시스템 대체비용의 내용연수(감가상각 방법)적정여부

1. 원심판결의 피고 패소 부분 가운데 2014 사업연도 법인세(가산세 포함) 중 455,983원 부분, 2015 사업연도 법인세 (가산세 포함) 중 172,394,758원 부분, 2016 사업연도 법인세(가산세 포함)중 51,471,653원 부분을 모두 파기하고, 이 부분에 관한 제1심 판결을 취소하며, 이 부분의 소를 각하한다.

2. 원심판결의 피고 패소 부분 가운데 2014 사업연도 법인세(가산세 포함) 중 3,706,571원 부분, 2015 사업연도 법인세(가산세 포함) 중 29,383,036원 부분, 2016 사업연도 법인세(가산세 포함) 중 19,802,579원 부분, 2018 사업연도 법인세(가산세 포함) 942,194,206원 부분을 모두 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 이 사건 소 중 피고가 원심 변론종결 후 취소한 처분 부분에 관한 판단 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하지않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2024. 2.29. 선고 2023두56491 판결 등 참조). 기록에 따르면, 피고는 원심 변론종결 후에 원심판결의 피고 패소 부분 가운데 2014 사업연도 법인세(가산세 포함, 이하 같다) 중 455,215,983원 부분, 2015 사업연도 법인세 중 172,394,758원 부분, 2016 사업연도 법인세 중 51,471,563원 부분을 직권으로취소하였으므로, 이 사건 소 중 위와 같이 취소된 처분에 관한 부분은 이미 그 효력이 소멸하여 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하게되었다.

• 가. 원심의 판단 원심은 판시와 같은 이유로 이 사건 1차 시스템 대체비용은 사용수익기부자산인 이사건 관리운영권에 대한 자본적 지출에 해당하나, 피고가 이 사건 처분을 하면서 위 시스템 대체비용을 이 사건 관리운영권의 잔여 사용수익기간 동안 균등 상각하다가 이 사건 2차 시스템으로 대체를 완료한 시점에 미상각잔액을 일시 상각하는 방법으로 상각범위액을 계산하여 그 초과액을 손금불산입한 것은 위법하다고 판단하였다.
• 나. 대법원의 판단

