사업자등록정정신고는 기존 등록사항 중 일부를 정정하는 내용의 신고라고 보는 것이 타당함

사 건 2022두33637 부가가치세부과처분취소 원 고 서000000 피 고

○○세무서장외1 판 결 선 고

2025. 07. 03.

원심판결 중 피고 00세무서장에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 00고등법원에 환송한다. 원고의 피고 00지방국세청장에 대한 상고를 기각한다 원고와 피고 00지방국세청장 사이에 생긴 상고비용 중 보조참가로 인한 부분은 원고 보조참가인이, 나머지는 원고가 각 부담한다

상고이유(제출기간이 지난 각 상고이유보충서는 이를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다 사안의 개요 원심판결 이유와 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다 원고는 1988. 12. 21. 구 지방공기업법 제49조 및 구 00특별시 도시개발공사 설치 조례에 따라 원고 보조참가인이 전액 출자하여 설립된 지방공사이다 원고 보조참가인은 2022. 1. 1. 원고와 000을 체결하여 원고에게 00 000 등에서 다수의 사용자에게 열 또는 전기를 생산 및 공급하는 공급사업 관련 업무를 위탁하였다. 이에 원고는 00 00에 사업단(이하 ‘사업단’이라 한다)을 설치하여 2022. 1. 1.부터 위탁받은 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)하면서 00년부터 00년까지 원고보조참가인으로부터 사업비(재료비, 인건비, 경비, 지역 난방 건설비, 이하 ‘이 사건 사업비’라 한다)와 위탁수수료(인건비와 경비의 3%)를 수취하였다. 원고의 본점은 위탁수수료 부분만을 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하였고, 원고의 사업단은 위 사업을 부가가치세 면세사업으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았다 한편 원고는 사업단과 관련하여 다음과 같이 사업자등록을 신청하거나 정정신고를 하였다 원고는 2002. 1. 4. 피고 00세무서장에게 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제111조에 따라 면세사업자로 사업자등록신청을 하여 같은 날 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았다. 원고는 2002. 4. 18. 피고 00세무서장에게 과세사업을 영위한다는 내용의 사업자등록정정신고서를 제출하여 같은 날 과세사업자용 사업자등록증을 발급받았다 피고 00세무서장이 2003. 6. 9. 원고에게 2002년 제1,2기의 부가가치세를 환급하자, 원고는 2003. 6. 12. 피고 00세무서장에게 면세사업자로 변경해 달라는 내용의 사업자등록정정신고서를 제출하여 같은 날 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았다 피고 00지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시한 다음, 원고가 이 사건 사업비를 부가가치세 과세표준에서 누락하였다고 보아 피고 00세무서장에게 관련 과세자료를 통보하였고, 이에 피고 00세무서장은 2013. 6. 10. 및 2013. 10.21. 원고에게 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세(가산세포함)을 부과 및 고지하였다(이하 뒤에서 보는 부과처분과 구별하여 ‘최초 부과처분’이라 한다). 원고는 조세심판원에 최초 부과처분에 대한 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 12. 7. 재조사결정을 하였으나(이하 ‘이 사건 재조사결정’이라 한다), 피고 00지방국세청장은 2018. 1. 10. 원고에게 ‘재조사 결과 최초 부과처분에 따른 과세가 정당하다’는 취지의 통지(이하 ‘이 사건 통지’라 한다)를 하였다 원고는 2018. 2. 9. 재차 피고들을 상대로 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2018. 12. 21. 최초 부과처분 중 가산세 부분을 취소한다는 취지의 일부 인용결정을 하였다(이하 최초 부과처분 중 위와 같이 취소되고 남은 부분을 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다)

2. 원고의 피고 00지방국세청장에 대한 상고에 대하여 직권으로 살펴본다 피고 00지방국세청장의 이 사건 통지는 재조사 결과에 따라 최초 부과처분을 유지하겠다는 뜻을 알려주는 것에 불과하여 최초 부과처분의 위법을 다투고자 하는 항고소송의 대상이 될 수 없다 따라서 이 사건 소 중 피고 00지방국세청장에 대한 청구 부분은 부적법하다 원심이 이와 달리 이 사건 통지의 취소 청구를 적법하다고 보아 본안판단에 나아간 것에는 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다 그런데 제1심은 원고의 위 청구가 부적법하다고 보아 각하하였고, 원심은 본안판단에서 원고의 청구를 기각하면서도 불이익변경금지의 원칙을 적용하여 원고의 항소를 기각함으로써 제1심의 결론을 유지하였다. 이러한 원심의 조치는 결과적으로 정당하고, 원심의 본안 판단의 당부는 판결에 영향을 미칠 수 없으므로, 이에 대한 원고의 상고이유 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 받아들이지 아니한다

