(파기환승) 원고가 토지를 취득한 날은 토지거래허가구역 지정 해제일이 아니라 이 사건 토지의 매매대금 잔금 지급일로 보아야 함

사 건 2023두50516 종합부동산세등부과처분취소 원 고 주식회사 일○○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 판 결 선 고 2025.7.16.

원심판결을 파기하고, 사건을 수원고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

원심판결 이유와 기록에 의하면 다음 사실을 알 수 있다.

• 가. 원고는 주택건설사업자로 ○○ ○○구 ○○동 일대에서 도시개발사업을 추진하기 위하여 토지거래허가구역 내에 있는 위 ○○동 000-000 외 21필지 32,456.7㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하는 계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하고, 2006. 12.경부터 2010. 6.경 사이에 매매대금의 잔금을 지급하였다.
• 나. 이 사건 토지에 관하여 2014. 2. 6. 토지거래허가구역 지정이 해제되었다.
• 다. 원고는 2014. 9.경 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의19 제1항(이하 ‘이 사건 특례 조항’이라 한다)의 ‘주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지’에 해당한다는 이유로 같은 조 제2항에 따라 종합부동산세 과세표준 합산배제신고를 하였다.
• 라. 피고는 원고의 이 사건 토지 취득일을 잔금 지급일로 보고 원고가 그로부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위한 사업계획의 승인을 받지 못하였다는 이유로, 2017. 11. 2. 원고에 대하여 구 조세특례제한법 제104조의19 제3항 (이하 ‘이 사건 추징 조항’이라 한다)에 따라 원심 판시 별지1 표 기재 2014년 내지 2016년 귀속 각 종합부동산세(이자상당가산액 포함) 및 농어촌특별세 추징금 부과처분을 하였고, 2018. 9. 10. 원고에 대하여 이 사건 특례 조항을 적용하지 아니한 채 같은 표 기재 2017년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분을 하였다(이하 위 2017. 11. 2. 자 추징금 부과처분 및 위 2018. 9. 10. 자 부과처분 중 이 사건 특례 조항이 적용되는 경우 감면되는 세액에 대한 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

• 가. 이 사건 특례 조항 및 이 사건 추징 조항에 의하면, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보되, 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다. 이러한 규정들의 입법 취지는, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 분양가 상승을 유발할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면하여 주되, 그 취득일부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간인 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리 하지 않도록 하려는 것이다.
• 나. 그런데 구 조세특례제한법은 이 사건 특례 조항 및 이 사건 추징 조항에서의 ‘취득일’을 구체적으로 정의하는 규정을 두고 있지 않다. 이 사건의 쟁점은 토지거래허가구역 지정이 해제된 경우 위 각 조항에서의 ‘취득일’이 언제인지이다.

3. 원심의 판단 원심은 아래와 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였다.

• 가. 이 사건 토지에 관하여 토지거래허가구역 지정이 해제될 때까지 이 사건 매매계약은 유동적 무효로서 원고가 이 사건 토지에 대해 사용․수익․처분권을 배타적으로 행사할 수 없었고, 토지거래허가구역 지정이 해제되어 이 사건 매매계약이 유효한 것으로 확정된 이후에야 이 사건 토지에 대하여 실질적인 소유권을 행사할 수 있게 되었으므로, 원고가 이 사건 토지를 사실상 취득한 날은 토지거래허가구역 지정이 해제된 2014. 2. 6.이다.
• 나. 따라서 이 사건 처분 당시를 기준으로 원고는 위 2014. 2. 6.로부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위한 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에 해당하지 않으므로 이 사건 추징 규정을 적용할 수 없고, 이 사건 특례 조항이 적용되어야 한다.

• 가. 그러나 이 사건 특례 조항 및 이 사건 추징 조항과 관련하여 원고가 이 사건 토지를 취득한 날은 토지거래허가구역 지정 해제일이 아니라 이 사건 토지의 매매대금 잔금 지급일로 보아야 한다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

1. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2012두26678 판결 등 참조). 해당 법령 자체에 그 법령에서 사용하는 용어의 정의나 포섭의 구체적인 범위가 명확히 규정되어 있지 않은 경우에, 그 용어의 해석은 해당 법령의 전반적인 체계와 취지․목적, 해당 조항의 규정 형식과 내용 및 관련 법령을 종합적으로 고려하여 해석할 수밖에 없다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두59624 판결 참조).

2. 이 사건 특례 조항 및 이 사건 추징 조항은 토지에 대한 종합부동산세에 관한 것이다. 종합부동산세법 제12조 제1항 은 토지에 대한 종합부동산세 납세의무자를 해당 토지분 재산세 납세의무자로 규정하고 있고, 지방세법 제107조 제1항 은 재산세의 납세의무자를 과세기준일 현재 토지를 사실상 소유하고 있는 자로 규정하고 있다. 종합부동산세법 및 지방세법의 입법 목적과 성격 등에 비추어 보면, 위 규정에서 ‘토지를 사실상 소유하고 있는 자’라 함은 공부상 소유자로 등재된 여부를 불문하고 토지에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말한다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2010두9105 판결, 대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두26852 판결 참조). 종합부동산세나 재산세의 경우 토지에 대한 실질적인 소유권을 취득하게 되는 시기에 대하여 별도의 규정이 마련되어 있지 아니하다. 그런데 취득세에 관하여 지방세법 제7조 제2항 은 부동산은 관계 법령에 따른 등기를 하지 않아도 사실상 취득하면 취득한 것으로 보고 있고, 구 지방세법 시행령(2017. 7. 26. 대통령령 제28211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제2항 제1호 및 제2호는 유상승계취득의 경우 잔금 지급일을 취득일로 보도록 정하고 있다. 그러므로 매매 등 유상승계취득이 이루어진 부동산에 관한 재산세 및 종합부동산세의 경우에도 특별한 사정이 없는 한 잔금 지급일을 실질적인 소유권을 취득한 시기로 보는 것이 타당하다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누13831 판결 참조).

3. 한편 구 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣(2016. 1. 19. 법률 제13782호로 개정되기 전의 것)에 의한 토지거래계약허가구역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 지급한 경우, 비록 그 매매계약이 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 효력이 발생하지 아니하지만, 그 후 허가를 받거나 그 토지가 토지거래계약허가구역에서 해제되었다면 그 매매계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 이러한 경우에도 종합부동산세 부과와 관련된 토지의 취득시기는 잔금 지급일로 보아야 한다(대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19229 판결 참조).

4. 앞서 본 사실관계를 위 관련 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 토지에 관하여 토지거래허가구역 지정이 해제된 이상 이 사건 매매계약은 소급하여 유효하게 되므로 원고는 이 사건 토지의 잔금 지급일에 실질적인 소유권을 취득한 것으로 보아야 한다.

• 나. 그럼에도 원심은 판시와 같은 이유만으로 이 사건 특례 조항 및 이 사건 추징 조항의 적용에 있어 이 사건 토지에 관한 토지거래허가구역 지정이 해제된 2014. 2. 6. 이 이 사건 토지의 취득일임을 전제로, 원고가 그로부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위한 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에 해당하지 않는다고 보아 이 사건 처분을 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 특례 조항 및 이 사건 추징 조항 소정의 취득일에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리․판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.