조세특례제한법 제6조 제2항 관련 재결의 기속력에 반함

사 건 대법원-2017-두-75873(2019.01.31) 원고, 상고인 넥△△△△ 피고, 피상고인 △△세무서장 원 심 판 결 서울고등법원 2017. 12. 1. 선고 2017누61043 판결 판 결 선 고 2019.1.31.

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유(상고이유서 제출기한이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것)은 제81조에서 심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다고 규정하고, 제80조 제1항, 제2항에서 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다고 규정하고 있으며, 제65조 제1항 제3호에서 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소․ 경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다고 규정하고 있다. 과세처분에 관한 불복절차에서 그 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 위 법 규정의 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다 (대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두42999 판결 등 참조).

2. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

• 가. 원고는 2009. 10. 19. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 의하여 기술보증기금으로부터 벤처기업임을 최초로 확인받은 후(유효기간: 2009. 10. 19. ~ 2010. 10.18.), 2010. 10. 18.(유효기간: 2009. 10. 19. ~ 2011. 10. 18.), 2011. 10. 17.(유효기간:2011. 10. 19. ~ 2013. 10. 18.), 2012. 6. 19.(유효기간: 2012. 6. 19. ~ 2014. 6. 18.), 2014. 6. 19.(유효기간: 2014. 6. 19. ~ 2016. 6. 18.) 추가로 확인을 받았다.
• 나. 원고는 2014. 3. 31. 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 규정하고 있는 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 따른 ‘창업벤처중소기업’에 해당한다는 이유로 2013 사업연도 귀속 법인세 000원의 감면신청을 피고에게 하면서, 이를 공제한 나머지 법인세 000원을 신고․납부하였다.
• 다. 피고는 2014. 7. 15. 원고가 2013 사업연도에 창업벤처중소기업이 아니라는 이유로 원고에게 법인세 000원(납부불성실가산세 000원 포함)을 경정․고지하는 이 사건 종전 처분을 하였다.
• 라. 이에 불복하여 원고는 이 사건 조항에 따른 세액감면대상에 해당한다면서 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2015. 2. 25. 원고가 2013 사업연도에 창업벤처중소기업에 해당하여 이 사건 조항에 따른 세액감면이 적용되어야 한다는 이유로 원고의 심판청구를 받아들여 이 사건 종전 처분을 취소하는 결정을 하였다.
• 마. 그 후 피고는, 원고의 경우 창업중소기업 등에 대한 세액감면기한이 2012 사업 연도까지이므로 2013 사업연도 귀속 법인세는 이 사건 조항에 따른 세액감면대상이될 수 없다는 서울지방국세청의 감사지적에 따라, 2016. 5. 4. 원고에 대하여 2013 사업연도 법인세 000원(납부불성실가산세 000원 포함)을 경정․고지하는 이 사건 재처분을 하였다.
• 바. 이에 대하여 원고가 제기한 심판청구에서 조세심판원이 2016. 12. 28. ‘이 사건재처분에서 납부불성실가산세 000원을 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각한다’라고 결정하자(이하 이 사건 재처분 중 납부불성실가산세 000원을 제외한 나머지 세액을 ‘이 사건 처분’이라 한다), 원고는 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

3. 가. 이러한 사실관계를 통하여 다음과 같은 사정을 알 수 있다. 즉, ① 원고는 이 사건 조항에 따라 세액감면 대상에 해당함을 이유로 세액감면을 신청하였으나 이 사건 종전 처분이 이루어짐에 따라 조세심판원에 동일한 사유를 들어 심판청구를 제기하였다. ② 조세심판원은 이 사건 종전 처분에 대한 원고의 심판청구 사유가 이유 있어 원고가 창업벤처중소기업에 해당하므로, 이 사건 조항에 따른 세액감면이 적용되어야 한다는 이유로 이 사건 종전 처분을 취소하였다. ③ 그런데도 피고는 세액감면의 원인이 되는 이 사건 조항의 적용 여부에 관하여 기초가 되는 사정에 아무런 변경이 없음에도, 서울지방국세청의 감사 지적만을 내세워 원고에게 이 사건 조항을 적용하여 세액감면을 할 수 없다는 이유를 들어 이 사건 처분을 하였다. 위와 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 처분은 이 사건 종전 처분에 대한 조세심판절차에서 원고의 심판청구 사유가 옳다고 인정하여 이 사건 종전 처분을 취소하였음에도, 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 종전의 처분을 되풀이한 것에 불과하므로 위법하다.

• 나. 따라서 원심이 그 판시와 같은 이유만으로, 이 사건 처분이 이 사건 종전 처분에 관한 재결의 기속력에 반하지 않는다는 등의 잘못된 전제 아래 이 사건 처분이 적법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 심판청구에 대한 결정의 효력에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리․판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.