임대료로 토지사용기간 만료 시에 건축물의 소유권을 이전받기로 하는 경우 건축물의 시가의 후불 임대료 해당 여부 및 이에 대한 법인세 과세표준 산정 방법

사 건 대법원-2018-두-39027 원고, 상고인 겸 피상고인 인○국○○○○○ 피고, 피상고인 겸 상고인 AA세무서장 원 심 판 결 서울고등법원 2018. 02. 07. 선고 2015누68408 판결 변 론 종 결 판 결 선 고

2022. 1. 27.

원심판결의 피고 패소 부분 중 법인세 경정거부처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 나머지 상고와 원고의 상고를 모두 기각한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 피고의 상고이유보충서들은 이를 보충하는 범위에서)를 판단한다.

• 가. 원고는 주식회사 □□□네트워크 외 6개 법인(이하 ‘이 사건 임차인들’이라 한다)과 실시협약을 체결하였는데, 그 내용은 이 사건 임차인들이 인천국제공항 국제업무지역 내 원고 소유의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 각각 건축물을 신축하여 일정한 기간 동안 사용하면서 매년 토지사용료를 지급하고 토지사용기간 만료 후에는 원고에게 해당 건축물의 소유권을 무상으로 이전하기로 한 것이다. 이에 따라 이 사건 임차인들은 이 사건 토지에 각 건축물(이하 ‘이 사건 각 건축물’이라 한다)을 신축하여 사용하면서 원고에게 토지사용료를 지급하였다.
• 나. 원고는 이 사건 각 건축물의 신축가액을 토지사용기간으로 안분한 금액을 법인세의 익금에 산입하고 부가가치세의 공급가액으로 보아 2008 사업연도부터 2012 사업연도까지의 각 법인세와 2008년 제2기분과 2009년 제1기분 각 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 다. 이후 원고는 피고에게 이 사건 각 건축물의 신축가액 대신 ‘감정을 통하여 평가한 이 사건 각 건축물의 토지사용기간 만료 시 가액’을 토지사용기간으로 안분한 금액을 기초로 위 각 법인세와 부가가치세의 세액을 산정해야 한다는 이유로 그 일부의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2013. 9. 6. 원고의 방식을 받아들여 이 사건 각 건축물의 토지사용 기간만료 시 가액을 토지사용기간으로 안분한 금액을 기초로 하되, 다만 그 금액에 원고가 금전으로 지급받은 토지사용료를 합산하는 방법으로 각 과세기간별 임대료를 계산하여 위 각 법인세와 부가가치세를 다시 산정한 다음, 원고가 신고․납부한 세액 중 이를 초과하는 부분을 감액하는 결정을 하였다(이하 감액되지 않고 남은 부분을 ’이 사건 거부처분‘이라 한다).

• 가. 법인세 과세표준 산정방법(상고이유 제1점)

(1) 원심은 원고에게 이 사건 각 건축물의 소유권이 이전되는 토지사용기간 만료 시 그 시가는 미래 시점의 명목상 가격이므로, 원고가 토지사용기간 내의 각 사업연도에 임대료의 일부로 받은 것으로 볼 수 있는 금액은 ‘토지사용기간 만료 시 이 사건 각 건축물의 시가를 상당한 이율에 의한 중간이자 공제를 통하여 해당 사업연도의 현재가치로 할인한 금액’이라고 보았다.

(2) 그러나 원심판결은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다. (가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제2항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제1항은 ‘자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우에는 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다.’고 정하면서, 제1호에서 “계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일”이라고 정한다. 그리고 구 법인세법 제41조 제1항 제3호의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 은 제1호～제5호에서 매입자산, 자가 제조․생산․건설 자산, 현물출자․합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산과 주식 등의 취득가액을 정한 다음, 제6호에서 그 밖의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가로 한다고 정한다(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 법인세법 시행령 제72조 제1항 제5호 와 2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 법인세법 시행령 제72조 제1항 제6호 등도 같은 취지이다). 따라서 이 사건과 같이 임대료로 토지사용기간 만료 시에 건축물의 소유권을 이전받기로 하는 경우에는 해당 시점에서 건축물의 시가가 곧 후불로 받기로 한 임대료에 해당한다고 보아야 하고, 그 임대료 지급기간이 1년을 초과하므로 ‘이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액’으로서 각 사업연도의 익금에 산입할 금액은 토지사용기간 만료시 건축물의 시가를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액이라고 보는 것이 타당하다. (나) 기업회계기준은 금전채권 또는 금전채무에 관하여 이를 현재가치로 평가하여명목가액과 현재가치의 차액을 현재가치할인차금으로 계상하는 규정을 두고 있다. 또한 법인세법에서 현재가치 평가는 그러한 회계처리를 인정하는 규정이 별도로 존재하는 경우에 한하여 허용된다. 그런데 이 사건 각 건축물의 토지사용기간 만료 시 가액은 해당 시점의 잔존가치를 감정을 통하여 평가한 금액으로서 기업회계기준에 따른 현재가치 평가의 대상이 아니고, 법인세법에 그에 대한 현재가치 평가를 인정하는 규정도 없다. 만일 원심과 같이 ‘토지사용기간 만료 시 이 사건 각 건축물의 시가를 중간이자 공제를 통하여 해당 사업연도의 현재가치로 할인한 금액’을 기준으로 각 사업연도의 익금에 산입할 임대료를 계산할 경우, 중간이자로 공제된 금액 상당을 추가로 각 사업연도의 익금에 산입하지 않는 이상 해당 금액이 과세대상에서 누락되고, 전체 토지사용기간의 임대료로서 각 사업연도의 익금에 산입된 금액을 합산한 금액도 원고가 취득할 당시 이 사건 각 건축물의 시가에 미달하게 된다. (다) 따라서 원고의 각 사업연도 법인세 과세표준을 산정할 때에는 토지사용기간 만료 시 이 사건 각 건축물의 시가 자체를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액을 임대료로 보아 익금에 산입해야 한다.

