장애인고용부담금은 법령이 정한 손금불산입 대상인 ‘제재로서 부과되는 공과금’에 해당하지 않음

사 건 2025두35058 경정청구거부처분취소청구 원 고

○○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 판 결 선 고

2026. 3. 12.

상고를 모두 기각한다. 상고비용은 피고들이 부담한다.

상고이유를 판단한다.

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 따르면, 다음 사실을 알 수 있다.

• 가. 원고

○○○○ 주식회사(이하 ‘

○○○○ ’라 한다)는 구 ｢장애인고용촉진 및 직업재활법｣(2021. 7. 20. 법률 제18308호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 장애인고용법’이라 한다) 제33조에 따라 고용노동부장관에게 2018년도분 내지 2020년도분 각 장애인 고용부담금을 신고․납부하였다.

• 나. 원고

○○○ 주식회사(이하 ‘

○○○ ’이라 한다)는 구 장애인고용법 제33조 에 따라 고용노동부장관에게 2018년도분 및 2019년도분 각 장애인 고용부담금(이하 원고

○○○○ 가 납부한 장애인 고용부담금과 통틀어 ‘이 사건 장애인 고용부담금’ 이라 한다)을 신고․납부하였다.

• 다. 원고들은 각 사업연도 법인세 신고시 이 사건 장애인 고용부담금을 손금에 산입하지 않고 법인세를 각각 신고․납부하였다.
• 라. 원고

○○○○ 는 2022. 11. 18. 장애인 고용부담금이 구 법인세법(2024. 12. 31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제21조 제5호 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지․제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금에 해당하지 않기 때문에 손금에 산입되어야 한다는 취지로 법인세 경정청구를 하였고, 피고

○○ 세무서장은 2023. 1. 30. 이를 거부하였다. 마. 원고

○○○ 은 2022. 12. 12. 장애인 고용부담금이 구 법인세법상 손금에 산입되어야 한다는 취지로 법인세 경정청구를 하였고, 피고

○○ 세무서장은 2023. 2. 13. 이를 거부하였다(이하 원고

○○○○ 에 대한 경정거부처분과 통틀어 ‘이 사건 각 처분’ 이라 한다).

