1차거래는 무신고에 해당하고, 사업개시후 1년 미만 법인 해당 여부는 법인설립후 사업개시일을 기준으로 판단하여야 하며, 자기주식이 포함된 경우의 순자산가치 평가는 자기주식 취득가액을 고려하여야 함

사 건 2021두46445 양도소득세부과처분취소 원고(상고인겸피상고인) AAA 외 3명 피고(피상고인겸상고인) BB세무서장 외 1명 변 론 종 결 판 결 선 고

2024. 07. 11.

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이 유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

원심판결 이유와 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

• 가. 원고들은 2008. 7. 2. 코스닥상장법인인 주식회사 GG(이하 ‘GG’라고 한다)의 주주인 HHH, III 및 JJJ(이하 ‘HHH 등’이라고 한다)과 사이에 ‘원고들이 GG의 의류 사업부문을 인수하고, HHH 등은 나머지 부동산임대 사업부문만을 소유․경영하는 것’을 주된 내용으로 하는 경영권 양수도 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 양수도계약’이라고 한다).
• 나. 위 당사자들은 이 사건 양수도계약에 따라 다음과 같은 거래․행위를 하였다.

1. 원고들은 2008. 7. 8. GG가 실시한 제3자 배정방식의 유상증자에 참여하여 GG의 보통주 합계 1,587,301주를 취득하였다.

2. GG는 2008. 10. 6. 인적분할 방식의 회사분할을 통해 부동산임대 사업을 영위하는 비상장법인인 주식회사 GG피앤디(이하 ‘GG피앤디’라고 한다)를 분할신설하고, 나머지 의류 사업은 분할존속회사인 GG에 존속시켰다. GG는 2008. 11. 14. 상호를 주식회사 KK(이하 ‘KK’라고 한다)로 변경하였다.

3. 원고 AAA는 2008. 12. 23. 자신이 보유하던 GG피앤디 주식 중 277,239주(이하 ‘이 사건 1차 주식’이라고 한다)와 HHH이 보유하던 KK 주식 중 139,082주를 교환하였다(이하 ‘이 사건 1차 거래’라고 한다).

4. 원고들은 2009. 6. 23. 자신들이 보유하던 GG피앤디 주식 전부(이하 ‘이 사건 2차 주식’이라고 하고, 이 사건 1차 주식과 통틀어 ‘이 사건 각 주식’이라고 한다)를 HHH에게 이전하였다(이하 ‘이 사건 2차 거래’라고 한다).

• 다. 피고들은 이 사건 2차 주식 또한 이 사건 1차 주식과 마찬가지로 HHH이 보유하던 KK 주식 139,082주와 대가관계에 있어 이 사건 2차 거래의 실질이 세법상 양도에 해당한다고 보고, 2017. 5. 12. 원고들에게 2009년 귀속 양도소득세(가산세 포함, 이하 같다)를 결정․고지하였다(이하 원고들에 대한 위 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

2. 이 사건 각 주식의 양도시기에 대한 원고들의 제1 상고이유에 관하여 원심은 그 판시와 같은 이유로, 원고들의 이 사건 각 주식의 양도시기는 대금 청산이 이루어졌다고 볼 수 있는 이 사건 2차 거래일인 2009. 6. 23.이라고 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 양도시기의 의미 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

3. 10년의 부과제척기간 적용에 대한 피고들의 제4 상고이유에 관하여 원심은 이 사건 1차 및 2차 거래의 실질을 하나의 양도 거래로 보아야 한다고 하여 원고들이 허위 사실을 작출하는 등 부정한 행위를 한 것과 동등하게 볼 수 없고, KK의 자본잠식을 막기 위해 임의로 차입금을 계상한 것과 원고들 사이의 직접적인 관련성을 찾을 수 없는 등 그 판시와 같은 이유를 들어, 원고들의 행위는 ‘사기 기타 부정한 행위‘에 해당하지 않으므로 이 사건 각 주식의 양도에 따른 양도소득세에 대하여 10년의 부과제척기간이 적용될 수 없다고 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 10년의 부과제척기간 적용에 관한 법리 등을 오해한 잘못이 없다.

4. 7년의 부과제척기간 적용에 대한 피고들의 제5 상고이유에 관하여

• 가. 관련 법령

1. 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제94조 제1항 제3호 (다)목은 ’주권상장법인이 아닌 법인의 주식‘(이하 ‘비상장주식’이라고 한다)을, 제4호 (다)목은 ’주식의 주권을 발행한 법인의 주주 구성, 부동산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산‘(이하 ‘기타자산’이라고 한다)을 각각 양도소득세의 과세대상으로 규정하고 있다. 위 제4호 (다)목의 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제158조 제1항 제1호는 ’법인의 자산총액 중 부동산과 그에 관한 권리가액의 합계가 100분의 50 이상이고, 그 법인의 주식 합계액 중 주주 1인과 기타주주가 소유하고 있는 주식 합계액이 100분의 50 이상이며, 위 주주 1인 및 기타주주가 그 법인의 주식 합계액의 100분의 50 이상을 타인에게 양도하는 경우의 당해 주식‘(이하 ‘특정주식’이라고 한다)을 기타자산의 하나로 규정하고 있으며, 제2항은 ’주주 1인과 기타주주가 주식을 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 그들 중 1인이 주식을 양도하는 날부터 소급하여 3년 내에 그들이 양도한 주식을 합산한다‘고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령 제162조 제4항 은 제158조 제2항과 같이 소급하여 3년 내에 양도한 주식을 합산하는 경우 특정주식의 양도시기를 ’주주 1인과 기타주주가 주식을 양도함으로써 당해 법인의 주식 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날‘로 정하고 있다.

