각 호간 적용순서나 배제되는 경우에 대해 정하지 않은 구 조세특례제한법 제105조 제1항과 동법 제1항 제3호의 2의 중첩적인 적용이 가능 여부

사 건 2018두54125 부가가치세경정거부처분취소 원고, 피상고인 AA경전철 주식회사의 소송수계인 파산자 AA경전철 주식회사의 파산관재인 최BB 피고, 상고인 의정부세무서장 원 심 판 결 서울고등법원 2018. 7. 12. 선고 2017누74599 판결 판 결 선 고

2019. 10. 31.

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 도과된 후에 제출된 상고이유서보충서의 기재는 상 고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 상고이유 제1, 2점에 대하여

• 가. 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제1항 제3호 가목(이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)은 ‘국가 및 지방자치단체 에 직접 공급하는 도시철도건설용역’의 공급에 대한 부가가치세의 경우 영의 세율을 적용한다고, 같은 항 제3호의2는 ‘ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제7호 에 따 른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 국가 또는 지방자치단체 에 공급하는 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역’의 공급에 대한 부가가치세 의 경우 영의 세율을 적용한다고 각 규정하고 있다.
• 나. 원심판결 이유에 의하면 원심은 채택증거들에 의하여 다음과 같은 사실을 인정 하였다.

(1) AA경전철 주식회사(서울회생법원 2017. 5. 26.자 2017하합10011호 파산선고 로 원고가 이 사건 소송을 수계하였다. 이하 편의상 ‘원고’로 혼용한다)는 2006. 4. 14. 의정부시와 AA경전철 사업시설(이하 ‘이 사건 사업시설’이라고 한다)을 건설하여 완공과 동시에 그 소유권을 의정부시에 귀속시키는 대신 30년간의 관리운영권을 취득 하는 방식으로 AA경전철 민간투자시설사업의 설계, 건설, 자금조달, 관리, 운영 및 유지보수 등을 수행하기로 하는 내용의 이 사건 민간투자사업 실시협약을 체결하였다.

(2) 원고가 2011년 1기 및 2기, 2012년 1기(이하 ‘이 사건 과세기간’이라 한다) 동안 이 사건 철도차량과 이 사건 건설사업관리용역을 공급받으면서 부담한 이 사건 매입세 액의 합계액은 10,328,989,130원이다.

(3) 원고는 2012. 6. 29. 이 사건 사업시설을 준공함과 동시에 이를 의정부시에 기부 채납(이하 ‘이 사건 기부채납거래’라 한다)하였다.

(4) 한편, 원고는 이 사건 매입세액을 면세사업 관련 매입세액으로 보아 매출세액에 서 불공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다가, 2014. 4. 25. 피고에게 이 사건 기부 채납거래가 이 사건 감면조항에서 정한 ‘지방자치단체에 직접 공급하는 도시철도건설 용역’에 해당하므로 이 사건 사업시설의 건설단계에서 부담한 이 사건 매입세액은 공 제되어야 한다는 이유로 이 사건 과세기간에 대한 부가가치세 과세표준 및 세액의 경 정을 청구를 하였으나, 피고는 2014. 6. 16. 원고에게 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

• 다. 그런 다음 원심은, ① 구 조세특례제한법 제105조 제1항 은 ‘다음 각 호의 1에 해 당하는 재화 또는 용역의 공급에 영의 세율을 적용한다’고 규정하고 있을 뿐 각 호 간 의 적용순서나 그 적용이 배제되는 경우에 관하여는 정하고 있지 아니한 점, ② 이 사 건 감면조항과 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 의2는 그 입법목적과 공급대상 및 적용범위가 상이하여 중첩적인 적용이 불가능하다고 할 수 없는 점, ③ 사업시행자 인 원고가 개별 업체들로부터 재화와 용역을 공급받은 뒤 이를 일체화하여 ‘도시철도 건설용역’을 지방자치단체인 의정부시에 직접 공급한 것으로 보아야 하는 점 등에 비 추어 보면, 이 사건 기부채납거래는 지방자치단체에 도시철도건설용역을 직접 공급하 는 것으로서 이 사건 감면조항에 의하여 영세율이 적용되는 거래라고 판단하였다.
• 라. 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이유 설시에 일부 부적절한 점이 없지 아니하나, 이 사건 기부채납거래가 과세거래로서 위 기부채납거래와 사업관련성 인정되는 이 사건 매입세액이 공제되어야 한다고 본 결론은 정당하고, 거기에 상고이 유 주장과 같이 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 와 제3호의2 사이의 관계에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.

2. 상고이유 제3점에 대하여 원심판결 이유에 의하면, 원심은 의정부시가 이 사건 사업시설의 소유권을 취득하고 원고는 의정부시로부터 위 사업시설에 관한 관리운영권을 취득하는 것에 불과하므로, 원고가 면세사업인 여객운송 용역의 공급을 위하여 이 사건 사업시설을 취득하거나 이 를 직접 사용하거나 소비하는 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 원고가 이 사건 사업시 설의 관리운영권을 취득하여 여객운송용역을 공급하는 사업을 영위하는 이상 ‘사업자 가 사업을 폐업하는 경우’에 해당하지도 않는다는 등의 이유로, 구 부가가치세법(2013.

6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제2항 또는 제4항에 의하 여 재화의 공급이 의제되는 경우로 볼 수 없다고 판단하였다. 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상 고이유 주장과 같이 구 부가가치세법 제6조 의 적용범위에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일 치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.