• 가. 구 법인세법(1995. 12. 29. 법률 제5033호로 개정되기 전의 것) 제16조 제5호는 ‘대통령령이 정하는 것 이외의 공과금’을 손금불산입 대상으로 규정하였고, 구 법인세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항 각 호는 손금산입 대상이 되는 각종 공과금을 열거하고 있었으며, 그중 제32호에서 장애인 고용부담금을 손금산입되는 공과금 중 하나로 정하고 있었다.
• 나. 법인세법이 1995. 12. 29. 법률 제5033호로 개정되면서 제16조 제5호는 ‘대통령령이 정하는 공과금’을 손금불산입 대상으로 규정하여 원칙적으로 공과금을 손금에 산입하되 예외적으로 손금불산입 대상이 되는 공과금을 대통령령이 정하도록 위임하였다. 그러나 1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 개정된 법인세법 시행령 제25조 제1항 은 ‘법 제16조 제5호에서 “대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각 호의 것(특별회비를 제외한다)을 제외한 공과금을 말한다’고 규정하여 실제로는 종전과 마찬가지로 손금산입 대상이 되는 각종 공과금을 열거하는 방식을 취하였고, 그중 제32호에서 장애인 고용부담금을 손금산입되는 공과금 중 하나로 정하고 있었다.
• 다. 한편 헌법재판소는 공과금의 경우 사업경비의 성격을 띠는 것으로 법인세법상 손금에 산입됨이 원칙이고 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되어야 하는데, 구 법인세법(1995. 12. 29. 법률 제5033호로 개정되기 전의 것) 제16조 제5호는 대통령령으로 정하는 것 이외의 공과금은 손금에 산입하지 아니한다고 하여 공과금이 원칙적으로 손금불산입됨을 규정하고 있는바, 이를 달리 정당화하는 특별한 사유가 없는 한 있지도 않은 소득에 대하여 과세한다는 점에서 실질적 조세법률주의에 위배된다는 등의 이유로 헌법에 위반된다는 결정(헌법재판소 1997. 7. 16. 선고 96헌바36 내지 49 전원재판부 결정)을 선고하였다.
• 라. 1997. 12. 31. 대통령령 제15564호로 법인세법 시행령이 개정되면서 제25조 소정의 손금불산입 대상이 되는 공과금이 ‘법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 것(제1호)’, ‘법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지․제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것(제2호)’으로 변경되었다. 이는 종전까지 손비로 인정되는 공과금의 범위를 열거하여 규정하던 것을 앞으로는 법령의 규정에 의하여 의무적으로 납부하는 공과금이라면 바로 손비로 인정받을 수 있도록 포괄적으로 정하기 위한 것이었다.
• 마. 이후 법인세법이 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되면서 제21조 제5호에서 손금불산입 대상인 제세공과금의 유형 중 하나로 ‘기타 대통령령이 정하는 공과금’을 규정하였고, 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 법인세법 시행령이 전부 개정되면서 개정 전 법인세법 시행령 제25조 에 규정되어 있던 ‘공과금의 범위’에 관한 규정이 제23조로 이동하여 그대로 규정되었다.
• 바. 법인세법이 2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되면서 손금불산입 대상인 공과금을 법률에서 직접 규정하도록 상향 입법하여, 법인세법 제21조 는 제6호에서 ‘법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지․제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’을 손금에 산입하지 아니한다고 규정하였고, 2010. 12. 30. 법률 제10423호로 법인세법이 개정되면서 조문의 위치가 제5호로 변경되어 현재에 이르고 있다.

이 사건 각 처분은 2018 사업연도부터 2021 사업연도까지의 법인세에 관한 것으로, 이 사건의 쟁점은 이 사건 장애인 고용부담금이 구 법인세법 제21조 제5호 에서 정한 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지․제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당한다고 보아 손금에 산입할 수 없는지이다.

