이 사건 매입세액은 과세사업이 아닌 비과세사업에 해당하는 매입세액으로 원고의 매출세액에서 공제할 수 없음
이 사건 매입세액은 과세사업이 아닌 비과세사업에 해당하는 매입세액으로 원고의 매출세액에서 공제할 수 없음
사 건 2020두56384 부가가치세부과처분취소 원 고 AA 피 고
○○세무서장 변 론 종 결 판 결 선 고
2023. 8. 31.
원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송한다.
상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
1. 원고는 철도산업발전기본법상 철도시설관리자로서 철도산업발전기본법 제31조 에 따라 ****공사와, 고속철도·일반철도 선로 및 철도운영을 위한 건축물·건축설비 등 원고가 관리하는 철도시설을 임대하고 사용료를 지급받는 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 사용계약’이라 하고, 위 계약에 따라 임대용역을 공급하는 사업을 ‘이 사건임대사업’이라 한다).
2. 이와 별도로 원고는, ****공사와 일반철도 건널목 관리업무 위·수탁계약을, 민간업체와 터널, 교량, 관제센터 등 국가중요시설에 대한 방호용역계약을 각 체결하고, 정부로부터 출연금을 받아 건널목 관리용역 및 방호용역(이하 통틀어 ‘이 사건 용역’이라 한다)에 대한 대가를 지급하였다.
3. 원고는 매출세액에서 이 사건 용역과 관련된 매입세액 9,045,318,513원(= 건널목 관리용역 4,622,525,094원 + 방호용역 4,422,793,419원, 이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 공제하여 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지 부가가치세를 신고하였다.
4. 피고는 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 보고 2018. 1. 16. 원고에게 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지 부가가치세 합계 12,405,115,190원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 용역은 원고의 이 사건 사용계약상 의무, 즉 철도시설을 철도운행에 적합한 상태로 제공할 의무를 이행하는 데 필요한 것으로서 과세사업인 이 사건 임대사업과 관련성이 인정된다고 보아, 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 판단하였다.
1. 국가는 철도산업의 경쟁력을 강화하고 발전기반을 조성하기 위하여 철도시설 부문과 철도운영 부문을 분리하는 철도산업의 구조개혁을 추진하고자 2003. 7. 29. 법률 제6955호로 구 철도산업발전기본법을 제정하고, 기존의 철도청과 고속철도시설공단의 관련 조직을 통·폐합하거나 그 조직을 전환하여 **시설공단(2020. 9. 10. 원고로 상호가 변경되었다. 이하 상호 변경 전후를 통틀어 ‘원고’라 한다)과 공사를 각각 설립한 후, 철도시설 부문은 원고로 하여금 철도의 선로 등 철도시설의 건설및 관리 등에 관한 업무의 일부를 대행하도록 하고, 철도운영 부문은 **공사로 하여금 철도 여객 및 화물운송 등 철도운영사업을 수행하도록 하였다. 이에 따라 원고는 철도시설의 건설 및 관리와 그 밖에 이와 관련되는 사업을 효율적으로 시행함으로써 국민의 교통편의의 증진과 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위하여 2003. 12. 31. 설립되었다.
2. 원고는 철도시설의 건설 및 관리사업 외에도 정부가 위탁한 사업 등을 시행하고(aaaa공단법 제7조), 그 운영과 사업에 필요한 자금을 정부 출연금 또는 보조금 등의 재원으로 조달하는데(aaaa공단법 제17조 제1항), 원고의 고유목적사업을 수행하는 데 필요한 비용을 충당하기 위하여 정부로부터 사업출연금을 받는 경우에는 해당 출연금을 특정 출연사업을 위해서만 사용하여야 하는 제한이 있고, 이에 따라 원고는 사업출연금에 대하여 출연사업별로 회계를 구분하여 기록하고 있다.
