이월결손금 공제대상

사 건 2021두34688 법인세부과처분취소 원고, 상고인 SSS 주식회사 (변경 전 상호 SSS 주식회사) 피고, 피상고인 00세무서장 원 심 판 결 부산고등법원 2021. 2. 3. 선고 (창원)2019누10101 판결 판 결 선 고 2024. 12. 12.

원심판결을 파기하고, 사건을 부산고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

• 가. 원고는 2008 내지 2012 사업연도의 각 법인세 과세표준을 신고하면서 2008내지 2011 사업연도에는 결손금이, 2012 사업연도에는 소득금액이 발생하였다고 신고하였다.
• 나. 부산지방국세청장은 2015. 7. 7.부터 2015. 8. 28.까지 원고에 대한 법인세 세무조사를 실시한 다음, 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 다. 그에 따라 피고는, 원고의 당초 신고내용과 달리 2010 사업연도의 결손금과 2012 사업연도의 소득금액을 각각 감액경정하고(그 결과 2012 사업연도에 결손금이 발생한 것으로 경정하였다), 이를 원고의 2014 사업연도 법인세 과세표준계산 시 이월결손금으로 공제하여 2015. 10. 15. 원고에게 2014 사업연도 법인세(가산세 포함)를 증액경정․고지하였다가, 2016. 7. 15. 그 일부를 감액경정․고지하였다(당초 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

2. 제1, 3 상고이유에 관하여

• 가. 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로 공제한다고 규정하고 있었다. 그런데 위 법률 제9898호로 일부 개정된 법인세법(이하 ‘개정 법인세법’이라고 한다)은 제13조 제1호 후문으로 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정․경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.”라는 규정을 신설하였다[2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되고 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 법인세법 제13조 제1호 후문(이하 ‘이 사건 후문조항’이라고 한다)도 동일한 취지이다]. 이는 원칙적으로 공제가 가능한 이월결손금의 범위를 신고․경정 등으로 확정된 결손금으로 축소하여 법적 안정성을 도모하기 위한 데 그 입법취지가 있다(대법원 2020. 7. 9. 선고2017두63788 판결 참조).그리고 개정 법인세법 부칙은 제1조에서 해당 법률의 시행일을 2010. 1. 1.로 정하면 서, 제4조 본문에서 ‘개정 법인세법 제13조 제1호 후문은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정․결정하는 분부터 적용한다’고 규정하였다.
• 나. 이와 같은 관련 규정의 문언, 체계 및 입법취지 등을 종합하여 보면, 개정 법인세법 시행 이후에는 이 사건 후문조항에서 정한 ’제60조에 따라 신고하거나(국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 경우를 포함한다) 제66조에 따라 결정․경정된 과세표준에 포함된 결손금‘에 해당하여야 그 이후 사업연도 법인세 과세표준을 계산할 때 이를 이월결손금으로 공제할 수 있다고 봄이 상당하고, 그 문언과 달리 ’과세관청이 실제로 결정․경정하지는 않았으나, 납세의무자가 적법한 경정청구를 하였을 경우에 과세관청이 경정하여야 하는 결손금‘까지 이 사건 후문조항에서 정한 결손금에 해당한다고 볼 수는 없다.
• 다. 원고가 주장하는 2008, 2012 사업연도 추가결손금은 ’신고하거나 결정․경정된 과세표준에 포함된 결손금‘이 아니어서 이 사건 후문조항에서 정한 결손금에 해당하지않으므로, 그 이후인 2014 사업연도 법인세 과세표준을 계산할 때 이월결손금으로 공제될 수 없다.원심의 이유 설시 중 일부 부적절한 부분이 있으나, 2008, 2012 사업연도 추가결손금에 대한 원고의 이월결손금 공제 주장을 배척한 결론은 정당하다. 거기에 상고이유주장과 같이 이 사건 후문조항에 관한 법리오해, 심리미진, 채증법칙 위반 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 제2 상고이유에 관하여

• 가. 이 사건 후문조항에서 정한 결손금은 ‘제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나(국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 경우를 포함한다) 제66조에 따라 결정․경정된 과세표준에 포함된 결손금’을 의미함은 앞서 본 바와 같다. 한편, 법인세법 제70조 는 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제66조에 따라 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정․경정한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 그 내국법인에게 알려야 한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제109조 제1항은 ‘각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에도 그 내용을 통지하여야 한다’고 규정하고 있다. 이와 관련하여 구 ｢법인세 사무처리규정｣(2016. 12. 27. 국세청훈령 제2173호로 개정되기 전의 것) 제77조는 세무서장은 과세표준 및 세액 등의 결정․경정을 한 때에는 그 내용을 통지하여야 하며, 납부할 세액이 없는 경우에는 ‘법인세과세표준 등 결정(경정)통지서(별지 제9호 서식)’로 통지하여야 한다고 규정하고 있다.
• 나. 개정 법인세법이 시행된 2010. 1. 1. 이후 최초로 신고한 과세표준에 포함된 해당 사업연도에서 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련 하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다(위 대법원 2017두63788 판결 참조). 그러나 과세관청이 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에서 정한 통지 등 절차를 준수하지 않아 납세의무자에게 방어권행사 및 불복의 기회가 보장되지 않은 경우에는 납세의무자가 결손금 감액경정에 대하여 다투지 않았다고 하더라도 이후 사업연도의 법인세 부과처분에 대한 불복절차에서 선행하는 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 있다고 보아야 한다.
• 다. 그런데도 원심은, 피고가 2010 사업연도 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에 따른 통지 등 절차를 준수하였는지 여부에 관하여 아무런 심리를 하지 않은 채 판시와 같은 이유를 들어 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소에서 2010 사업연도결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 없다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 있는 범위에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리․판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.