1. 비영리내국법인의 수입배당금 익금불산입 특례 적용 여부2.납세자가 결산조정사항인 고유목적사업준비금을 손금산입한 뒤에 이를 철회하고 경정청구를 할 수 있는지 여부

사 건 2022두38199 법인세경정거부처분취소 원 고 한○○○○○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 판 결 선 고

2026. 5. 14.

원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고의 상고를 기각한다.

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

• 가. 원고는 ｢

○○○○○○○ 에 관한 법률｣에 따라

○○ 지역 진흥 및 지역 경제 활성화를 위한 투자사업 등을 목적으로 설립된 비영리내국법인이다.

• 나. 원고는 주권상장법인인 주식회사

○○○○ 의 주식 중

○○ %의 지분을 소유한 주주로서, 2011 사업연도에는 00,000,000,000원을, 2012 사업연도에는 00,000,000,000원을 배당받았다.

• 다. 원고는 수입배당금액 중 2011 사업연도에는 00,000,000,000원을, 2012 사업연도에는 00,000,000,000원을 고유목적사업에 직접 지출한 뒤 이를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입하고, 피고에게 법인세를 신고․납부하였다.
• 라. 원고는 피고에게 ‘수입배당금액 중 일부를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금으로 산입하였더라도 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하여 손금산입되지 않은 나머지에 관하여는 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정 되기 전의 것, 이하 같다) 제18조의3이 적용되어야 한다’라는 이유로, 2016. 12. 30. 2011 사업연도 법인세 중 0,000,000,000원을, 2017. 10. 13. 2012 사업연도 법인세 중 0,000,000,000원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는, 원고의 2011 사업연도 법인세에 대한 경정청구에 관하여는 경정청구일인 2016. 12. 30.로부터 2개월이 경과한 2017. 2. 28.까지 아무런 통지를 하지 않았고, 원고의 2012 사업연도 법인세에 대한 경정청구에 관하여는 2018. 3. 29. ‘수입배당금의 일부라도 고유목적사업준비금을 설정한 비영리내국법인의 경우 구 법인세법 제18조의3 의 수입배당금액 익금불산입 규정을 적용할 수 없다’라는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 원고의 2011, 2012 사업연도 법인세에 대한 각 경정청구를 거부한 피고의 경정거부처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

2. 비영리내국법인의 수입배당금액 익금불산입 특례적용 여부(원고의 제1, 3 상고이유 및 피고의 제1 상고이유 관련)

• 가. 구 법인세법 제18조의3 제1항 은 일정요건 아래 내국법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(구 법인세법 제18조의2 를 적용받는 수입배당금액은 제외) 중 일부를 익금에 산입하지 아니하는 특례를 규정하면서도, 본문 중 첫 번째 괄호부분에서 구 법인세법 제1조 제2호 에서 규정하는 비영리내국법인의 경우에는 위와 같은 익금불산입 대상에서 제외하도록 특례 제외를 규정하고 있다. 그리고 그 제3항은 제1항을 적용할 때 익금불산입액의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 이를 이어받아 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조의3 제4항에서는 위와 같은 특례에서 제외되는 비영리내국법인의 범위를 ‘구 법인세법 제29조 에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인’에 한정한다고 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 제29조 제1항 은 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 ‘고유목적사업 등’이라고 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하도록 특례를 규정하고 있다. 위와 같은 규정들의 문언 및 체계와 입법 취지 등을 종합적으로 고려하면, 고유목적사업준비금을 실제로 손금에 산입하지 않은 비영리내국법인에 해당하는 경우 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용받을 수 있다. 즉, 구 법인세법 제29조 에 따른 손금산입특례 대상인 비영리내국법인이라 하더라도 고유목적사업 등에 지출된 금액을 실제로 고유목적사업준비금으로 손금계상하지 않았다면, 이때는 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항 이 정하는 수입배당금액 익금불산입 특례 제외 대상인 ‘구 법인세법 제29조 에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인’이 아니라고 봄이 타당하다. 반면 비영리내국법인이 각 사업연도에 고유목적사업 등에 지출한 금액에 대하여 일부라도 구 법인세법 제29조 에 따라 고유목적사업준비금으로 실제 손금에 산입하였다면, 수입배당금액 가운데 그와 같이 손금산입되지 아니한 부분이 남아 있더라도, 이에 대해서는 구 법인세법 제18조의3 제1항 의 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용받을 수 없다고 보아야 한다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조). 이때 조세법규의 의미는 조세감면요건을 정한 해당 법률조항뿐만 아니라 그 조항에 연관되는 다른 법령과의 관계까지 고려하여 체계조화적으로 해석하여야 한다.

