건에 그대로 적용한다고 하여 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납할 수 없는 부당한 결과가 초래됨으로써 오히려 건전한 법질서에 역행하는 것으로 볼 특별한 사정이 있다고 보기도 어렵다.

• 나. 제2주장에 관한 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 본문이 규정하고 있는 “비영리법인이 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용”한 경우에 해당하는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되, 법인의 목적이 광범위한 경우에는 ‘고유’목적사업에 ‘직접’ 사용한 경우에 한정하여 해석하여야 한다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 참조).
• 나) 비영리법인이 어느 부동산을 ‘고유목적사업에 직접 사용’한다고 함은 현실적으로 그 부동산을 비영리법인의 고유목적사업 자체에 직접 사용하는 것을 의미하고, 여기에 해당하는지는 비영리법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하며, 정관의 규정은 이를 판단함에 있어서 하나의 참고자료에 지나지 아니한다(대법원 2014. 5. 29. 선고 2014두35454 판결, 대법원1986. 7. 22. 선고 86누36 판결 등 취지 참조).

2. 구체적 판단 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거, 갑 제46 내지 119, 122 내지 148호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 이 사건 토지가 000근린공원으로 지정되어 사용된 것을 두고 원고가 이를 원고의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기 어렵고, 달리 원고가 이 사건 토지 처분일 현재 3년 이상 이 사건 토지를 고유목적사업에 사용하였다고 볼 만한 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

• 가) 원고의 정관 제2조에서 원고의 목적을 ‘조상 선현의 유지를 길이 받들어 영속적으로 선영을 수호 봉사하고 종재를 효율적으로 운영 관리하며 종족간에 상호 친목과 단결을 공고히 하면서 지역사회 발전에도 기여를 함으로써, 종족의 사회적 지위 향상을 도모하고자 함’이라고 정하고 있고, 제3조에서 위 목적을 달성하기 위하여 시행하는 사업으로 선영의 치산, 봉사수호에 관한 사항, 종종간의 친목, 단결에 관한 사항 외에 지역사회 발전에 봉사, 기여하는 사업과 관계되는 사항, 기타 본 회가 지시하는 목적 달성에 필요한 사항 등 8개 항목을 규정하고 있는 점은 앞서 인정한 것과 같다.
• 나) 그러나 종중이란 공동선조의 분묘수호와 제사 및 종원 상호간의 친목 등을 목적으로 하여 구성되는 자연발생적인 종족집단이므로, 이러한 종중의 목적과 본질에 비추어 볼 때 종중의 ‘고유’목적사업이라 함은 위와 같은 활동에 관련된 사업에 한하는 것이 일반적이라 할 것이다. 원고가 제출한 증거들에 의하더라도 원고가 종원인 후손들에게 장학금 지급사업을 하고자 재단법인 00육영회를 설립하여 운영하고 있는 사실을 알 수 있을 뿐, 원고가 지역사회 발전에 기여하기 위한 어떠한 특별한 사업을 해왔다고 볼 만한 자료는 없는바, 원고의 정관에 ‘지역사회 발전에 기여’라는 광범위한 사항이 원고의 목적으로 기재되어 있다고 하더라도, 그러한 사정만으로 ‘지역사회 발전에 기여’가 원고의 ‘고유’목적사업이라고 보기 어렵다.
• 다) 또한 원고가 이 사건 토지를 고유목적사업에 직접 사용하였는지를 판단하기 위해서는 위와 같은 원고의 사업목적 외에 부동산 취득목적도 고려할 필요가 있는데, 이 사건 토지는 본래 원고가 선산으로 사용하기 위하여 취득하였거나 그러한 용도로 사용되던 것으로, 원고가 이 사건 토지를 공원으로 사용하여 지역사회 발전에 기여할 목적으로 취득하였다고 보기도 어렵다.
• 라) 설령 지역사회 발전 기여가 원고의 고유목적사업에 해당한다고 보더라도, 이 사건 토지가 장기간 근린공원으로 사용된 것은 도시계획시설결정에 따른 것이고, 이 사건 토지에 등산로 등 조성을 위한 시설물 설치나 유지․관리 등도 모두 00구청에 의하여 이루어진 점, 원고가 이 사건 토지를 포함한 분할 전 토지의 수용절차가 장기간 지체되는 등의 행정처리에 대하여 불만을 품고 2002년경부터 2019년경까지 00구나 서울특별시에 수차례 수목, 등산로, 시설물 등을 철거하라는 등의 민원을 넣고, 00구 및 서울특별시를 상대로 시설물 등의 철거를 구하는 민사소송을 제기하기도 하였으며(갑 62, 96), 위 소송에서 패소하자 2007. 2. 1.경 분할 전 토지에 철조망을 설치하여 등산로를 폐쇄하기도 한 점(갑 62~65), 그 후로도 원고는 00구청에 여러 차례 민원을 제기하다가 요구사항이 관철되지 않는다는 이유로 2016. 3.경 또다시 철조망을 설치하여 등산로를 폐쇄하였던 점(갑 107, 108) 등의 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 토지가 이 사건 사업으로 인하여 0000000으로 사용되는 것을 이 사건 토지 처분일 현재 3년 이상 부득이 용인하였다고 하더라도, 이러한 사정만으로 원고가 이 사건 토지를 ‘지역사회 발전 기여’라는 고유목적사업에 ‘직접’ 사용하였다고 보기 어렵다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.