2. 한편 구 소득세법 제110조 제1항 은 당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지관할 세무서장에게 신고하도록 규정하고 있고(이하 ‘양도소득과세표준 확정신고’라고 한다), 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하면서(제3호), ‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에는 그 부과제척기간을 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 연장하고 있다(제2호).

• 나. 원심의 판단 원심은, 원고들의 이 사건 각 주식 양도는 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 (다)목, 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호 의 특정주식 양도에 해당하고, 원고 AAA가 2009. 5. 29. 비상장주식인 이 사건 1차 주식 양도와 관련하여 2008년 귀속 양도소득과세표준 확정신고를 한 사실을 인정하였다. 그런 다음 원심은 그 판시와 같이, 비록 원고 AAA가 이 사건 2차 거래 이후 이 사건 1차 주식의 양도가액을 합산하여 특정 주식 양도에 대한 양도소득과세표준 확정신고를 하지 않았더라도, 원고 AAA가 법정신고기한 내에 이 사건 1차 주식 양도에 대한 양도소득과세표준 확정신고를 한 이상, 이를 무신고에 해당한다고 볼 수는 없다는 이유로, 이 사건 각 주식 양도에 따른 양도소득세 중 적어도 이 사건 1차 거래로 인한 부분에 대하여는 7년의 부과제척기간이 적용될 수 없고, 이 사건 처분이 5년의 부과제척기간이 경과한 이 사건 1차 주식의 양도차익까지 합산하여 양도소득세액을 산정한 것은 위법하다고 판단하였다.
• 다. 대법원의 판단 그러나 이러한 원심의 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다.

1. 7년의 부과제척기간을 규정한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 는 과세표준신고를 하여야 할 의무가 있음에도 아예 그 신고를 하지 않은 무신고의 경우에 적용된다(대법원 2013. 7. 11. 선고 2013두5555 판결 등 참조). 그리고 양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간이 끝나야 납세의무가 성립하고, 당해 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정된다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두40235 판결 참조).

2. 원고들의 이 사건 2차 주식 양도는 2008. 12. 23. 이루어진 이 사건 1차 주식양도와 합산하여 특정주식 양도에 해당하며, 그 양도시기는 원고들이 GG피앤디 주식의 합계액의 100분의 50 이상을 양도한 2009. 6. 23.임은 앞서 본 바와 같다. 이 사건 각 주식 양도에 따른 양도소득은 2009년에 귀속하므로, 원고 AAA는 2010. 5. 1.부터 2010. 5. 31.까지 2009년 귀속 양도소득과세표준 확정신고를 하여야 한다. 그러나 원고 AAA는 2009년 귀속 양도소득과세표준 확정신고를 하지 않았고, 이는 납세자가 과세표준신고를 하여야 할 의무가 있음에도 그 신고를 하지 않은 무신고에 해당한다.

3. 반면, 원고 AAA의 2008년 귀속 양도소득과세표준 확정신고는 양도시기가 2008. 12. 23.이고, 양도대상 자산이 비상장주식인 이 사건 1차 주식 양도에 대한 양도소득과세표준 확정신고일 뿐이다. 따라서 원고 AAA가 2008년 귀속 양도소득과세표준 확정신고를 한 것을 두고 이와 과세기간과 과세대상이 전혀 다른 이 사건 각 주식 양도에 대하여 2009년 귀속 양도소득과세표준 확정신고를 한 것으로 취급할 수는 없고, 이 사건 2차 주식 양도가 이 사건 1차 주식 양도와 합산하여 이 사건 처분의 과세대상인 특정주식 양도에 해당한다는 이유만으로 달리 볼 것은 아니다. 결국 원고 AAA는 2009년에 귀속하는 특정주식 양도소득에 대하여는 아무런 과세표준신고를 하지 않았으므로, 그 양도소득세의 부과제척기간은 5년이 아닌 7년으로 보아야 한다.

4. 그런데도 원심은 이 사건 각 주식 양도에 대하여 양도소득과세표준 확정신고가 존재함을 전제로 이와 달리 판단하였다. 원심의 이러한 판단에는 무신고에 따른 7년의 부과제척기간 적용 요건에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고들의 이 부분 상고이유 주장은 이유 있다.