2. 법인이 주주에게 배당금을 지급하는 경우, 그 배당금에 해당하는 법인소득에 대하여 법인세가 부과되는데, 배당금을 받는 주주에 대해서도 그대로 소득세 또는 법인세가 부과된다면 결국 단일한 담세력의 원천에 중복하여 조세를 부과하는 이중과세의 문제가 생길 수 있다. 이를 완화하기 위해 구 법인세법 제18조의3 에서 내국법인에 대한 수입배당금액의 익금불산입 특례를 규정하고 있다. 한편 비영리내국법인의 경우에는 배당소득 등을 재원으로 하는 고유목적사업준비금을 손금으로 계상함으로써 과세부담을 경감시킬 수 있는 수단이 구 법인세법 제29조 제1항 에 별도로 마련되어 있다.

3. 관련하여 구 법인세법 제18조의3 제1항, 제3항 및 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항 에서는, 위 제18조의3이 정하는 수입배당금액 익금불산입 특례 제외 대상인 비영리내국법인의 범위를 ‘구 법인세법 제29조 에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인’으로 한정하고 있다. 이는 비영리내국법인이 ‘고유목적사업준비금의 손금산입’과 ‘수입배당금액의 익금불산입’ 중 어느 것을 적용받을지를 자율적으로 선택할 수 있음을 전제로 하여, 비영리내국법인의 수입배당금액에 위와 같은 손금산입 및 익금불산입이 중첩적으로 적용됨으로써 조세감면 혜택이 과도하게 부여되는 것을 방지하기 위한 취지로 이해할 수 있다. 그러므로 여기서 ‘손금에 산입하는’의 의미는 비영리내국법인이 위 두 가지 중 손금산입을 선택하여 고유목적사업준비금을 손금에 실제 산입하기에 이르렀을 때를 의미하고, 그때에 비로소 구 법인세법 제18조의3 규정에 따른 수입배당금액의 익금불산입이 적용되지 않는다고 해석하는 것이, 이들 규정이 도입된 취지는 물론이고 그 법 문언에도 부합한다. 이와 달리 ‘손금에 산입하는’의 의미를 ‘손금에 산입할 수 있는’으로 해석하여 고유목적사업준비금의 손금산입이 실제로 이루어졌는지 여부와 무관하게 단지 그러한 가능성만으로 대상 비영리내국법인에 대한‘수입배당금액의 익금불산입’이 배제된다고 보게 될 경우, 비영리내국법인의 수입배당금액에 관하여는 사실상 구 법인세법 제18조의3 규정에 따른 수입배당금액의 익금불산입이 적용될 여지가 없게 된다. 이에 따라 대상 비영리내국법인은 오로지 구 법인세법 제29조 에 따른 고유목적사업준비금의 손금산입만이 허용될 수 있다는 결론에 이르게 되어, ‘고유목적사업준비금의 손금산입’과 ‘수입배당금액의 익금불산입’ 중 어느 것을 적용받을지를 납세자 스스로 선택할 수 있다는 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항 의 전제와 모순되는 결과가 야기된다.

4. 나아가, 납세자인 비영리내국법인이 ‘고유목적사업준비금의 손금산입’과 ‘수입배당금액의 익금불산입’ 중 전자를 선택하여 고유목적사업준비금을 손금에 실제 산입한 이상, 해당 비영리내국법인의 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 손금산입이 이루어지지 아니한 부분이 남아 있더라도, 이 경우에는 구 법인세법 제18조의3 을 적용받을 수 없다고 보아야 한다. 왜냐하면, 위와 같은 익금불산입 및 손금산입 조항들은 중첩적용이 배제되는 ‘주체(고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인)‘에 관하여만 정하고 있을 뿐, 고유목적사업준비금과 관련하여 손금에 산입되지 아니한 나머지 수입배당금액이 있는 경우 그에 대해 여전히 익금불산입이 적용될 수 있다는 내용을 규정하고 있지 아니하고, 이와 같은 경우 익금불산입의 구체적인 금액 범위를 어떻게 정할지에 대해서도 아무런 내용을 규정하고 있지 않기 때문이다.

5. 입법자는 세법의 제ㆍ개정에 있어 여러 가지 정책적 요소를 고려하여 정할 수 있는 입법형성의 재량을 가지고 있다. 그러므로 위와 같이 비영리내국법인이 스스로의 선택에 따라 고유목적사업준비금을 실제 손금에 산입한 경우에는 수입배당금액 익금불산입의 적용이 일률적으로 배제된다고 보더라도, 법인의 소득이 법인 단계와 그 법인의 주주 단계를 거치면서 이중으로 과세되는 현상 자체는 충분히 완화되기 때문에, 입법형성의 재량 범위를 벗어난다고 할 수 없다.