• 가. 구 장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다(제1조). 구 장애인고용법은 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자의 총수의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 ‘의무고용률’이라 한다) 이상에 해당하는 장애인을 고용하도록 하고(제28조 제1항), 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 50명 이상 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 장애인 고용부담금을 납부하여야 한다고 규정하고 있다(제33조 제1항). 장애인 고용부담금은 ｢부담금관리 기본법｣에 따른 ‘부담금’ 즉 중앙행정기관의 장 등 부과권자가 분담금, 부과금, 기여금, 그 밖의 명칭에도 불구하고 재화 또는 용역의 제공과 관계없이 특정 공익사업과 관련하여 법률에서 정하는 바에 따라 부과하는 조세 외의 금전지급의무에 해당한다(제2조, 제3조 및 별표 제67호). 한편 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제2조 제8호는 ‘공과금이란 국세징수법에서 규정하는 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있는 채권 중 국세, 관세, 임시수입부과세, 지방세와 이와 관계되는 체납처분비를 제외한 것을 말한다’고 규정하고 있다. 관련하여 구 장애인고용법 제37조 제1항 은 ‘고용노동부장관은 부담금, 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부 의무자가 납부하지 아니하였을 때에는 기한을 정하여 독촉하여야 한다’고 규정하고, 같은 조 제3항은 ‘제1항에 따라 독촉을 받은 자가 그 납부 기한까지 부담금이나 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부하지 아니하였을 때에 고용노동부장관은 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다’고 규정하고 있다.
• 나. 이러한 구 장애인고용법 등의 문언 및 내용과 더불어, 장애인 고용부담금의 목적 및 성격 등을 종합하면, 장애인 고용부담금은 사업주가 구 장애인고용법 제28조 제1항 에 따른 장애인 고용의무를 불이행한 것을 이유로 부과되는 공과금에는 해당하지만, 더 나아가 ‘제재로서 부과되는 공과금’에 해당한다고는 볼 수 없어 결과적으로 구 법인세법 제21조 제5호 가 손금불산입 대상으로 정한 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’이라고는 볼 수 없다. 구체적인 이유는 다음과 같다. 1) 구 법인세법 제19조 제1항 은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용(이하 “손비”라 한다)의 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제4항은 ‘손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있다. 이에 따라 법인세법 시행령 제19조 는 ‘법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다’고 규정하면서, 제10호에서 ‘제세공과금’을 들고 있다. 법인세법상 공과금은 ‘국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에 게 강제적으로 부과되는 모든 공적부담’으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입됨이 원칙이다. 다만 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정될 수 있다(대법원 2004. 3. 18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결 참조). 이러한 맥락에서 구 법인세법 제21조 제5호 가 ‘법령에 따른 의 무의 불이행 또는 금지․제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’을 손금불산입 대상으로 정하고 있는 것은, 의무 불이행 또는 금지․제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금을 손금에 산입하게 되면 사실상 그만큼을 국가가 보조하거나 제재의 효과를 경감시키는 결과를 초래하게 되어 부당하다는 정책적 고려가 반영된 것으로 볼 수 있다. 그런데 공과금은 기본적으로 사업경비로서의 성격을 지니는 것이므로 손금에 산입되어야 함이 원칙이고, 과거 법인세법 시행령에서 손금에 산입되는 공과금을 제한적으로 열거하였던 것이 실질적 조세법률주의에 위배된다는 헌법재판소의 위헌결정을 계기로 법인세법령에서 손금불산입하는 공과금을 별도로 규정하는 방식으로 바뀌면서 결과적으로 손금에 산입되는 공과금의 범위가 확대되어 오늘날에 이르게 된 점 등을 종합적으로 고려하면, 어느 공과금이 구 법인세법 제21조 제5호 에서 정한 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석하여야 할 것이다.

2. 장애인은 그 신체적․정신적 조건으로 말미암아 유형․무형의 사회적 편견 및 냉대를 받기 쉽고 이로 인하여 능력에 맞는 직업을 구하기가 지극히 어려운 것이 현실이므로, 장애인의 근로의 권리를 보장하기 위하여는 사회적․국가적 차원에서의 조치가 필요하다. 이러한 취지를 반영하여 구 장애인고용법에서는 장애인고용을 촉진하기 위해 장애인 고용의무제를 도입하고 있는데, 이는 장애인 스스로 자립할 권리를 실현시키는 것을 궁극적인 목적으로 한다. 그런데 장애인을 고용하기 위해서는 현실적으로 작업시설 및 설비의 개선, 직장환경의 정비, 특별한 고용관리 등이 필요하고 비장애인고용에 비하여 경제적 부담이 수반되기 마련이다. 이로 인해 장애인 고용의무를 성실히 이행하는 사업주와 그렇지 아니한 사업주 간에 경제적 부담의 불균형이 생길 수 있다. 이 점을 고려하여 장애인 고용부담금제도는, 국민들에게 최소한의 인간다운 생활을 보장해야 할 국가의 의무를 부과하는 사회국가원리에 입각한 사회연대책임에 따라 사회적으로 발생하는 위험을 사회구성원이 함께 부담하고 이를 통해 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 그렇지 아니한 사업주 사이에 형평에 맞게 조정하며, 실업중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선으로 인하여 지게 되는 부담을 줄여주고 그를 지원하기 위해 공동갹출금을 마련하고자 하는 제도일 뿐 아니라, 장애인 고용의무제도의 실효성을 확보하기 위한 효과적인 수단이라고 할 수 있다. 이와 같이 장애인 고용부담금제도는 장애인 의무고용률을 하회하는 사업주로부터 기금을 납부받아 의무고용률을 초과하여 장애인을 고용한 사업주에게 고용장려금을 지급함으로써 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 나누기 위해 도입된 것으로서, 이상적으로는 장애인 고용의무가 완벽하게 지켜져서 부담금을 징수하지 않아도 되는 상태가 여전히 바람직하다는 점에서, 장애인 고용부담금은 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적․조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하다고 볼 수 있다(헌법재판소 2003. 7. 24. 선고 2001헌바96 전원재판부 결정 참조). 이와 같이 보는 이상 장애인 고용부담금은 본질적으로 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비로서의 속성을 지닌다고 볼 수밖에 없다.

