국내 미등록 특허권을 사용하고 지급한 사용료는 국내원천소득에 해당함

사 건 2022두30744 법인세 부과처분취소 등 원고, 피상고인 겸 부대상고인 AA 주식회사 피고, 상고인 경 부대피상고인

○○세무서장 원 심 판 결 수원고등법원 2021. 12. 3. 선고 2021누10282 판결 판 결 선 고

2025. 12. 11.

원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 수원고등법원에 환송한다. 원고의 부대상고를 기각한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)와 부대상고이유를 판단한다.

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

• 가. 당사자의 지위

□□ 엘엘씨(□□, L.L.C., 이하 ‘□□’라 한다)는 ○○ Ⅰ 엘피(○○ Ⅰ, L.P.) 및 인벤션 ○○ Ⅱ 엘엘씨(○○ Ⅱ, L.L.C.) 등(이하 ‘○○ Ⅰ 등’이라 한다)이 보유한 특허권을 관리할 목적으로 미국 델라웨어주에 설립된 유한책임회사이고, △△ 라이선싱(△△ Licensing, 이하 ‘△△’이라 한다)은 2010. 6. 21. 아일랜드에서 설립된 무한책임회사이다. □□는 키프로스에서 설립된 ☆☆의 지분을 100%, ☆☆는 △△의 지분을 99.9% 각 소유하고 있다. □□는 ○○ Ⅰ 등 보유의 특허권에 관한 라이선스를 재허여받았고, △△에게 위 특허권에 관한 라이선스를 재허여하였다. 나. 라이선스 계약의 체결 내국법인인 원고는 2012. 9. 19. △△과 사이에, ○○ Ⅰ 등이 보유한 국내․외 등록 특허권 45,941개(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다. 이 중 국내에 등록된 2,612개를 제외한 나머지는 국외에서 등록되었으나 국내에는 등록되지 않은 ‘국내 미등록 특허권’에 해당한다)에 관하여 라이선스를 허여받고 그 대가로 사용료를 지급하는 내용의 특허권 라이선스 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다. 다. 2012 사업연도 법인세 징수처분 및 가산세 부과처분 1) 원고는 2012 사업연도에 이 사건 계약에 따른 계약금으로 △△에 미화 0,000만 달러(이하 ‘이 사건 계약금’이라 한다)를 지급하였으나, ｢대한민국과 아일랜드간의 소득 및 양도소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약｣(이하 ‘한․아일랜드 조세협약’이라 한다) 제12조 제1항에 따라 법인세를 원천징수․납부하지 않았다. 2) 피고는 ‘① △△은 조세회피 목적으로 설립된 도관회사에 불과하고, 이 사건 계약금의 수익적 소유자는 □□이므로, 한․아일랜드 조세협약이 아닌 ｢대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약｣(이하 ‘한미조세협약’이라 한다)이 적용되어야 하며, ② 이 사건 계약금은 한미조세협약상 국내원천소득에 해당한다’는 이유로 2014. 5. 1. 원고에 대하여 2012 사업연도 원천징수분 법인세 00,000,000,000원 및 원천징수불이행 가산세 0,000,000,000원을 각 고지하였다. 라. 2013 사업연도 법인세 경정거부처분 1) 원고는 2013 사업연도에 △△에 잔금으로 미화 000,000,000달러(이하 ‘이 사건 잔금’이라 하고, 이 사건 계약금과 함께 ‘이 사건 사용료’라 한다)를 지급하고, 피고에게 그에 따른 원천징수분 법인세 00,000,000,000원을 납부하였다. 2) 원고는, 이 사건 잔금은 한․아일랜드 조세협약 제12조 제1항에 따라 국내에서 과세할 수 없다는 이유로, 2015. 5. 13. 피고에게 납부된 원천징수분 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2015. 11. 2. 원고의 경정청구를 거부하였다. 2. 이 사건 사용료에 관하여 한․아일랜드 조세협약 제12조 제1항이 적용되는지 여부 등(원고 부대상고이유) 가. 관련 규정 및 법리 1) 한․아일랜드 조세협약 제12조 제1항은 ‘타방체약국의 거주자에 의하여 취득되고 수익적으로 소유되는 일방체약국 내의 원천으로부터 발생하는 사용료는 동 타방체약국에서만 과세된다’고 규정한다. 이에 따라 우리 법인세법상 국내원천소득에 해당하는 사용료소득일지라도 아일랜드의 거주자인 수익적 소유자에게 지급되는 경우에는 국내에서 과세될 수 없다. 위 조약 규정의 도입 연혁과 그 문맥 등을 종합할 때, 수익적 소유자는 그 사용료소득을 지급받은 자가 타인에게 이를 다시 이전할 법적 또는 계약상의 의무 등이 없는 사용․수익권을 갖는 경우를 뜻한다. 이러한 수익적 소유자에 해당하는지는 해당 소득에 관련된 사업활동의 내용과 현황, 그 소득의 실제 사용과 운용 내역 등 여러 사정을 종합하여 판단하여야 한다. 국세기본법 제14조 제1항 에서 규정하는 실질과세의 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다. 그러므로 사용료소득의 수익적 소유자에 해당한다고 할지라도 국세기본법상 실질과세의 원칙에 따라 조약 남용으로 인정되는 경우에는 그 적용을 부인할 수 있다. 즉, 재산의 귀속명의자는 재산을 지배․관리할 능력이 없고 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배․관리하는 자가 따로 있으며 그와 같은 명의 와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 명의에 따른 조세조약 적용을 부인하고 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배․관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 과세한다. 그러나 그러한 명의와 실질의 괴리가 없는 경우에는 소득의 귀속명의자에게 소득이 귀속된다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2017두33008 판결 등 참조). 2) 한편 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제47조의5 제1항은, 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자가 징수하여야 할 세액을 세법에 따른 납부기한까지 납부하지 아니한 경우에는, ‘납부하지 아니한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액’을 한도로 하여 원천징수납부 등 불성실가산세를 부과하도록 정하고 있다. 