1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래 제2항 기재와 같이 고쳐 쓰거나 추 가하고, 원고가 이 법원에서 강조하는 주장에 관하여 제3항에서 추가 판단을 하며, 제1 심판결의 별지1을 삭제하고 별지2를 이 판결의 별지로 교체하는 외에는 제1심판결 이 유의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.
2. 이 법원이 고쳐 쓰거나 추가하는 부분
○ 제1심판결 3쪽 그림 아래 5행의 “기재한다”를 “기재하고, 이 사건에서 문제되는 2018~2019 사업연도 중간에 법인세법의 연결납세 규정, 관련 조세특례제한법 규정 등 에 일부 자구의 개정이 있었으나 그 실질적인 내용이 동일하므로, 구 법령을 별도로 구분하여 표기하지 아니한다”로 고친다.
○ 제1심판결 4쪽 4행의 “원고에게”부터 7행 아래의 “[표 1]”로 표시된 표까지를 다음 과 같이 고친다. 『원고에게 2015년부터 2019년까지 CCC에 관련된 부분과 기타 과오납된 법인세 합계 758,025,404원만을 환급하고, 나머지 아래 표 기재와 같은 1,233,469,307원에 대 한 법인세경정청구는 거부하는 내용의 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
○ 제1심판결 4쪽 표 아래 7행부터 10행까지, 6쪽 4행부터 7쪽 5행까지를 각 삭제한
- 다. ○ 제1심판결 5쪽 1행의 “제76조의16 조항을”을 삭제한다.
○ 제1심판결 5쪽 표 아래 1~2행을 아래와 같이 고친다. 『따라서 이 사건 처분 중 2018 사업연도에 관한 407,900,157원의 법인세경정거부처 분, 2019 사업연도에 관한 390,679,516원의 법인세경정거부처분은 모두 취소되어야 한 다.』
○ 제1심판결 5쪽 표 아래 4행의 “별지 2”를 “별지”로 고친다.
○ 제1심판결 7쪽 6행부터 10쪽 1행까지를 아래와 같이 고친다. 『제1항에서 인정한 사실, 앞서 든 증거들과 갑 제6, 7호증의 각 기재, 법인세법 등 별 지 관계 법령의 규정 내용에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 피고가 원고와 BBB, CCC, DDD, EEE로 구성된 연결집단의 2018 사업 연도와 2019 사업연도 각 소득에 관한 법인세액을 계산할 때 각 연결법인의 매출액 합산액을 기준으로 위 연결집단이 중소기업에 해당하지 아니한다고 판단한 다음, 이를 기초로 위 각 연결법인의 법인세액을 산정하여 원고에 대하여 2018 사업연도에 관한 407,900,157원의 법인세경정거부처분, 2019 사업연도에 관한 390,679,516원의 법인세 경정거부처분을 한 것은 적법하다. 따라서 원고의 주장을 받아들일 수 없다.
1. 제76조의22 전단은 “각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 이 법 및 조세특례제한법의 중소기업에 관한 규정은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보 아 중소기업에 해당하는 경우에만 적용한다.”라고 규정하여, '연결집단을 하나의 내국 법인으로 보아 중소기업에 해당하는 경우'에만 연결법인에 대하여 중소기업 관련 규정 을 적용한다고 정하고 있을 뿐, 하나의 내국법인으로 본 연결집단의 중소기업 해당 여 부의 판단기준에 관하여 별도로 정하고 있지 아니하다. 한편 조세특례제한법 제6조 제1항, 같은 법 시행령 제2조 제1항은 중소기업의 요건에 관하여 ‘매출액이 업종별로 중 소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준 이내일 것’(제1호), ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것’(제3호) 등을 규정하고 있다. 따라서 연결집단의 경우도 중소기업기본법 시행령 별표 1이 정한 업종별 매출액 기준 도 하나의 요건으로 보아 중소기업 해당 여부를 판단할 수 있다고 봄이 타당하다. 그 런데 제76조의22에서 규정하고 있는 연결법인의 중소기업 관련 규정의 적용 여부를 판단하기 위한 연결집단의 매출액 산정은 각 연결법인의 매출액을 단순 합산하는 방 식, 각 연결법인의 매출액을 합산한 다음 연결법인 간 내부거래 매출액을 전부 제거하 는 방식, 연결법인 간 내부거래 매출액을 제거하되 이를 일부만 제거하는 방식 등 다 양한 방식이 논의될 수 있다. 