조사대상자 선정 및 조사과정이 위법하다고 보기 어렵고 임대아파트 분양수입 금액은 법인세 비과세 대상이 아님.

사 건 대법원-2018-두-53849 (2019.01.31) 원 고

○○건설(주) 피 고

□□세무서장 변 론 종 결 판 결 선 고 2019.01.31

1. 상고를 기각한다.

2. 상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 관하여

• 가. 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제3항 본문은 행정소송의 제소기간에 관하여 ‘행정소송은 심판청구에 대한 결정 의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다.’고 규정하고 있다.
• 나. 원심은, 원고가 2015. 12. 26. 심판청구 대리인을 통해 심판청구에 대한 결정을 통지받았으므로 그로부터 90일 이내에 소를 제기하여야 함에도 2016. 5. 20.에야 이 사건 소를 제기하였으므로, 이 사건 소 중 원천징수 소득세 납세고지와 지급명세서 미 제출 가산세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 제소기간을 경과하여 제기된 것이어서 부적법하다고 판단하였다.
• 다. 앞서 본 규정과 기록 등에 비추어 보면, 원심의 이 부분 판단에 제소기간의 기산 점 등에 관하여 심리를 다하지 아니하거나 법리를 오해한 잘못이 없다.

2. 상고이유 제2점에 관하여

• 가. 원심은 원고가 1998년 3월경 이 사건 아파트를 준공한 후 5년 이상 임대하다가 2011년과 2012년에 이 사건 아파트 중 230세대와 350세대를 각 분양한 사실 등을 인 정하였다.
• 나. 이어 원심은 다음과 같은 이유로, 원고가 이 사건 아파트를 분양하여 얻은 양도 차익과 관련하여 원고의 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 감면되거나 비과세되어야 한다고 볼 수 없다고 판단하였다.

(1) 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호에 의하여 조세특례제한법으로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조 제1항은 양도소득세와 특별부가세를 감면하 는 것일 뿐이고, 각 사업연도 소득에 대한 일반 법인세를 감면하는 규정이 아니다.

(2) 구 법인세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제92조의2 제2항 제1의2호는, 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2 제1항 제2호가 정한 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용되지 않는 주택을 규정한 것일 뿐, 각 사업연도 소득에 대한 일반 법인세를 비과 세하는 규정이 아니다.

• 다. 원심이 든 위와 같은 사정에다가, 구 조세감면규제법 제67조 제1항이 개인과 법 인을 다르게 취급하는 것은 기본적으로 과세체계상의 차이에서 비롯된 것이고 부동산 투기 억제라는 입법목적을 달성하기 위한 것으로서 합리성이 인정되므로 조세평등주의 에 위반되지 않는 점(헌법재판소 2000. 7. 20. 선고 98헌바99 결정 참조), 각 사업연도 의 소득금액 산출방법과 익금의 범위를 정하고 있는 구 법인세법 제14조 제1항, 제15 조 제1항 등 관련 규정의 문언과 취지를 보태어 보면, 원심의 이 부분 판단에 조세감 면 규정의 적용 등에 관하여 심리를 다하지 아니하거나 법리를 오해한 잘못이 없다.

3. 상고이유 제3점에 관하여

• 가. (1) 구 국세기본법 제81조의6 제3항 은 ‘세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다’ 고 규정하면서, 제4호에서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자 료가 있는 경우’를 들고 있다.

(2) 구 국세기본법 제81조의7 제1항 은 본문에서 ‘세무공무원은 세무조사를 하는 경우 에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 한다’고 규정하면서, 단서 에서 ‘다만, 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있다.

• 나. 원심은 다음과 같은 취지로 판단하였다.

(1) 피고는 원고가 제출한 법인세 신고서, 매입처별세금계산서합계표, 부가가치세신 고서, 근로소득․퇴직소득지급명세서, 사업자등록, 법인등기부 등 객관성과 합리성이 충분히 뒷받침되는 자료에 의해 원고의 신고내용에 탈루나 오류가 있다고 보아 원고를 비정기조사 대상자로 선정하였으므로, 피고의 세무조사 대상자 선정이 위법하다고 보 기 어렵다.

(2) 세무조사의 착수, 진행 경위에 비추어 볼 때, 피고가 사전통지 절차를 생략한 것 은 원고의 신고내용에 탈루나 오류의 혐의가 있었고 원고의 증거인멸이 우려되는 상황 에서 이루어졌으므로, 이러한 피고의 조치가 현저히 합리성을 잃어 위법하다고 볼 수 없다. 피고는 세무조사기간 중 소명자료 제출을 위한 원고의 세무조사 중지신청을 받 아 들여 세무조사를 중지하였을 뿐 아니라, 소명자료 제출기회를 충분히 부여하였고, 세무조사중지 기간 중 피고가 사실상 조사행위를 진행하였다고 볼 자료도 없다.

• 다. 앞서 본 규정, 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 세무조사의 절차상 하자 등에 대한 심리를 다하지 아니하거나 법리를 오해한 잘못이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일 치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.