그런데 같은 법 제48조 제1항은 ‘세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다. 나. 판단 원심은, □□가 원고를 비롯한 여러 내국법인들과 미국 내 특허권 침해 문제를 두고 소송을 제기하는 등 갈등을 겪어 오다가 그 분쟁 해결을 위한 라이선스 계약이 체결되기 얼마 전 아일랜드 법인인 △△을 설립하였고, 조세피난처인 키프로스에 설립한 ☆☆를 매개로, 형식상 거래당사자 역할을 한 △△에 지급된 이 사건 사용료소득을 실질적으로 지배․관리한 점 등 그 판시와 같은 이유를 들어, 이 사건 사용료소득의 수익적 소유자는 아일랜드 법인인 △△이 아닌 미국법인인 □□이고, 이 사건 계약의 형식상 명의와 그로 인한 사용료소득의 실질적 지배․관리 주체 사이의 괴리는 조세를 회피할 목적에서 비롯된 것이라고 보아, 이 사건 사용료소득에 대하여 한․아일랜드 조세협약이 아닌 한미조세협약이 적용되어야 한다고 판단하였다. 나아가 원심은, 원고가 이 사건 사용료의 대상인 특허권의 상당 부분이 미국에 등록된 것이고, 해당 특허권의 권리자인 ○○ Ⅰ 등으로부터 관리를 위임받은 □□ 역시 미국법인임을 인식하였음에도, 정작 이 사건 계약을 체결할 때에는 거주지국 배타적 과세원칙을 채택하고 있는 한․아일랜드 조세협약의 일방 체약국인 아일랜드에 설립된 △△과 계약을 체결한 점 등 그 판시와 같은 이유로, 원고가 2012 사업연도 법인세에 대한 원천징수․납부의무를 이행하지 아니한 데 정당한 사유가 존재하지 않는다고 판단하였다. 원심판결 이유를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 부대상고이유 주장과 같이 이 사건 사용료소득의 실질 귀속자나 가산세를 면제할 정당한 사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 3. 국내 미등록 특허권에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하는지 여부(피고 제1상고이유) 가. 관련 규정 1) 한미조세협약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 규정하면서, 제a호에서 ‘문학․예술․과학작품의 저작권 또는 영화필름․라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’을 규정한다. 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 규정하면서, 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라고 규정한다. 제2조 제2항 전문(前文)은 “이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다.”라고 규정한다. 2) 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”라고 규정하면서, 제8호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리․자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정한다. 나. 관련 법리 한미조세협약은 구 법인세법 제93조 제8호 에서 규정하는 ‘사용지를 기준으로 하여 사용료소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 이중과세 방지협약’에 해당한다. 한미조세협약에 따른 ‘사용지’를 확정하려면 먼저 ‘사용’의 의미를 명확히 할 필요가 있다. 그런데 한미조세협약은 ‘사용’의 의미를 별도로 정의하고 있지 않다. 그러므로 한미조세협약 제2조 제2항 전문에 따라 ‘사용’의 의미는 조세가 결정되는 체약국인 우리나라의 법에 따라 해석하여야 한다. 이와 관련하여 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 국내 미등록 특허권이 국내 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 규정한다. 여기서 ‘사용’은 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 제조방법․기술․정보 등(이하 ‘특허기술’이라 한다)을 사용한다는 의미로 보아야 한다. 따라서 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다(대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결 참조). 다. 이 사건에 관한 판단 앞서 본 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 사용료 중 이 사건 특허권의 대상인 특허기술을 국내에서의 제조․판매 등에 사실상 사용하는 데에 대한 대가에 해당하는 부분의 경우, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호, 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문에 따라 국내 사용에 대한 사용료로서 국내원천소득에 해당한다. 그런데도 원심은 이 사건 사용료 중 원고가 국내 등록 특허권에 대한 것이라고 자인하는 부분을 제외한 나머지 부분이 국내 미등록 특허권에 대한 것이라는 이유만으로, 그 특허기술이 국내에서의 제조․판매 등에 사실상 사용되었는지를 살피지 아니한 채 곧바로 그 사용료가 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 한미조세협약상 국내 미등록 특허권에 대한 사용료의 국내원천소득 해당 여부에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 4. 이 사건 사용료에 특허권 외에 ‘발명, 기술 등에 관한 비공개 정보의 사용대가’가 포함되어 있는지 여부(피고 제2상고이유) 이 사건 사용료에 특허권 외에 ‘발명, 기술 등에 관한 비공개 정보의 사용대가’가 포함되어 있다는 주장은 상고심에서 비로소 주장하는 것이어서 원심판결에 대한 적법한 상고이유가 될 수 없다. 나아가 살피더라도, 원심의 판단에 특허 출원 중인 발명 등 사용료의 국내 원천 여부에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.

나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고 이 부분 사건을 다시 심리․판단하도록 원심법원에 환송하고, 원고의 부대상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.