미등록특허권의 특허기술이 국내에서 사실상 사용되었다면 그 대가인 사용료 소득은 국내원천소득에 해당함

사 건 2022두57923 법인세경정거부처분취소 원고, 피상고인 ○○○○ 피고, 상고인 ○○○세무서장 원 심 판 결 서울고등법원 2022. 8. 17. 선고 2021누54929 판결 판 결 선 고 2025. 12. 11.

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

• 가. 원고는 미국법인으로서 캐나다법인인 보○○○ 코퍼레이션(이하 ‘이 사건 캐나다법인’이라 한다)이 개발하여 취득한 광대역 음성 표준 코덱 등 관련 특허를 양수받아 이를 라이선스하는 사업을 영위하고 있다. 원고는 유럽 내 특허 라이선스 사업을 위해 독일에서 세○○ ○○○ ○○○○○○○○○ 게엠베하(GMBH, 이하 ‘이 사건 독일법인’이라 한다)를 설립하였고, 그 주식 100%를 보유하고 있다.
• 나. 원고와 이 사건 독일법인은 2015. 12. 31. ○○전자 주식회사(이하 ‘○○전자’라 한다)와, 국내․외에 등록된 159개의 특허권(이하 이중 국내에 등록된 3개를 제외한 국내 미등록 특허권 156개를 ‘이 사건 특허권’이라 한다)에 관하여 ○○전자에 라이선스를 허여하고 그로부터 원고가 사용료를 지급받는 내용의 특허권 라이선스 계약(이하‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 다. ○○전자는 2016. 2. 26. 및 2016. 6. 8. 두 차례에 걸쳐 원고에게 합계 2,400만달러를 이 사건 계약에 따른 사용료 명목으로 지급하고, 피고에게 이에 대한 원천징수분 법인세를 납부하였다.
• 라. 원고는, 위 사용료 중 이 사건 특허권에 대한 사용대가 부분(이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)은 ｢대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약｣(이하 ‘한미조세협약’이라 한다)에 따라 원천징수대상이 되는 국내원천소득이 아니라는 이유로, 2019. 6. 21. 피고에게 납부된 원천징수분 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 그로부터 2개월이 지나도록 아무런 통지를 하지 않았다.

2. 이 사건 사용료 전부의 실질 귀속자가 원고인지 여부(제5, 6 상고이유) 원심은, 원고가 이 사건 계약 체결 전에 이미 이 사건 캐나다법인으로부터 이 사건 특허권을 양수하였을 뿐만 아니라, 이 사건 독일법인의 주식 전부를 보유하고 있는 완전모회사로서, 이 사건 특허권 전부에 관하여 제3자에게 라이선스를 허여할 수 있는 지위에 있었던 점, ○○전자도 이처럼 원고가 이 사건 특허권을 실질적으로 지배․관리하는 지위에 있음을 인식한 상태에서 이 사건 계약에서 정한 바에 따라 이 사건 사용료 전액을 원고에게 지급한 점, 이 사건 사용료는 전부 원고에게 귀속된 것으로 보이고, 달리 이 사건 독일법인에 이전되었다고 볼 아무런 근거가 없는 점 등 그 판시와 같은 이유를 들어, 이 사건 특허권 중 적어도 그 등록명의인이 원고가 아닌 특허권에 관하여는 그 사용료가 원고에게 실질적으로 귀속되었다고 볼 수 없다는 취지의 피고 주장을 배척하였다. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 이 부분 상고이유 주장과 같이 실질과세원칙 등에 관한 법리오해, 심리미진, 채증법칙 위반 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 국내 미등록 특허권에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하는지 여부(제1, 2 상고이유)

• 가. 관련 규정

1. 한미조세협약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 규정하면서, 제a호에서 ‘문학․예술․과학작품의 저작권 또는 영화 필름․라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급 금’을 규정한다. 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 규정하면서, 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라고 규정한다. 제2조 제2항 전문(前文)은 “이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아 니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다.”라고 규정한다.

2. 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”라고 규정하면서, 제8호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리․자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정한다.

• 나. 관련 법리 한미조세협약은 구 법인세법 제93조 제8호 에서 규정하는 ‘사용지를 기준으로 하여 사용료소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 이중과세 방지협약’에 해당한다. 한미조세협약에 따른 ‘사용지’를 확정하려면 먼저 ‘사용’의 의미를 명확히 할 필요가 있다. 그런데 한미조세협약은 ‘사용’의 의미를 별도로 정의하고 있지 않다. 그러므로 한미조세협약 제2조 제2항 전문에 따라 ‘사용’의 의미는 조세가 결정되는 체약국인 우 리나라의 법에 따라 해석하여야 한다. 이와 관련하여 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 국내 미등록 특허권이 국내 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 규정한다. 여기서 ‘사용’은 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 제조방법․기술․정보 등(이하 ‘특허기술’이라 한다)을 사용한다는 의미로 보아야 한다. 따라서 국내미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다(대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결 참조).
• 다. 구체적 판단 앞서 본 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 사용료가 이 사건 특허권의 대상인 특허기술을 국내에서의 제조․판매 등에 사실상 사용하는 데에 대한 대가인 경우, 이는 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호, 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문에 따라 국내 사용에 대한 사용료로서 국내원천소득에 해당한다. 그런데도 원심은, 이 사건 사용료가 국내 미등록 특허권에 대한 것이라는 이유만으로, 그 특허기술이 국내에서의 제조․판매 등에 사실상 사용되었는지를 살피지 아니한 채 곧바로 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 한미조세협약상 국내 미등록 특허권에 대한 사용료의 국내원천소득 해당 여부에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 이 사건 사용료에 특허권 외에 ‘발명, 기술 등에 관한 비공개 정보의 사용대가’가 포함되어 있는지 여부(제4 상고이유) 원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 사용료에 ‘발명, 기술 등에 관한 비공개 정보의 사용대가’가 포함되어 있다는 피고의 주장을 배척하였다. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이유 설시에 일부적절하지 않은 부분이 있으나, 이 사건 사용료에 ‘발명, 기술 등에 관한 비공개 정보의 사용대가’가 포함되어 있다고 보기 어렵다는 결론은 정당하다. 이러한 원심의 판단에 구 법인세법 제93조 제8호 나목에 관한 법리오해의 잘못이 없다.

나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리․판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.