정당한 세액이 산출되는 경우에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하고, 그 전부를 취소할 것은 아님

사건 2025두34741법인세등부과처분취소 원고, 피상고인 합자회사 AAAA 피고, 상고인

○○세무서장 원심판결 광주고등법원 2025. 7. 24. 선고 2024누11517 판결 판결선고

2026. 1. 29.

원심판결을 파기하고, 사건을 광주고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 사실심 변론종결시까지 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 경우에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하고 그 전부를 취소할 것은 아니다(대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결 등 참조).

2. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

• 가. 제1심은 판시 선행 처분 중 이미 감액경정이 이루어진 세액에 대해서까지 원고가 취소를 구하는 부분의 소를 부적법하다고 보아 이를 각하하였고, 위 감액경정 이후에 남은 이 사건 처분에 대하여는 쟁점 ①(원고의 대표이사 BBB의 이 사건 계좌에서 출금된 금원에 관련된 쟁점)에 관한 원고 주장만을 받아들이고 그 외 쟁점 ②(BBB의 이 사건 승용차 운행으로 인한 지출에 관련된 쟁점), 쟁점 ③(원고가 거래처에 지원금 명목으로 지출한 금원에 관련된 쟁점)에 관한 원고 주장은 받아들이지 아니하였으나, 정당세액을 산출할 수 없다는 이유로 이 사건 처분을 전부 취소하였다. 이에 피고만이 제1심판결 중 피고 패소 부분에 대하여 항소하였다.
• 나. 피고는 원심에서 쟁점 ① 관련 원고 주장을 받아들일 경우의 세액만큼 직권으로 감액경정한 감액경정 결의서 및 감액경정 통지를 2025. 4. 28. 자 참고서면에 첨부하여 제출하였고, 이에 따라 원고는 피고가 한 처분 중 위와 같이 직권 감액경정으로 인해 잔존하게 된 세액 부분(이하 ‘이 사건 최종처분’이라 한다)의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 감축하되, 쟁점 ①, ②, ③ 관련 각 주장은 유지하는 내용의 2025. 6. 11. 자 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 원심 제4차 변론기일에서 진술하였으며, 피고는 이에 대해 별도로 이의를 제기하지 않았다.
• 다. 원심은, 피고만이 항소한 이 사건에서 쟁점 ②, ③에 관한 원고 주장의 당부는 더 이상 심판대상이 되지 않는다고 전제하면서도, 쟁점 ①에 관한 원고 주장이 일부 이유 있는 이상 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하는 것이 원칙이지만 이 사건에서는 당사자들이 제출한 증거 등만으로는 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없다는 이유로 이 사건 최종처분 전부를 취소하였다.

3. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 피고가 원심 소송 계속 중에 직권 감액경정을 함에 따라 이 사건 최종처분에는 쟁점 ①에 관한 위법사유를 더는 상정할 수 없게 되었고, 취소되어야 할 ‘정당세액을 초과하는 부분’ 역시 존재하지 아니한다고 볼 여지가 크다. 그런데도 원심은 이 사건 최종처분에 쟁점 ①에 관한 위법사유가 여전히 존재함을 전제로 이 사건 최종처분 전부를 취소하였다. 이러한 원심의 판단에는 과세처분의 위법에 따른 취소범위에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있고, 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.