3. 이 사건 부가가치세 부과처분 관련 상고이유에 관하여

• 가. 재조사결정의 기속력 위반 여부(원고의 제4 상고이유) 원심은 그 판시와 같은 이유로, 이 사건 재조사결정은 과세관청으로 하여금 원고가 원고 보조참가인으로부터 위탁받은 에너지 공급사업 관리업무가 부가가치세법상 면세사업에 해당하는지, 이 사건 용역 관련 매입세액이 이 사건 조항 적용 대상인지 등에 관한 과세요건사실을 재조사 후 최초 부과처분이 그대로 유지되었더라도 재조사결정의 기속력에 반한다고 볼 수 없다고 판단하였다 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고 상고이유 주장과 같이 재조사결정의 기속력에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다
• 나. 이 사건 사업비의 부가가치세 과세표쥰 포함 여부(원고, 원고 보조참가인의 제1 상고이유) 원심은 그 판시와 같은 이유로, 원고는 원고 보조참가인으로부터 에너지 공급사업의 제반 업무를 포괄적으로 위탁받은 다음 그 업무의 수행을 위해 자기의 명의와 계산으로 각종 비용을 지출하였으므로, 원고가 원고 보조참가인으로부터 위 비용 명목으로 지급받은 이 사건 사업비는 이 사건 용역의 공급대가로서 부가가치세의 과세표준에 포함되어야 하고, 원고가 준위탁매매인의 지위에서 이 사건 용역을 수행하면서 원고 보조참가인은 대신하여 이 사건 사업비의 지출을 대행하였다고 보기는 어렵다고 판단하였다 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고 상고이유 주장과 같이 부가가치세 과세표준 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다
• 다. 이 사건 용역 관련 매입세액의 공제 여부(원고, 원고 보조참가인의 제2 상고이유)

1. 관련 규정 및 법리

• 가) 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항 본문은 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다.”고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항은 ‘법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 사업자의 인적사항, 사업자등록신청사유, 사업개시연월일 등의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있다.
• 나) 구 부가가치세법 제5조 제4항 은 ‘제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제11조 제1항 은 ‘사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자등록의 정정사항 등을 기재한 사업자등록정정신고서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하면서, 사업자등록정정신고 사유 중 하나로 제4호에서 ‘사업의 종류에 변동이 있는 때’를 들고 있다. 그리고 구 부가가치세법 제5조 제5항 은 ‘사업자가 폐업한 때에는 사업장 관할세무서장은 지체 없이 그 등록을 말소하여야 한다’고 규정하고 있다.
• 다) 한편 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제5호 본문(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것의 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 본문도 동일한 취지이다. 이하 통틀어 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 ‘제5조 제1항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있는데, 여기서 ‘제5조 제1항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’은 적법한 등록신청을 하기 전의 매입세액을 의미한다(대법원 1999. 10. 22. 선고 97누15814 판결 등 참조).

2. 앞서 본 사실관계를 위와 같은 관련 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 용역과 관련한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)은 비록 원고가 2003. 6. 12. 면세사업자로 사업자등록정정신고를 한 이후에 발생한 것일지라도 이 사건 조항의 ‘제5조에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하지 않는다고 보는 것이 타당하다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다.