3. 기본적으로 의무 불이행에 대한 ‘제재’로서 부과되는 대표적인 경우인 벌금 및 과태료는 고의 또는 과실이라는 책임 요건의 존재를 그 부과요건으로 하고 있다(형법 제13조, 제14조, 질서위반행위규제법 제7조). 그런데 장애인 고용부담금은 구 장애인고용법 제33조 에서 정한 요건에 해당하기만 하면 고의 또는 과실 등 책임 요건의 고려 없이 일률적으로 그 납부의무가 발생하는 것일뿐더러, 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않아 구 장애인고용법 제28조 제1항 을 위반하더라도 이를 처벌하는 규정이 별도로 존재하지 않는다. 아울러 사업주가 구 장애인고용법 제28조 제1항 에서 정한 의무고용률에 못 미치게 장애인을 고용하였다면 같은 법 제33조에 따른 장애인 고용부담금의 발생이 문제되지만, 그렇다고 하여 모든 사업주가 일률적으로 장애인 고용부담금을 납부하여야 하는 것도 아니다. 즉 구 장애인고용법 제28조 제1항 은 ‘상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주’에게 장애인 고용의무를 지우고 있지만, 같은 법 제33조 제1항에서는 장애인 고용부담금 납부 대상을 ‘상시 100명 이상의 근로자를 고용하는 사업주’로 별도로 정하고 있어, 결국 상시 50명 이상 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주의 경우에는 의무고용률에 못 미치게 장애인을 고용하더라도 장애인 고용부담금을 납부하지 않는다. 장애인 고용부담금 자체는 법령에 따른 장애인 고용의무의 불이행에 따른 결과로서 발생하는 것이지만, 법적 비난가능성이 전제된 ‘제재’로서의 속성까지 지니는 것이 아니라 단지 구 장애인고용법 제33조 가 정한 요건에 따라 장애인고용에 대한 정책적 목적을 달성하기 위하여 독립적으로 부과되는 금전지급의무에 그친다는 점을 보여준다.

4. 앞서 본 관련 규정의 개정연혁에 따르더라도, 1997. 12. 31. 개정 전까지 법인세법 시행령에서는 장애인 고용부담금을 손금에 산입하도록 명시적으로 규정하고 있었는데, 앞서 본 헌법재판소 결정 이후 손금불산입 대상인 공과금들을 모법에 포괄적 정의 규정의 형태로 규정하게 되면서, 장애인 고용부담금을 손금에 산입하도록 한 법인세법 시행령 규정이 삭제된 것에 불과하고, 이후 이 사건에 적용되는 구 법인세법령이 입법되기까지 사회적인 변화나 정책적 전환 등으로 장애인 고용부담금을 손금에 불산입할 필요성이 생겼다거나, 입법 과정에서 그에 관한 논의가 있었다고 보기도 어렵다.

• 다. 원심은, 판시와 같은 이유로 이 사건 장애인 고용부담금은 구 법인세법 제21조 제5호 가 정한 ‘법령에 따른 의무 불이행에 대한 제재로서 부과된 공과금’으로 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다고 판단하였다. 원심판결 이유를 위와 같은 관련 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 구 법인세법 제21조 제5호 의 ‘제재’의 의미, 장애인 고용부담금의 법적 성격, 조세법률주의 등에 관한 법리를 오해하거나 판례위반 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

그러므로 상고를 모두 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.