• 나. 원심이 같은 취지에서, 비영리내국법인이 각 사업연도에 고유목적사업 등에 지출한 금액을 구 법인세법 제29조 에 따라 고유목적사업준비금으로 실제 손금산입하였다면, 설령 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 손금산입하지 아니한 부분이 있더라도 그에 대해서는 수입배당금액의 익금불산입에 관한 구 법인세법 제18조의3 을 적용할 수 없지만, 고유목적사업 등에 지출한 금액을 고유목적사업준비금으로 실제 손금산입하지 아니한 이상 구 법인세법 제18조의3 의 적용이 일률적으로 배제되지 아니한다고 판단한 것은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 구 법인세법 제29조 및 제18조의3, 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항 에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 원고가 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 해당하는지(원고의 제2 상고이유 관련)

• 가. 구 법인세법 제29조 제1항 은, 앞서 본 바와 같이 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우, 일정 금액의 범위에서 이를 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하도록 규정하고 있다. 또한 같은 조 제4항 본문 및 제4호는, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우에는, 5년 내에 사용하지 아니한 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 구 법인세법 제29조 제2항 은, 비영리내국법인이 같은 조 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는, 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하도록 하고, 이 때 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우, 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용하도록 규정하고 있다.
• 나. 원심은, 원고와 같은 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 설정하지 아니한 상태에서 수입배당금액 등 수익사업에서 발생한 수입을 고유목적사업 등에 직접 지출한 경우에도, 각 사업연도의 해당 지출 금액을 구 법인세법 제29조 에 따라 고유목적사업준비금으로서 손금으로 계상할 수 있다는 등의 판시와 같은 이유로, 원고 자신이 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항 의 적용대상인 ‘구 법인세법 제29조 에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인’에 해당하지 않는다는 취지의 원고 주장을 배척하였다.
• 다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심 판단에 상고이유 주장과 같이 구 법인세법 제29조 및 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항 의 적용대상에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

4. 원고의 제4 상고이유에 대하여 이 부분 상고이유는, 원고가 고유목적사업준비금 손금산입을 철회하고 수입배당금액 익금불산입을 적용할 수 있다면, 당해 사업연도에 지출한 고유목적사업비는 지정기부금에 해당하므로 추가로 손금에 산입되어야 한다는 취지이나, 이는 상고심에 이르러 처음으로 내세우는 주장으로 적법한 상고이유가 될 수 없다.

5. 납세자가 결산조정사항인 고유목적사업준비금을 손금산입한 뒤에도 이를 철회하고 경정청구를 할 수 있는지(피고의 제2 상고이유 관련)

• 가. 구 법인세법 제29조 제1항 에 따른 고유목적사업준비금은, 비영리내국법인이 결산에 반영하여 손금으로 계상하였을 때에는 이를 손금으로 보고, 결산에 반영하지 아니하여 손금으로 계상하지 않은 경우에는 손금으로 보지 않는 이른바 ‘결산조정사항’에 해당한다. 그리고 앞서 본 바와 같이 어느 비영리내국법인이 구 법인세법 제29조 제1항 의 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입할지, 같은 법 제18조의3에 따라 수입배당금액의 익금불산입을 할지는, 해당 비영리내국법인의 선택에 달려 있다. 그러므로 비영리내국법인이 고유목적사업준비금의 손금산입 적용을 선택하여 이를 이미 결산에 반영하여 손금으로 계상한 이상, 수입배당금액의 익금불산입을 적용받겠다고 나중에 번의하여 고유목적사업준비금의 손금산입을 소급적으로 철회하는 것은, 구 법인세법 제29조 제1항 에서 고유목적사업준비금을 결산조정사항으로 정한 취지에 반하여 법령상 다른 정함이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 허용될 수 없다. 이는 구 법인세법 제29조 제2항 에 따라 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서지출한 것으로 보게 되는 경우에도 마찬가지이다. 나아가 납세자인 비영리내국법인이 이러한 소급적 철회를 내세워 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항 소정의 경정청구를 하는 것도 다른 특별한 사정이 없는 한 불가능하다고 보아야 한다.
• 나. 그런데도 원심은, 비영리내국법인인 원고가 구 법인세법 제29조 에 따라 고유목적사업준비금을 손금산입하여 과세표준 및 세액을 이미 신고․납부하였을지라도, 만일 고유목적사업준비금을 손금산입하는 대신에 구 법인세법 제18조의3 제1항 에 따라 수입배당금액이 익금불산입될 경우 원고의 과세표준 및 세액이 감소하는 때에 해당한다고 인정된다면, 구 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따라 원고가 그러한 내용의 경정청구를 하는 것이 허용되어야 한다고 보아, 이 사건 처분 중 2011 사업연도 법인세에 대한 경정거부처분 중 일부를 위법하다고 판단하였다.
• 다. 이러한 원심 판단에는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 의 경정청구 사유 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고의 이 부분 상고이유 주장은 이유 있다.

원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하며, 원고의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.