• 가) 구 부가가치세법 제5조 제1항 의 사업자등록 의무자는 부가가치세 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없으며(대법원 1995. 11. 7. 선고 95누8492 판결 등 참조), 구 부가가치세법 제5조 제4항 은 ‘제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자’를 사업자등록정정신고 의무자로 정하고 있다. 그런데 구 부가가치세법 시행령 제7조 제8항 은 ‘ 소득세법 제168조 및 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 하는 경우에 제11조 제1항의 규정을 준용하여 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 제1항의 규정에 의한 등록신청을 한 것으로 본다.’고 규정하고 있는 반면, ‘과세사업자가 면세사업을 영위하기 위하여 사업자등록정정신고서를 제출한 경우’의 법적 효과에 대해서는 아무런 규정도 마련되어 있지 않다. 이러한 규정들의 문언 및 체계에 비추어 보면, 사업자등록정정신고는 기존에 부가가치세법상 과세사업자로 등록을 마친 자가 여전히 과세사업자로서의 지위를 유지하거나 해당 정정신고서가 제출될 때 구 부가가치세법 시행령 제7조 제8항 에 따라 같은 조 제1항의 과세사업자로서 등록신청으로 보게 되는 효과가 발생함을 전제로, 단지 기존 등록사항 중 일부를 정정하는 내용의 신고일 뿐이라고 보는 것이 타당하다. 다라서 구 부가가치세법 시행령 제11조 제1항 제4호 에서 규정한 사업자등록정정신고 사유인 ‘사업의 종류에 변경이 있는 때’ 역시 사업자가 영위하는 과세사업의 종류(구체적으로 사업자등록증에 기재하는 ‘업태’와 ‘종목’을 의미한다)에 변동이 있는 경우로 한정되는 것이지, ‘사업자가 영위하는 사업이 과세사업에서 면세사업으로 변경되는 경우’까지 위 사유에 포함된다고 볼 수 없다.
• 나) 나아가 어느 과세사업자가 자신이 공급하는 용역의 성격을 과세사업이 아니라 면세사업으로 오인하여 면세사업자로 사업자등록정정신고를 한 경우, 이는 구 부가가치세법 시행령 제11조 제1항 각 호의 사업자등록정정신고 사유에 해당하지 아니할뿐더러, 구 부가가치세법 제5조 제5항 의 사업자등록 말소사유 어디에도 속하지 않는다. 그럼에도 과세관청이 과세사업자에서 면세사업자로 변경하는 내용의 사업자등록정정신고의 수리를 거부하지 아니한 채 과세사업을 계속 영위하고 있는 사업자에게 면세사업자 사업자등록증을 발급하였다면, 특별한 사정이 없는 한 이로 인하여 기존에 부가가치세 과세사업자로 적법하게 등록된 지위가 박탈된다거나, 사업장등록정정신고 이후에 발생한 매입세액이 이 사건 조항의 ‘제5조 제1항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’에 해당한다고 볼 수 없다. 부가가치세법상의 사업자등록은 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립하고, 과세관청의 사업자등록증 교부 또는 사업자등록 말소는 등록사실의 증명 또는 폐업사실의 기재에 불과할 뿐 그 자체로 인하여 사업자로서의 지위에 변동이 생기지 않는다(대법원 2000. 12. 22. 선고 99두6903 판결 등 참조). 과세관청의 잘못된 사무처리로 인해 과세사업자에서 면세사업자로 변경하는 내용의 사업자등록정정신고가 수리되었다고 하여, 이미 적법하게 과세사업자로서 사업자등록을 마치고 부가가치세 과세사업을 계속 영위하고 있는 사업자에게 명확한 법적 근거도 없이 매입세액 불공제의 불이익을 줄수는 없기 때문이다.
• 다) 결국 원고가 2002. 4. 18. 피고 00세무서장으로부터 과세사업자용 사업자등록증을 발급받았고 부가가치세 과세사업도 계속 영위하였다면, 그 후인 2003. 6. 12. 위 피고에게 면세사업자로 변경해 달라는 내용의 사업자등록정정신청서를 제출하여 같은 날 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았더라도, 원고의 기존 과세사업자 사업자등록의 효력이 소멸한다고 볼 수 없다.

3. 그런데도 원심은 원고가 2003. 6. 12. 과세사업자에서 면세사업자로 사업자등록정정신고를 함으로 인해 원고의 기존 과세사업자 사업자등록의 효력이 소멸하였다는 잘못된 전제에서, 이 사건 조항을 적용하여 이 사건 용역 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 이 사건 부가가치세 부과처분이 적법하다고 판단하였다. 원심의 이러한 판단에는 부가가치세법상 사업자등록정정신고와 매입세액 불공제에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 피고 00세무서장에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리 및 판단하도록 원심법원에 환송하며, 원고의 피고 00지방국세청장에 대한 상고를 기각하고, 원고와 피고 00지방국세청장 사이에 생긴 상고비용 중 보조참가로 인한 부분은 원고 보조참가인이, 나머지는 원고가 각 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.