3. 원고는 ｢ 건널목 개량촉진법 ｣ 제3조에 따른 건널목과 건널목 시설물의 유지·보수 및 관리책임자로서 정부로부터 ‘철도건널목위탁관리비’ 명목의 사업출연금을 받아 이를 재원으로 하여, 사고 위험이 높은 건널목에 위탁관리원을 배치하여 자동차와 보행자를 안전하게 유도함으로써 사고를 방지하는 등 ‘철도건널목 관리사업’을 시행하고, 위 출연금을 다른 사업출연금 등과 각각 다른 회계로 구분하여 기록하였다.
4. 원고는 통합방위법상 국가중요시설로 지정된 교량, 터널 및 관제센터 등의 관리자로서 통합방위법 제21조 에 따라 해당 국가중요시설에 대한 경비·보안 및 방호책임을 지는데, 정부로부터 ‘국가중요시설방호비’ 명목의 사업출연금을 받아 이를 재원으로 하여, 위 교량, 터널 및 관제센터 등에 방호인력·시설·장비를 갖추는 등 ‘국가중요 시설 방호사업’을 시행하고, 위 출연금을 다른 사업출연금 등과 각각 다른 회계로 구분하여 기록하였다.
5. 한편 철도산업발전기본법 제38조 제1항 단서는 ‘철도시설유지보수 시행업무는 **공사에 위탁한다’고 규정하고 있고, 이에 따라 원고는 공사와 철도시설 유지보수 위·수탁계약(이하 ‘이 사건 유지보수계약’이라 한다)을 체결하였다. 그리고 이 사건 사용계약은 공사가 원고에게 납부해야 할 사용료를 ‘이 사건 유지보수계약에 따른 유지보수비의 70%에서 정부의 선로사용료 감면금액을 제외한 금액’으로 정하고 있고, 이에 따라 원고는 공사에 지급해야 하는 유지보수비 중 약 70%와 **공사가 원고에게 납부해야 하는 사용료를 상계하여 왔다. 2다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 아래와 같은 이유로 이 사건 매입세액은 오로지 비과세사업에 관련되므로, 이를 매출세액에서 공제할 수 없다.
1. 이 사건 사용계약이 ‘원고는 철도운행에 적합한 건전한 선로 등을 제공하여야 한다’고 규정하고 있기는 하나, 원고가 ****공사에 이행해야 할 급부의 내용에 이 사건 용역은 포함되어 있지 않고, 이 사건 사용계약에 따른 임대용역의 공급에 원고가 공익적 목적에서 수행하는 건널목 관리용역과 방호용역이 통상적으로 수반한다고 볼 수도 없다. 또한 원고는 관련 법령에 따라 정부가 위탁한 업무를 대행하기 위하여 정부로부터 출연금을 교부받아 건널목 관리용역과 방호용역을 일반 공중에 무상으로 공급하였으므로, 위 각 용역의 공급은 원고가 스스로의 설립목적을 달성하기 위하여 행하는 비과세사업에 해당한다. 따라서 원고는 과세사업인 이 사건 임대사업 이외에 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업을 겸영하고 있는 것으로 보아야 한다.
2. 이 사건 용역은 원고가 정부로부터 위탁받은 사업을 수행하기 위하여 정부 출연금을 재원으로 외부로부터 공급받은 것이고, 원고는 출연사업별로 회계를 구분하여 기록하고 있다. 또한 이 사건 사용계약상 사용료는 이 사건 용역의 공급과는 무관하게 정책적 목적에서 이 사건 유지보수계약에 따른 유지보수비의 약 70%로 책정되었는바, 이 사건 용역의 공급 여부는 이 사건 임대사업의 공급대가에 아무런 영향을 미치지 않고, 원고가 이 사건 임대사업을 영위하는 데 이 사건 용역 관련 비용이 필수적으로 소요되는 것도 아니다. 따라서 이 사건 매입세액은 모두 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업에만 관련된 것으로서 실지귀속을 구분할 수 있다고 보아야 한다.
그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.