중소기업 졸업 후 복귀 시 유예기간 재차 적용 여부

청 구 취 지 제 1 심판결을 취소한다. 피고가

2022. 2. 22. 원고에게 한, 2017 년 귀속 법인세 15,198,000 원, 2018 년 귀속 법인세 31,752,890 원, 2019 년 귀속 법인세 31,811,230 원 및 2020 년 귀속 법인세와 농어촌특별세 합계 96,145,760 원의 각 경정고지처분을 취소한다.

이 법원이 이 부분에 기재할 이유는 아래와 같이 일부 내용을 고쳐 쓰는 외에는 제 1 심판결의 “1. 처분의 경위 ” 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제 1 심판결 2 쪽 18 행의 “ 중소기업 유예기간 적용대상자 ” 를 “ 중소기업 유예기간 제도적용대상자 ” 로 고친다.

○ 제 1 심판결 2 쪽 19 행의 “31,752,900 원 ” 을 “31,752,890 원 ” 으로 고친다.

가. 원고의 주장 요지 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 중소기업이 중소기업에 해당되지 않게 됨에 따라 발생하는 조세부담 증가를 완화하는 규정으로, 2010. 12. 30. 개정을 통하여 위 시행령 조항에서 ’ 최초 1 회에 한하여 ‘ 라는 문구를 ’ 최초로 ‘ 로 변경하는 방식으로 유예기간 제도의 적용횟수의 제한을 없앴다고 보아야 하므로, 원고가 종전에 1 회 유예기간 제도의 적용을 받았다고 하더라도 이 사건 기간은 재차 유예기간 제도의 적용 대상이된다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다.

1) 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 (대법원

2002. 4. 12. 선고 2001 두 731 판결, 대법원

2004. 5. 28. 선고 2003 두 7392 판결 등 참조). 2) 구체적 판단 관계 법령의 규정 내용, 앞서 인정한 증거들 및 을 제 1, 2, 4 호증의 각 기재에의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 기간은 구 조세특례제한법 시행령 (2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조 제2항 (이하 ‘ 이 사건 조항 ’ 이라 한다)1) 에서 정한 유예기간 제도의 적용 대상에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다. 가) 2020. 12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법은 제5조 제1항에서

2. ‘ 중소기업 등 투자 세액공제 ’ 라는 제목 하에 대통령령으로 정하는 중소기업이 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산에 투자하는 경우 등 일정한 경우에는 해당 투자금액의 100 분의 3 에 상당하는 금액을 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하였다. 그런데 중소기업의 요건에 관하여, 구 조세특례제한법 시행령 (2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항은 조세특례제한법 제5조 제1항의 ‘ 대통령령으로 정하는 중소기업 ’ 의 요건의 하나로 ‘ 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1 의 규정에 의한 규모기준 (중소기업기준) 이내일 것 ’ 을 규정하고 있었고, 같은 조 제2항 본문은 ‘ 중소기업이 중소기업기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1 회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3 개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 위 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당 여부를 판정한다 ’ 고 규정하고 있었다.