(3) 그런데도 원심은 토지사용기간 만료 시 이 사건 각 건축물의 시가를 현재가치로 할인한 금액을 기준으로 각 사업연도의 익금에 산입할 임대료를 계산해야 함을 전제로 이 사건 거부처분 중 법인세 경정거부처분의 일부가 위법하다고 판단하였다. 원심의 이러한 판단에는 후불임대료의 법인세 과세표준 산정방법에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고의 상고이유 주장은 정당하다.

• 나. 부가가치세 과세표준 산정방법(상고이유 제2점) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 본문은 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액으로 한다.”라고 정하면서, 제1호에서 “금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가”를, 제2호에서 “금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”를 정하고 있다. 따라서 사업자가 임대용역을 공급하고 임대료를 일부는 금전으로 나머지는 금전 이외의 것으로 받은 경우 그 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 임대료로 받은 금전에 임대용역 중 금전 이외의 것과 대가관계가 있는 부분의 시가를 더한 금액이라고 보아야 한다(대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조). 원심은 위 각 부가가치세 과세표준을 산정할 때에는 각 과세기간에 원고가 금전으로 지급받은 토지사용료와 해당 과세기간에 공급한 토지임대용역 중 이 사건 각 건축물과대가관계가 있는 부분의 시가를 더해야 한다고 보고, 이 사건 토지의 임대용역에 대한 감정가액을 토대로 해당 부분의 시가를 산정하여 정당한 세액을 계산한 다음, 이 사건 거부처분 중 2008년 제2기분 부가가치세에 관한 부분의 일부와 2009년 제1기분 부가가치세에 관한 부분은 위법하다고 판단하였다. 원심판결 이유를 위에서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유주장과 같이 후불임대료에 관한 부가가치세 과세표준 산정방법에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

• 가. 토지임대용역의 대가와 부가가치세 과세표준 산정방법(상고이유 제1, 4점) 원심은 원고가 토지사용기간 만료 후 이 사건 임차인들로부터 이 사건 각 건축물의 소유권을 이전받기로 한 것은 실질적으로 이 사건 토지의 임대료의 일부를 후불로 지급받는 것에 해당한다고 보고, 이와 다른 전제에서 금전으로 지급받은 토지사용료만을 기초로 부가가치세 과세표준을 정해야 한다는 원고의 주장을 배척하였다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유 주장과 같이 이 사건 각 건축물의 소유권 이전과 토지 임대 사이의 대가관계와 부가가치세법상 시가의 개념에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
• 나. 이 사건 각 건축물에 대한 감정평가의 타당성(상고이유 제2점) 원심은 감정평가에 관한 법령의 규정에 비추어 볼 때 재조달원가법에 따라 이루어진 토지사용기간 만료 시점에서 이 사건 각 건축물의 시가에 관한 감정평가에 잘못이 없다고 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유 주장과같이 감정평가방법에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 그리고 위 감정평가의 타당성을 다투는 그 밖의 상고이유 주장은 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택과 사실인정을 다투는 것에 지나지 않아 적법한 상고이유가 아니다.
• 다. 현재가치 평가에 적용될 할인율(상고이유 제3점) 이 부분 상고이유는 원심이 토지사용기간 만료 시 이 사건 각 건축물의 시가를 현재가치로 할인할 때 정기예금 평균이자율을 적용한 것은 위법하다는 것이다. 그러나 위에서 보았듯이 각 사업연도의 익금에 산입할 임대료를 토지사용기간 만료 시 이 사건 각 건축물의 시가를 현재가치로 할인하여 산정할 것이 아닌 이상, 이와 다른 전제에 선 이 부분 상고이유는 받아들일 수 없다.

원심판결의 피고 패소 부분 중 법인세 경정거부처분에 관한 부분을 파기하고 이 부분 사건을 다시 심리․판단하도록 원심법원에 환송하며, 피고의 나머지 상고와 원고의 상고는 모두 기각하기로 하여, 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.