1. 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

• 가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야하고 합리적 이유 없이 확장ㆍ축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).
• 나) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제23조는 제1항본문에서 “고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 ‘상각범위액’이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지아니한다.”라고 규정하고, 제3항에서 ‘제1항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등대통령령으로 정하는 자산’으로 한다고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항은 “법 제23조 제3항에서 ‘건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산’이란 다음 각호의 고정자산(이하 ‘감가상각자산’이라 한다)을 말한다.”라고 규정하고, 제2호 (사)목에서 무형고정자산인 사용수익기부자산을 감가상각자산 중 하나로 정하면서 사용수익기부자산가액을 ‘금전 외의 자산을 국가 또는 지방자치단체 등에 기부한 후그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 해당 자산의 장부가액’으로 정의하고 있으며, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제7호는 사용수익 기부 자산가액의 상각범위액 계산에 관하여 ‘당해 자산의 사용수익기간(그 기간에 관한 특약이 없는 경우 신고내용연수를 말한다)에 따라 균등하게 안분한 금액(그 기간 중에 당해 기부자산이 멸실되거나 계약이 해지된 경우 그 잔액을 말한다)을 상각하는 방법에 의한다’고 규정하여 균등 상각을 원칙으로 하되, 예외적으로 일시 상각을 허용하고 있다. 한편 구 법인세법 시행령 제72조 제5항 제2호 는 ‘법인이 보유하는 자산에 대하여 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액을 자산의 취득가액으로 한다’고 규정하고, 같은 법 시행령 제31조 제2항은 ‘자본적 지출’을 ‘법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비‘로 정의하면서 ’자본적 지출‘의 구체적 예시로 ‘엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치’(제2호), ‘빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치’(제3호) 등을 들고 있으며, 제7항은 ‘시설의 개체 또는 기술의 낙후로 인하여 생산설비의 일부를 폐기한 경우에는 당해 자산의 장부가액에서 1천원을 공제한 금액을 폐기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있다’고 규정하여 감가상각자산의 일부 폐기에 따른 일시 상각을 허용하고 있다.
• 다) 앞서 본 법리 및 관련 규정의 문언과 체계, 법인세법령은 수익비용대응 원칙 등을 이론적 근거로 하는 감가상각제도를 두면서 납세자의 자의에 의한 과세소득 계산을배제하고 과세형평을 도모하기 위하여 감가상각자산의 내용연수와 상각방법 등을 정형적으로 규정하고 있는 점 등을 종합적으로 고려하면, 사용 수익 기부 자산 가액에 대한 자본적 지출이 있는 경우에는 원칙적으로 해당 자본적 지출액을 사용수익기부자산가액에 가산한 다음 이를 구 법인세법 시행령 제26조 제1항 제7호 에 따라 사용수익기부자산의 잔여 사용수익기간 동안 균등하게 안분하여 상각하는 방법으로 상각범위액을 계산하여야 한다. 다만 잔여 사용수익기간 중에 해당 자본적 지출 부분이 대체ㆍ폐기되는 등으로 법인의 사업에 더 이상 사용되지 않게 된 때에는 특별한 사정이 없는 한 해당 자본적 지출액의 미상각잔액을 그러한 시점이 속한 사업연도에 일시 상각하는 방법으 로 상각범위액을 계산할 수 있다.
• 라) 이러한 법리에 비추어 보면, 사용수익기부자산가액에 대한 자본적 지출인 이 사건 1차 시스템 대체비용을 이 사건 관리운영권의 잔여 사용수익기간에 따라 균등하게 안분하여 상각하다가 이 사건 2차 시스템으로 대체를 완료한 시점이 속한 사업연도에 이 사건 1차 시스템 대체비용의 미상각잔액을 일시 상각하여 상각범위액을 계산한 피고의 방식은 객관적이고 합리적인 감가상각방법으로서 정당하다. 그런데도 원심은 기존 시스템의 대체를 완료한 시점에 미상각잔액을 일시 상각할 수없다는 잘못된 전제에서 피고의 위 상각범위액 계산방식이 위법하다고 판단하는 한편,구 법인세법 시행령 제28조 제1항 제2호 등을 유추적용하여 이 사건 시스템 대체비용에 대하여 6년의 내용연수와 정률법을 적용한 원고의 상각범위액 산정방식이 위법하다고 단정할 수 없다는 취지로 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 사용수익기부자산가액에 관한 자본적 지출의 감가상각방법, 상각범위액 계산 등에 관한 법리를 오해하여판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다.

2. 따라서 원심판결의 피고 패소 부분 가운데 2014 사업연도 법인세 중 3,706,571원(= 원심판결 별지1 목록의 해당 잔여세액 458,922,554원 –각하 부분 세액 455,215,983원) 부분, 2015 사업연도 법인세 중 29,383,036원(= 해당 잔여세액 201,777,794원 –각하 부분 세액 172,394,758원) 부분, 2016 사업연도 법인세 중 19,802,579원(= 해당 잔여세액 71,274,142원 –각하 부분 세액 51,471,563원) 부분, 2018 사업연도 법인세942,194,206원 부분에는 앞서 본 위법사유가 있어 모두 파기되어야 한다.

원심판결의 피소 패소 부분 중 피고가 원심 변론종결 후 취소한 처분 부분(위 1항기재 부분)을 파기하되, 이에 대하여는 대법원이 직접 재판하기에 충분하므로 자판하기로 하여 이 부분에 관한 제1심판결을 취소하고 이 부분 소를 각하한다. 원심판결의 피고 패소 부분 중 위 2. 나. 2)항 기재 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리․판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.