5. 매매사례가액 적용 여부에 대한 피고들의 제2 상고이유에 관하여

• 가. 구 소득세법 제114조 제7항 은 양도소득과세표준과 세액을 결정할 때 당해 자산의 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정할 수 있다고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 본문은 ‘양도가액 또는 취득가액을 추계결정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액’(매매사례가액)을, 제2호에서 ‘양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액’을, 제3호에서 ‘제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액’(환산가액)을, 제4호에서 ‘기준시가’를 정하고 있다. 이러한 관련 규정의 문언, 체계 및 취지 등을 종합하여 보면, 본래의 실지거래가액이 아닌 매매사례가액, 감정가액 또는 기준시가에 의하여 양도 당시의 실지거래가액을 대 체하도록 한 구 소득세법 제114조 제7항, 구 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 은 그적용 순서뿐만 아니라 실지거래가액을 대체할 수 있는 가액의 유형도 그 요건을 정하여 제한적으로 규정한 것으로 해석된다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결참조). 따라서 양도일 전후 각 3월을 벗어난 기간에 당해 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 존재하더라도 그 가액은 구 소득세법 시행령 제176조의2제3항 제1호 에서 정한 매매사례가액에 해당하지 아니한다.
• 나. 원심은 같은 취지에서 이 사건 2차 주식의 양도시기인 2009. 6. 23.로부터 약 6개월 전인 2008년 10월~11월경 이루어진 GG피앤디 주식의 거래가액을 구 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 제1호 에서 정한 매매사례가액으로 보아야 한다는 피고들의 주장을 배척하였다. 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 매매사례가액에 관한 법리 등을 오해한 잘못이 없다.

6. 비상장주식의 기준시가 산정방법에 대한 원고들의 제2 상고이유 및 피고들의 제1, 3 상고이유에 관하여

• 가. 구 소득세법 제99조 제1항 제5호 는 비상장주식의 기준시가는 ‘ ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 제1항 제1호 (다)목의 규정을 준용하되, 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의한다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호, 제4호는 비상장주식의 1주당 기준시가는 원칙적으로 1주당 순손익가치(양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 1주당 순손익액 ÷ ｢금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률｣ 제2조 제1호 에 따른 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율)와 1주당 순자산가치(양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액 ÷ 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재의 발행주식총수)를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의하되, 법인의 자산 총액 중 부동산과 그에 관한 권리가액의 합계가 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인은 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 하도록 규정하는 한편, 제3호 (나)목은 ‘사업개시 후 1년 미만의 법인’의 경우에는 1주당 순자산가치만에 의하여 기준시가를 산정하도록 규정하고 있다. 그리고 이러한 산정방법은 기타자산 중 특정주식의 기준시가를 산정하는 경우에도 동일하게 적용된다(구 소득세법 제99조 제1항 제7호, 구 소득세법 시행령 제165조 제8항 제1호). 이와 같이 구 소득세법 제99조 제1항 제5호 가 비상장주식의 기준시가를 기본적으로 ｢상속세 및 증여세법｣상 비상장주식의 보충적 평가방법을 준용하여 산정하되, 구체적인 평가기준시기와 평가액을 달리 정한 것은 양도소득세의 특성을 감안하여 산정방법을 보다 간소화하려는 취지이다. 이러한 관련 규정의 문언, 체계 및 입법 취지 등을 종합하여 보면, 인적분할로 신설된 법인이 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제3호 (나)목에서 정한 ‘사업개시 후 1년 미만의 법인’에 해당하는지 여부는 ‘법인 설립 후 사업개시일’을 기준으로 판단하여야 한다. 그리고 1주당 순자산가치 평가 산식의 분모인 ‘양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재의 발행주식총수’에 자기주식이 포함되어 있는 경우에는, 순자산가치 평가의 왜곡을 방지하기 위하여 위 산식의 분자인 ‘양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액’에도 자기주식의 취득가액이 포함되어야 한다.
• 나. 그런데도 원심은 인적분할로 신설된 법인이 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제3호 (나)목에서 정한 ‘사업개시 후 1년 미만의 법인’에 해당하는지 여부는 인적분할 전 동일한 사업부문의 사업개시일을 기준으로 판단하여야 한다는 잘못된 전제에서, GG피앤디는 ‘사업개시 후 1년 미만의 법인’에 해당하지 아니하므로 이 사건 2차 주식의 양도가액은 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 가중평균한 가액에 의하여 평가하여야 하고, 1주당 순자산가치 평가 산식에서 자기주식을 반영하여서는 아니 된다고 판단하였다.
• 다. 이러한 원심판결에는 비상장주식의 기준시가 산정방법 등에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 이 부분 상고이유 주장은 이유 있다. 다만 환송 후 원심으로서는 원심이 구체적으로 판단하지 않았던 이 사건 2차 주식의 취득 당시 기준시가의 산정방법에 관하여 추가로 심리․판단할 필요가 있음을 지적하여 둔다.

그러므로 원고들의 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리․판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.