장기보유특별공제 적용에 있어 피상속인·상속인의 거주기간 통산 안됨

사 건 2025두34935 양도소득세부과처분취소 원 고 최OO 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 판 결 선 고

2026. 1. 15.

1. 상고를 기각한다.

2. 상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

• 가. 구 소득세법(2023. 12. 31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제1호는 과세대상인 양도소득의 하나로 ‘토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득’을 규정하고 있고, 제95조 제1항은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액인 ‘양도차익’에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 구 소득세법 제95조 제2항 은 양도차익에서 차감할 장기보유 특별공제액에 대해 규정하면서 본문에서 ‘ 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 표 1에 따른 보유기간별 공제율(보유기간에 따라 6/100부터 30/100까지)을 곱하여 계산한 금액’을, 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2에 따른 보유기간별 공제율(보유기간에 따라 12/100부터 40/100까지)을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율(거주기간에 따라 8/100부터 40/100까지)을 곱하여 계산한 금액을 합산한 금액’을 각 규정하고 있고, 제95조 제4항 본문은 “제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.”라고 규정하고 있다. 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2024. 2. 29. 대통령령 제34265호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제159조의4는 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’을 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다‘고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제5호 는 구 소득세법 제98조 전문의 위임에 따라 상속으로 취득한 자산의 취득시기를 상속이 개시된 날로 정하고 있다.
• 나. 2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 제159조 의3은 구 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대1주택’을 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다’고 규정하고 있었으나, 위와 같이 소득세법 시행령이 개정되면서 ‘보유기간 중 거주기간이 2년 이상’이어야 한다는 거주요건이 추가되었고, 이후 2021. 2. 17. 대통령령제31442호로 소득세법 시행령이 개정되면서 제159조의4로 이동하여 현재에 이르고 있다. 이와 같이 거주요건이 추가된 것은 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른장기보유 특별공제율을 적용받기 위한 요건을 엄격히 강화함으로써 1주택 보유자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하는 데에 취지가 있다.
• 다. 위와 같은 관련 규정의 내용 및 체계, 특히 구 소득세법 시행령 제159조의4 에의하면 구 소득세법 제95조 제2항 단서에 따라 거주기간에 따른 장기보유 특별공제를 받기 위해서는 양도자가 1세대 1주택에 거주한 기간이 양도자가 해당 주택을 취득한 날부터 양도한 날까지의 보유기간 중에 속해야 한다는 점이 문언 자체로 분명할뿐더러, ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유 특별공제율을 정하면서 거주요건을 추가한 개정취지 등을 종합적으로 고려하면, 구 소득세법 제95조 제2항 단서 및 같은 항 단서 표 2에서 정하는 ’거주기간‘은 양도자가 양도자산인 주택의 취득일부터 양도일까지의 보유기간 중 해당 주택에서 거주한 기간을의미하고, 이는 주택의 취득원인이 상속인 경우에도 마찬가지라고 보아야 한다.

원심은 판시와 같은 이유로 원고가 이 사건 주택을 상속으로 취득한 이후 이 사건 주택에 거주한 기간은 1개월에 불과하여 장기보유 특별공제의 거주기간별 공제율이 적용되지 않는다고 판단하였다. 그러면서 원심은 상속 개시 이전에 원고와 같은 세대를 이루었던 피상속인이 이 사건 주택에 거주하였던 기간과 원고 본인이 이 사건 주택에 거주하였던 기간이 장기보유 특별공제가 적용되는 국면에서도 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제3호 에 따라 통산되어야 한다거나, 장기보유 특별공제를 적용받을 수 있으리라 기대한 원고의 신뢰가 보호되어야 하고, 원고의 피상속인이나 원고 자신은 지구단위계획 및 부모봉양 등의 사유로 이 사건 주택에서 부득이 거주하지 못하였던 것이므로 이러한 사정을 반영하여 장기보유 특별공제액의 산정에서 배려해주어야 한다는 등의 원고 주장을 모두 배척하였다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하다. 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 장기보유 특별공제의 요건 및 신뢰보호의 원칙에 관한 법리를 오해하거나 판단을 누락한 잘못이 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.