그러나 ① 조세특례제한법에 따른 중소기업에 대한 세액공제 및 감면 규정은 중 소기업에 대한 세부담을 완화하여 연구개발, 기술혁신, 시설확장 등에 자금을 용이하게 투자할 수 있도록 함으로써 중소기업의 육성과 성장을 지원하는 데에 그 취지가 있는 특혜 규정으로 봄이 타당하고, 제76조의22는 위와 같은 중소기업에 대한 세제 특혜를 적용함에 있어 연결납세제도를 채택하는 경우 세제 특혜의 적용대상 및 그 범위를 명 확히 한정하기 위한 규정이라고 봄이 타당하므로, 엄격하게 해석할 필요가 있는 점, ② 그런데 제76조의22 규정 문언과 법인세법의 관련 규정 및 체계 등을 면밀히 살펴보아 도 연결집단이 중소기업에 해당하는지 여부를 판단할 때에 제76조의22 규정의 ‘연결집 단을 하나의 내국법인으로 보아’라는 규정 문언으로부터 각 연결법인의 매출액 합산액 에서 각 연결법인 사이의 내부거래 매출액을 전부 제거하는 방식으로 연결집단의 매출 액을 산정하여 중소기업 해당 여부를 판단해야 한다는 해석이 당연히 도출된다고 보기 어렵고 또한 그것이 조세법률주의에 부합한다고 보기도 어려운 점, ③ 연결납세제도는 기업조직 선택에 있어 조세의 중립성을 보장하여 기업 경영조직의 효율화에 기여하고 조세 왜곡을 제거하며, 경제적인 동일체인 모회사와 자회사를 경제적 실질에 맞게 과 세함에 따라 세부담의 수평적 형평성을 제고하고 조세체계의 선진화에도 기여하는 제 도로 도입하게 된 것이기는 하나, 납세자가 스스로 선택하는 것일 뿐만 아니라 연결납 세방식을 채택할 경우 연결집단의 세부담이 줄어드는 효과만 있는 것이 아니라 세부담 이 늘어나는 경우도 발생할 수 있으므로 조세중립성이 모든 경우에 엄격하게 준수될 수는 없는 점, ④ 연결집단에 소속된 각 연결법인이 개별적으로는 중소기업에 해당하 지만 각 연결법인의 매출액을 합산한 결과 중소기업 기준을 초과함에 따라 세부담에서 불리하게 된다는 이유만으로 법률적인 근거도 없이 연결집단의 매출액 합산액에서 각 연결법인 사이의 내부거래 매출액을 제거할 수는 없다 할 것이고, 원고 주장과 같이 내부거래 매출액을 제거하고 산정한 연결집단의 매출액을 기준으로 중소기업 해당 여 부를 판단할 경우 법적 안정성과 예측 가능성이 훼손될 수 있는 점, ⑤ 원고는 물론이 고 BBB, CCC, DDD, EEE는 상호간의 거래를 통하여 매출 및 수익을 발생시킬 수 있고, 각 회사의 고유한 지배 내지 수익구조가 있을 수 있으므로, 원고의 주장대로 각 연결법인의 매출액 합계액 중 내부거래 매출액을 차감한 금액을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하는 것은 거래와 수익의 실질에 부합하지 않을 수 있는 점 등을 고려할 때, 제76조의22 규정을 원고의 주장과 같이 원고에게 유리하 게만 해석할 수는 없다.
2. 원고는, 기업회계기준에 의하여 연결재무제표에 계상될 매출액(연결실체 내 기 업들의 매출액을 합산한 후 이들 간에 발생한 내부거래 매출액을 제외한 금액)을 기준 으로 원고가 속한 연결집단의 중소기업 해당 여부를 판단하여야 한다고 주장한다. 그 러나 원고가 위 주장의 근거로 들고 있는 제43조는 내국법인의 각 사업연도의 소득금 액을 계산할 때 ‘익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여’ 기업회계기준을 적용할 수 있다고 규정하고 있어, 위 법률 조항에 의하여 이 사건과 같이 법인의 소득액이 아닌 법인의 매출액의 산정이 문제되고 ‘익금과 손금의 귀속사 업연도와 자산·부채의 취득 및 평가’에 관한 사항도 아닌 경우에까지 기업회계기준을 적용하여야 한다는 결론이 도출되지는 아니한다. 더군다나, 기업회계기준에 따르면 연 결재무제표의 작성에 있어서는 지배기업과 모든 종속법인의 각 자산, 소득 등을 같은 항목별로 단순 합산한 후(일반기업회계기준 제4장 연결재무제표 4.8) 비로소 수익, 비 용 및 배당을 포함하는 연결실체 내의 거래로 인한 부분을 제거하여야 할 것이나(일반 기업회계기준 제4장 연결재무제표 4.9), 원고는 이 사건에 기업회계기준을 적용하여야 한다고 주장하면서도 원고의 또 다른 종속 내국법인인 FFF의 매출액을 제 외하고 연결집단 매출액을 계산하였는바, 이러한 매출액 계산은 원고의 편의에 따라 임의적으로 산정한 것이어서 그 계산방식을 그대로 따를 수 없고, 결과적으로 이와 관 련된 원고의 매출액 주장이 정확하다고 할 수도 없다.
3. 결국 2018 사업연도와 2019 사업연도 당시 원고와 BBB, CCC, DDD, EEE로 구성된 연결집단이 중소기업에 해당하는지 여부를 판단할 때 위 각 연결법인의 매출액 합산액 중 내부거래 매출액은 차감되어서는 아니 된다. 위 연결집단의 매출액을 단순 합산한 결과 2018 사업연도 매출액은 1,279억 원, 2019 사업연 도 매출액은 1,215억 원으로, 조세특례제한법 제6조 제1항, 같은 법 시행령 제2조 제1 항 제1호, 중소기업기본법 시행령 별표 1이 정한, 위 연결집단이 속한 업종(식료품 제 조업)의 중소기업 기준 매출액인 1,000억 원을 초과하였으므로, 원고가 속한 연결집단 은 중소기업에 해당하지 아니한다.』