학교법인 특별부가세 감면 규정의 적법 여부

학교법인이 수익용 기본재산의 양도대금 중 일부만을 교육사업에 사용한 경우의 특별부가세면제세액의 산정방법을 규정한 구 법인세법시행령 제124조의7 (1989.12.30. 삭제되기 전의 것)의 모법위반 여부(소극) 【판결요지】 구 법인세법 제59조의3 제2항 (1989.12.30. 조세감면규제법 부칙 제19조에 의하여 삭제되기 전의 것)에서 학교법인이 수익용 기본재산의 양도대금을 교육사업에 사용하는 경우에 특별부가세를 면제하도록 한 것은 면제혜택을 줌으로써 학교법인으로 하여금 교육목적에 직접 사용하지 아니하는 토지 등을 양도한 경우 그 양도금액을 그가 설치, 경영하는 사립학교에 필요한 시설과 설비를 확보하고 학교 경영에 필요한 운영비 등으로 사용하도록 유도함으로써 사립학교의 건전한 발전을 도모하자는데 그 입법취지가 있는 것이어서, 같은 조항은 양도가액을 교육사업에 사용하면 그 양도로 인한 소득에 대하여 특별부가세를 면제한다는 것이지, 양도차익을 교육사업에 사용하면 특별부가세를 면제한다는 것으로 해석할 수는 없을 것이므로 학교법인이 수익용 기본재산의 양도금액 중 일부만을 교육사업에 사용한 경우에 교육사업에 사용한 금액이 양도가액에서 차지하는 비율에 의하여 면제되는 특별부가세액을 산정하도록 규정한 같은법시행령 제124조의8의 규정(1989.12.30. 대통령령 제12878호로 삭제되기 전의 것)이 모법에 저촉된다고 볼 수 없다. 【참조조문】 구 법인세법 (1989.12.30. 조세감면규제법 부칙 제19조에의하여 삭제되기 전의 것) 제59조의3 제2항, 구 법인세법시행령 (1989.12.30. 대통령령 제12878호로 삭제되기 전의 것) 제124조의8 【참조판례】 대법원 1986.6.10. 선고 84누400 판결 【원심판결】 부산고등법원 1989.10.27. 선고 89구633 판결 【주 문】 상고를 기각한다. 상고비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】 상고이유 제(1)점을 본다. 원고법인이 그 수익사업의 기본재산으로 소유하고 있던 이 사건 대지와 지상구축물을 금 1,900,000,000원에 매각하고 그 매각대금 중 금 597,415,000원만을 교육사업에 사용했다고 인정하고 금 597,415,000원 보다 많은 금685,500,000원을 교육사업에 사용했다는 원고의 주장에 부합하는 증거들을 당초 원고법인이 이 사건 특별부가세 면제신청당시 교육사업에 사용한 금액을 금597,415,000원이라고 신고한 점에 비추어 믿지 아니하고, 설사 이 사건 면제신청 당시에 방위세로 납부한 금 96,811,624원을 교육사업세 사용한 금액에서공제하여 신고하였기 때문에 액수에 차이가 난 것이고 이를 합하여 원고법인이 사용한 금원은 금 685,500,000원이 된다고 하더라도 이 사건 방위세로 납부한 금원은 원고법인의 교육사업에 사용한 금액이라고 볼 수 없다고 하여 이를배척한 원심의 조치는 수긍이 가고거기에 채증법칙위반이나 심리미진 등의 위법은 없다. 또 이 사건 부동산의 양도일자가 1987.1.14.이라는 원고의 자백이착오에 인한 것이고 진실에 반한다고 볼 증거도 없으며, 원고법인의 이 사건특별부가세 면제신청이 특별부가세액 전부에 대한 것이었음은 소론과 같으나그렇다고 하더라도 후술하는 바와 같이 교육사업에 사용한 금 597,415,000원에 대한 특별부가세만 면제되는 것인 만큼 원심판결의 결론에 영향을 미치지않는다. 논지 이유없다. 상고이유 제(2)점을 본다. 구 법인세법 제59조의3 제2항 (1989.12.30. 조세감면규제법 부칙 제19조에의하여 삭제되기 전의 것) 제3호 는 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하였고, 그 위임을 받아 구 법인세법시행령 제124의8 제1항 은 양도금액을 3년이내에 교육사업에 사용하는 경우에 한하여 특별부가세를 면제하고, 제2항은특별부가세를 면제받은 법인이 ① 양도금액을 교육사업이외의 목적에 사용하는 때 ② 양도금액을 제1항에 규정하는 기한내에 사용하지 아니한 때에는 그면제받은 세액을 추징하며, 제3항은 그 주장하는 세액은 비교육사업용 토지등에 대한 특별부가세 면제세액x(제2항 각호에 해당하는 금액/ 비교육사업용 토지등의 양도가액)으로 한다고 각 규정하여 교육사업에 사용하는 금액이 양도가액에서 차지하는 비율만큼 특별부가세가 면제되는 것으로 각 규정하고 있다. 그런데 위 법 제59조의3 제2항에서 학교법인이 수익용 기본재산의 양도대금을 교육사업에 사용하는 경우에 특별부가세를 면제하도록 한 것은 면제혜택을줌으로써 학교법인으로 하여금 교육목적에 직접사용하지 아니하는 토지등을양도한 경우 그 양도금액을 그가 설치 경영하는 사립학교에 필요한 시설과 설비를 확보하고 학교경영에 필요한 운영비등으로 사용하도록 유도함으로써 사립학교의 건전한 발전을 도모하자는데 그입법취지가 있는 것이므로(대법원1986.6.10. 선고 84누400 판결), 위 규정의 문언과 위와 같은 입법취지를 아울러 고찰하여 볼때 위 법 제59조의3 제2항의 규정은 양도가액을 교육사업에 사용하면 그 양도로 인한 소득에 대하여 특별부가세를 면제한다는 것이므로 양도가액에서 취득가액 등을 공제한 양도차익금을 교육사업에 사용하면 그 양도소득에 대한 특별부가세를 면제한다고 해석할 수는 없을 것이다. 그렇지 않고 반대로 해석한다면 학교법인이 수익용 재산을 양도하고 그 양도차익만을 교육사업에 사용하면 나머지 양도가액을 비교육사업으로 사용하여도 그 양도로 인한 특별부가세를 면제하는 결과가 되어 부당하게 될 뿐만 아니라, 위 법 제59조의3 제2항 제1,2호의 규정에 비추어 보더라도 양도가액을교육사업에 사용하여야지 그 양도차익만을 교육사업에 사용하면 그 양도소득에 대하여 특별부가세를 면제 한다고 볼 수는 없을 것이다. 그렇기 때문에 학교법인이 수익용 기본재산을 양도하고 그 양도금액중의 일부만을 교육사업에사용한 경우에, 그 면제되는 특별부가세액을 산정함에 있어서는 그 양도가 액을 기준으로 교육사업에 사용한 금액이 양도가액에서 차지하는 비율에 의하여산정하여야 할 것이지그 양도차액을 기준으로 삼을 수는 없을 것인 즉,위와같은 취지의 위 시행령이 모법에 저촉된다고 볼 수 없다. 논지는 이유없다. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여법관의일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.