2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 이 사건 조항은 ‘ 중소기업이 중소기업기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한날이 속하는 과세연도와 그 다음 3 개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 위 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당 여부를 판정한다 ’ 는 내용으로 개정되었다. 나) 위에서 본 바와 같이 이 사건 조항은 그 본문 전단에서 중소기업이었다가 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우 ‘ 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 ’, 즉 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 때가 속하는 과세연도부터 그 다음 3 개 과세연도 동안 중소기업으로 보는 유예기간 제도를 적용한다고 규정하는 한편, 그 본문 후단에서는 중소기업에 해당하지 않게 되었다가 다시 중소기업에 해당하게 되는 경우 혹은 중소기업으로 복귀하였다가 다시 중소기업에 해당하지 않게 된 경우를 구분하지 않고 ‘ 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 ’ 제1항의 중소기업기준에 따라 중소기업 해당 여부를 판정한다고 규정하고 있다. 이 사건 조항의 본문 전단만을 놓고 보면, 중소기업이었다가 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 ‘ 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3 개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다 ’ 고 규정하고 있으므로, 중소기업이었다가 중소기업에 해당하지 않게 되기만 하면 그 사유가 발생한 과세연도와 그 다음 3 개 과세연도까지 반복적으로 유예기간 제도가 적용될 수 있는 것으로 해석할 여지가 있으나, 이 사건 조항은 그 본문 후단에서 ‘ 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당 여부를 판정한다 ’ 고 규정하고 있는바, 이와 같은 이 사건 조항의 규정 형태와 내용에 의하면, 이 사건 조항은 그 본문 후단에 의하여 본문 전단이 규정한 유예기간 제도의 적용 범위를 제한한 것으로 봄이 타당하다. 따라서 어떤 중소기업이 매출액 등 중소기업기준을 초과하여 최초로 중소기업에 해당하지 않게 됨으로써 이 사건 조항의 본문 전단에 따라 4 개 사업연도 동안 유예기간 제 도를 적용받아 투자세액 공제 혜택을 받았다면, 위 유예기간이 경과한 이후의 과세연도부터는 이 사건 조항의 본문 후단에 의하여 제1항의 중소기업기준에 따른 중소기업해당 여부에 따라 투자세액 공제 혜택을 받을 수 있는지 여부가 결정된다고 봄이 타당 하다. 다) 이 사건 조항으로의 개정이유에는 ‘ 최초 중소기업 졸업 시부터 유예기간 4 년 동안에는 유예기간 적용횟수 제한을 폐지한다 ’ 는 내용이 기재되어 있는데, 그 개정이유를 구체적으로 살펴보면 ‘ 이 사건 조항 개정 전에는 최초 중소기업을 졸업하였다가 중소기업으로 복귀하고 다시 일반기업이 된 경우 ’ 최초 1 회에 한하여 ‘ 라는 문구로 인하여 유예기간 4 년 기간 동안에도 최초 1 회 중소기업에 해당하지 않게 된 과세연도에 대하여만 유예기간 제도가 적용되었으나, 위 ’ 최초 1 회에 한하여 ‘ 를 ’ 최초로 ‘ 로 변경하는 방식으로 개정함으로써 최초 중소기업을 졸업했다가 유예기간 4 년 내에 중소기업으로 복귀하고 이후 다시 일반기업이 된 경우에도 그 시기가 잔존 유예기간 이내라면 졸업유예 제도가 적용된다 ’ 는 취지가 기재되어 있다. 이와 같은 개정이유에 의하면 이 사건 조항으로의 개정 전에 과세관청은 최초 중소기업에 해당하지 않게 되는 사유가 발생한날이 속하는 과세연도와 그 다음 3 개 연도까지 4 년의 기간 내에 해당 기업이 중소기업이 되었다가 재차 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생한 경우 ‘ 최초 1 회에 한하여 ’ 라는 문구를 근거로, 최초 중소기업에 해당하지 않게 된 과세연도에 대하여만 유예기간 제도가 적용되는 것으로 잘못 해석하고 이를 기초로 해당 기업에 법인세 등을 과세한 것으로 보이는바, 이 사건 조항으로의 개정은 이 사건 조항을 위와 같이 잘못 해석하여 적용하고 있는 과세사례가 있다는 것을 알고 그러한 오류를 방지하기 위한 목적으로 이루어진 것이고, 그 구체적인 개정방법은 기존의 ‘ 최초 1 회에 한하여 ’ 라는 문구를 ‘ 최초로 ’ 라는 문구로 변경하는 방법을 선택하였던 것으로 보인다. 원고는 이 사건 조항으로의 개정이유에 ’ 유예기간 적용횟수 제한 폐지 ‘ 라는 내용이 기재되어 있음을 근거로 4 년의 유예기간 제도가 적용된 후에도 재차 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생한 경우에는 반복적으로 유예기간 제도가 적용될 수 있다는 취지로 주장하나, 앞서 본 개정이유를 살펴보면 ’ 유예기간 적용횟수 제한 폐지 ‘ 는 전체 4 년의 유예기간 내에서 중소기업 졸업유예 제도를 적용하는 횟수의 제한을 폐지함을 의미하는 것으로 판단되므로, 원고의 위 주장은 이 사건 조항으로의 개정이유를 오해함에서 비롯된 주장으로 보일 뿐이다. 따라서 이 사건 조항으로의 개정이유를 근거로, 앞서 본 바와 다르게 최초로 유예기간 제도가 적용된 4 년이 경과한 후에 중소기업으로 복귀하였다가 재차 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생하였다고 하더라도 이 사건 조항에 따라 유예기간 제도가 반복 적용된다고 보기는 어렵다. 라) 원고가 주장하는 바와 같이 ’ 최초 1 회에 한하여 ‘ 라는 문구가 삭제된 이유가 횟수의 제한 없이 유예기간 제도를 반복적으로 적용하기 위함이라고 해석하게 되면, 해당 기업에 대하여 반복적으로 투자세액 공제 혜택의 부여가 가능해 진다. 이러할 경우 일부 기업들은 4 년의 유예기간 제도를 적용받기 위하여 의도적으로 특정 과세연도의 종업원 수를 줄이거나 일부 매출액을 다음 해에 산입되도록 매출을 조정하는 등으로 중소기업 판단 지표를 조작하여 중소기업으로 복귀하였다가 재차 중소기업에 해당되지 않게 함으로써 4 년의 유예기간 제도를 반복적으로 적용받아 과세상 혜택을 누리는 방법으로 이 사건 조항을 악용할 가능성도 충분히 상정할 수 있다. 이는 조세공평의 원칙에 정면으로 반하는 것이 되어 부당하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제 1 심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.